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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11651_low_37 (Length: 381)
Name: NF11651_low_37
Description: NF11651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11651_low_37 |
 | |
|
| [»] scaffold0012 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0236 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0208 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0012 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:
Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 69 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 171611 - 171315
Alignment:
| Q |
69 |
tttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtatgtgaatca |
168 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
171611 |
tttatttataaacatataaagtttgttctcttgtttaggaaacaattgagtccagagttattcattattttatttaaagaatcaattgatatgtgaatca |
171512 |
T |
|
| Q |
169 |
attgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcattt |
268 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
171511 |
attgtagcatgaatattttggtgtatataagattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttatagcatgattatgatgttatagtttattg |
171412 |
T |
|
| Q |
269 |
ttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
171411 |
ttattgagttttcttcaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgttatgtatgttgttgcttttatgctatatatgtaaatgt |
171315 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 45 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10765537 - 10765214
Alignment:
| Q |
45 |
aaatattgattctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttattta |
144 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10765537 |
aaatattaattctagttatgtttgtttatttataaacatataaagtttgtttccttatttaggaaataattgagtttagagttattcattattttattta |
10765438 |
T |
|
| Q |
145 |
aagaatcaattggtatgtgaatcaattgtagc----atgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttat |
240 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |
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|
| T |
10765437 |
aagaatcatttggtacgtgaatcaattgtggcatgaatgaatattttgatgtatataagattcaattttcttttagtttgaaattgaata-tttggttat |
10765339 |
T |
|
| Q |
241 |
aacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgtt |
340 |
Q |
| |
|
| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10765338 |
agcatgattatcatattagagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgtt |
10765239 |
T |
|
| Q |
341 |
gcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
|| ||||||| ||||| |||||||| |
|
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| T |
10765238 |
gcttttatgctatatatgtaaatgt |
10765214 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 53 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10243140 - 10242829
Alignment:
| Q |
53 |
attctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatca |
152 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| | || ||| ||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
10243140 |
attctagttttgtttatttatttataaacata--aagtatatttccttatttagaaaataattgagtctagagttattcattattttatctaaagaatca |
10243043 |
T |
|
| Q |
153 |
attggtat--gtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgatta |
250 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
10243042 |
tttggtatatgtgaatcaattgtggcatgaatattttggtgtatatatgattcaattttcttt-gttttgaaattgaatatttttcttatagcatgatta |
10242944 |
T |
|
| Q |
251 |
tgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgc |
350 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
10242943 |
tggtgttagagtttattgttattaagttttctacaataatattttttcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcttttatgc |
10242844 |
T |
|
| Q |
351 |
gatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |
|
|
| T |
10242843 |
gatatatgtaaatgt |
10242829 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 11844611 - 11844259
Alignment:
| Q |
14 |
agaaagtaaggattgaattctttaa--ttttgtaaatattgattctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
11844611 |
agaaagtaagaatttgattctttaaagtttggaaaataataattctagttttgtttgtttatttataaacatataaagtttgtttccttatttaggaaat |
11844512 |
T |
|
| Q |
112 |
aattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtatgtgaatcaattgtagcatgaata-ttttggtgtatatacgattcaattttc |
210 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
11844511 |
aattgagtctagagttattcattattttatttaaagaatcgtttggtatgtgaatcaattgtggcatgaatattttttgtatatataagattcaaatttt |
11844412 |
T |
|
| Q |
211 |
ttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataata-ttttgtcttatcatgcat |
309 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| ||||| | |||||||| |
|
|
| T |
11844411 |
tttttatttgaaattgaatattttgcttatagcatgattatgatgttaaagtttattgttattaag-tttctacaataatagatttgt-taatcatgcaa |
11844314 |
T |
|
| Q |
310 |
tttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatg |
364 |
Q |
| |
|
|| | ||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
11844313 |
ttcggataattttcatgctatgtttgttgtcgcttttatgtgatatgtgtaaatg |
11844259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 102 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 42196060 - 42195801
Alignment:
| Q |
102 |
tttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat--gtgaatcaattgtagcatgaatattttg-----gtgtat |
194 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
42196060 |
tttaggaaataattgagtctagagttattcattattttatttaaagaatcatttggtatatgtgaatcaattgtcgcatgaatattttttttttgtatat |
42195961 |
T |
|
| Q |
195 |
atacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattt |
294 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42195960 |
ataagattcaattttttttta-tttgaaattgaatatttgg-ttatagcatgattatcatattagagtttattgttattaagttttctacaataatattt |
42195863 |
T |
|
| Q |
295 |
tgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatata |
356 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42195862 |
tgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgctgcttttatgcgatata |
42195801 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 61 - 356
Target Start/End: Original strand, 49152999 - 49153298
Alignment:
| Q |
61 |
tttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| |||| | || ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49152999 |
tttgtttgtttatttataaacata--aagtatatttccttatttaggaaataattgagtttagagttattcattgttttatttaaagaatcaattggtat |
49153096 |
T |
|
| Q |
161 |
--gtgaatcaattgtagcatgaatattttg-------gtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattat |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
49153097 |
atgtgaatcaattgtggcatgaatattttttttttttgtatatataagattcaatttttttta--tttgaaattgaatatttgg-ttatagcatgattat |
49153193 |
T |
|
| Q |
252 |
gatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcg |
351 |
Q |
| |
|
|| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
49153194 |
catattagagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgctgcttttatgcg |
49153293 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38453852 - 38453687
Alignment:
| Q |
201 |
ttcaattttcttttggtttgaaattgaatattttt-cttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtct |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38453852 |
ttcaattttcttttggtttgaaattgaatattttttcttatagtatgattatgatgttagagtttattgttcttaagttttctacaataatattttgtct |
38453753 |
T |
|
| Q |
300 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38453752 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcttttatgcgatatatgtaaatgt |
38453687 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 284 - 365
Target Start/End: Original strand, 17652289 - 17652373
Alignment:
| Q |
284 |
caataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttg---cctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17652289 |
caataatattttgtcttatcctgcattttggatatatttcatgatatgtttgttgttgtcacttttatgcgatatatgtaaatgt |
17652373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 38454000 - 38453866
Alignment:
| Q |
160 |
tgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttat |
259 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||| | | | |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||| || |
|
|
| T |
38454000 |
tgtgaatcaattatagcatgaatatttttgaaatttaaagattcaattttcatttgatttgaaattgaata-tttagttacagcatgattacgatatttg |
38453902 |
T |
|
| Q |
260 |
agttcatttttattgagttttctacaataatatttt |
295 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38453901 |
agtttattgttattaagttttctacaataatatttt |
38453866 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 45 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3816018 - 3815695
Alignment:
| Q |
45 |
aaatattgattctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttattta |
144 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3816018 |
aaatattaattctagttatgtttgtttatttataaacatataaagtttgtttccttatttaggaaataattgagtctagagttattcattattttattta |
3815919 |
T |
|
| Q |
145 |
aagaatcaattggtatgtgaatcaattgtagca----tgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttat |
240 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
3815918 |
aagaatcatttggtacgtgaatcaattgtggcaagaatgaatattttgatgtatataagattcaattttcttttaatttgaaattgaatatttgg-ttat |
3815820 |
T |
|
| Q |
241 |
aacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgtt |
340 |
Q |
| |
|
| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3815819 |
agcatgattatcatattagagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgtt |
3815720 |
T |
|
| Q |
341 |
gcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
|| ||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
3815719 |
gcttttatgcaatatatgtaaatgt |
3815695 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 355
Target Start/End: Original strand, 347232 - 347350
Alignment:
| Q |
237 |
ttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgt |
336 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
347232 |
ttatagcatgattatcatattagagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtctgt |
347331 |
T |
|
| Q |
337 |
tgttgcctttatgcgatat |
355 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
347332 |
tgttgcttttatgcgatat |
347350 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 364
Target Start/End: Original strand, 26382008 - 26382339
Alignment:
| Q |
37 |
aattttgtaaatattgattctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattat |
136 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| || | ||||| || || |
|
|
| T |
26382008 |
aattttggaaataatagttctagttttgtttatttatttataaacatataaagtttgtttcctgatttaggaaataattgagtctaaagttattgataat |
26382107 |
T |
|
| Q |
137 |
tttatttaaagaatcaattggta--tgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttt |
234 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26382108 |
tttatttagggaatcatttggtatgtgtgaatcaattgtagcatgaatatttttg-gcatataagattcaattttcttctgatttaaaattgaatattta |
26382206 |
T |
|
| Q |
235 |
tcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataa---tattttgtctt--atcatgcattttgaatatatttcatgcta |
329 |
Q |
| |
|
||||| |||| || | || || |||| ||| ||||| | |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
26382207 |
gtttatagcatggttgtcatatttgagtttattgttatt-tggtttctacaataactttatttt-ccttcaatcatgcattttgaatatatttcatgtta |
26382304 |
T |
|
| Q |
330 |
tgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatg |
364 |
Q |
| |
|
|||||| ||| | |||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
26382305 |
tgtttgatgtcacttttatgtgatatttgtaaatg |
26382339 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 158 - 279
Target Start/End: Original strand, 7609368 - 7609491
Alignment:
| Q |
158 |
tatgtgaatcaattgtagcatgaatatttt-ggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttct-tataacatgattatgatg |
255 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
