View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11654_low_34 (Length: 261)

Name: NF11654_low_34
Description: NF11654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11654_low_34
NF11654_low_34
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (1-252)||(26830368-26830619)
chr6 (4-252)||(3808955-3809204)
chr6 (1-252)||(5043301-5043551)
chr6 (1-252)||(2973183-2973435)
chr6 (1-227)||(603324-603550)
chr6 (1-243)||(21593348-21593588)
chr6 (1-251)||(17762661-17762913)
chr6 (1-252)||(22425071-22425321)
chr6 (14-210)||(17757797-17757995)
chr6 (61-252)||(26800443-26800634)
chr6 (37-252)||(25072858-25073072)
chr6 (6-87)||(5741040-5741120)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-252)||(1631976-1632227)
chr2 (1-252)||(42288354-42288604)
chr2 (1-252)||(45726603-45726853)
chr2 (1-252)||(35447128-35447379)
chr2 (2-252)||(17450264-17450513)
chr2 (4-242)||(24397739-24397977)
chr2 (67-251)||(7450975-7451158)
chr2 (20-252)||(33647841-33648075)
chr2 (5-258)||(42261859-42262111)
chr2 (44-252)||(30218321-30218529)
chr2 (123-181)||(24197643-24197700)
chr2 (37-142)||(16676027-16676133)
chr2 (6-81)||(43730992-43731066)
[»] scaffold0466 (1 HSPs)
scaffold0466 (1-252)||(7001-7252)
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-252)||(6431644-6431895)
chr7 (1-252)||(29608414-29608660)
chr7 (1-252)||(2389955-2390206)
chr7 (1-252)||(4512634-4512884)
chr7 (1-252)||(34310960-34311212)
chr7 (1-252)||(2361215-2361466)
chr7 (1-252)||(6360156-6360407)
chr7 (1-252)||(48599578-48599819)
chr7 (1-252)||(4508950-4509192)
chr7 (1-252)||(4510792-4511034)
chr7 (3-249)||(3258671-3258916)
chr7 (1-252)||(22269647-22269897)
chr7 (1-252)||(22328643-22328895)
chr7 (6-142)||(8359567-8359703)
chr7 (110-252)||(32358189-32358331)
chr7 (8-252)||(5116307-5116551)
chr7 (185-252)||(30814438-30814505)
chr7 (6-186)||(22552683-22552866)
chr7 (9-184)||(43363667-43363839)
chr7 (1-81)||(1360399-1360478)
chr7 (5-108)||(23794074-23794176)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (10-252)||(213141-213384)
chr5 (1-252)||(40146934-40147185)
chr5 (1-252)||(27015205-27015456)
chr5 (1-252)||(38746678-38746929)
chr5 (1-252)||(5057721-5057971)
chr5 (1-251)||(28277989-28278240)
chr5 (1-252)||(27637858-27638109)
chr5 (1-229)||(316462-316686)
chr5 (15-220)||(33906288-33906491)
chr5 (37-242)||(35615854-35616059)
chr5 (1-251)||(14689655-14689902)
chr5 (1-252)||(4160307-4160556)
chr5 (87-252)||(16642208-16642372)
chr5 (82-195)||(10055031-10055144)
chr5 (84-252)||(30802614-30802782)
chr5 (1-86)||(16641185-16641269)
chr5 (92-242)||(30792923-30793072)
chr5 (1-181)||(21205897-21206076)
[»] chr4 (37 HSPs)
chr4 (1-248)||(26363942-26364189)
chr4 (1-252)||(6655629-6655880)
chr4 (1-252)||(54882693-54882944)
chr4 (1-252)||(8665080-8665331)
chr4 (3-252)||(55085611-55085861)
chr4 (1-252)||(50262942-50263193)
chr4 (1-252)||(50674090-50674341)
chr4 (1-252)||(41964089-41964339)
chr4 (1-252)||(12073066-12073316)
chr4 (31-252)||(40630657-40630878)
chr4 (1-252)||(379051-379302)
chr4 (1-252)||(35662115-35662364)
chr4 (1-252)||(46703174-46703423)
chr4 (1-198)||(8647865-8648062)
chr4 (1-252)||(27417205-27417446)
chr4 (1-255)||(2209378-2209637)
chr4 (1-242)||(33989545-33989785)
chr4 (39-252)||(46569828-46570041)
chr4 (1-242)||(33089582-33089811)
chr4 (1-252)||(22882998-22883248)
chr4 (1-252)||(22934662-22934912)
chr4 (140-252)||(8653273-8653385)
chr4 (116-252)||(10071558-10071693)
chr4 (1-252)||(35370582-35370833)
chr4 (1-195)||(3785821-3786013)
chr4 (1-184)||(12119281-12119461)
chr4 (82-251)||(38811404-38811573)
chr4 (131-233)||(10071963-10072065)
chr4 (1-214)||(34112323-34112535)
chr4 (1-251)||(35369685-35369929)
chr4 (1-252)||(26699690-26699943)
chr4 (1-181)||(41961152-41961334)
chr4 (98-198)||(25723557-25723657)
chr4 (170-231)||(32091265-32091326)
chr4 (126-187)||(6719324-6719384)
chr4 (141-221)||(47514885-47514965)
chr4 (4-80)||(32091324-32091399)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (1-252)||(34490886-34491137)
chr3 (1-252)||(43402034-43402285)
chr3 (1-249)||(6095843-6096091)
chr3 (1-252)||(49199714-49199966)
chr3 (1-252)||(43403977-43404228)
chr3 (1-252)||(40913011-40913263)
chr3 (1-252)||(4569624-4569875)
chr3 (1-252)||(30235798-30236049)
chr3 (9-252)||(54593377-54593621)
chr3 (1-252)||(47303925-47304175)
chr3 (1-252)||(55302209-55302460)
chr3 (1-252)||(36018523-36018775)
chr3 (1-252)||(41819768-41820016)
chr3 (1-252)||(46860143-46860396)
chr3 (53-252)||(28074290-28074488)
chr3 (1-252)||(5434122-5434374)
chr3 (1-221)||(1683192-1683411)
chr3 (1-252)||(34795542-34795792)
chr3 (65-252)||(26323821-26324008)
chr3 (1-81)||(20937501-20937580)
chr3 (129-184)||(31340448-31340503)
chr3 (98-248)||(39127236-39127386)
chr3 (31-252)||(35138980-35139209)
chr3 (1-67)||(26323320-26323385)
chr3 (23-81)||(50432840-50432898)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (1-252)||(11348371-11348622)
chr1 (1-252)||(29135921-29136171)
chr1 (1-252)||(42298219-42298470)
chr1 (1-252)||(37167970-37168221)
chr1 (1-252)||(37033317-37033564)
chr1 (1-252)||(28242061-28242312)
chr1 (1-252)||(34603249-34603499)
chr1 (1-252)||(7482476-7482726)
chr1 (1-252)||(13547333-13547584)
chr1 (1-252)||(13549244-13549495)
chr1 (1-252)||(34602584-34602834)
chr1 (1-252)||(47114845-47115095)
chr1 (1-252)||(193285-193535)
chr1 (1-252)||(37879155-37879406)
chr1 (1-252)||(47255584-47255829)
chr1 (1-252)||(19754164-19754418)
chr1 (1-252)||(19752359-19752609)
chr1 (1-150)||(31925950-31926099)
chr1 (1-252)||(41135493-41135743)
chr1 (37-221)||(9109681-9109865)
chr1 (37-252)||(6808119-6808335)
chr1 (6-230)||(16216745-16216966)
chr1 (1-166)||(12318726-12318889)
chr1 (13-214)||(22079046-22079233)
chr1 (152-231)||(31928203-31928282)
chr1 (66-143)||(4535783-4535861)
chr1 (141-186)||(3331283-3331328)
chr1 (93-186)||(38747052-38747144)
chr1 (31-88)||(25651922-25651979)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (1-252)||(11231-11482)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (1-252)||(42435235-42435486)
chr8 (1-252)||(11383659-11383910)
chr8 (1-252)||(44353468-44353716)
chr8 (1-245)||(40221425-40221669)
chr8 (1-212)||(40328492-40328703)
chr8 (1-252)||(4283219-4283448)
chr8 (69-252)||(22976207-22976389)
chr8 (60-252)||(2999823-3000016)
chr8 (1-242)||(40585407-40585648)
chr8 (9-80)||(18655246-18655317)
chr8 (37-181)||(9633817-9633959)
chr8 (41-221)||(3846103-3846281)
chr8 (156-252)||(20686456-20686552)
chr8 (1-81)||(33655549-33655628)
chr8 (62-239)||(40535538-40535713)
chr8 (104-145)||(3817679-3817721)
chr8 (141-214)||(10020151-10020224)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (4-252)||(80530-80778)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (1-233)||(18245-18477)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (5-258)||(490694-490946)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (21-252)||(1671-1901)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 26830368 - 26830619
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26830368 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctgcgctcatctgt 26830467  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26830468 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcccaagagactcctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttaaacctta 26830567  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26830568 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 26830619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Original strand, 3808955 - 3809204
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3808955 agaaccaacccttagcctttgatttcactaaggattttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttc 3809054  T
Q  104 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagag-acccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttact 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  3809055 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggaaccaacccttttcacaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 3809154  T
Q  203 caaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809155 caaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 3809204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5043551 - 5043301
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  5043551 aagagaaccaactcttagcctttgattccactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaaattgctcacaaaagactctccactcatgtgt 5043452  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |    
T  5043451 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccctctcttttggttctccaagattctcatcttgaagctttgaacctca 5043353  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5043352 cccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 5043301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2973183 - 2973435
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||| |||    
T  2973183 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgttcacaaatgactctgcattcatgtgt 2973282  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2973283 ttcccaaccccatgaatcttcccaaaaaagcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 2973382  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2973383 cccaaagaccttcaacctttagtatctacaaaccctaaaagttccctcctttg 2973435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 603324 - 603550
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||    
T  603324 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaggacactccactcatgtgt 603423  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  603424 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttcctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 603523  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatct 227  Q
      |||||||||||| |||||| |||||    
T  603524 tccaaagaccctcaacctttactatct 603550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21593588 - 21593348
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  21593588 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaaaaatgactctccactcatgtgt 21593491  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |    
T  21593490 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctca 21593391  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttc 243  Q
    | |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  21593390 cccaaagaccctcaacatttagtatctaaaaccctaaaagttc 21593348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17762913 - 17762661
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||    
T  17762913 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcccaaaagactctccactcatgtgt 17762814  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct--tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    |||||||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  17762813 ttcccaaccccatgaatctaacccccaaaaggcaccaaaccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagccttgaactt 17762714  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctccttt 251  Q
     || |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17762713 cacccaaagatcctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 17762661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22425071 - 22425321
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||| | | ||| |||    
T  22425071 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaaccgaagttgctcttaaatgactcttcacccatgtgt 22425168  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagag--acccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  22425169 ttcacaaccccatgaatcttccccaaaatgcaccaacccttatcccaagaggcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctctgaacca 22425268  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22425269 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccct-aaagttccctcctttg 22425321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17757995 - 17757797
Alignment:
Q  14 cttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccat 113  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17757995 cttagcctttgatttcactgatgatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccat 17757896  T
Q  114 gaatct--tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagacc 210  Q
    ||||||   | |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||| || || ||||||||    
T  17757895 gaatctaacccccaaaatgcaccaacccttttcacaagagccccctattttggttctccaacattcacatcttcaagctttgaatctcacccaaagacc 17757797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 61 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 26800634 - 26800443
Alignment:
Q  61 ctcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctctt 160  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26800634 ctcacccaagttgctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccc-atgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaagagccccctctt 26800536  T
Q  161 ttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||  ||||||||    
T  26800535 ttggttatccatgatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttttctcctttg 26800443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 25073072 - 25072858
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaa-aggcacca 135  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| | || ||| ||||||||  | || ||||||| ||||| ||||||||  ||| || |||||| |    
T  25073072 atcttctcttttggtttcccaagacctatccaagtttcacataaa-gactctcctttgatgtgtttccaaaccctatgaatctcttcccaagaggcacaa 25072974  T
Q  136 acccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accc 234  Q
     ||||||||| ||||| |||| |||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  25072973 tcccttttcc-aagagccccc-ctttgggttctcaaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccc 25072876  T
Q  235 taaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25072875 taaaagttcacttctttg 25072858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 87
Target Start/End: Original strand, 5741040 - 5741120
