View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11658_high_2 (Length: 810)

Name: NF11658_high_2
Description: NF11658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11658_high_2
NF11658_high_2
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-671)||(42131580-42132248)
chr1 (335-576)||(44022063-44022304)
chr1 (1-266)||(32922568-32922832)
chr1 (323-576)||(30939605-30939859)
chr1 (1-158)||(24428082-24428236)
chr1 (133-266)||(44021823-44021952)
chr1 (321-426)||(32922934-32923039)
chr1 (106-234)||(43896034-43896162)
chr1 (330-521)||(43896304-43896499)
chr1 (474-576)||(32924064-32924167)
chr1 (73-111)||(12970652-12970690)
chr1 (622-659)||(22069947-22069984)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (321-668)||(15609969-15610318)
chr6 (327-611)||(5827435-5827724)
chr6 (6-240)||(15609655-15609888)
chr6 (278-325)||(15609892-15609939)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (321-609)||(26754738-26755027)
chr7 (323-671)||(23039961-23040312)
chr7 (1-266)||(22910668-22910931)
chr7 (323-671)||(22911035-22911385)
chr7 (1-266)||(23040416-23040680)
chr7 (1-266)||(13596415-13596679)
chr7 (326-576)||(13596782-13597034)
chr7 (376-570)||(23586109-23586304)
chr7 (323-576)||(48859305-48859558)
chr7 (1-266)||(48858937-48859201)
chr7 (6-235)||(26754383-26754611)
chr7 (441-659)||(15026339-15026555)
chr7 (393-453)||(3566482-3566542)
chr7 (540-602)||(18807508-18807570)
chr7 (467-555)||(26036831-26036920)
chr7 (270-311)||(48859218-48859259)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (323-609)||(18579487-18579774)
chr2 (1-325)||(5848627-5848963)
chr2 (325-570)||(15745565-15745811)
chr2 (14-311)||(18579820-18580128)
chr2 (323-611)||(5848995-5849284)
chr2 (44-266)||(15745917-15746139)
chr2 (325-555)||(33170921-33171151)
chr2 (1-266)||(33171255-33171518)
chr2 (60-240)||(40492519-40492694)
chr2 (22-264)||(5509637-5509872)
chr2 (325-577)||(36098665-36098917)
chr2 (323-576)||(30355296-30355556)
chr2 (123-240)||(19051246-19051363)
chr2 (329-575)||(19051440-19051690)
chr2 (619-671)||(18076783-18076835)
chr2 (76-155)||(32863194-32863272)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (1-266)||(20684899-20685163)
chr3 (35-266)||(53580816-53581047)
chr3 (323-671)||(52585532-52585882)
chr3 (323-586)||(53581148-53581412)
chr3 (323-671)||(20685267-20685623)
chr3 (324-574)||(39453063-39453313)
chr3 (91-325)||(52585914-52586161)
chr3 (323-523)||(4136253-4136451)
chr3 (1-266)||(8726385-8726645)
chr3 (1-266)||(9078272-9078532)
chr3 (388-576)||(8726809-8726997)
chr3 (388-576)||(9078696-9078884)
chr3 (147-266)||(4136023-4136142)
chr3 (6-129)||(4135906-4136028)
chr3 (268-311)||(4136157-4136200)
chr3 (626-663)||(3856601-3856638)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (324-671)||(32295765-32296113)
chr5 (330-671)||(17237344-17237687)
chr5 (1-325)||(17237730-17238068)
chr5 (1-266)||(32296214-32296470)
chr5 (270-554)||(20174362-20174655)
chr5 (622-671)||(20174724-20174773)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (126-554)||(9604975-9605407)
chr8 (1-266)||(10259923-10260187)
chr8 (321-576)||(10260289-10260545)
chr8 (402-671)||(17834284-17834555)
chr8 (1-233)||(17834555-17834786)
chr8 (35-266)||(8783058-8783293)
chr8 (102-264)||(16912601-16912763)
chr8 (329-587)||(8783417-8783687)
chr8 (467-591)||(8871843-8871968)
chr8 (22-114)||(16912812-16912902)
chr8 (270-325)||(10260204-10260259)
chr8 (270-307)||(8783324-8783361)
[»] scaffold0913 (2 HSPs)
scaffold0913 (323-671)||(3404-3755)
scaffold0913 (1-265)||(3068-3329)
[»] scaffold0898 (2 HSPs)
scaffold0898 (323-671)||(1846-2197)
scaffold0898 (1-265)||(2272-2533)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-325)||(48026388-48026724)
chr4 (323-671)||(48026004-48026356)
chr4 (421-609)||(39774818-39775009)
chr4 (484-586)||(18570323-18570425)
chr4 (620-669)||(18570239-18570288)
chr4 (328-424)||(15017233-15017329)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 671
Target Start/End: Original strand, 42131580 - 42132248
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42131580 ttattttcaaagtattacatgatttatctaagaaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 42131679  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  42131680 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggca---tgcacgtaggttttgcaatacatcttgtgcaca 42131776  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattgacagctttctaatagagtgggaacatgagtttgta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42131777 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatagatcaaaccagctaaaagaggatttaagtgcaatattgacagctttctaatagagtgggaacatgagtttgta 42131876  T
Q  301 taagggatgatccatacacatttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42131877 taagggatgatccatacacatttgtgaggtacatgttggcgaaactcttggattgttatcaactttcgaatgggttcatcaattacacttgtgacctatc 42131976  T
Q  401 gattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatct 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42131977 gattttgagcttggtgccaaaaaagtggtggatagtttttcatctgcacatcaggatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatct 42132076  T
Q  501 ttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||    
T  42132077 ttgaacaatattatatcaactctagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaaggtgaccacatcttcatctagttt 42132176  T
Q  600 tcaaattttggtnnnnnnncatattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
     |||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42132177 ccaaattttggtaaaaaaacatattgtattgaacacattttaaataatgaaatgatataagcttatttcctt 42132248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 335 - 576
Target Start/End: Original strand, 44022063 - 44022304
Alignment:
Q  335 gttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggata 434  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  44022063 gttggcgaagctcttggactgttatcagctttagaatgggttcatcacttacacttgggacctatc-attttgaacttgatgccaaaaaagtggtggatg 44022161  T
Q  435 atttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtt 533  Q
     |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  44022162 gtttttcatctgcacattaggatgttacataatttgggatgattatccataattgcaaaactatctttgaacaatactatgtcaactctagtgttgagtt 44022261  T
Q  534 tatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    | |||| ||||||||||||||| || | |||||||||| ||||    
T  44022262 tgtgagaagacaaacaaatgagacagctcatagattagttaag 44022304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 32922568 - 32922832
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||| | ||| || |    
T  32922568 ttatcttcaaagcattacacgatttatctaaggaa-gatgtgcctttattttgttgtgtgttgtggagtatttgaaaacaaagaaacaatagagtatgaa 32922666  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||| ||||| || || | |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  32922667 atgaggtagttgatgcttaagtatatgttgtggagagagtaaaatctatgtttcatgattggtaagatgcatgtaagatttgtaatacatcatgtgcaca 32922766  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || || ||  ||||||||||||||||||    
T  32922767 accgcgacaagtaggaaatgtgaaatggatcaaaccaactgaaggaatatttaagtgcaatattga 32922832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 323 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 30939859 - 30939605
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||| |||||| | || |||||  |||||||||   ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30939859 tgtgaggtatatgttgacaaagctcttttattgttatccgttttagaataggttcatcaattacacttgagacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 30939760  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30939759 aagtgatgaacaatttttcatctgcacatcaagatgttacaaaatttgggatgattattcataattttaaaactatctttgatcaatattataccaactc 30939660  T
Q  523 tagt-gttagtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    || |  | ||||| ||| |||| ||  |||||||| |||| |||||||| |||||    
T  30939659 taataatgagtttgtgatgagataagaaaatgaggtaacctatagattaactaag 30939605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 24428236 - 24428082
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||  |||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  24428236 ttattttcaaagcattacatgatttatctaaggaa-gatgcggctttattttgttgtgt--tgtggagtatctgaaaacaaagaaacaataaagtgtgga 24428140  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatga 158  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  24428139 atgaggtagttgatgctaaagtttatgttgtggagagaataaaagctatgcttcatga 24428082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 133 - 266
Target Start/End: Original strand, 44021823 - 44021952
Alignment:
Q  133 gagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatca 232  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||    ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  44021823 gagagagcaaaagttatgcttcacgatt----agatgcacgtaggatttgtaatacatcttgtgcacaaccgctgcaagaaggaaatgtgaaatggatca 44021918  T
Q  233 aacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||| |||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  44021919 aaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattga 44021952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 321 - 426
Target Start/End: Original strand, 32922934 - 32923039