7609368 |
tatgtgaatcaattgtagcatgaatatttttggtgtatataagattcaattttcttttgatttgaaattgaatattttgatatatagcatgattgtgatg |
7609467 |
T |
|
| Q |
256 |
ttatagttcatttttattgagttt |
279 |
Q |
| |
|
|| |||| ||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
7609468 |
tttgagtttattgttattaagttt |
7609491 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 61 - 365
Target Start/End: Original strand, 32892301 - 32892604
Alignment:
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61 |
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160 |
Q |
| |
|
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| T |
32892301 |
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32892398 |
T |
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| Q |
161 |
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258 |
Q |
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|
|
| T |
32892399 |
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32892497 |
T |
|
| Q |
259 |
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358 |
Q |
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| T |
32892498 |
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32892597 |
T |
|
| Q |
359 |
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365 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
32892598 |
taaatgt |
32892604 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 113 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5547082 - 5546856
Alignment:
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113 |
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210 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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| T |
5547082 |
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5546983 |
T |
|
| Q |
211 |
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310 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5546982 |
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5546883 |
T |
|
| Q |
311 |
ttgaatatatttcatgctatgtttgtt |
337 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5546882 |
ttgaatatatttcatgttatgtttgtt |
5546856 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 80 - 365
Target Start/End: Original strand, 10701562 - 10701850
Alignment:
| Q |
80 |
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177 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| |
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|
| T |
10701562 |
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10701660 |
T |
|
| Q |
178 |
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275 |
Q |
| |
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| T |
10701661 |
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10701760 |
T |
|
| Q |
276 |
gttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
10701761 |
gttttctacaataatatcttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgttatgtttgttgttgcttttatgcgatatatgtaaatgt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 39733265 - 39733130
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| Q |
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tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgtt |
257 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |
|
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| T |
39733265 |
tatgtgaatcaattatggcatgaatattttta-gcatataagagtcaattttcttttgacttaaaattgaatatttggtttatagcatgattgtgatgtt |
39733167 |
T |
|
| Q |
258 |
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295 |
Q |
| |
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|||| ||| ||||| || |||||||||||| ||||| |
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| T |
39733166 |
tgagtttattgttattaag-tttctacaataacatttt |
39733130 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 57 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 8661664 - 8661357
Alignment:
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57 |
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156 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| ||||||| |||| | || ||| ||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||| |
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| T |
8661664 |
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8661568 |
T |
|
| Q |
157 |
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254 |
Q |
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| T |
8661567 |
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8661468 |
T |
|
| Q |
255 |
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354 |
Q |
| |
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| T |
8661467 |
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8661368 |
T |
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| Q |
355 |
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365 |
Q |
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|
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| T |
8661367 |
tatgtaaatgt |
8661357 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Original strand, 24413607 - 24413966
Alignment:
| Q |
14 |
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111 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
24413607 |
agaaagtaagaatttgattctttaaagttttggaaataataattctagttttgtttgtttgtttataaacatgtaaagtttgtttccttatttaggaaat |
24413706 |
T |
|
| Q |
112 |
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210 |
Q |
| |
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|
| T |
24413707 |
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24413803 |
T |
|
| Q |
211 |
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300 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||||| |||| ||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||| |
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| T |