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc 87  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  5741040 aaccaacccttagcctttgattt-actaaggatcttcactttttgtttctcaagattcacccaaattgctcacaaaagactc 5741120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 1631976 - 1632227
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  1631976 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 1632075  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  1632076 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttccccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 1632175  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1632176 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 1632227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 42288354 - 42288604
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  42288354 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 42288453  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42288454 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagttttgaacctca 42288552  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  42288553 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcatttg 42288604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 45726853 - 45726603
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  45726853 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacatgactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 45726754  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  45726753 ttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccc-tttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 45726655  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45726654 cccaaagactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 45726603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 35447128 - 35447379
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  35447128 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 35447227  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttc-caagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||     
T  35447228 ttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggcaccaacccttttcacaagag-cccctcttttggttctctcaagactcacatcttgaagctttgaacctc 35447326  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35447327 acacaaatactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 35447379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 17450513 - 17450264
Alignment:
Q  2 agagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc-tccgctcatctgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||| |||    
T  17450513 agagaatcaacccttagcctttgatttc-ctaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagtttctcacaattgactccttcgctcatgtgt 17450415  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||| |||||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  17450414 ttcccatccccatgaatctttcacaaagggcaccaacccttt-cccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 17450316  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17450315 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 17450264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24397977 - 24397739
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttc 103  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||     
T  24397977 agaaccaacccttagc-tttgacttt-ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaacccaaattggtcacaaatgactctccactcatgtgttta 24397880  T
Q  104 ccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttact 202  Q
    ||| ||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||     
T  24397879 ccagcccgatgagtctctccctaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcaca 24397780  T
Q  203 caaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagtt 242  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  24397779 caaagaccgtcaacctttagtatctaaataccctaaaagtt 24397739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 67 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7451158 - 7450975
Alignment:
Q  67 caagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggtt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  7451158 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccataaatcttctccaaaagtcatcaaccctttaccaaagagccccctcttttggtt 7451059  T
Q  167 ttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctccttt 251  Q
     ||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7451058 ctccaagattcacatcctgaagctttgaacctcacccaaagacgc-caacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttt 7450975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 33648075 - 33647841
Alignment:
Q  20 ctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct 119  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| || |||| ||| |||||||||||||  ||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  33648075 ctttgatttccctaaggatcttctcttttggttttataagactcgcctaagtagctaacaaatgactctctactcatatgttttccaacctcgtgaatct 33647976  T
Q  120 -tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcct 218  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||| ||| |||    
T  33647975 ctcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagcctcctcttttgattctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccttcaacct 33647876  T
Q  219 ttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  33647875 ttagtatctaaatactctaaaagttctctcctttg 33647841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 258
Target Start/End: Original strand, 42261859 - 42262111
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcc 104  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| ||||  || | |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||  | || |||||||    
T  42261859 gaaccaatccgtagcttttgatttc-ctaatgatatactcttttggtctcgtaagactcgcccaagttgctcataaaa-actctcctttgatgtgtttcc 42261956  T
Q  105 caaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactc 203  Q
    ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  42261957 caatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctct-ccaaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 42262055  T
Q  204 aaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttgcttctc 258  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  42262056 aaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 42262111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 44 - 252
Target Start/End: Original strand, 30218321 - 30218529
Alignment:
Q  44 cttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttt 142  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||  |  | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| || |    
T  30218321 cttttggtttcgcaagactcactcaagttgctcacaaa-gattctcctttggtgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaaggcactaactctct 30218419  T
Q  143 tcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagt 241  Q
     ||||  || || |  |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||    
T  30218420 -cccataagccctcatttttggttgtccaagattcacattttgatgttttgaacctcacccaaagaccctcaacatatagtatctaaataccctaaaagt 30218518  T
Q  242 tccctcctttg 252  Q
    |||||||||||    
T  30218519 tccctcctttg 30218529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 123 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24197700 - 24197643
Alignment:
Q  123 ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacat 181  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  24197700 ccaaaaggcaccaaccctct-cccaagagtcccctcttttggttccccaagattcacat 24197643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 16676133 - 16676027
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcacc 134  Q
    ||||||||||||||| || ||||  ||| | || ||||||| |||| ||||| | ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||  ||||||||||    
T  16676133 atcttctcttttggtctcccaagtttcaactaacttgctcagaaataactcttctctcatatgtttcccaaccaaatgaat-ttctccttaaaaggcacc 16676035  T
Q  135 aacccttt 142  Q
    ||||||||    
T  16676034 aacccttt 16676027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 6 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 43731066 - 43730992
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||| | || |||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  43731066 aaccaacctttagactttgatttc-ctacggatattctattttggtttcccaagattcacccaaattgctcacaaa 43730992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0466 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0466
Description:

Target: scaffold0466; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7252 - 7001
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  7252 aagagaaccaacccttagcctttgattttactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 7153  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  7152 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 7053  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7052 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 7001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6431895 - 6431644
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  6431895 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgt 6431796  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6431795 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctca 6431696  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6431695 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6431644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 29608660 - 29608414
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  29608660 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctattttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 29608561  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29608560 ttcccaaccccatgaatc-----caaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctca 29608466  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29608465 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29608414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2390206 - 2389955
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  2390206 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactatccactcatgtgt 2390107  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2390106 tttccaaccccatgaatcttccccaaaagccaccaacccttttcgcaatagccccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 2390007  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2390006 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 2389955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4512634 - 4512884
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  4512634 aagagaactaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4512733  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  4512734 ttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccc-tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctca 4512832  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4512833 cccaaagaccctcaacctttagaatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4512884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 34310960 - 34311212
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  34310960 aagagaaccaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 34311059  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  34311060 tttccatccccatgaaccttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 34311159  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||| |||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  34311160 cccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccttcctttg 34311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2361215 - 2361466
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  2361215 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 2361314  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||  ||||| || |    
T  2361315 ttcccaaccccatgaatcatccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgattcttcaagattcacatcttgaaggattgaatctca 2361414  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2361415 cccaaagaccctcaatctttagtatctaaaatcctaaaagttccctcctttg 2361466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 6360156 - 6360407
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  6360156 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 6360255  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |    
T  6360256 ttttcaactccatgaatcttcttcaaaaggcaccattccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaacttttaacctca 6360355  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6360356 cccaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 6360407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 48599578 - 48599819
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| | |    
T  48599578 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgttt 48599677  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||| |    
T  48599678 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgg----------ttcacatcttgaagctttgaacctca 48599767  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48599768 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 48599819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4508950 - 4509192
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  4508950 aagagaaccaatccttagcctttgatttcactaaggatcttatcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4509049  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||         ||||||||||||| ||||||||| |    
T  4509050 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccc-tttcccaagagctccctcttttggtt--------ctcacatcttgaagctttgaacctca 4509140  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4509141 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4509192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4510792 - 4511034
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  4510792 aagagaaccaatcgttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4510891  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||         ||||||||||||| ||||||||| |    
