View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11651_low_8 (Length: 699)

Name: NF11651_low_8
Description: NF11651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11651_low_8
NF11651_low_8
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-690)||(47119883-47120555)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 47120555 - 47119883
Alignment:
Q  18 ttagattcaacaatgtgatcagtgaaaactgaaaagctggagctacaacacgtccacgcatatgttcaatataaatatgacagctcatgtgaaaattgtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120555 ttagattcaacaatgtgatcagtgaaaactgaaaagctggagctacaacacgtccacgcatatgttcaatataaatatgacagctcatgtgaaaattgtg 47120456  T
Q  118 caaaacagtagaatattaccggattcgagagaagctcctttttcatattaacatactttagcctattatcttttaattgagtctcccatagctcatgaca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47120455 caaaacagtagaatattaccggattcgagagaagctcctttttcatattaacatactttagcctattatcttttaattgagtctcccatagttcatgaca 47120356  T
Q  218 tgaaggtaagtagcccaagagtagctggatatgaaaatcataacaggacaatcagttgcttgtgtgcagacatagccacaatcagagagctttatacttt 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120355 taaaggtaagtagcccaagagtagctggatatgaaaatcataacaggacaatcagttgcttgtgtgcagacatagccacaatcagagagctttatacttt 47120256  T
Q  318 tgcaaagttaatcttatttcttttcttgttgaacaagctaatcaaagcataataaacgctaggtaagattagcacaaaatttatgacaacattgtccgta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120255 tgcaaagttaatcttatttcttttcttgttgaacaagctaatcaaagcataataaacgctaggtaagattagcacaaaatttatgacaacattgtccgta 47120156  T
Q  418 tcaattggacaccaacaccatttgtgtacatcagaagcacaattttagttactttgtgtgctcctactgctaaagtacttatcaacatcaagccttcctc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120155 tcaattggacaccaacaccatttgtgtacatcagaagcacaattttagttactttgtgtgctcctactgctaaagtacttatcaacatcaagccttcctc 47120056  T
Q  518 cacctccaccgcaccatatctctctaggttaccgctccttcgatttatttatccatcccctcttataatgtgaattaagcatgacagagctctcataccc 617  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120055 cacctccagtgcatcatatctctctaggttaccgctccttcgatttatttatccatcccctcttataatgtgaattaagcatgacagagctctcataccc 47119956  T
Q  618 tccttatgcatatcaaacaattcatatatgttttattcatcattacccgatcctatattaacacaccatttct 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47119955 tccttatgcatatcaaacaattcatatatgttttattcatcattacccgatcctatattaacacaccatttct 47119883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University