24413804 |
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24413902 |
T |
|
| Q |
301 |
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364 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
24413903 |
atcatgcattttgaacatatttcatgctatgtttgttgtcgcttttatgtgatatttgtaaatg |
24413966 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 289
Target Start/End: Original strand, 25345792 - 25346003
Alignment:
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80 |
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177 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
25345792 |
acatataaagtttctttccttatttaggaaataattgagcatagagttatttattaatttatttaaagaatc-attgatatatgtgaatcaattgtggca |
25345890 |
T |
|
| Q |
178 |
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275 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||| | |
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|
| T |
25345891 |
tgaatatttttggtgtatataagattcaattttcttttgacttaaaaattgaatatttggtttataacatgattgtgatgtttgagtttattgttattaa |
25345990 |
T |
|
| Q |
276 |
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289 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |
|
|
| T |
25345991 |
g-tttctacaataa |
25346003 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 205 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 21788317 - 21788185
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304 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| | || ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21788317 |
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21788219 |
T |
|
| Q |
305 |
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338 |
Q |
| |
|
||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
21788218 |
tgcgttttggatatatttcatgatatgtttgttg |
21788185 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 158 - 295
Target Start/End: Original strand, 6099508 - 6099643
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158 |
tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgtt |
257 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
6099508 |
tatgtgaatcaattgtgacatgaatatttttg-gtacataagattcaattttcttttgatttgaaattgaatatttggtttatagcatgattgtgatgtt |
6099606 |
T |
|
| Q |
258 |
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295 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||| || |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
6099607 |
tgagtttattgttattaag-tttctacaataacatttt |
6099643 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
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Query Start/End: Original strand, 158 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 21195716 - 21195586
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| Q |
158 |
tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgtt |
257 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
21195716 |
tatgtgaatcacttgtggcatgaatatttttg-gcatataagattcaattttcttttgatttaaaattgaatatttggtttatagcatgattgtgatgtt |
21195618 |
T |
|
| Q |
258 |
atagttcatttttattgagttttctacaataat |
290 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
21195617 |
tgagtttattgttattaag-tttctacaataat |
21195586 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 355
Target Start/End: Original strand, 6099663 - 6099717
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| Q |
301 |
atcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatat |
355 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
6099663 |
atcatgcattttggacatatttcatgctatttatgttgttgcttttatgcgatat |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 112 - 365
Target Start/End: Original strand, 48162478 - 48162737
Alignment:
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112 |
aattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat--gtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaatttt |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| |
|
|
| T |
48162478 |
aattgagtttagagttattcattgttttatttaaagaatcaattggtatatgtgaatcaattgtggcatgaatattttggtgcacataaggttcaatttt |
48162577 |
T |
|
| Q |
210 |
cttttggtttgaaattgaatatttttctta----taacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcat |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48162578 |
cttttggtttctaattgaatatttttcttaattatagcatgattatgatgttagactttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcat |
48162677 |
T |
|
| Q |
306 |
gcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
48162678 |
gcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcatttatgcgatatatgtaaatgt |
48162737 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 87 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33460233 - 33459953
Alignment:
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aagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattgg--tatgtgaatcaattgtagcatgaatat |
184 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
33460233 |
aagtttgttatcttctttaagaaacaattgagtctagagttatttattattttatt-aaagaattatttggcatatgtgaatcaattgcggcatgaatat |
33460135 |
T |
|
| Q |
185 |
tttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattga-gttttcta |
283 |
Q |
| |
|
|||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||| |
|
|
| T |
33460134 |
tttgatttatatgagattcaattttcttttggtttgaaattgaatattttttttatagcatgattatgatgttatagtttattgttattaaggttttctt |
33460035 |
T |
|
| Q |
284 |
caataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
33460034 |
taataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctacgtttgttgttgcttttatgcgatatatgtaaatgt |
33459953 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 63 - 365
Target Start/End: Original strand, 24289534 - 24289840
Alignment:
| Q |
63 |
tgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat-- |
160 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||| |
|
|
| T |
24289534 |