T  4510892 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccc-tttcccaagagctccctcttttggtt--------ctcacatcttgaagctttgaacctca 4510982  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4510983 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4511034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 3 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3258916 - 3258671
Alignment:
Q  3 gagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgttt 102  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  3258916 gagaaccaacccttagg-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctaataaaagactctccactcatatgttt 3258819  T
Q  103 cccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttact 202  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||     
T  3258818 cccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccatctttttgttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacc 3258719  T
Q  203 caaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcct 249  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  3258718 caaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcct 3258671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22269897 - 22269647
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||| ||||| |||    
T  22269897 aagagaaccaacccatagcctatgatttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcacccaagtttctctcaatagactctccactcatgtgt 22269798  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  22269797 ttcccctccccatgaatcttccccaaaaggcaccaactc-tttcccaagag-cccctcttttggttctccaagattcacatcttgtagctttgaacctca 22269700  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||  ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  22269699 cccaaagaccctcaaactttagtatctacataccctaaatgttccctcctttg 22269647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22328643 - 22328895
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| || |||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |    
T  22328643 aagagaaccaacccttagcttttgattaca-taaggatattctcttttagtttcccaagattcacccaagttgctcacaaatgactctctactcatgttt 22328741  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||     
T  22328742 ttcccaaccctatgaatctctccccaaaaggcaccaactcttttcctaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagcttttaacctc 22328841  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
       |||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  22328842 caccaaagatcctcaacctttagtatctaaataccctaaaagttttctcctttg 22328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 142
Target Start/End: Original strand, 8359567 - 8359703
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttccc 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  8359567 aaccaactcttagcctttgatttcactaaggattttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttccc 8359666  T
Q  106 aaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttt 142  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8359667 aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt 8359703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 110 - 252
Target Start/End: Original strand, 32358189 - 32358331
Alignment:
Q  110 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagac 209  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  32358189 ccatgaattttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagac 32358288  T
Q  210 cctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32358289 cctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 32358331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 8 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5116551 - 5116307
Alignment:
Q  8 ccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaa 107  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || || |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||| |||   | |  ||||| ||||    
T  5116551 ccaactcttaacctttgatttc-ctgaggatcttctcttttggttacccaagactcacctaagtttatcacaaatgaccctcatttgaagtgtttaccaa 5116453  T
Q  108 ccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaa 206  Q
     || |||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||  |||    
T  5116452 tccaatgaatctctctccaaaaggcaccgaccctct-cccaagagccccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagttttgaacatcacctaaa 5116354  T
Q  207 gaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5116353 gaccctcaacctttagtatttaaataccctaaaagtcccctcctttg 5116307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 185 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30814505 - 30814438
Alignment:
Q  185 gaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30814505 gaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccttaagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 30814438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 186
Target Start/End: Original strand, 22552683 - 22552866
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttc-- 103  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| || | ||||||| ||  | || ||||| ||||||      
T  22552683 aaccaacccttatcctttgatttc-ctatgaatcttctcttttggtctcccaagattcacccatgtagttcacaaa-ga--cacctctcatgtgtttccc 22552778  T
Q  104 ------ccaaccccatgaatcttct-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttga 186  Q
          ||||  ||||||||||| | |||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  22552779 atctttccaaagccatgaatcttttcccaaaaggcaccaaccgttt--ccaagagccccctcttttggttctctaagattcacattttga 22552866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 184
Target Start/End: Original strand, 43363667 - 43363839
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaac 108  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||  ||||| |||||| |||     
T  43363667 caacccttagcatttaatttc-ctaaagatcttctcttttggtctctcaagattcacccaaattgctcac-aaggactctcatctcatgtgtttctcaa- 43363763  T
Q  109 cccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatctt 184  Q
    ||| ||||||| |  |||||||| ||||| |  | |||||||||  ||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  43363764 cccttgaatctcttcccaaaaggaaccaa-caatgtcccaagagctccctcttttagttctccaagatacacatctt 43363839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 1360399 - 1360478
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| | || ||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||    
T  1360399 aagagaaccaatccatatcctttgatttcccaaa-aatattctcttttggttttccaagactcactcaagttgctcgcaaa 1360478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 108
Target Start/End: Original strand, 23794074 - 23794176
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc-tccgctcatctgtttc 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  23794074 gaaccaaccattagcctttgattt-tctaaggatctcctcttttggtctcttacgattcacccaaattgctcacaaa-gactcatccgctcatgtgtttc 23794171  T
Q  104 ccaac 108  Q
     ||||    
T  23794172 tcaac 23794176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 213384 - 213141
Alignment:
Q  10 aacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  213384 aacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaacc 213285  T
Q  110 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggtt-ttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaaga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  213284 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctcccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaga 213185  T
Q  209 ccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  213184 ccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 213141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40147185 - 40146934
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  40147185 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 40147086  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  40147085 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 40146986  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  40146985 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttg 40146934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27015456 - 27015205
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  27015456 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 27015357  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  27015356 ttcccaaccccatgattcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgatcctca 27015257  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27015256 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27015205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 38746929 - 38746678
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||    
T  38746929 aagagaaccaacccttagcctttgatttcaataaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcacgtgt 38746830  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  38746829 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcttaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 38746730  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38746729 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 38746678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5057971 - 5057721
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5057971 aagagaaccaacccttagcctttgattttactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 5057872  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  5057871 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaaaag-cccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagctttgatcctca 5057773  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5057772 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 5057721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 28278240 - 28277989
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||| |||    
T  28278240 aagagagccaacccttagcatttgatttcactaacaatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaatagtctctccactcatgtgt 28278141  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagag-acccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  28278140 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 28278041  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctccttt 251  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28278040 atccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctccttt 28277989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 27637858 - 27638109
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctc--ttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatct 98  Q
    |||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||| |    
T  27637858 aagagaacaaacttttagtctttgatttcactaaggatcttctctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcataaaagactcttcactcatgt 27637957  T
Q  99 gtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27637958 gtttcctaaccccatgaatcttc-ccaaaatgcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaa-ctttgaacct 27638055  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
     || ||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27638056 cacccaaagattctcaacctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttg 27638109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 316686 - 316462
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||   | || |||    
T  316686 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaggatt-ttctcttttggtctcccaagattcacc-aagttgctcacaaa-gactctcttttgatgtgt 316591  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  316590 ttcccaaccttatgaatctctccccaaaaggcaccaaccctct-cccaagagcccccccttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 316492  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaa 229  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||    
T  316491 acccaaagaccctcaacctttagtatctaa 316462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 33906288 - 33906491
Alignment:
Q  15 ttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatg 114  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  | || |||||| ||||||||||    
T  33906288 ttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaagttgctcactaa-gtctctcctttgatgtgtttctcaaccccatg 33906385  T
Q  115 aatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctc 213  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||| | || |||||| ||||||||||||||    
T  33906386 aatctctccccaaaaggcaccaaccc-tctcccaagagcccccttttttggttctacaagattcacattttgaggcttcgaacctcactcaaagaccctc 33906484  T
Q  214 agccttt 220  Q
    | |||||    
T  33906485 aaccttt 33906491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 37 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 35616059 - 35615854
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcacca 135  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||| |  | || |||||| |||| |||||||||| || |||||||||| ||    
T  35616059 atcttcgcttttggtttcccaagactcaccaaagttgattacaaa-gactcttcttttatgtgtttctcaactccatgaatctctccccaaaaggcatca 35615961  T
Q  136 acccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accc 234  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| || |    
T  35615960 ccccttt-cccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaatactc 35615862  T
Q  235 taaaagtt 242  Q
    ||||||||    
T  35615861 taaaagtt 35615854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 14689655 - 14689902
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||| || ||||||| | | ||||||||||||||| |||||||  | || |||    
T  14689655 aagagaaccaacccctagcctttgatttt-ctaaggatcttttcttttggtgtcccaagacttatctaagttgctcacaaat-actctccttttatgtgt 14689752  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||||||| | |||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| | |    
T  14689753 ttcccattctcacgaatct-ctccaaaaggcaccaacccttt-cacaagaaccccttcttttggttctccaaaattcacatcttgaaactttgaacatca 14689850  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctccttt 251  Q
    |||||||||||| | |||| | ||||||||  |||||||||||  |||||||    