Alignment:
Q  321 tttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaa 420  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| |||| | ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  32922934 tttgtgatgtacatgttggcgaaacttttggattgttatcagctttagaattgattcatcaattacattttgaacctatcgattttgagcttgatgccaa 32923033  T
Q  421 aaaagt 426  Q
    ||||||    
T  32923034 aaaagt 32923039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 234
Target Start/End: Original strand, 43896034 - 43896162
Alignment:
Q  106 gtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgc 205  Q
    ||||||||| || || |||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||| ||||| | ||||    
T  43896034 gtaattgatgctaaagtttatgttgttgagagcacaaaagctacacttcatgattgacaagatgcatgtaggatatgtaatacatctcgtgcatagccgc 43896133  T
Q  206 gacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaa 234  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  43896134 gacaagaaagaaatgttaaatggatcaaa 43896162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 330 - 521
Target Start/End: Original strand, 43896304 - 43896499
Alignment:
Q  330 tacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattt-tgagcttgatgccaaaaaag--- 425  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||| |||   |||| ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||  ||| |||  ||||||| ||||||        
T  43896304 tacatgttggtgaaactcttggcttgatattagctttagaatgagtttatcaattacacttgggacatatctttttctgaaattgatgcaaaaaaaaaaa 43896403  T
Q  426 tggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaact 521  Q
    || || || |||||||| ||||||||||  ||| || | | ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43896404 tgatgaatgatttttcaactgcacatcataatgctataaagtttggaatgattattcataattgtaaaactatctttgaacaatattatatcaact 43896499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 474 - 576
Target Start/End: Original strand, 32924064 - 32924167
Alignment:
Q  474 tgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagc 572  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | |  ||||||  ||||||| |||| ||||||||| |    
T  32924064 tgattatccttaattgtaaaactatctttgaacaatatcatgtcaactctagtgttgagtttgtaaaaagacaagtaaatgagacaactcatagattaac 32924163  T
Q  573 taag 576  Q
    ||||    
T  32924164 taag 32924167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 111
Target Start/End: Original strand, 12970652 - 12970690
Alignment:
Q  73 tggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaatt 111  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12970652 tggaaacaaagaaataacaaagtgtggaatgaggtaatt 12970690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 622 - 659
Target Start/End: Original strand, 22069947 - 22069984
Alignment:
Q  622 attgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataa 659  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  22069947 attgtattgaacacattttaaataatgaaatgctataa 22069984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 321 - 668
Target Start/End: Original strand, 15609969 - 15610318
Alignment:
Q  321 tttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaa 420  Q
    |||||||| |||||||||| |||  ||||| |||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15609969 tttgtgagctacatgttggtgaagatcttggattgttatcagctttagaatgagttcatcacttacacttaggacctatcgattttgagcttgatgcgaa 15610068  T
Q  421 aaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaac 520  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  15610069 aaaagtggtggatagtttttcatctgcacatcaggatgttacagaatttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatactatgtcaac 15610168  T
Q  521 tctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggtnnnnnnnc 619  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | | || |||||| |       |    
T  15610169 tctagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaatgaggtagcccatagattagctaagacgaccacatcctcaactagtatccagattttgatagaaacac 15610268  T
Q  620 -atattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttc 668  Q
     | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  15610269 tagattgtattgaacacattttaagtaatgaaatgatataaacttctttc 15610318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 327 - 611
Target Start/End: Original strand, 5827435 - 5827724
Alignment:
Q  327 aggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagt 426  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||||||||  || | ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5827435 aggtacatgttggcaaagctcttggattgttatcagctatggaaagggttcatcaattacatttgggacctatcgattttgagtttgatgccaaaaaagt 5827534  T
Q  427 ggtggataa----tttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    | ||||||     |||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5827535 gatggatatatagtttttcatttgcacgtcaggatgttacaaaatttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 5827634  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt 611  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||| || |||| || ||| ||| ||| || ||||||||    
T  5827635 tagtgttgagtttgtaaggagacaagcaaatgaggcagctcatacattagctaaggaggccacgtcttcagctagtttccagattttggt 5827724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 240
Target Start/End: Original strand, 15609655 - 15609888
Alignment:
Q  6 ttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgag 105  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||  | |||||||||| |||||||||| || ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  15609655 ttcaaagcattacaagatttatctaaggac-gatacgactttattttgttgtgtgttgtagagtatctggaaatagagaaacaacaaagtgtggaatgag 15609753  T
Q  106 gtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgc 205  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  || || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15609754 gtagttgatgctcaagtttatgttgtcgagagagtaaaagttatgcttcatgattggcaagatgcacgttggatttttaatacatcttgtgcacaaccgc 15609853  T
Q  206 gacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15609854 gacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagct 15609888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 325
Target Start/End: Original strand, 15609892 - 15609939
Alignment:
Q  278 tagagtgggaacatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  15609892 tagagtgggaatatgagtttgtataagggatgatacatgcacttttgt 15609939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 3e-93; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 321 - 609
Target Start/End: Original strand, 26754738 - 26755027
Alignment:
Q  321 tttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  26754738 tttgtgaggtacatgttggcgaagctcttggattgttatcagctttagaatgggttcatcaattacacttgggacctatcgattttgaacttgatgccaa 26754837  T
Q  421 aaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaac 520  Q
    ||| |||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26754838 aaaggtggtgaatagtttttcatcggcacatcaggatgttacataatttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaac 26754937  T
Q  521 tctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttg 609  Q
    | ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| ||| ||| |||| | ||||||    
T  26754938 tatagtgttgagtttgtgaggagacaagcaaatgaggcagcccatagattatctaaggcggccacatcctcaactagtttttagattttg 26755027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 23040312 - 23039961
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || | ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23040312 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttggattgttatcatctatggaatgggttaatccattacacttgggacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 23040213  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23040212 aagtggtggacagtttttcatctacacatcaggatgttacagaatttgcgatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactc 23040113  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggaga-caaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnnc 619  Q
    ||||||| ||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| | | | | |||||| ||||||||        |    
T  23040112 tagtgttgagtttgtaaggagaccaagcaaatgaggcagcccatagattaactaaggaggccacatctttagcaagttttcagattttggtagaaatacc 23040013  T
Q  620 atattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  23040012 atattatattaaacacattttaagtaatgaaatgatataagcttatttcctt 23039961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 22910668 - 22910931
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  22910668 ttattttcaaagcattacatgatttatctaatgaa-gatgcagctttattttgttgtgtgttgtggagtatatagaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 22910766  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  22910767 atgaggtaattgatactcaagcctatgtagtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcacgtaggtttcgtaatacttcttgtgcaca 22910866  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  22910867 tccg-gacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattga 22910931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Original strand, 22911035 - 22911385