tgtttgtttatttataaacatataaagtttgtttccttatttagaaaataattgagtctagagttattcattatttcatttaaaaaatcatttcgtatat |
24289633 |
T |
|
| Q |
161 |
gtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatattttt-cttataacatgattatgatgttat |
259 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
24289634 |
gtgaatcaattgtggtatgaatattttggtatatataagattcaattttcttttgatttgaaattgaatatttttgcttatagtatgatcatgatgtttg |
24289733 |
T |
|
| Q |
260 |
agttcatttttattgagttttctacaataatattttgtc-ttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatataag |
358 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
24289734 |
agtttattgttattaagttttctacaataattctttgtcattatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcttttatgcgatatatt |
24289833 |
T |
|
| Q |
359 |
taaatgt |
365 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
24289834 |
taaatgt |
24289840 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 158 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 26962044 - 26961839
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158 |
tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgtt |
257 |
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357 |
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365 |
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| T |
26961846 |
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T |
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Target: chr4; HSP #5
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Target Start/End: Complemental strand, 10738118 - 10737923
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258 |
Q |
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| T |
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10738021 |
T |
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| Q |
259 |
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356 |
Q |
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| T |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 160 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 10951887 - 10951692
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258 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
259 |
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356 |
Q |
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T |
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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
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Target Start/End: Original strand, 49977741 - 49978055
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139 |
Q |
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| T |
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49977839 |
T |
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238 |
Q |
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| T |
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49977936 |
T |
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328 |
Q |
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49978035 |
T |
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348 |
Q |
| |
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|| ||||||||||| ||||| |
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| T |
49978036 |
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T |
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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
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Target Start/End: Complemental strand, 10738270 - 10738189
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Q |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 10952039 - 10951958
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| Q |
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95 |
Q |
| |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 53 - 365
Target Start/End: Original strand, 31003765 - 31004077
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Q |
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| T |
31003765 |
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248 |
Q |
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| T |
31003863 |
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249 |
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348 |
Q |
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| T |
31003962 |
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31004060 |
T |
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| Q |
349 |
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365 |
Q |
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| T |
31004061 |
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T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 365
Target Start/End: Original strand, 23335118 - 23335475
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| Q |
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114 |
Q |
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| T |
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23335217 |
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115 |
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207 |
Q |
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| T |
23335218 |
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23335317 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
23335318 |
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23335417 |
T |
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| Q |
308 |
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365 |
Q |
| |
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| T |
23335418 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 102 - 356
Target Start/End: Original strand, 13457361 - 13457620
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194 |
Q |
| |
