View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11650_low_2 (Length: 871)

Name: NF11650_low_2
Description: NF11650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11650_low_2
NF11650_low_2
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (19-871)||(12461517-12462369)
chr8 (525-768)||(39744343-39744586)
chr8 (526-599)||(43766163-43766236)
chr8 (405-461)||(39744659-39744715)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-871)||(4244720-4245572)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-871)||(40091160-40092012)
chr2 (367-701)||(40454671-40455002)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-870)||(8190149-8190999)
chr1 (550-768)||(27515141-27515359)
chr1 (526-599)||(49322678-49322751)
chr1 (405-461)||(27514987-27515043)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (525-768)||(56390873-56391116)
chr4 (405-461)||(56390744-56390800)
chr4 (528-585)||(23166387-23166444)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (367-701)||(32202645-32202976)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 12462369 - 12461517
Alignment:
Q  19 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12462369 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 12462270  T
Q  119 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggacctttcaacttcgatccccaaaaaata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12462269 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggaccttgcaacttcgatccccaaaaaata 12462170  T
Q  219 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattagcatcatttccagtcacaatcatatcatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12462169 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattaggatcatttccagtcacaatcatatcatca 12462070  T
Q  319 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12462069 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 12461970  T
Q  419 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12461969 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 12461870  T
Q  519 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12461869 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 12461770  T
Q  619 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12461769 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 12461670  T
Q  719 taaacctctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 818  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12461669 taaacctctcaacacttccatcggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 12461570  T
Q  819 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgctgatgtccatctca 871  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  12461569 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgcctgtgtccatctca 12461517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 525 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 39744586 - 39744343
Alignment:
Q  525 atccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgatagtaat 624  Q
    ||||||||| | ||||||||  |  ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||| |  | |    
T  39744586 atccatataaatttcttctaaaatttctccatgtaagaaagcatttttcacatcaaattgtagaagaggccaatcttggtttgctgctagtgacaaaagt 39744487  T
Q  625 accctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctttaaacc 724  Q
    |  ||||| |||||||| ||  | || || ||||| || |||| |||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||  |  |||||| |||    
T  39744486 attctcacagtgttgagcttgactaccggcgcaaacgtctcttgataatctacaccataagactgagtgtaacctttagcaactaggcgagctttatacc 39744387  T
Q  725 tctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccat 768  Q
    |||||| ||||||| | ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  39744386 tctcaatacttccatcagccttgtgttttattgtaaaaacccat 39744343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 526 - 599
Target Start/End: Original strand, 43766163 - 43766236
Alignment:
Q  526 tccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatc 599  Q
    ||||| || |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  43766163 tccatgtaaacttcttctaataattctccatgtaggaaggcattttttacatcaaattgttgtaacggccaatc 43766236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 39744715 - 39744659
Alignment:
Q  405 cttcatagacttagtaaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccata 461  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  39744715 cttcatagacttggtgaaccttccaaaccatgctcttggggattgttttaatccata 39744659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 4245572 - 4244720
Alignment:
Q  19 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4245572 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 4245473  T
Q  119 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggacctttcaacttcgatccccaaaaaata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4245472 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggaccttgcaacttcgatccccaaaaaata 4245373  T
Q  219 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattagcatcatttccagtcacaatcatatcatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4245372 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattaggatcatttccagtcacaatcatatcatca 4245273  T
Q  319 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4245272 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 4245173  T
Q  419 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4245172 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 4245073  T