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  22911035 tgtgaggtacatgttggcgaagctcgtagattgttatcagctttggaatgggttcatcaattacatttgggatttatcgattttgagcttgatggcaaaa 22911134  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22911135 aagtggtggatagtttttcatctgtacgtcaggatgttacagaatttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactc 22911234  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttgg-tnnnnnnnca 620  Q
    |||| || ||||| | ||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||| || |||||||         ||    
T  22911235 tagttttgagtttgtaaggagacaagcaaatgagggaggccatagattagctaaggaggccacatcttcatctagtttccagattttggcagaaatatca 22911334  T
Q  621 tattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
     ||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22911335 gattatattgaacacattttaagtaataaaatgatataagcttatttcctt 22911385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 23040680 - 23040416
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23040680 ttattttcaaagcattacaggatttatctaatgaa-gatgcagctttattttgttgtgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 23040582  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23040581 atgaggtaattgatactcaagtctatgttatggagagagcaaaagttatccttcatgattggcaagatgcacgtaggtttcgtaatacatcttgtgcaca 23040482  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||  |||| |||||||||||||    
T  23040481 tccgcgacaagaaggaaatgtgaaatgaatcaaaccagctcaaggaagattttagtgcaatattga 23040416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 13596415 - 13596679
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  13596415 ttatcttcaaagtattacatgatttatctaaggat-gatgcaactttattttgttgtgtgttgtggactatgtggaaacaaagaaacaacagagtgtggg 13596513  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13596514 atgaggtaattgatgctccagtttatgttgttgagagagaaaatgttatgcttcatgattggcaagatgcatgtaggatttgtaatacatcttgtgcaca 13596613  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||  ||||||||||||||||||    
T  13596614 gttgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaagccagttaaaggaagatttaagtgcaatattga 13596679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 326 - 576
Target Start/End: Original strand, 13596782 - 13597034
Alignment:
Q  326 gaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgc-caaaaaa 424  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13596782 gaggtacatgttggcgaagctcttggactgttatcagctttagaatgggttcatcagttacacttgggacctatcgattttgagcttgatgctaaaaaaa 13596881  T
Q  425 gtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactcta 524  Q
    || || |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  13596882 gttgtagatagtttttcctctgcacatcaggattttacagaatttgggatgataattcataattgtaaaactatctttgaacaatactatgtcaactcta 13596981  T
Q  525 gtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13596982 gtgttgagtttgtgaggagacaagcaaatgaggcagcccctagattagctaag 13597034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 376 - 570
Target Start/End: Original strand, 23586109 - 23586304
Alignment:
Q  376 tcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatg 475  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  23586109 tcattaattacacttgagacctatcaattttgagcatgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacaaagtttgggatg 23586208  T
Q  476 attatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagatta 570  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23586209 attattcataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaaccttaatgttcagtttgtgaggagacaaacaaatgagacaacccatagatta 23586304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 323 - 576
Target Start/End: Original strand, 48859305 - 48859558
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| || |  ||||| ||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48859305 tgtgaggcacatgttggcgaagctctaga-tgattatcaactttagaatgagtttattaattacacttgagacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 48859403  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48859404 aagtgatggatattttttcatctgcacatcaggatgttgcagaatttgggatgattattcataattgtaaaactatctatgaacaatattatatcaactc 48859503  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||    
T  48859504 tagtgttgagtttgtgaagagacaagcaaataaggcagtctatagactagctaag 48859558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 48858937 - 48859201
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||   ||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||| |  |||||    
T  48858937 ttatcttcaaagcattacatgatttatctaaggaa-gatgcaactttatttgactgtgtgttgtggagtatttgaaaacaaagaaaaaacagatcgtgga 48859035  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  48859036 atgaggtaattgatgctcaagtttatgttgttgagagaggaaaaattatgcttcatgattggcatgatgcaagtaggatttgtaatacatcttgtgcata 48859135  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||  ||||||||||||||||||    
T  48859136 accacgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccaactgaaggaagatttaagtgcaatattga 48859201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 235
Target Start/End: Original strand, 26754383 - 26754611
Alignment:
Q  6 ttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgag 105  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||  ||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26754383 ttcaaagcattacaagatttatctaaagaa-gatgcagctttattttgttgtgtattgtggcgtatctagaaacaaagaaataacagagtgtggaatgag 26754481  T
Q  106 gtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgc 205  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| || ||| |||||||| |||    
T  26754482 gtaattgatgatcaagtttatgttgtggagagagcaaaagttacgcttcatgattgacaagatgcacgtaggatttgtaacacgtctcgtgcacaatcgc 26754581  T
Q  206 gacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaac 235  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  26754582 gacaagaaagaaacgtgaaatgaatcaaac 26754611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 441 - 659
Target Start/End: Original strand, 15026339 - 15026555
Alignment:
Q  441 catctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtg-ttagtttatgag 539  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| | ||    
T  15026339 catctgcacgtcaggatgttacataatttgggatgattatccatatttgttaaactatctttgaacaatattatgtcaactctagtgctgactttgtaag 15026438  T
Q  540 gagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnncatattgtattgaacccatt 638  Q
    ||||||| ||    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| ||| || ||||||||        || |||||||||||| ||||    
T  15026439 gagacaagca----aggcagcccatagattagctaaggaagccacatcttcagctagtttccagattttggtagaaataccagattgtattgaacacatt 15026534  T
Q  639 ttaaataatgaaatgatataa 659  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  15026535 ttaagtaatgaaatgatataa 15026555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 393 - 453
Target Start/End: Original strand, 3566482 - 3566542
Alignment:
Q  393 gacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatca 453  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3566482 gacctatcgaatttgagcttgatgttaaaaaagtggtagatagtttttcatctgcacatca 3566542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 540 - 602
Target Start/End: Original strand, 18807508 - 18807570
Alignment:
Q  540 gagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttca 602  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  18807508 gagacaaacaaatgaggcaactcacgcattagctaagacaaccacatgatcaactaattttca 18807570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 26036920 - 26036831
Alignment:
Q  467 tttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgag 555  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||||| | ||||  |||||| ||||||| || || ||||||||||||    
T  26036920 tttgggatgattatccataagtgtagaactattttcaaacaatattatgttaacttcagtgttgagtttataagaaggcaaacaaatgag 26036831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 270 - 311
Target Start/End: Original strand, 48859218 - 48859259
Alignment:
Q  270 ctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataagggatgat 311  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  48859218 ctttctaatagagtgagaataagagtttgtataagggatgat 48859259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 323 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 18579774 - 18579487
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18579774 tgtgaggtacatgtttgcgaagctcttggattgttatcagctttggaatgagttcatcaattacacttgggacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 18579675  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||     
T  18579674 aagtggtggatagtttttcatctgcacgtcaggttgttacagaatttgggatgataatctataattgtaaaactatcttagaacaatattatgtcaactt 18579575  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttg 609  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||| || ||||||    
T  18579574 tagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaatgaggcagcccatagattagctaagtaggccacatcttcagctagtttccagattttg 18579487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Original strand, 5848627 - 5848963
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||   |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  5848627 ttatcttcaaagcattacatgatttatctaatgac-gatgcatctttattttgttgtgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacagagtgtgaa 5848725  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||    