T  14689851 ctcaaagacccttaaccttcactatctaaatgccctaaaagttttctccttt 14689902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4160556 - 4160307
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |  ||     
T  4160556 aagagaaccaacccttagcctttaattac-ctaaggatcttctcttttggtttcccaagattcaccctagttgctcacaaatgactctccacttacgtg- 4160459  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||| |||  |||| | ||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||| |||| ||  ||||||| |     
T  4160458 ttcccaaccctatgaatctctccccaaaagacacttaccc-tctcccaagagccccctcttttagttctccaggattcacttctttaaactttgaacatc 4160360  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||| |||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  4160359 acccaaa-accctcaaactttagtatctaaataccctaaatgttctctcatttg 4160307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 87 - 252
Target Start/End: Original strand, 16642208 - 16642372
Alignment:
Q  87 ctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttg 185  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  16642208 ctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctgtccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagag--ccctcttttggttcttcaagattcacttcttg 16642304  T
Q  186 aagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  16642305 aagctttgaacctcacccaaagaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagtgctctcctttg 16642372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 195
Target Start/End: Original strand, 10055031 - 10055144
Alignment:
Q  82 tgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcaca 180  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  10055031 tgactctctactcatgtgtttcccaaccccgtgaatctctccccataaggcaccaaaccttt-cccaagagccctctcttttggttctccaagattcaca 10055129  T
Q  181 tcttgaagttttgaa 195  Q
    |||||||| ||||||    
T  10055130 tcttgaagctttgaa 10055144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 84 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30802782 - 30802614
Alignment:
Q  84 actctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatc 182  Q
    ||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||| || |||| | |||||    
T  30802782 actctccactcatgtgttttctaaccccatgaatctctccccaaaaggcacaaaccc-tttcccaagagcctcctcttttggttctctaaga-taacatc 30802685  T
Q  183 ttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
     ||||| ||||||||| ||  ||||||||||| |||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30802684 atgaagctttgaacctcacctaaagaccctcaacctagaatatctaaataccctaaaagttccctcatttg 30802614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 86
Target Start/End: Original strand, 16641185 - 16641269
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgact 86  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  16641185 aagagaaccaacctttagcctttgattttt-taagtatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgttcacaattgact 16641269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 92 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 30793072 - 30792923
Alignment:
Q  92 ctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagtt 190  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||| || | | | |||||||| ||||||||  ||||||||||| |    
T  30793072 ctcatgtgtttcccaaccccatgaatatctccccaaaaggcaccaacc-ttttcccaa-agccacatattttggttctccaagata-acatcttgaagct 30792976  T
Q  191 ttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaa-aaccctaaaagtt 242  Q
    |||||| | ||  ||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||    
T  30792975 ttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatctaattaccctaaaagtt 30792923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 21205897 - 21206076
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||||  || | |||||||| || || |||||||||||  | ||||| |||    
T  21205897 aagagaaccaatccttagtctttgatttca-taaggttcttcacttttagtttcctaaaattcacccaaatttctgacaaatgactcctcactcatgtgt 21205995  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacat 181  Q
    |||||||||| ||||| | |||||  ||||| ||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||| || |||||||||||    
T  21205996 ttcccaaccctatgaa-cctctccgaaaaagacaccaaccc-tttccaaagaaccccatcttttggttctctaagattcacat 21206076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 37)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26364189 - 26363942
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  26364189 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 26364090  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  26364089 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggccccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 26363990  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcc 248  Q
    | ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26363989 cccaaaggccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcc 26363942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6655880 - 6655629
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  6655880 aagagaaacaacctttagcctttgattttactaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgt 6655781  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  6655780 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagttttgaacctca 6655681  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6655680 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6655629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 54882944 - 54882693
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| |||    
T  54882944 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacgagactcacccaagtttctcacaaaagactctacactcatgtgt 54882845  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  54882844 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctca 54882745  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54882744 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 54882693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8665331 - 8665080
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||    
T  8665331 aagaaaaccaacacataacctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgt 8665232  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  8665231 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 8665132  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8665131 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 8665080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 252
Target Start/End: Original strand, 55085611 - 55085861
Alignment:
Q  3 gagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgttt 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  55085611 gagaatcaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacacaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttt 55085710  T
Q  103 cccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttg-aagttttgaaccttac 201  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||    
T  55085711 cccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaaagcttttaacctcac 55085810  T
Q  202 tcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55085811 ccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 55085861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 50262942 - 50263193
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  50262942 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaagggtcttctcttttggtttcacaagagtcaccgaggttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 50263041  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  50263042 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 50263141  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50263142 cccaaagactctcaacctttagtgtctaaaaccctaaaagttccctcctttg 50263193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 50674090 - 50674341
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  50674090 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 50674189  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  50674190 ttcccaaccccatgaatctttcccataaggcaccaacccttttcattagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 50674289  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50674290 cccaaagacccttaacatttagtatttaaaaccctaaaagttccctcctttg 50674341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 41964339 - 41964089
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||    
T  41964339 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgtgt 41964240  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  41964239 ttcccaaccccatgaatctttcccaaaag--actaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 41964142  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  41964141 cccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 41964089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 12073316 - 12073066
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  12073316 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactcttcactcatgtgt 12073217  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccc-ttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  12073216 tttccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaaccctttttcccaagag-cccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagctttgaacctc 12073119  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12073118 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 12073066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 31 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40630878 - 40630657
Alignment:
Q  31 ctaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaagg 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40630878 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagg 40630779  T
Q  131 caccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa 230  Q
    |||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  40630778 caccaacccttttcacaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 40630679  T
Q  231 accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||| | |||||||    
T  40630678 accctaaaagtttcatcctttg 40630657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 379302 - 379051
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  379302 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 379204  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||  | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  379203 ttcccattctcatgaatcttccccaaaaggcaccgacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 379104  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||| |||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  379103 cccaaagtccctcaacctttagtatctacaaatcctaaaagttctctcctttg 379051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 35662364 - 35662115
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||| |||    
T  35662364 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaagaactctccattcatgtgt 35662267  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  35662266 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcctaagagccccctcttttggttctccaagattcacatattgaagctttgaacctca 35662167  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  35662166 cccaaagactctcaacctttagtatctaaaatcctaaaagttctctcatttg 35662115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 46703423 - 46703174
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| | |    
T  46703423 aagagaaccaacttttagcctttgatttc-ctaaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctgacaaaagactctccattcatgt-t 46703326  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  46703325 ttcccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttgattctcgaagattcacatcttgaagctttgaacctca 46703226  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46703225 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 46703174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 8648062 - 8647865
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| | || | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||    
T  8648062 aagagaaccaacacataacatttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgt 8647963  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8647962 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacct 8647865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 27417205 - 27417446
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||          || |||||||| ||||| |||    
T  27417205 aagagaaccaacccttagtctttgatttcactaaggatcttcttttttggttttacaagactcacccaa----------aaagactctccactcatgtgt 27417294  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |    
T  27417295 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccctttcccaagagccccttcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctca 27417394  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27417395 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27417446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 2209637 - 2209378
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa-----tgactctccgctca 95  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |       | || |     ||||||||| ||||    
T  2209637 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcgctgagaaccaacccatagcctttgactctccactca 2209538  T
Q  96 tctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaa 195  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2209537 tgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcgtttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaa 2209438  T
Q  196 ccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttgctt 255  Q
    ||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2209437 cctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttgctt 2209378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 33989785 - 33989545