Q  519 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4245072 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 4244973  T
Q  619 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4244972 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 4244873  T
Q  719 taaacctctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 818  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4244872 taaacctctcaacacttccatcggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 4244773  T
Q  819 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgctgatgtccatctca 871  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  4244772 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgcctgtgtccatctca 4244720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 40092012 - 40091160
Alignment:
Q  19 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40092012 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 40091913  T
Q  119 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggacctttcaacttcgatccccaaaaaata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40091912 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggaccttgcaacttcgatccccaaaaaata 40091813  T
Q  219 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattagcatcatttccagtcacaatcatatcatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091812 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattaggatcatttccagtcacaatcatatcatca 40091713  T
Q  319 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091712 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 40091613  T
Q  419 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091612 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 40091513  T
Q  519 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091512 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 40091413  T
Q  619 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091412 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 40091313  T
Q  719 taaacctctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 818  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40091312 taaacctctcaacacttccatcggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 40091213  T
Q  819 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgctgatgtccatctca 871  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  40091212 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgcctgtgtccatctca 40091160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 367 - 701
Target Start/End: Original strand, 40454671 - 40455002
Alignment:
Q  367 aaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttagtaaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatataggg 466  Q
    ||||||||||| || ||||||  | | || ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  40454671 aaggtgtgatctgagttacttgctttatagccaaaagtcttcatagacttagtgaaccttccaaaccatgctcttggagattgttttaatccatatagag 40454770  T
Q  467 cctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagggggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggc 566  Q
    |||| || |  ||||| ||| |  |   |||||| ||   |   || || || || | ||||||||| |  ||||||   |  ||||||||||  || ||    
T  40454771 ccttctttaatttgcaaaccttcaatccatttgaata---taccatacctggtggggtatccatataaatgtcttctgaaatttctccatgtaggaaagc 40454867  T
Q  567 attttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgatagtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttct 666  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||| |  | || |||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||    
T  40454868 atttttcacatcaaattgtagaagaggccaatcttggtttgctgctagtgacaaaagtatcctcacagtgttaagcttggctactggcgcaaatgtttct 40454967  T
Q  667 tcataatcaactccataggattgagtgtaaccttt 701  Q
    | |||||| || ||||| || ||||||||||||||    
T  40454968 tgataatctacaccataagactgagtgtaaccttt 40455002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 788; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 870
Target Start/End: Original strand, 8190149 - 8190999
Alignment:
Q  19 ttcccaactaatctttgatatctttgacgatccgtactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190149 ttcccaactattctttgatatctttgacgatccatactaggcgcatcagcacaacaaaagtttttgtgattttgttctatgggagtttcaattggtttgc 8190248  T
Q  119 atccaagcattcctgtctcagttaacaaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggacctttcaacttcgatccccaaaaaata 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8190249 atccaagcattcctgtctcagttaacgaatctaacacatactttctttgagaaagaaagataccatgcttggaccttgcaacttcgatccccaaaaaata 8190348  T
Q  219 ctttagatctccaagttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatttcattagcatcatttccagtcacaatcatatcatca 318  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190349 ctttagatctccaggttgtttcatgtcaaaattagaagctaaatatcgctgcaagctcgaaatt-cattaggatcatttccagtcacaatcatatcatca 8190447  T
Q  319 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190448 acatatattatcaatgcggtgatcttaccatgattatgtttaagaaacaaggtgtgatcagaattactttgcgtgtaaccaaaaaacttcatagacttag 8190547  T
Q  419 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190548 taaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatatagggcctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagg 8190647  T
Q  519 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190648 gggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaataagcggccaatcttgatttgctgctaatgat 8190747  T