T  5848726 atgaggtaattgatgctccagtttatgttgtcgagagagcaaaagttatgcttcatgattggcaagatgcacataggatttgtaatacatcttgtgcaca 5848825  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga-------------cagctttctaatagagtggga 287  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||    
T  5848826 tttgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaactagctgaaggaagatttaagtgcaatattgatgcttctttctcccagctttctaatagagtggga 5848925  T
Q  288 acatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    | | ||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||    
T  5848926 ataggagtttgtataagagatgatacatgcacttttgt 5848963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 325 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 15745811 - 15745565
Alignment:
Q  325 tgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaa 424  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  15745811 tgaggtgcatgttggcgaagctcttagattgttatcagctttggaatgggttcatcaattacacttgggatctatcgattttgagcttgatgccaaaaac 15745712  T
Q  425 gtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactcta 524  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  15745711 gtggtggatagtttttcatctgcacgttaggatgttacagaatttgggatgattatccataattgtaaaactatatttgaacaatattatgtcaactctt 15745612  T
Q  525 gtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagatta 570  Q
     |||| | ||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  15745611 atgttgaatttgtaaggagacaagcaaatgagacagcccatagatta 15745565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18580128 - 18579820
Alignment:
Q  14 attacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattga 113  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  18580128 attacaagatttatctaaggaa-gatgtggctttattttgttatgtgttgtggagtatatgcaaacaaagaatcaacaaagtgtggagtgaggtaattga 18580030  T
Q  114 tactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgta-atacatcttgtgcacaaccgcgacaaga 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||    |||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  18580029 tactcaagtttatgttgtggagca--caaaagttatgcttcatgattggcaagatgcacgtaggtttcgtatatacatcttgttcacagtcgcgacaaga 18579932  T
Q  213 aggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga-------------cagctttctaatagagtgggaacatgagtttgt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||  |||||| |||||||||||             |||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  18579931 aggaaatgtgaaatggatcaaaccagcgaaaggaagatttaaatgcaatattgatgcttctttctcccagctttctaatagagtgggaataggagtttgt 18579832  T
Q  300 ataagggatgat 311  Q
    ||||||||||||    
T  18579831 ataagggatgat 18579820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 323 - 611
Target Start/End: Original strand, 5848995 - 5849284
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| | | ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||  ||||||| || |    
T  5848995 tgtgaggtacatgttagcgaagctcttggactattaacaactttaaaatggattcatcacttacaattaggacatatcgattttgaatttgatgctaaga 5849094  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  5849095 aagtggtggataatttttcatctacacatcaggatgttacataatgtgggatgattatttataattataaaactatctttgaacaatgttatgtcaactc 5849194  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt 611  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||    ||||||| ||| ||| |||||| ||||||||    
T  5849195 tagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaatgaggcagctcatagattagctgaggcagccacatcctcaactagttttcagattttggt 5849284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 15746139 - 15745917
Alignment:
Q  44 ctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaa 143  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||   |||||||| |||||||||||    
T  15746139 ctttattttgttgtgtgttgtggaatatatggaaacaaagaaacaacaacgtgtagaatgaggtaattgatattaaagcctatgttgttgagagagcaaa 15746040  T
Q  144 aactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaa 243  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  15746039 aactatgtttcatgcttggcaagatgcacgtaggtttcgtaatacttcttgtgcacagttgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagttgaa 15745940  T
Q  244 agagaatttaagtgcaatattga 266  Q
     |   ||||||||||||||||||    
T  15745939 gggagatttaagtgcaatattga 15745917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 325 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 33171151 - 33170921
Alignment:
Q  325 tgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaa 424  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   ||| ||||| ||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171151 tgaggtacatgttggcgaagctcttggattgttatcagatttagaatgagtttatcaattacacttggttcctatcgattttgagcttgatgccaaaaaa 33171052  T
Q  425 gtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactcta 524  Q
      | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33171051 aagatggatagtttttcatctgcacatcaggatgttacagagttt-ggatgattattcataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactcta 33170953  T
Q  525 gtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgag 555  Q
    || || ||||  ||||||||||| ||||||||    
T  33170952 gttttgagttcttgaggagacaagcaaatgag 33170921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 33171518 - 33171255
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |||||||    
T  33171518 ttatcttcaaagccttacatgatttatctaaggaa-gatgtggttttgttttgctgtgtgttgtggagtatctgaaaacaaagaagcaacaa-gtgtgga 33171421  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||   |||| ||| ||||||| |||||||| |    
T  33171420 atggggtaattgatactcaactttatgttgttgagagagtaaaaactatgtttcatggttgacaagatgctcataggatttataatacaacttgtgcata 33171321  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    |||||||||||| | | || ||||| | ||||||| | |||||  |  |||||||| |||||||||    
T  33171320 accgcgacaagacgaatatttgaaacgaatcaaaccaactaaagaaatatttaagtacaatattga 33171255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 40492694 - 40492519
Alignment:
Q  60 gttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgat 159  Q
    |||||||| ||| || |||||||||||||||| | ||||     ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||    
T  40492694 gttgtggagtatatgaaaacaaagaaacaacagaatgtg-----aggtaattgatgctccattttatgttgtggagagagagaaaattatgcttaatgat 40492600  T
Q  160 tggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagct 240  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40492599 tggcaagatgcacgtaggatttgtaatacaccttgtgcacatccgtgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagct 40492519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 264
Target Start/End: Original strand, 5509637 - 5509872
Alignment:
Q  22 atttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaat 121  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||| |||||     
T  5509637 atttatctaaggaa-gatgcgtctttattttgttgtgtgttgtgaagtatctgaaaacaaagaaacaaga--gtgtggaatgaggtaatagattctcaag 5509733  T
Q  122 tttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgt 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    ||||| ||||| |||||| |||    ||||   ||||||||| ||||||    
T  5509734 tttatgttgttgagagagcaaaaactatgtttcagaattggcaagatataggtaggatttgtgatacatattg----caactctgacaagaagaaaatgt 5509829  T
Q  222 gaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatatt 264  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||  |||||| |||||||||    
T  5509830 gaaatggataaaactagctgaaagaagatttaaatgcaatatt 5509872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 325 - 577
Target Start/End: Original strand, 36098665 - 36098917
Alignment:
Q  325 tgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaa 424  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||| || ||||| |||||||| |||||  |||| ||   | ||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  36098665 tgaggtacatgttggggaaactgttaaattgttgtcaactttagaatgggt-catcatctacattttgaatctatttattttgagcttgatgcctaaaaa 36098763  T
Q  425 gtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactcta 524  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||| | | | | | || ||||| ||| || | |||||||| ||||||||||||||| | ||||  |    
T  36098764 gtggtagatagtttttcatatgcacatcaggatgttatagagtattgcattattattcatgattggaaaactatttttgaacaatattatgttaactaaa 36098863  T
Q  525 gtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaaga 577  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  36098864 gtgttgagtttatgagaagacaagcaaatgatgcaactcatagattagttaaga 36098917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 323 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 30355556 - 30355296
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    |||||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||    |||  |||||||||||||| || |||  |||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  30355556 tgtgaggtacttgttggcaaagttattgaattgttatgagttttaaaatgggttcatcaactatactcacgacctattgattttgaacttgatgccaata 30355457  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatga-ttatccataatcgtaaaactatcttt------gaacaatattata 515  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||       || ||||||||     
T  30355456 aagtggtggatagtttttcatttgcacatcatgatgttatatagtttgggatgatttattcaaaattgtaaaactatctttaaataataataatattatg 30355357  T