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  33989785 aagagaacaaatccttagcctttgattac-ctaaggatcttctcttttggtttcaaaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 33989687  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  33989686 ttcccaatcccatgaatctctcccaaaaggcaccaa-ccttctcccaagagccccctattttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctca 33989588  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagtt 242  Q
    | ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  33989587 cccaaagaccctcaaactttagtatctaaataccctaaaagtt 33989545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 39 - 252
Target Start/End: Original strand, 46569828 - 46570041
Alignment:
Q  39 cttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacc 138  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |    
T  46569828 cttctcttttggtttcataagattcacctaagttgttcacaaaagactttccactcatttgtttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggcaccaatc 46569927  T
Q  139 cttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaa 238  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  46569928 cttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacctaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccctaaa 46570027  T
Q  239 agttccctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||    
T  46570028 atttccctcctttg 46570041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 33089811 - 33089582
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||           ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  33089811 aagagaaccaacctttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctc-----------ccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 33089724  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    ||  | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||||||||     
T  33089723 ttttcgaccccatgaatctctctccaaaagacaccaaccctct-cccaagagccccctcttttgattctccaagattcacatcttcaaactttgaacctc 33089625  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagtt 242  Q
    || ||||||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  33089624 acccaaagaccctcaatctttagtatctaaatacctaaaagtt 33089582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22882998 - 22883248
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||   | || |||    
T  22882998 aagagaaccaaccattatcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcctaagactcgcccaaattgctcacaaa-gactctcatttgatgtgt 22883095  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||| ||||| |||| ||| ||||||||||| | || |||| | |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  22883096 ttcctaaccctatgagtctctctccaaaaggtatcagccctct-cccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 22883194  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||| |  |||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  22883195 actcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttccctcatttg 22883248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22934662 - 22934912
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||   | || |||    
T  22934662 aagagaaccaaccattatcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcctaagactcgcccaaattgctcacaaa-gactctcatttgatgtgt 22934759  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||| ||||| |||| ||| ||||||||||| | || |||| | |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  22934760 ttcctaaccctatgagtctctctccaaaaggtatcagccctct-cccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 22934858  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||| |  |||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  22934859 actcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttccctcatttg 22934912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 140 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8653385 - 8653273
Alignment:
Q  140 ttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaa 239  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8653385 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 8653286  T
Q  240 gttccctcctttg 252  Q
    |||| ||||||||    
T  8653285 gttctctcctttg 8653273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 116 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10071693 - 10071558
Alignment:
Q  116 atcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcag 215  Q
    |||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||     
T  10071693 atcttctccaaaaa-catcaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaa 10071595  T
Q  216 cctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10071594 cctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttg 10071558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 35370582 - 35370833
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | || | |    
T  35370582 aagagaaccaaccattagcctttgatttcccaaaga-tcttctattttggtatccatagactcacccaagttgcttacaaa-gactctcctttgatgttt 35370679  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctctttt-ggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    ||  ||||| ||||||||| | || |||||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  35370680 ttatcaacctcatgaatctctttcgaaaagggaccaaccctct-cccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacct 35370778  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
      | |||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35370779 ctcccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccttaaaagttccctcctttg 35370833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3786013 - 3785821
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||  | |  |||    
T  3786013 aagagaaccaactcttagcctttgatttc-ctaaggatattctcttttggtctcccaagactcgcacaatttgctcacaaa-gactctcctttgaagtgt 3785916  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaa 195  Q
    | | | ||||||| | ||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  3785915 tcctcgaccccataattctctcctcaaaaggcaccaacccttttcc-aagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaa 3785821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 12119461 - 12119281
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || || || || |||    
T  12119461 aagagaaccaacccttaac-ttcgatttct-taaggatcttctcttttggtttcacaagacacacccaaattgctcacaaatgattcaccactaatgtgt 12119364  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatctt 184  Q
    ||| ||||||||||||||||| | ||| || |||||||| |||||||||||  |||| ||||  || ||||||||||| |||||    
T  12119363 ttcgcaaccccatgaatcttcccaaaagggaaccaaccc-tttcccaagagttcccttttttaattctccaagattcatatctt 12119281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 82 - 251
Target Start/End: Original strand, 38811404 - 38811573
Alignment:
Q  82 tgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcaca 180  Q
    ||||||||| || || ||||||| |||| ||||||||| ||  |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38811404 tgactctccacttatgtgtttcctaacctcatgaatctctccgcaaaagacaccaacccttt-cccaagag-cccctctttgggttctccaagattcaca 38811501  T
Q  181 tcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaa-aaccctaaaagttccctccttt 251  Q
    |||| ||| ||||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38811502 tcttaaagctttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatctaagtaccctaaaagttccctccttt 38811573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 131 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 10072065 - 10071963
Alignment:
Q  131 caccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa 230  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10072065 caccaacccttttcacaagagccccctcttttagttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 10071966  T
Q  231 acc 233  Q
    |||    
T  10071965 acc 10071963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 34112535 - 34112323
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||  ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  34112535 aagagaaccaaactttagcctttgatttc-ctaaggatcttcagttttgtttttccaagattcatccaagttgctcacagatgactctccactcatgtgt 34112437  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    || |||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||| |||||||||||||  | ||  ||||||| ||     
T  34112436 tttccaaccccgtgaacctctccccaaaaggcaccaaccctttt-ctaagagcctcgtctttaggttatccaagattcacaattggacattttgaatctc 34112338  T
Q  200 actcaaagaccctca 214  Q
    || ||||||||||||    
T  34112337 acacaaagaccctca 34112323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 35369685 - 35369929
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||| ||||| | ||   |||||||||||||||||| ||||| |||| ||   | || |||    
T  35369685 aagagaaccaacccttagcctttgattcc-caaaga-tcttctattttgctatccatagactcacccaagttgcttacaaa-gactatcttttgatgtgt 35369781  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctctttt-ggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    |||  |||| ||||||||| | || |||||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  35369782 ttctaaacctcatgaatctctttcgaaaagggaccaaccctct-cccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacct 35369880  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctccttt 251  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||    |||||||||||||||||    
T  35369881 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa----taaaagttccctccttt 35369929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 26699690 - 26699943
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||  |||| || |||||||| ||||   |||||||| |  ||||| |||| ||||| ||||| ||||| | |    
T  26699690 aagagaaccaacctttaacctttgattacataaaga-tcatctcttttagttttctaagactcatctgagttgttcactaatgaatctccactcatgtat 26699788  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagacccct-cttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
     |||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26699789 ctcccgaccccatgaatctcttctgaaaaggcaccaaccctttttccaagatcccccttcatttggctctctaagattcacatcttgaagttttgaacct 26699888  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
     |  |||||| | ||| |||||| ||||||||  ||||| |||||||||| ||||    
T  26699889 caaccaaagatcttcaacctttagtatctaaatgccctacaagttccctcatttg 26699943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41961334 - 41961152
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagtt-----gctcacaaatgactctccgctca 95  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| ||||||| || |||||||||||||||||     ||||||| | ||||||||  | |    
T  41961334 aagagaaccaacccttagcttttgatttc-ctaaggatattcttttttggtctcccaagactcacccaagttacgttgctcacata-gactctcctttaa 41961237  T
Q  96 tctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacat 181  Q
    | ||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||| ||| || |||| |||| ||||| ||| |||| | ||||||||||||    
T  41961236 tgtgtttcccaaccc-atgaatctctccccaaaaagcaccgacc-ttctccctagagccccctttttcggttctacaagattcacat 41961152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 198
Target Start/End: Original strand, 25723557 - 25723657
Alignment:
Q  98 tgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaac 196  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||  |||| || ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  25723557 tgtttcccaaccccacgaagctctctccaaaaggcattaaccattatcc-aagagctccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaac 25723655  T
Q  197 ct 198  Q
    ||    
T  25723656 ct 25723657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 170 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 32091326 - 32091265
Alignment:
Q  170 caagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  32091326 caagattcacatcttgaagttttgaacctcactcaaagaccctcaacatttagtatccaaaa 32091265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6719384 - 6719324
Alignment:
Q  126 aaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaa 187  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6719384 aaaggcatcaacccttt-cccaagaatccactcttttagttttccaagattcacatcttgaa 6719324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 221
Target Start/End: Original strand, 47514885 - 47514965
Alignment:
Q  141 tttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagccttta 221  Q
    ||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||| | || | |||||| ||| ||||||    
T  47514885 tttcccaagagtccactcttttggttcaccaagattcatatcttgaagctttgaacttcacccgaagaccttcaaccttta 47514965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 32091399 - 32091324
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaa 80  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| | |||| || ||| ||| |||||||||| ||||||    
T  32091399 agaaccaacactttgcctttgatttc-ctaaggatcttctcctctggtctcccaaaacttacccaagttgttcacaa 32091324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34491137 - 34490886
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  34491137 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 34491038  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  34491037 ttttcaactccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 34490938  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34490937 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 34490886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 43402034 - 43402285
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||    
T  43402034 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagacttacccaagttgttcacaaatgattctccactcatgtgt 43402133  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  43402134 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 43402233  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43402234 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 43402285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 6095843 - 6096091
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  6095843 aagagaaccaacctttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 6095942  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  6095943 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcaaaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 6096042  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcct 249  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  6096043 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcct 6096091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 49199714 - 49199966