Q  619 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190748 agtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctt 8190847  T
Q  719 taaacctctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 818  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190848 taaacctctcaacacttccatcggccttatgtttgatagtaaacacccatctacaacctacagtgctctttccgaccggtaaggagacaagttcccaagt 8190947  T
Q  819 agcatttttctccaatgcttccatttctgctgtcattgctgatgtccatctc 870  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  8190948 agcatttttgtccaatgcttccatttctgctgtcattgcctgtgtccatctc 8190999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 550 - 768
Target Start/End: Original strand, 27515141 - 27515359
Alignment:
Q  550 tctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgatagtaataccctcactgtgttgagttttgcaa 649  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||| |  | ||  ||||| |||||||| ||  | |    
T  27515141 tctccatgtaagaaagcatttttcacatcaaattgtagaagaggccaatcttgatttgctgctagtgacaaaagtattctcacagtgttgagcttgacta 27515240  T
Q  650 ctggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctttaaacctctcaacacttccaccggccttatg 749  Q
    | || ||||| || |||| |||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||    |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||    
T  27515241 ccggcgcaaacgtctcttgataatctacaccataagactgagtgtaacctttagcaactaagagagctttatacctctcaatacttccatcagccttgtg 27515340  T
Q  750 tttgatagtaaacacccat 768  Q
    ||| || ||||| ||||||    
T  27515341 ttttattgtaaaaacccat 27515359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 526 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 49322751 - 49322678
Alignment:
Q  526 tccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatc 599  Q
    ||||| || |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  49322751 tccatgtaaacttcttctaataattctccatgtaggaaggcattttttacatcaaattgttgtaacggccaatc 49322678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 461
Target Start/End: Original strand, 27514987 - 27515043
Alignment:
Q  405 cttcatagacttagtaaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccata 461  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  27514987 cttcatagacttggtgaaccttccaaaccatgctcttggggattgttttaatccata 27515043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 525 - 768
Target Start/End: Original strand, 56390873 - 56391116
Alignment:
Q  525 atccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgatagtaat 624  Q
    ||||||||| | ||||||||  |  ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||| |  | |    
T  56390873 atccatataaatttcttctaaaatttctccatgtaagaaagcatttttcacatcaaattgtagaagaggccaatcttggtttgctgctagtgacaaaagt 56390972  T
Q  625 accctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttcttcataatcaactccataggattgagtgtaaccttttgcaactaacctcgctttaaacc 724  Q
    |  ||||| |||||||| || || || || ||||| || |||| |||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||  |  |||||| |||    
T  56390973 attctcacagtgttgagcttggctaccggcgcaaacgtctcttgataatctacaccataagactgagtgtaacctttagcaactaggcgagctttatacc 56391072  T
Q  725 tctcaacacttccaccggccttatgtttgatagtaaacacccat 768  Q
    |||||| ||||||| | ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  56391073 tctcaatacttccatcagccttgtgttttattgtaaaaacccat 56391116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 461
Target Start/End: Original strand, 56390744 - 56390800
Alignment:
Q  405 cttcatagacttagtaaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccata 461  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  56390744 cttcatagacttggtgaaccttccaaaccatgctcttggggattgttttaatccata 56390800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 528 - 585
Target Start/End: Original strand, 23166387 - 23166444
Alignment:
Q  528 catatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggcattttttacatcaaattga 585  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  23166387 catatacacatcttcttgtaaatctccatgcaaaaaggcattattgacatcaagttga 23166444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 367 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 32202976 - 32202645
Alignment:
Q  367 aaggtgtgatcagaattactttgtgtgtaaccaaaaaacttcatagacttagtaaaccttccaaaccaagctcttggtgactgttttaatccatataggg 466  Q
    ||||||||||| || ||||||  | | || ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  32202976 aaggtgtgatctgagttacttgctttatagccaaaagtcttcatagacttagtgaaccttccaaaccatgctcttggagattgttttaatccatatagag 32202877  T
Q  467 cctttttaagcttgcacaccatagaaatatttgagtaccttggtatgccagggggaggatccatatacacttcttctattaaatctccatgtaaaaaggc 566  Q
    |||| || |  ||||| ||| |  |   |||||| ||   |   || || || || | ||||||||| |  ||||||   |  ||||||||||  || ||    
T  32202876 ccttctttaatttgcaaaccttcaatccatttgaata---taccatacctggtggggtatccatataaatgtcttctgaaatttctccatgtaggaaagc 32202780  T
Q  567 attttttacatcaaattgaagtagcggccaatcttgatttgctgctaatgatagtaataccctcactgtgttgagttttgcaactggtgcaaaagtttct 666  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||| |  | || |||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||    
T  32202779 atttttcacatcaaattgtagaagaggccaatcttggtttgctgctagtgacaaaagtatcctcacagtgttaagcttggctactggcgcaaatgtttct 32202680  T
Q  667 tcataatcaactccataggattgagtgtaaccttt 701  Q
    | |||||| || ||||| || ||||||||||||||    
T  32202679 tgataatctacaccataagactgagtgtaaccttt 32202645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University