View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11655_high_1 (Length: 1155)

Name: NF11655_high_1
Description: NF11655
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11655_high_1
NF11655_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (169-1145)||(9769270-9770246)
chr6 (21-128)||(9770300-9770407)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 925; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 925; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 169 - 1145
Target Start/End: Complemental strand, 9770246 - 9769270
Alignment:
Q  169 ttttgtatcaagttatattaacttggcctattcttggtttacactaatgtcagtgtttgatgcttaagccaattcttgcgagtactaatcaaattgaatg 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9770246 ttttgtatcaagttatattaacttggcctattcttggtttacactaatgcaagtgtctgatgcttaagccaattcttgtgtgtactaatcaaattgaatg 9770147  T
Q  269 ccacatatcaacaaagcttcaaaaaagtaacaacaataattataagcattacaaataccattcttcacattattcaaatctacaattccattaacagatt 368  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9770146 ccacatatccacaaagcttcaaaagagtaacaacaataattataagcattacaaataccattcttcacattattcaaatctacaattccattaacagatt 9770047  T
Q  369 atcaaaattacaaccaaattccaaaataaaaccatctcaattttttcttctcattcaaatattccaaatcacacttgcaactccaatgtttaaaattttc 468  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  9770046 atcaaaattacaaccaaatttcaaaataaaaccatctcaattttttcttctcattcaaatattccaaatcacacttgcaactccaatgttttgaattttc 9769947  T
Q  469 atataacttcaagcacaactgaatttatcagcaattatctataagaccaaagatcacgacatattcgtaatcgtgactgcaatttaaaaccctccagcta 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769946 atataacttcaagcacaactgaatttatcagcaattatctataagaccaaagatcacgacatattcgtaatcgtgactgcaatttaaaaccctccagcta 9769847  T
Q  569 actctatttttagagtatagccaaagacatcagacaaccacataaatcgtatttatctgcaattctctgtaataccaaagatcacgacataatcttaatc 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769846 actctatttttagagtatagccaaagacatcagacaaccacataaatcgtatttatctgcaattctctgtaataccaaagatcacgacataatcttaatc 9769747  T
Q  669 gcgattgtaacagcaatttaaaccctccaactaactcgattgctaaagaacagccaaaggcattgaatgatcgaaactacctcttagcgcacgagttcta 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769746 gcgattgtaacagcaatttaaaccctccaactaactcgattgctaaagaacagccaaaggcattgaatgatcgaaactacctcttagcgcacgagttcta 9769647  T
Q  769 ctactcatcttcttcttcatcgtcatcacacttccgctttcaacttttctcccaaaaggaatcttagaaggtgcagatggtggtttttcacccaaacctt 868  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769646 ctactcatcttcttcttcatcgtcatcacacttccgctttcaacttttctcccaaaaggaatcttagaaggtgcagatggtggtttttcacccaaacctt 9769547  T
Q  869 ccctactggcaccaccattaacaagtatccttgtaatcccaacatagttcaatgactcaacaatttgcaaagcactaacacctttattagtccttgcttc 968  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769546 ccctactggcaccaccattaacaagtatccttgtaatcccaacatagttcaatgactcaacaatttgcaaagcactaacacctttattagtccttgcttc 9769447  T
Q  969 aacatcagcacctttcttaaccaaaaactcagtcacatcagcatgtcctgattcagcagcacaatgcaaagccgtataaccatcttcatcttttgcatcc 1068  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9769446 aacatcagcacctttcttaaccaaaaactcagtcacatcagcatgtcctgattcagcagcacaatgcaaagctgtataaccatcttcatcttttgcatcc 9769347  T
Q  1069 aaatcaatacctttctccacaagaaatctaacagcgtccattcttcctttgaatgcagccctatgaagtgatgtcca 1145  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9769346 aaatcaatacctttctccacaagaaacctaacagcatccattcttcctttgaatgcagccctatgaagtgatgtcca 9769270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 9770407 - 9770300
Alignment:
Q  21 tgagcaactcgtggatcacactagagtggattggacctccgcagaggtcctatttcgattcgtccttgccatgtccggaacagtgttacacaaataaatt 120  Q
    |||||| |||||||||||| |||| || |||||||| |||| |||||||| |||| |||||| ||| ||||||| ||||||| | || ||||||||||||    
T  9770407 tgagcagctcgtggatcactctagggtcgattggacttccgtagaggtccgatttggattcgccctggccatgtacggaacaatattgcacaaataaatt 9770308  T
Q  121 aactataa 128  Q
    ||||||||    
T  9770307 aactataa 9770300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University