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactca-cccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctg 99  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  49199714 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaacccaagttgctcacaaaagactctccactcatatg 49199813  T
Q  100 tttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  49199814 tttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctc 49199913  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49199914 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 49199966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 43403977 - 43404228
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  43403977 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcccaaatgactctccactcatgtgt 43404076  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  43404077 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 43404176  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43404177 cccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 43404228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40913263 - 40913011
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  40913263 aagagaaccaacccttaacctttaatttcactaaggatcttctcttttgctttcacaagactcacccaatttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 40913164  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  40913163 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctc 40913064  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40913063 acccaaagaccctaaacctttagtatctaaaaccctaaaagtcccctcctttg 40913011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4569875 - 4569624
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  4569875 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaagatcatctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 4569776  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  4569775 ttcccaaccccatgaatcttccccaataggcacacccccttttcccaagagccccctcttttgattctccaagatttacatcttgaagctttgaacctca 4569676  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4569675 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4569624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30236049 - 30235798
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  30236049 aagagaaccaatcattagccttcgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaacttgctcacaaatgactctccactcttgtgt 30235950  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30235949 tttccaaccccatgaatattccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 30235850  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30235849 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 30235798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 54593621 - 54593377
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |    
T  54593621 caacccttagcctttgatttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatc 54593522  T
Q  109 cccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaaga 208  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||    
T  54593521 cccatgaatcttccccaaaaggtaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaagga 54593422  T
Q  209 ccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  54593421 ccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 54593377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47304175 - 47303925
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||    
T  47304175 aagagaaccaacccttagtttttgatttcactaaggatattctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaa-actctccactcatgtgt 47304077  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  47304076 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 47303977  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| ||| | |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  47303976 cccaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccataaaagttctctcctttg 47303925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 55302209 - 55302460
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| |||    
T  55302209 aagagaaccaacccctagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagaatctccactcatgtgt 55302308  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  55302309 tttccaacctcatgaatttttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 55302408  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
      |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55302409 tccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 55302460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 36018775 - 36018523
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||    
T  36018775 aagagaaccaatccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccattcatgtgt 36018676  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  36018675 ttcccatccccatggatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 36018576  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
      |||||||||||| |||||| |||||| | ||||| ||||||| ||||||||    
T  36018575 tccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctgaaagttctctcctttg 36018523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 41819768 - 41820016
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  41819768 aagagaaccaacccttagc-tttgatttcataaaga-tcttctcttttggtttcataagactcactcaagttgctcacaaatgagtctccactcatgtgt 41819865  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  41819866 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctca 41819964  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  41819965 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaacctaaaagttatctcctttg 41820016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 46860396 - 46860143
Alignment:
Q  1 aagagaaccaaccct--tagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatct 98  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  46860396 aagagaaccaaccctcttagtctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgt 46860298  T
Q  99 gtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacct 198  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  46860297 gtttcccatccctatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacct 46860198  T
Q  199 tactcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||||    
T  46860197 cacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttctctcatttg 46860143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 53 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 28074488 - 28074290
Alignment:
Q  53 tcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagaga 152  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| ||||||||     
T  28074488 tcacaagactcacctaagtttctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccccaaaacgcaccaactattt-cccaagagc 28074390  T
Q  153 cccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28074389 cccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 28074290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 5434122 - 5434374
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||| ||| | |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  5434122 aagagaatcaatctttagtctttgattaca-taaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaacttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 5434220  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    |||| |||||||||||||| || | ||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| ||||||||||| ||| |||||     
T  5434221 ttcctaaccccatgaatctctccctaaaaaacactaacccttttcccaagagccccctcttttggttctataagatttacatcttgaagctttaaacctc 5434320  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
     |||||||||||| | | |||  |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  5434321 cctcaaagacccttaacttttggtatctaaatatcctaaaagttccctcctttg 5434374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1683411 - 1683192
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||| ||||| |||    
T  1683411 aagataaccaacccttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcacaagactcaccaaagttgctcataaatgattatccactcatgtgt 1683313  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    || |||||||||||||||| |  |||||| |||||||||| ||||| || |  |  ||||||||||| |||||||||||||| |  ||  |||||| ||     
T  1683312 tttccaaccccatgaatctcttcccaaaatgcaccaaccc-tttccgaaaaaccttctcttttggttctccaagattcacatttgaaacatttgaatctc 1683214  T
Q  200 actcaaagaccctcagccttta 221  Q
    || |||||||||||| ||||||    
T  1683213 acccaaagaccctcaaccttta 1683192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34795792 - 34795542
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||  |||||||  | || |||    
T  34795792 aagagaaccatcccttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcccaagactcacccaagtttcttacaaa-aactctcctttgatgtgt 34795695  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
     |||||||||||||||||| ||  |||||||||  || || | |||| |||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |     
T  34795694 atcccaaccccatgaatctctcctcaaaaggcatgaaacc-tctccctagaaccccctcttctggttctccaagattcagatcttgaagctttgaacatc 34795596  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || ||| |||| ||| |||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  34795595 acccaacgaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagatctctcctttg 34795542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 252
Target Start/End: Original strand, 26323821 - 26324008
Alignment:
Q  65 cccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctctttt 162  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||| ||||||||||||||| || |  |||| ||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  26323821 cccaagttgctcacaaa-gactctcctttgatgtgtttctcaaccccatgaatct-ctgctgaaaatgcaccaacccttt-cccaatagccctctctttt 26323917  T
Q  163 ggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | || | ||||||| ||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| |||||| |||||||| | | |||||||| |||||||||    
T  26323918 gattcttcaagatttacatcttgaagctttgaacttcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaatatcttaaaagtttcctcctttg 26324008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 20937580 - 20937501
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||    
T  20937580 aagagaaccaacctttatcctttgatttc-ctaagaatcttctcttttggtctcccaagaatcacccaagtttgtcacaaa 20937501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 184
Target Start/End: Original strand, 31340448 - 31340503
Alignment:
Q  129 ggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatctt 184  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31340448 ggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 31340503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 39127386 - 39127236
Alignment:
Q  98 tgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaac 196  Q
    |||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||| || || ||||||| ||||| |||| ||| || |||||||| ||||||||| |||||||    
T  39127386 tgtttcccaacctcatgaatctctcccaaaaaggcaccaactctctt-ccaagagtcccctattttagttctctaagattcatatcttgaagctttgaac 39127288  T
Q  197 cttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcc 248  Q
    || || ||||| |||  | |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  39127287 ctcac-caaaggccccaaacctttagtatgtaaataccctaaaagttctctcc 39127236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 252
Target Start/End: Original strand, 35138980 - 35139209
Alignment:
Q  31 ctaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaag 129  Q
    ||||| ||||||| ||||||| || |||||||||  ||||||||||| ||| |||||||   | || ||||| |||||| ||||||||| ||  ||||||    
T  35138980 ctaaggatcttctattttggtctcccaagactcattcaagttgctcataaa-gactctcatttgatttgttttccaacctcatgaatctctcctcaaaag 35139078  T
Q  130 gcaccaacccttttcccaagagaccc--ctcttttggttttccaagattc-------acatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagccttt 220  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||   |||||||||| ||||||||||       ||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||| | |||    
T  35139079 gcatcaaccc-tttccgaaga-acccatttcttttggttctccaagattcacatcttacatcttaaagttttgaacctcatctaaagaccctcaacgttt 35139176  T
Q  221 attatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  35139177 agtatctaaatacccaaaaagtaccctcctttg 35139209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 26323320 - 26323385
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcaccc 67  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| ||||||| || ||||||||||||    
T  26323320 aagagaaccaacccttagcttttgatttc-ctaaggatattcttttttggtctcccaagactcaccc 26323385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 81
Target Start/End: Original strand, 50432840 - 50432898
Alignment:
Q  23 tgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  50432840 tgatttcactaaggatctccttttttggtctctcaagattcaaccaagttgctcacaaa 50432898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11348622 - 11348371
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  11348622 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 11348523  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  11348522 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccagaccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 11348423  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11348422 cccaaagaccctcaacccttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 11348371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 29136171 - 29135921
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| | |    
T  29136171 aagagaactaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaaaactctccactcatgttt 29136072  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  29136071 ttcc-aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 29135973  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29135972 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29135921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 42298219 - 42298470