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13457460 |
T |
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| Q |
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294 |
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| |
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| T |
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13457558 |
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356 |
Q |
| |
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| T |
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T |
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Back To:
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Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 160 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 35089432 - 35089245
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258 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||| | | || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |
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| T |
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| Q |
259 |
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349 |
Q |
| |
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|
| T |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
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Target Start/End: Original strand, 1522637 - 1522731
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| Q |
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gtgaatcaattgtagcatgaatatttt--ggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgat |
254 |
Q |
| |
|
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|
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1522637 |
gtgaatcaatagtggtatgaatattttttggtatatatatgattcaattttatttca-tttgaaattgaatattttgtttgtatcatgattatgat |
1522731 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 53 - 364
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attctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatca |
152 |
Q |
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| T |
38148776 |
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250 |
Q |
| |
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| T |
38148678 |
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38148579 |
T |
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349 |
Q |
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| T |
38148578 |
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38148481 |
T |
|
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364 |
Q |
| |
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| T |
38148480 |
tgatatttgtaaatg |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 53 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 25386344 - 25386038
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attctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatca |
152 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25386344 |
attctagttttgtttatttatttataaacata--aagtatatttccttatttagaaaataattgattctagagttattcattattttatttaaagaatca |
25386247 |
T |
|
| Q |
153 |
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244 |
Q |
| |
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| T |
25386246 |
tttggtatatgtgaatcaattatggcatgaatatttttttttttgtatatataagattcaatttttttta--tttgaaattgaatatttgg-ttgtagca |
25386150 |
T |
|
| Q |
245 |
tgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcct |
344 |
Q |
| |
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| T |
25386149 |
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25386050 |
T |
|
| Q |
345 |
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356 |
Q |
| |
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| T |
25386049 |
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25386038 |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24961542 - 24961364
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attctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatca |
152 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||| ||||||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
24961542 |
attctaattttgtttgtttatttataaacata--aagtatgttttcttatttaggaaataattaagtctggagttattcattattttatttaaagaatca |
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T |
|
| Q |
153 |
attggtatgt--gaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatat |
231 |
Q |
| |
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|
| T |
24961444 |
attggtatatatgaatcaattgtggcatgaatattttggtttatataagattcaattttcttttggtttaaaattgaatat |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
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Target Start/End: Original strand, 31053452 - 31053605
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Q |
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T |
|
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| |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 4281807 - 4281606
Alignment:
| Q |
60 |
ttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttg-tttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaa-gaatcaattgg |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| |||||| |||||| || | |
|
|
| T |
4281807 |
ttttgtttgtttatttataaacatataaagtttgtttcctttatttaggaaaacatttttttttgaattatgttttattttgtttaaaagaatcatttag |
4281708 |
T |
|
| Q |
158 |
ta----tgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatattt-ttcttataacatgattatg |
252 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| || |
|
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| T |
4281707 |
tacatatgtgaatcaattgtagcataaataattttg-gtatata-aattcaattttcttctcatttaaaattgaatatttggtctt-taacatgattgtg |
4281611 |
T |
|
| Q |
253 |
atgtt |
257 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
4281610 |
atgtt |