Q  516 tcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||| |||||  |||||| |||||||    
T  30355356 tcaa-tctagtgttgagtttgtgaagagacaagcaaatgaagcaacatatagatcagctaag 30355296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 123 - 240
Target Start/End: Original strand, 19051246 - 19051363
Alignment:
Q  123 ttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtg 222  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||| | ||  || |||||||||||||||||    
T  19051246 ttatgttgttgagagagcaaaagttatgcttcatgattgacaagatgctcgtaggatttgtaatacatcttgttcgcagtcgtgacaagaaggaaatgtg 19051345  T
Q  223 aaatggatcaaacaagct 240  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  19051346 aaatggatcaaaccagct 19051363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 329 - 575
Target Start/End: Original strand, 19051440 - 19051690
Alignment:
Q  329 gtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtg- 427  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| |||| | ||| ||||| ||||||  ||||||||||  |||||| | |||||||||| |||  ||||||        
T  19051440 gtacatgttagcgaaactcttggattgatatcaattttagaatgagttcattgattacacttggaacctattgtttttgagcttaatgtaaaaaaaaaaa 19051539  T
Q  428 ---gtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactcta 524  Q
       || |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||   ||||| ||    
T  19051540 aatgtcgatagtttt-catctgcacatcagaatgttacatagttcgggatgattattcataagtgtaaaactatatttgaacaatattacgacaactata 19051638  T
Q  525 gtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaa 575  Q
     |||| ||||| ||| |||||||  |||||| ||| || |||||||||||||    
T  19051639 atgttgagtttgtgaagagacaagaaaatgaagcagccaatagattagctaa 19051690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 619 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 18076835 - 18076783
Alignment:
Q  619 catattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  18076835 catattgtattgaacacactttaagtaatgaaatactataaacttatttcctt 18076783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 32863272 - 32863194
Alignment:
Q  76 aaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttca 155  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||  |||||||| | ||||||||    
T  32863272 aaacaaagaaacaataaagtttg-aatgaggtaattgatgctcaaacttatgttgtagatcgagcaaaatccatgcttca 32863194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 5e-86; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 20684899 - 20685163
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  20684899 ttattttcaaagcattacaagatttatctaaggaa-gatgcgactttattttgctgtgtgttatggagtatatggaaataaagaaacaataaagtgtgga 20684997  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  20684998 atgaggtaattgatattcaagtttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcacgtaggtttcgtaatacattttgtgcaca 20685097  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  20685098 gtcgcaacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattga 20685163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Original strand, 53580816 - 53581047
Alignment:
Q  35 aagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtgga 134  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53580816 aagatgtggctttattttgttgtgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaagtttatgttgtgga 53580915  T
Q  135 gagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaa 234  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53580916 gagagcaaaagctatgcttcatgattggcaagatgcacgtaggtttcgcattacatcttgtgtacagccgcgacaagaaggaaatgtgaaatgggtcaaa 53581015  T
Q  235 caagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    | |||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  53581016 ccagctcaaggaagatttaagtgcaatattga 53581047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 52585882 - 52585532
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| | | || ||  |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  52585882 tgtgaggtacatgttgacgaagctcttggactattgtcagctttagaatgggttcatcacttacacttgggacctatcgattttgagcttgatgttaaaa 52585783  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52585782 aagtggtggatagtttttcatctgcacatcaggatgttacagaatttgagatgattatttataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactc 52585683  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnnca 620  Q
    ||||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| ||| ||| ||| || ||||||||        |     
T  52585682 tagtgttgagttcgtgatgagacaagcaaatgaggcagcccatagattaactaaggcggccacatcctcagctagtttccagattttggtagaaatatcg 52585583  T
Q  621 tattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  52585582 gattgtattgaacacattttaagtaatgaaatgatataagcttctttcctt 52585532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 323 - 586
Target Start/End: Original strand, 53581148 - 53581412
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||| |||||    
T  53581148 tgtgaggtacatgttggtgaagctcttggattgttatcagctttggaatgggttcatcaattacacttgagaactatcaattttgagctagatgtcaaaa 53581247  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  53581248 aagtggtggatagtttttcatttgcacgtcaggatgttacaaaagttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactc 53581347  T
Q  523 tagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacat 586  Q
    |||| || ||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  53581348 tagttttgagtttgtaaggagacaagcaaatgaggcagcccatagattagataaggaggccacat 53581412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Original strand, 20685267 - 20685623
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  20685267 tgtgaggtacatgttggtcaagctcttggattgttatcaactttggaatggattcatcaattacacttgggaccaatcaattttgagcttgttgccaaaa 20685366  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaa------tattatat 516  Q
     ||||||||||| |||||||| ||| | ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      |||||| |    
T  20685367 cagtggtggatagtttttcatttgcgcgtcaggaagttacaaaatttgggatgattatccataattgcaaaactatctttgaacaatattattattatgt 20685466  T
Q  517 caactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnn 614  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| |        
T  20685467 caactctagtgttgagtttgtgaggagacaagcaaatgagacagcccatagattagctaaggagaccacatcttcagctagtttccaaattttgatagaa 20685566  T
Q  615 nnnncatattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
        || |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||    
T  20685567 ataccagattgtattgaacacattttaaatatcgaaatgatataagcttctttcctt 20685623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 324 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 39453313 - 39453063
Alignment:
Q  324 gtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaa 423  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||  |||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39453313 gtgaggtatatgttggcgaagctcttagattgttatcagctttagaatgg-ttcattaattacatttgagacctatcgattttgagcttgatgtcaaaaa 39453215  T
Q  424 agtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactct 523  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39453214 agtggtggatagtttttcatcagcacatcaagatattacaaaatttgggatgatgatccataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaactct 39453115  T
Q  524 agtgt-tagtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagcta 574  Q
    | |||  | ||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  39453114 aatgtggactttgtgaggagacaaacaaatgagtcagtccatagattagcta 39453063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 52586161 - 52585914
Alignment:
Q  91 aaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacat 190  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||||||||||||  |||| || |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||    
T  52586161 aaagtgtggaatgaggtaattgatgctccaatttatattgtcgagagagcaaaagttatgattgatgattggtaagatgcacgtaggatttgtaatacat 52586062  T
Q  191 cttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga-------------cagctttctaa 277  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||             |||||||||||    
T  52586061 cttgtgcacatccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattgatgcttctttctcccagctttctaa 52585962  T
Q  278 tagagtgggaacatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| || |||| |||||    
T  52585961 tagagtgggaataagagtttgtataagagatgatacagacacttttgt 52585914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 323 - 523
Target Start/End: Original strand, 4136253 - 4136451
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  4136253 tgtgaggtacatgttggcgaagctcttggattgttatcagctttagaatgggttcatcaattacatttgggacctatcgatttcgaggttcgtgccaaaa 4136352  T
Q  423 aagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactc 522  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||||  |||||  | | ||| |||||||||| |||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  4136353 aagtggtggatagtttttcatctccagatcagaatgtt--agagtttaggatgattattcatatttgtaaaactaccattgaacaatattatgtcaactc 4136450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 8726385 - 8726645
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||  |||| ||    