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  42298219 aagagaaccaactcttagcctttgatttcacttaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcatgtgt 42298318  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  42298319 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 42298418  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  42298419 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttg 42298470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37168221 - 37167970
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37168221 aagagaatcaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 37168122  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37168121 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37168022  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||| ||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  37168021 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaactgtaaaagttccctcctttg 37167970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 37033317 - 37033564
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  37033317 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 37033416  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37033417 ttcccaacctcatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37033516  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| ||||||     ||||||||||||||||||||||||||    
T  37033517 cccaaagaccctcaaccttta----gtaaaaccctaaaagttccctcctttg 37033564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 28242312 - 28242061
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  28242312 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatattctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 28242213  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  28242212 ttcccaaccttatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctca 28242114  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  28242113 cccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 28242061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34603499 - 34603249
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| |||    
T  34603499 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgt 34603401  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  34603400 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatca 34603301  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34603300 cccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34603249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 7482476 - 7482726
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  7482476 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 7482573  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagag-acccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  7482574 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 7482673  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7482674 acccaaagaccctcaaccgttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 7482726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 13547333 - 13547584
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13547333 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 13547432  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  13547433 tttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 13547532  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  13547533 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13547584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 13549244 - 13549495
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13549244 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 13549343  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  13549344 tttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 13549443  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  13549444 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13549495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 34602584 - 34602834
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| |||    
T  34602584 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgt 34602682  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  34602683 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttaccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatca 34602782  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34602783 cccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34602834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47115095 - 47114845
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||    
T  47115095 aagagaaccaacccttagcctttgatttcattaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccattcatgtgt 47114996  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  47114995 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggtaccaaccctgttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacagcttgaagctttgaacctca 47114897  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||  ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  47114896 cccaaagaccctcaatctttaatatctaaagccttaaaagttccctcctttg 47114845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 193535 - 193285
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | | ||| |||    
T  193535 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactcttcacacatgtgt 193436  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  193435 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaaccttttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 193337  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  193336 ccgaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttatctcctttg 193285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 37879155 - 37879406
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37879155 aagagaaccaatccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 37879254  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37879255 ttcccaaccccatgaattttccccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37879354  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  37879355 cccaaagatcctcaacatttagtatctaaaaccctaacagttccttcctttg 37879406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 47255584 - 47255829
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||  |||| |||    
T  47255584 aagagaaccaacccttagtctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcact-aagttgctcacaaaagactctccaatcatgtgt 47255682  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  47255683 ttcccaaccc-atgaatcttccccaaaaggcacca----ttttcccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 47255777  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47255778 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 47255829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19754418 - 19754164
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcact---aagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatc 97  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  19754418 aagagaaccaaccattatcctttgatttcacttataaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatg 19754319  T
Q  98 tgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacc 197  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||  | ||||||||    
T  19754318 tgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctcttggttttccaagattcaaatcatggtgctttgaacc 19754219  T
Q  198 ttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | || |||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19754218 tcacccaaagacccttaacctttagtatctagaaccctaaaagttccctcctttg 19754164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19752609 - 19752359
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||    
T  19752609 aagagaaccaatcattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatctaagttgctcacaaaatactctccactcatgtgt 19752510  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| | || |||||| |    
T  19752509 ttcccaactcaatgaatcttccccaaaaggcaccaa-ccttttcataagagccccatcttttggttctccaagattcacattatgacgcttagaacctca 19752411  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19752410 cccaaagaccttcaacctttagtatctaaaaccctaaaaattccctcatttg 19752359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 31925950 - 31926099
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||    
T  31925950 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagtctcacccaagttgctcacaaaagattctccactcacgtgt 31926049  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaaga 150  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  31926050 ttcccaaacccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaaga 31926099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 41135743 - 41135493
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  | || |||    
T  41135743 aagagaaccaatccttagcctttaatttc-caaatgatcttctcttttggtttcctaagactcacccaagtttctcacaaa-gactctcctttgatgtgt 41135646  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| | |||||| |    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||     
T  41135645 ttcccaaccccatgaatctctccctaaaaggcaccaaccc-tctcccaaaatcttcctcttttggttctccaagatccacatcttgaaggtttgaacctc 41135547  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||||||    
T  41135546 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaatacattaaaatttccctcctttg 41135493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 37 - 221
Target Start/End: Original strand, 9109681 - 9109865
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcacca 135  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||   | || ||| |||||||| ||||||||| || ||||||| || ||    
T  9109681 atcttctattttgatttcccaagactcatccaaattgctcacaaaagactctcatttgatgtgtctcccaacctcatgaatctctccccaaaagacatca 9109780  T
Q  136 acccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagccttta 221  Q
    ||||| | |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||    
T  9109781 accctct-cccatgagtccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaataccctcaaccttta 9109865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6808335 - 6808119
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcacca 135  Q
    |||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |    
T  6808335 atcttctcttttggttttccattactcaccctagttgctcacaaatgactcttcattcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaagacacaa 6808236  T
Q  136 acccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaaga-ccctcagcctttattatct-aaaacc 233  Q
    |  || |  ||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||| |||||| ||||| ||||      
T  6808235 aatctct--ccaagagcccaatcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacctaaagacccctcaacctttagtatctaaaaaat 6808138  T
Q  234 ctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  6808137 ctaaaagtttcctcctttg 6808119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 6 - 230
Target Start/End: Original strand, 16216745 - 16216966
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttccc 105  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||   ||  ||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||    
T  16216745 aaccaactcgtagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttaagttttcaaaattcactcaagttgctcacaa-tgactctcctctcatgtgtttgcc 16216842  T
Q  106 aaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactca 204  Q
    ||| | |||||| | | ||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| | ||||||  ||||||||||  ||||||  | || ||    
T  16216843 aacac-atgaatttctatccaaaatgcaccaacccttttcg-aagagccccctcttttggttcttcaagatatacatcttgaacctttgaatatcaccca 16216940  T
Q  205 aagaccctcagcctttattatctaaa 230  Q
    |||||||| | |||||| | ||||||    
T  16216941 aagacccttaacctttagtttctaaa 16216966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 12318726 - 12318889
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  | || |||    
T  12318726 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-caaaagattttctattttggtctcccaagactcacccaagttgctcataaa-aactctcctttgatgtgt 12318823  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttct--ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggtt 166  Q
    ||| ||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| || ||| |||||||    
T  12318824 ttctcaatcctatgaa-cttctccccaaaaggcaccaaccc-tctcccaagagccctctcatttggtt 12318889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22079233 - 22079046
Alignment:
Q  13 ccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaacccca 112  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | || |||||||||||        
T  22079233 ccttagcctttgatttca-taagcatcttatattttggtttgccaagactcacctaagttgctcacaaa-gactctcccttgatgtgtttcccaac---- 22079140  T
Q  113 tgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccct 212  Q
           || ||||| | ||||||||| |  |||||  | |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  22079139 -------tccccaaacgacaccaaccc-tcacccaattgccccctcttttggttctttaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccct 22079048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 152 - 231
Target Start/End: Original strand, 31928203 - 31928282
Alignment:
Q  152 acccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaa 231  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  31928203 acccatcttttggttttctaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagactctcaacctttagtatctaaaa 31928282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 66 - 143
Target Start/End: Original strand, 4535783 - 4535861
Alignment:
Q  66 ccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctttt 143  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  4535783 ccaagttgctcacaaacgactatccactcatgtgtttttcaaccccatgaatctattcccaaaagacaccaaccctttt 4535861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 3331328 - 3331283