4281606 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 24961343 - 24961306
Alignment:
| Q |
231 |
tttttcttataacatgattatgatgttatagttcattt |
268 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
24961343 |
tttttcttataacatgattatgatgttagagtttattt |
24961306 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 61 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 28530225 - 28529927
Alignment:
| Q |
61 |
tttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgttatcttgtttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat |
160 |
Q |
| |
|
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| T |
28530225 |
tttgtttgtttatttataaacata--aagtatatttccttatttaggaaataattgagtttagagttattcattgttttatttaaagaatcaattggtat |
28530128 |
T |
|
| Q |
161 |
--gtgaatcaattgtagcatgaatattttg------gtgtatatacgattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatg |
252 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
28530127 |
atgtgaatcaattgtggcatgaatatttttttttttgtatatataagattcaatttttttta--tttgaaattgaatatttgg-ttatagcatgattatc |
28530031 |
T |
|
| Q |
253 |
atgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcga |
352 |
Q |
| |
|
|| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
28530030 |
atattagagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgctgcttttatgcga |
28529931 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 102 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 12691055 - 12690808
Alignment:
| Q |
102 |
tttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattgg--tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacg |
199 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12691055 |
tttaggaaataattgagtttagacttattcattgttttatttaaagaatcaattggtatatgtgaatctattgtggtataaatattttggtgtatatatg |
12690956 |
T |
|
| Q |
200 |
attcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtct |
299 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12690955 |
attcaattttcttttattttgaaattgaa--------ttatagcatgattatggtgttagagtttattattattaagttttctacaatgatattttatct |
12690864 |
T |
|
| Q |
300 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatat |
355 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||| |
|
|
| T |
12690863 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgatgctttcaagcgatat |
12690808 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 201 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 19064342 - 19064201
Alignment:
| Q |
201 |
ttcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtctt |
300 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
19064342 |
ttcaatttttatttgatttgaaattgaatgtctggcttatagcatatttattatgtttgagtttattgttattaagttttctacaataatattttgtctt |
19064243 |
T |
|
| Q |
301 |
-atcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttg |
341 |
Q |
| |
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|
| T |
19064242 |
gatcatgcattttggatatatttcatgctatggttcttgttg |
19064201 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 257
Target Start/End: Original strand, 16747132 - 16747288
Alignment:
| Q |
102 |
tttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattggtat--gtgaatcaattgtagcatgaatatttt-ggtgtatatac |
198 |
Q |
| |
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| T |
16747132 |
tttaggaaataattgagtctagagttattc-ttattttacttaacgggtcatttggtatatgtgaatcaattttggaaccaacatttttggtatatataa |
16747230 |
T |
|
| Q |
199 |
gattcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgtt |
257 |
Q |
| |
|
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|
| T |
16747231 |
gattcaattttctttta-tttgaaattgaatattttgcttatggcataattatgatgtt |
16747288 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 19064503 - 19064461
Alignment:
| Q |
53 |
attctagttttgtttgtttatttgaaaacatataaagtttgtt |
95 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
19064503 |
attctagttttgtttgtatatttataaacatataaagtttgtt |
19064461 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0236 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:
Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 102 - 355
Target Start/End: Original strand, 1187 - 1434
Alignment:
| Q |
102 |
tttaggaaacaattgagtttagaattattcattattttatttaaagaatcaattgg--tatgtgaatcaattgtagcatgaatattttggtgtatatacg |
199 |
Q |
| |
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|
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| T |
1187 |
tttaggaaataattgagtttagacttattcattgttttatttaaagaatcaattggtatatgtgaatctattgtggtataaatattttggtgtatatatg |
1286 |
T |
|
| Q |
200 |
attcaattttcttttggtttgaaattgaatatttttcttataacatgattatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtct |
299 |
Q |
| |
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| T |
1287 |
attcaattttcttttattttgaaattgaa--------ttatagcatgattatggtgttagagtttattattattaagttttctacaatgatattttatct |
1378 |
T |
|
| Q |
300 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcctttatgcgatat |
355 |
Q |
| |
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| T |
1379 |
tatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgatgctttcaagcgatat |
1434 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0208 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:
Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 247 - 365
Target Start/End: Original strand, 7833 - 7951
Alignment:
| Q |
247 |
attatgatgttatagttcatttttattgagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgccttt |
346 |
Q |
| |
|
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| T |
7833 |
attatgatgttagactttattgttattaagttttctacaataatattttgtcttatcatgcattttgaatatatttcatgctatgtttgttgttgcattt |
7932 |
T |
|
| Q |
347 |
atgcgatataagtaaatgt |
365 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||| |
|
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| T |
7933 |
atgcgatatatgtaaatgt |
7951 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University