T  8726385 ttatcttcaaaatattaaatgatttaaataaggaa-gatgcggctctattttgttgtgtgttgtggattatctagaaacaaataaacaaca--gtgttga 8726481  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaact-atgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcac 199  Q
    | ||||||||||||  |||  ||| |||||| ||||||  ||||| | ||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  8726482 acgaggtaattgatgttcatgtttgtgttgttgagagaaaaaaaagttatgcttcatgactggcaagatgcacgtaggatttgtaatacatctcgtgcac 8726581  T
Q  200 aaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||||   |  | ||||||||||||||| |||||||| |||| || ||  |||||||||||| |||||    
T  8726582 aacc---atgataaggaaatgtgaaatagatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaaaattga 8726645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 9078272 - 9078532
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||  |||| ||    
T  9078272 ttatcttcaaaatattaaatgatttaaataaggaa-gatgcggctctattttgttgtgtgttgtggattatctagaaacaaataaacaaca--gtgttga 9078368  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaact-atgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcac 199  Q
    | ||||||||||||  |||  ||| |||||| ||||||  ||||| | ||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9078369 acgaggtaattgatgttcatgtttgtgttgttgagagaaaaaaaagttatgcttcatgactggcaagatgcacgtaggatttgtaatacatctcgtgcac 9078468  T
Q  200 aaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||||   |  | ||||||||||||||| |||||||| |||| || ||  |||||||||||| |||||    
T  9078469 aacc---atgataaggaaatgtgaaatagatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaaaattga 9078532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 388 - 576
Target Start/End: Original strand, 8726809 - 8726997
Alignment:
Q  388 cttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataat 487  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| | ||||||||| | |||| ||||||||| |||||     
T  8726809 cttgagacctatcgattttgagctagatgccaaaaaagtggtggatactttttaatcagcacattaggatgttacagagtttgtgatgattattcataag 8726908  T
Q  488 cgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
     |||||| |||||||||||| ||| || |||||||| | ||| |||| ||||||||| ||| ||||||| ||| | | ||||||| ||||    
T  8726909 tgtaaaattatctttgaacagtatcatgtcaactcttgagttgagttgatgaggaga-aaaaaaatgagacaatcgaaagattaggtaag 8726997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 388 - 576
Target Start/End: Original strand, 9078696 - 9078884
Alignment:
Q  388 cttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataat 487  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| | ||||||||| | |||| ||||||||| |||||     
T  9078696 cttgagacctatcgattttgagctagatgccaaaaaagtggtggatactttttaatcagcacattaggatgttacagagtttgtgatgattattcataag 9078795  T
Q  488 cgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
     |||||| |||||||||||| ||| || |||||||| | ||| |||| ||||||||| ||| ||||||| ||| | | ||||||| ||||    
T  9078796 tgtaaaattatctttgaacagtatcatgtcaactcttgagttgagttgatgaggaga-aaaaaaatgagacaatcgaaagattaggtaag 9078884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 147 - 266
Target Start/End: Original strand, 4136023 - 4136142
Alignment:
Q  147 tatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaaga 246  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  4136023 tatgtttcatgattggcaagatgctcgtaagatttgtaatatatcttgtccacagccgtgacaagaaggaaatgtgaaatggaccaaacaagctgaagga 4136122  T
Q  247 gaatttaagtgcaatattga 266  Q
      ||||||||| ||||||||    
T  4136123 agatttaagtgtaatattga 4136142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 129
Target Start/End: Original strand, 4135906 - 4136028
Alignment:
Q  6 ttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgag 105  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    ||||||| | ||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  4135906 ttcaaagccttacatggtttatctaaggaa-gatgccattttatttggttgtgtgttgtgtagtatctggaaacaaagaatcaacaaagtgttgaatgag 4136004  T
Q  106 gtaattgatactcaattttatgtt 129  Q
    | ||||||| |||||  |||||||    
T  4136005 gaaattgatgctcaagcttatgtt 4136028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 311
Target Start/End: Original strand, 4136157 - 4136200
Alignment:
Q  268 agctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataagggatgat 311  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  4136157 agctttctaatagagtgggtataagagtttgtataagggatgat 4136200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 626 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 3856638 - 3856601
Alignment:
Q  626 tattgaacccattttaaataatgaaatgatataaactt 663  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3856638 tattgaacacattttaaataatgaaatgttataaactt 3856601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 324 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 32296113 - 32295765
Alignment:
Q  324 gtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaa 423  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  32296113 gtgaggtacatgttggcgaagctcttggattgttatcatttttggaatgagttcatcaattacacttgggacctatcgattttgagattgttgcaaaaaa 32296014  T
Q  424 agtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactct 523  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  32296013 aatggtggatagtttttcatctgcacgtcaagatgttgcagaatttgggatgattatccataattgtaaaactatctttgaacaatatcatgtcaactct 32295914  T
Q  524 agtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnncat 621  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||| ||| ||| ||| || |||||| |        ||     
T  32295913 agtgttgagtttgtgagaagacaaacaaatgaggc-agccatagattagctaaggataccacatcttcagctagtttccagattttgatagaaatatcag 32295815  T
Q  622 attgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  32295814 attgtattgaacacatttttagtaatgaaatgatataagcttctttcctt 32295765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 330 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 17237687 - 17237344
Alignment:
Q  330 tacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggt 429  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  17237687 tacatgttgacgaagttcttgaactgttatcagctttagaatgggttcatcacttacacttgggacctatcgattttgagcttgacgctagaaaagtggt 17237588  T
Q  430 ggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt 529  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  17237587 ggatagtttttcatctccacatcatgatgttacagaaattgggatgattattcataactgtaaaactatctttaaacaatactatgtcaactctagtgtt 17237488  T
Q  530 -agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnncatattgta 627  Q
     ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||| || |||| || ||||||| ||| ||| ||| || ||||||||        || ||| ||    
T  17237487 gagtttgtgaggaggcaaacaaatgaggcagcacatagataagttaaggaggccacatcctcagctagtttccagattttggtataaataccagattata 17237388  T
Q  628 ttgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  17237387 ttgaacacattttaagtaatgaaatgatataagcttctttcctt 17237344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17238068 - 17237730
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||  |||||| |||||||||||| || ||||   |||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17238068 ttatcttcaaaacattacaagatttatctaag-aaggatgcaactttattttgttgtatgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacagagtgtgga 17237970  T
Q  101 atgaggtaattgatac--tcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgca 198  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17237969 atgaggtaattgatgcgatccattttatgttgttgagagagcaaaagttatgcttcatgattgacaagatgcacgtaggatttgtaatacatcttgtgca 17237870  T
Q  199 caaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattg-------------acagctttctaatagagtgg 285  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  |||||| ||||||||||               ||||||||||||||||||    
T  17237869 catccacgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaaatgcaatattgttgcttctttctcctagctttctaatagagtgg 17237770  T
Q  286 gaacatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  17237769 gaatatgagtttgtataagggatgatacagacacttttgt 17237730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 32296470 - 32296214
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||| | ||    
T  32296470 ttattttcaaagcattacaggatttatctaaggaa-gatgcggctttattttgctgtgtgttgtggagtatatggaaacaa-gaaataacaaagtctaga 32296373  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  32296372 atgaggtaattgagactcaagtttatattgtgaa-------aaaactatgcttcatgattggcaagatgcacataggtttcgtaatacatcttgtgcata 32296280  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  32296279 gccgcgacaagatgaaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattga 32296214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 270 - 554
Target Start/End: Original strand, 20174362 - 20174655
Alignment:
Q  270 ctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgtga----------ggtacatgttggcgaaactcttgaattgttat 359  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||            |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  20174362 ctttctaataaagcgggaataagagtttgtataagggatgatacatacacttttgttttggcaataacggtacatgttggtgaaactcttggattgttat 20174461  T
Q  360 cgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttc-atctgcacatcaagatg 458  Q
       |||| ||||| || ||||||||||||||  | ||||||  |||| ||||||||||||||| |||||   ||| |||||  |||| ||||||||||||    