Alignment:
Q  141 tttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttga 186  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3331328 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttga 3331283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 186
Target Start/End: Original strand, 38747052 - 38747144
Alignment:
Q  93 tcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttga 186  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||  |||||||| || |||||||| |||||||    
T  38747052 tcatgtgttttccaaccctatgaacctctctccaaaaggcaccaaccctttt-tcaagag-cccccgttttggttgtctaagattcatatcttga 38747144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 25651979 - 25651922
Alignment:
Q  31 ctaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactct 88  Q
    ||||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25651979 ctaaggatcttcacttttgctttcccaagattcacccaagttgctcacatataactct 25651922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11482 - 11231
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  11482 aagagaaacaacctttagcctttgattttactaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgt 11383  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  11382 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 11283  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11282 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 42435235 - 42435486
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||    
T  42435235 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccattcatatgt 42435334  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  42435335 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagtcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 42435434  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42435435 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 42435486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11383910 - 11383659
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || | |    
T  11383910 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactttccacttatgtat 11383811  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  11383810 ttcccaaccccatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 11383711  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11383710 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11383659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 44353716 - 44353468
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  44353716 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttttcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaccgatgactctccactcatgtgt 44353617  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||   |||||||||||| ||||| |    
T  44353616 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctcttcacaagagccccctcttttagttctccaagattc---tcttgaagttttaaacctca 44353520  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44353519 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 44353468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 40221669 - 40221425
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  40221669 aagagaaccaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 40221570  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  40221569 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcactaacccctttcccaagagccccctattttggttctcgaagattcacatcttgaagttctaaacctca 40221470  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccc 245  Q
      |||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  40221469 tccaaagaccttccacctttagtatcaaaaaccctaaaagttccc 40221425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 40328703 - 40328492
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  40328703 aagagaaccaactcatagcctttgatttcactaaagatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgt 40328604  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  40328603 ttcccatccccatgaatcttccctaaaaggcaccaacccttttcccaagaaccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 40328504  T
Q  201 ctcaaagaccct 212  Q
    | ||||||||||    
T  40328503 cccaaagaccct 40328492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4283448 - 4283219
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  4283448 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaaccaagtttctcacaaaagactttccactcatgtgt 4283349  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||                      |||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |    
T  4283348 ttcccaaccccatgaatctt----------------------tcccaaaagccccctcttttggttctccaagatccacatcttgaagctttgaacctca 4283271  T
Q  201 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4283270 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 4283219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 69 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22976389 - 22976207
Alignment:
Q  69 agttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggtttt 168  Q
    ||||||||||||  |||||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| |    
T  22976389 agttgctcacaatagactcttcactcatgtgttttc-aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagcctcctcttttggttct 22976291  T
Q  169 ccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  22976290 ccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttcactcctttg 22976207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 60 - 252
Target Start/End: Original strand, 2999823 - 3000016
Alignment:
Q  60 actcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatctt-ctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctc 158  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| | ||||||| |||||||| | | |||||||  ||||||    
T  2999823 actcgcccaagttgctcacaattgactctctactcatgtgtttctcatccccatgaatctttccccaaaagacaccaaccatat-cccaagaaccccctc 2999921  T
Q  159 ttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  2999922 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaattccctaaaagttctctcctttg 3000016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 40585648 - 40585407
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  | || |||    
T  40585648 aagagaaccaacccttagtctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtctaccaatactcacccaaattgctcacaaa-gactctcctttgatgtgt 40585551  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    || | |||||||||||||| || ||||||| || ||||||| | |  ||||| || |||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||     
T  40585550 tttcaaaccccatgaatctctcaccaaaagacatcaaccctctccaaaagagcccactcttttgattctcaaatattcacatcttgaagctttgaacctc 40585451  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaagtt 242  Q
    |  ||||||| || | |||||| |||||||| || |||||||||    
T  40585450 aaccaaagactcttaacctttagtatctaaatactctaaaagtt 40585407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 18655317 - 18655246
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaa 80  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18655317 caacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcaccgaagttgctcacaa 18655246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 181
Target Start/End: Original strand, 9633817 - 9633959
Alignment:
Q  37 atcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaa 136  Q
    |||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||||| |||||   |||||||| |||||    
T  9633817 atcttctcgtttggtttcctaagattcacccaagttgctcacaaatgactctcatcttatgtgtttaccaaccccattaatctctcccaaaaggtaccaa 9633916  T
Q  137 cccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacat 181  Q
    || ||||  ||||||  || ||||||| || | ||||||||||||    
T  9633917 ccttttt--caagagcgccatcttttgattattcaagattcacat 9633959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 221
Target Start/End: Original strand, 3846103 - 3846281
Alignment:
Q  41 tctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccc 139  Q
    ||||||||||| ||  |||| | |||||| ||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |    
T  3846103 tctcttttggtatccaaagatttacccaatttgctcacaaa-gaatcttctctcatgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaagacaccaactc 3846201  T
Q  140 ttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagccttta 221  Q
    |||| ||||||| | | |||||||||| | ||||||||||||  ||||  |||||| || ||||||  ||||||| ||||||    
T  3846202 tttt-ccaagag-ctcttcttttggttcttcaagattcacattatgaacctttgaatctcactcaagaaccctcaaccttta 3846281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 156 - 252
Target Start/End: Original strand, 20686456 - 20686552
Alignment:
Q  156 ctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaa-aaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||| ||||| | |||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  20686456 ctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacttcac-caaagatcctcaacatttagtatctaagtaccctgaaagttccctcctttg 20686552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 33655549 - 33655628
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||| | ||  |||| |||||||| |||||||||||    
T  33655549 aagagaaccaacccttaacctttgattt-tctaaggatcttctcttttgttctcctaagattcacccaaattgctcacaaa 33655628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 40535713 - 40535538
Alignment:
Q  62 tcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaa-tcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctctt 160  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||| | |||||| | || ||||||||||| ||||||||| | |||||  ||||||||    
T  40535713 tcacctaagttgctcacaa-tgactcttctctcatgtgttttccaatcacatgaacttttatccaaaaggcatcaacccttt-ctcaagaaccccctctt 40535616  T
Q  161 ttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaa-accctaaaa 239  Q
    |||||| |  ||||| |||| ||||||  ||||||||  || |||||||| |||  ||||| |||||||| |||||||||    
T  40535615 ttggttctaaaagatccacaacttgaaactttgaacc--acccaaagaccatcaatctttagtatctaaataccctaaaa 40535538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 104 - 145
Target Start/End: Original strand, 3817679 - 3817721
Alignment:
Q  104 ccaaccccatgaatctt-ctccaaaaggcaccaacccttttcc 145  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3817679 ccaaccccatgaatctttctccaaaaggcaccaacccttttcc 3817721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 141 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 10020224 - 10020151
Alignment:
Q  141 tttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctca 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||   |||||| || ||  |||||||||||    
T  10020224 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatattgatcatttgaatctcacctaaagaccctca 10020151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Original strand, 80530 - 80778
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  80530 agaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatctactcttttagtttcccaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccgctcatgtgtttc 80629  T
Q  104 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactc 203  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |    
T  80630 ccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcaaatcttgaagctttgaacctcaccc 80729  T
Q  204 aaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 252  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  80730 aaagaccctcaacctctagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 80778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 18245 - 18477
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgt 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  18245 aagagaaccaactcttagtctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcactcaagttgctcacaaataactctccactcatgtgt 18344  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaacctt 199  Q
    || | |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  18345 tttc-aacctcatgaatcttcccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 18443  T
Q  200 actcaaagaccctcagcctttattatctaaaacc 233  Q
    || ||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  18444 acccaaagacccgcaacctttagtatctaaaacc 18477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 258
Target Start/End: Original strand, 490694 - 490946
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcc 104  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| ||||  || | |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||  | || |||||||    
T  490694 gaaccaatccgtagcttttgatttc-ctaatgatatactcttttggtctcgtaagactcgcccaagttgctcataaaa-actctcctttgatgtgtttcc 490791  T
Q  105 caaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactc 203  Q
    ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  490792 caatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctct-ccaaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 490890  T
Q  204 aaagaccctcagcctttattatcta-aaaccctaaaagttccctcctttgcttctc 258  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  490891 aaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 490946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Original strand, 1671 - 1901
Alignment:
Q  21 tttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccgctcatctgtttcccaaccccatgaatct- 119  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||   | || |||||| ||||  |||||||||     
T  1671 tttgatttc-ctaaggatcttctcttttgatctcccaagactcgcccaagttgctcacaa-tgactctcatatgatgtgtttctcaactacatgaatctc 1768  T
Q  120 tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagacccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagttttgaaccttactcaaagaccctcagcctt 219  Q
    ||  |||||| |||||| |||   |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| | || || |||||||| ||| ||||    
T  1769 tccacaaaagacaccaagcctcg-cccaagagtcccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttggagctcacccaaagaccttcaacctt 1867  T
Q  220 tattatctaaa-accctaaaagttccctcctttg 252  Q
    || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  1868 tagtatctaaataccctaaaagttctctcatttg 1901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University