View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11651_low_30 (Length: 421)

Name: NF11651_low_30
Description: NF11651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11651_low_30
NF11651_low_30
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (20-410)||(35169413-35169803)
chr2 (24-410)||(35177704-35178090)
chr2 (63-381)||(35105782-35106100)
chr2 (63-410)||(35183702-35184049)
chr2 (63-381)||(35054869-35055187)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (63-375)||(25484270-25484582)
chr7 (63-301)||(25636511-25636749)
chr7 (65-298)||(25478816-25479049)
chr7 (70-301)||(25442326-25442557)
chr7 (66-410)||(25436222-25436566)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (63-175)||(500322-500434)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 35169803 - 35169413
Alignment:
Q  20 acaactttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35169803 acaactttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgctgacacccgtaacacttttg 35169704  T
Q  120 ttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaaca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  35169703 ttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcttttcaacgcaacatcgaca 35169604  T
Q  220 agcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169603 agcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgt 35169504  T
Q  320 aacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169503 aacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 35169413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 24 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 35178090 - 35177704
Alignment:
Q  24 ctttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttga 123  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||    
T  35178090 ctttttccggttcttccattgattccagtggagtgcatagctataaatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacccgcaacacttttgttga 35177991  T
Q  124 tcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagca 223  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| || |||||||    
T  35177990 tcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgcgttcaaggatgataaaaggctcgagaaaggagaatgcctttcgctgcaacttcgacaagca 35177891  T
Q  224 attacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacg 323  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |     
T  35177890 attgcaaattcacggatatctatcgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctactattgttgaatgtcgtagca 35177791  T
Q  324 atttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 410  Q
    ||||   || ||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  35177790 atttcttacaaactgttttccctgttttttatgatatcaatccatctcatgtacgaaaacagaacggtgtgtaccagaatgcctttg 35177704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 63 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 35106100 - 35105782
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||    
T  35106100 gctatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacgcgcaacacttttgtcgatcatctttatgctcatctaaaaagaaagggtatttttgc 35106001  T
Q  163 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 262  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| ||  |||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  35106000 cttcaaggatgatcaaaggcttgagaaaggagaatccctttcgccgcaacttcttcaagcaattcaaaattctcgggtttctattgttgtcttctctgaa 35105901  T
Q  263 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 362  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| |  ||||    ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  35105900 agatatgccgagtcaacatggtgtttggaagagatggctactgttgctgaatgccgtaaaagattgaaacaaactgttttccctgttttttatgatgttg 35105801  T
Q  363 atccatctcatgtacgaaa 381  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  35105800 atccatctcatgttcgaaa 35105782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 63 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 35184049 - 35183702
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| | || | ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||| |||||||    
T  35184049 gctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcagcacttttgttgatcatcttcatgctcatctaacaactaagggtattttcgc 35183950  T
Q  163 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 262  Q
     ||||||||||| ||||| || || |||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  35183949 tttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaa 35183850  T
Q  263 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 362  Q
    |  ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| || |||| ||||     ||  || ||| |||  |  ||||||||| |||||||||||   |    
T  35183849 aattatgcggagtcaacattatgtttggaagagatggccactattgctgaatatcatacagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgccg 35183750  T
Q  363 atccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 410  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||    
T  35183749 atccatctcatgtacgaaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttg 35183702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 35055187 - 35054869
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||   |||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  35055187 gctataaatacggggtgttcatcagttttagaggtcctgacactcgcaatagttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgc 35055088  T
Q  163 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 262  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||   ||||| |||| | || ||||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||  ||    
T  35055087 cttcaaggatgacaaaagtcttgagaaaggagaatttatttcaccgcagcttctacaagcaattcgaaattcgcgaatttttattgttgtcttctctaaa 35054988  T
Q  263 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 362  Q
    | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||| |||  | ||| |  ||||  ||| || |||||||||| ||||||||||| |||    
T  35054987 acatatgccgaatcaacttggtgtttggaagagatggctgcaattgctgattgttgtgagtatttcaaacaaacagttttccctattttttatgatgttg 35054888  T
Q  363 atccatctcatgtacgaaa 381  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  35054887 atccatctgatgtacgaaa 35054869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 375
Target Start/End: Original strand, 25484270 - 25484582
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||  | |||||||| ||||| || |||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  25484270 gctatagatacgatgtgttcatcagtttcagaggttctgacacccgtaattcctttgttgaccatctctacgctcatctcaatagaaaaggtattttcac 25484369  T
Q  163 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 262  Q
    |||||||||||| ||   |||| |||||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |||||  ||    
T  25484370 cttcaaggatgacaagcagctacagaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcaacagtcacgcatttctatcgttgttttctc-caa 25484468  T
Q  263 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatatt 361  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||   |||    | |   ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||| ||    
T  25484469 agattatgcttcttcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattagcgaatctagaataaatttgaaacaagttgttttccctgttttttatgatgtt 25484568  T
Q  362 gatccatctcatgt 375  Q
    ||||||||||||||    
T  25484569 gatccatctcatgt 25484582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 301
Target Start/End: Original strand, 25636511 - 25636749
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||   |    
T  25636511 gctataaatatgatgtatttatcagtttcagaggtcctgacacccgcaacacctttgttgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtatttcgac 25636610  T
Q  163 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 262  Q
    |||||||||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||    
T  25636611 cttcaaggatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caa 25636709  T
Q  263 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 301  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25636710 agattatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25636749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 65 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 25479049 - 25478816
Alignment:
Q  65 tataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcct 164  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |    
T  25479049 tatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtattgacacccgtaaaacctttgctgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtattttcacgt 25478950  T
Q  165 tcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaag 264  Q
    ||| ||||||  |   ||| |||||||| |||| | |||||   |||| || ||| ||||||  | | || ||  ||||||| |||||||||||||||      
T  25478949 tcatggatgaccagcagctcgagaaaggggaatccatttcactccaacttcgacaggcaattcaacaatcgcgtctttctatagttgtcttctcagaaga 25478850  T
Q  265 atatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatg 298  Q
     |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  25478849 ttatgctggctcaacttggtgtttggatgaaatg 25478816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 301
Target Start/End: Original strand, 25442326 - 25442557
Alignment:
Q  70 atacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaag 169  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||   ||||||||| ||  | |||||||| ||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  25442326 atacgatgtgttcatcagttttagaggtcctgacacccgcaattcctttgttgaccatctctacgatcatctcactagaaaaggtattttcgtcttcaag 25442425  T
Q  170 gatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga-tat 268  Q
    ||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||    
T  25442426 gatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caaagattat 25442524  T
Q  269 gctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 301  Q
    |||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25442525 gcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25442557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 25436566 - 25436222
Alignment:
Q  66 ataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcctt 165  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||| ||  ||||||||||||||||  |  ||||||||  |||||| ||| ||||  ||||    
T  25436566 ataaatacgatgtgttcatcagttttagaggttctgagacccgcaattcttttgttgatcatctccactctcatctagttagaaaaggtatttttacctt 25436467  T
Q  166 caaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga 265  Q
    ||||||||| ||   |||  | |||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  |   |||||| ||| |||  |||| |||||| | |||    
T  25436466 caaggatgacaagcagctccaaaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcgacggtcacgggtttgtatcattgttttctca-agaga 25436368  T
Q  266 t-atgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgat 364  Q
    | |||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||    | ||  | ||| ||| | | || |||||||||||||||||| | |||    
T  25436367 ttatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaatctagaaaaaaattgaaacaagttgtattccctgttttttatgatgtcgat 25436268  T
Q  365 ccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 410  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||    
T  25436267 ccatctcatgttcgaaaacaaaatggagtgtatgagaatgcatttg 25436222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 63 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 500434 - 500322
Alignment:
Q  63 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  500434 gctatagatatgatgtgtttatcagtttcagaggttccgacacacgcaacacttttgttgatcatctctatgctcatctcattagaaaaggtattttcac 500335  T
Q  163 cttcaaggatgat 175  Q
    ||| |||||||||    
T  500334 ctttaaggatgat 500322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University