T  20174462 gagctttagaatgagtccatcaattacactttgggcctatcagtttttagcttgatgccaaaatagtgg---atagtttttttatctacacatcaagatg 20174558  T
Q  459 ttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatga 554  Q
    ||| | | |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20174559 ttatagagtttgagatgattattcataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaattctagtgttgagtttgtgaggagacaagcaaatga 20174655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 622 - 671
Target Start/End: Original strand, 20174724 - 20174773
Alignment:
Q  622 attgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  20174724 attgtattgaacacattttaagtaatgaaatgttataaacttctttcctt 20174773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 126 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 9605407 - 9604975
Alignment:
Q  126 tgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaa 225  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  9605407 tgttgttgagagagcaaaagctatgattcatgattggcaagatgttcgtaggatttataatacatcttgtgcacaaccgggacaagaagaaaatgtgaaa 9605308  T
Q  226 tggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga-------------cagctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataagggatgatc 312  Q
    | |||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||             || |||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  9605307 ttgatcaaaccagctgaaagaatatttaagtgcaatattgatgactctttctcccaactttttattagagtgggaataagagtttgtataagggatgata 9605208  T
Q  313 catacacatttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagctt 412  Q
    || |||| |||||          |||||||| |||||| |||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||||| || |||||||| ||    
T  9605207 caaacacttttgtt---------ttggcgaagctcttggattgttatcagctttaaaatggtttcattaattacatttgggacctgtcaattttgagttt 9605117  T
Q  413 gatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatatt 512  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | | |||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  9605116 gacgccaaaaa-gtggtggatagtttttcatttgcacatcaagatgttatagagtttgtgatgattattcataattgtaaaattatctttaaacaatatt 9605018  T
Q  513 atatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatga 554  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  9605017 atatcaactctagtgttgagtttgtgaggagacaaacagatga 9604975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 10259923 - 10260187
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10259923 ttatcttcaatgcattacatgatttatctaaggac-gatgtaactttattttgttctgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 10260021  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10260022 atgaggtaattgatcctccagtttatgttgtcgagagagcaaaagttatgctttatgattggcaagatgcacgtaggatttgtaatacatcttgtgcaca 10260121  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||  |||||||| |||||||||    
T  10260122 accgcgacaagaaggaaatgtgaaattgatcaaaccagctgaaggaagatttaagtccaatattga 10260187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 321 - 576
Target Start/End: Original strand, 10260289 - 10260545
Alignment:
Q  321 tttgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||  |  |||| |||||||||||||| ||| | ||  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10260289 tttgtgaggtacatgttggcgaagctcttggactatttccagctttagaatgggttcatcacttataattaggacctatcgattttgagcttgatgctaa 10260388  T
Q  421 aaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaac 520  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10260389 aaaagtggtggatagtttttcatctgcacatcatgatgttacataatttgggatgattattcataattgtaaaactatctttgaacaatactatgtcaac 10260488  T
Q  521 tctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaag 576  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  10260489 tctagtgttgagtttctgaagagacaagcaaatgaggtagcccatagatttgctaag 10260545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 402 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 17834555 - 17834284
Alignment:
Q  402 attttgagcttgatgccaaaaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctt 501  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||    
T  17834555 attttgagcttgatgctaaaaaagtggtggatagtttttcatctgcacatcaggatgttacagaatttgggatgattattcataattgtatagctatctt 17834456  T
Q  502 tgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaatttt 600  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||| ||| ||| |||     
T  17834455 tgaataatactatgtcaactctagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaatgagacaacccatagattagctaaggcggccacatcctcagctagtttc 17834356  T
Q  601 caaattttggt-nnnnnnncatattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    || |||||| |        || | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  17834355 cagattttgatagaaatatcagaatgtattgaacacattttaagtaatgaaatgatataagcttctttcctt 17834284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 17834786 - 17834555
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  17834786 ttatcttcaaagcatcacaggatttatctaaggac-gatgcagctttattttgttgtgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaagagagtgtgga 17834688  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||| | | |||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17834687 atgaggtaattgatgctccagtgtatgttgtcgagagagtaaaagttatgcttcatgattggcaagatgcacataggatttgtaatacatcttgtgcaca 17834588  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaa 233  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17834587 tccgcgacaagaaggaaatgtgaaattgatcaa 17834555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Original strand, 8783058 - 8783293
Alignment:
Q  35 aagatggggctttatttt--gatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgatactcaattttatgttgtg 132  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  8783058 aagatgaggctttattttttgctgtgtgctgtggagtatctagaaacaaagaaacaacagagtgtggaaagaggtaattgatgctcaagtttatgttgtg 8783157  T
Q  133 gagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaat--acatcttgtgcacaaccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggat 230  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||  ||||||||| |||||  || | ||||||||| ||||||||||||    
T  8783158 gagagagaaaaagctatgcttcatgaatggcaagatgcatgtacgatttgtaatacacatcttgtacacaattgcaagaagaaggaattgtgaaatggat 8783257  T
Q  231 caaacaagct-aaaagagaatttaagtgcaatattga 266  Q
    ||||| || | || |||| ||||||||||||||||||    
T  8783258 caaaccagttgaagagag-atttaagtgcaatattga 8783293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 102 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 16912763 - 16912601
Alignment:
Q  102 tgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcacaa 201  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| | |||||||||     
T  16912763 tgaggtaattgatgctcaagtttatgttatggagagagcaaaagctatgcttcatgattgacaaaatgcatgtaggatttgtaatacgttttgtgcacat 16912664  T
Q  202 ccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatatt 264  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  |  ||||||||||||||||    
T  16912663 ccgcaacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaatcagcttaagaaagatttaagtgcaatatt 16912601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 329 - 587
Target Start/End: Original strand, 8783417 - 8783687
Alignment:
Q  329 gtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaat--gggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaagt 426  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||  |||  |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||| ||||||      
T  8783417 gtacatgttggccaaactcttggattgttatcaactttataatatgggttcatcaattacacttgggacctatgaattttgagtttgatgcaaaaaaaaa 8783516  T
Q  427 ---------ggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatc 517  Q
             |||||||| |||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| |     
T  8783517 aaaaaaaacggtggatagtttttcatcttcatatcaggatgttacaaaatttggggtgattatacataattgtaaaactatatttgaaaaacattatgtt 8783616  T
Q  518 aactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatc 587  Q
     ||||||||||| ||||| ||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  8783617 gactctagtgttgagtttgtgacgagacaaggaaacgaggcagcccatagattagctaaggcgaccacatc 8783687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 467 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 8871968 - 8871843
Alignment:
Q  467 tttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccata 565  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||    
T  8871968 tttgggatgattattcataattataaaattatttttgaacaatattatgttaactttagtgttgagtttgtgaggatacaagcaaatgaggtagcccata 8871869  T
Q  566 gattagctaagaagaccacatcatca 591  Q
     ||||||||||  |||||||||||||    
T  8871868 aattagctaaggcgaccacatcatca 8871843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 114
Target Start/End: Original strand, 16912812 - 16912902
Alignment:
Q  22 atttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtggaatgaggtaattgat 114  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||| | |||||||||| || ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16912812 atttatctaag-aaagacgtggctttattt-gctgtgtgttgtagagtatctggaaacaaataaacaacatagtgtggaatgaggtaattgat 16912902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 325
Target Start/End: Original strand, 10260204 - 10260259
Alignment:
Q  270 ctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  10260204 ctttctactagagtgggaataggagtttgtataagggatgatacatgcacttttgt 10260259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 270 - 307
Target Start/End: Original strand, 8783324 - 8783361
Alignment:
Q  270 ctttctaatagagtgggaacatgagtttgtataaggga 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8783324 ctttctaatagagtgggaatatgagtttgtagaaggga 8783361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0913 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0913
Description:

Target: scaffold0913; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Original strand, 3404 - 3755
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttga-gcttgatgccaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  3404 tgtgaggtacatgttggcgaagctctaggattgtcatcggctttagaatgggttcatcaactacatttgagacctatcgattttcatgcttgatgacaaa 3503  T
Q  422 aaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaact 521  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||    
T  3504 aaggtggtggataatttttcatctgcacatcaggatgttacagagtttgggataattattcataattgtaaaattatctttgaacgatattatgtgaact 3603  T
Q  522 ctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnnc 619  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||||||||||        |    
T  3604 ctagtgttgaatttgtgaggagacaagcaaatgagccatctcgtagattagctaagacggccacatcctcatctagtttccaaattttggtcgaaatccc 3703  T
Q  620 atattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  3704 atattataccgaacacattttaaataatgaaatgttataagcttctttcctt 3755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0913; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 3068 - 3329
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| | | ||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  3068 ttatcttcaaaacattacaagatttatctaaggaa-gatgtggctttattt-gatttgtgttgcgcagtatctgaaaacaaagaaacaacagagtgtgga 3165  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    | || |||||||||  |||| |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||      | |||| ||||||||||||||||| | ||    
T  3166 a-gaagtaattgattgtcaagtttatgttttggagagatcaaaagttatgcttcatgattgacaaaccatttataggatttgtaatacatcttgtacgca 3264  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattg 265  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||| |||||| ||||    
T  3265 gccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccaactaaacgaagatttatgtgcaagattg 3329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0898 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0898
Description:

Target: scaffold0898; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 2197 - 1846
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttga-gcttgatgccaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  2197 tgtgaggtacatgttggcgaagctctaggattgtcatcggctttagaatgggttcatcaactacatttgagacctatcgattttcatgcttgatgacaaa 2098  T
Q  422 aaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaact 521  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||    
T  2097 aaggtggtggataatttttcatctgcacatcaggatgttacagagtttgggataattattcataattgtaaaattatctttgaacgatattatgtgaact 1998  T
Q  522 ctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnnc 619  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||||||||||        |    
T  1997 ctagtgttgaatttgtgaggagacaagcaaatgagccatctcgtagattagctaagacggccacatcctcatctagtttccaaattttggtcgaaatccc 1898  T
Q  620 atattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  1897 atattataccgaacacattttaaataatgaaatgttataagcttctttcctt 1846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0898; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 2533 - 2272
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| | | ||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  2533 ttatcttcaaaacattacaagatttatctaaggaa-gatgtggctttattt-gatttgtgttgcgcagtatctgaaaacaaagaaacaacagagtgtgga 2436  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    | || |||||||||  |||| |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||      | |||| ||||||||||||||||| | ||    
T  2435 a-gaagtaattgattgtcaagtttatgttttggagagatcaaaagttatgcttcatgattgacaaaccatttataggatttgtaatacatcttgtacgca 2337  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattg 265  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||| |||||| ||||    
T  2336 gccgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccaactaaacgaagatttatgtgcaagattg 2272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 48026724 - 48026388
Alignment:
Q  1 ttattttcaaagtattacatgatttatctaaggaaagatggggctttattttgatgtgtgttgtggaatatgtggaaacaaagaaacaacaaagtgtgga 100  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  48026724 ttatcttcaaagcattacatgatttatctaaggac-gatgcatctttattttgttgtgtgttgtggagtatatggaaacaaagaaacaacgaagtgtgga 48026626  T
Q  101 atgaggtaattgatactcaattttatgttgtggagagagcaaaaactatgcttcatgattggcaagatgcgtgtaggttttgtaatacatcttgtgcaca 200  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||  |||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  48026625 atgaggtaattgatgctccaatttatgttgtcgagagagcataagttatggtccatgattgacaagatgcacgtaggatttgtaatacatcttgtggaca 48026526  T
Q  201 accgcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaacaagctaaaagagaatttaagtgcaatattga-------------cagctttctaatagagtggga 287  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||             |||||||||||||||||| ||    
T  48026525 tcggcgacaagaaggaaatgtgaaatggatcaaaccagctgaaggaagatttaagtgcaatattgatgcttctttctcccagctttctaatagagtgaga 48026426  T
Q  288 acatgagtttgtataagggatgatccatacacatttgt 325  Q
    | | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  48026425 ataggagtttgtataagggatgatacatgcacttttgt 48026388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 323 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 48026356 - 48026004
Alignment:
Q  323 tgtgaggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| | | |  ||  |||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48026356 tgtgaggtacatgttggcgaagttcttggactatcgtcagctttagaatgggatcatcacttacacttgggacctatcgattttgagcttgatgctaaaa 48026257  T
Q  423 aag--tggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaac 520  Q
    ||   |||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48026256 aaaaatggtgggtagtttttcatctacacatcaggatgttacaaattttgggatgattattcataattgtaaaactatctttgaacaatattatgtcaac 48026157  T
Q  521 tctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttggt-nnnnnnn 618  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||| || ||| ||| |||| | ||||||||            
T  48026156 tctagtgttgagtttacgaggagacaagcaaatgaagcagcccatagattagctaaggcgaccacgtcttcaactagtttttagattttggtagaaatac 48026057  T
Q  619 catattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcctt 671  Q
    || |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  48026056 cagattgtattgaacacattttaagtaatgaaattatataagcttctttcctt 48026004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 421 - 609
Target Start/End: Original strand, 39774818 - 39775009
Alignment:
Q  421 aaaagtggtggataatttttcatctgcacatcaagatgttacataatttgggatgattatccataatcgt-aaaactatctttgaacaat-attatatca 518  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| | | ||||| |||    
T  39774818 aaaagtagtggatagtttttgatctgtgcattaggatgttacaaaatttgggatgattattcataatcgtaaaaactatttttgaatattaattatgtca 39774917  T
Q  519 actctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagaccacatcatcatctaattttcaaattttg 609  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||  | ||||||| ||| |||||||| | ||||||    
T  39774918 actttagtgttgagtttgtgaggagacaaacaaataaggcaatccatagattaactaaggcggccacatcctcaactaatttttagattttg 39775009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 484 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18570425 - 18570323
Alignment:
Q  484 taatcgtaaaactatctttgaacaatattatatcaactctagtgtt-agtttatgaggagacaaacaaatgaggcaacccatagattagctaagaagacc 582  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||| ||||  || |||||||||||| ||||    
T  18570425 taattgtaaaaatatctttgaacaatattatatcaactctagtgttgagtttgtgaggagac-aagaaacgagacaacttatggattagctaagacgacc 18570327  T
Q  583 acat 586  Q
    ||||    
T  18570326 acat 18570323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 620 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 18570288 - 18570239
Alignment:
Q  620 atattgtattgaacccattttaaataatgaaatgatataaacttatttcc 669  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18570288 atattgtattgaacacatttaaaataatgaaatgttataaacttatttcc 18570239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 424
Target Start/End: Original strand, 15017233 - 15017329
Alignment:
Q  328 ggtacatgttggcgaaactcttgaattgttatcgactttcgaatgggttcatcaattacacttgcgacctatcgattttgagcttgatgccaaaaaa 424  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||  ||||  ||||||||||||| || || ||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  15017233 ggtacatatcggcgaaactcttggattgatatcatctttaaaatgggttcatcacttgcatttaggacctattgattttgagtttgatgcaaaaaaa 15017329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University