View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11661_high_10 (Length: 437)

Name: NF11661_high_10
Description: NF11661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11661_high_10
NF11661_high_10
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-436)||(7435785-7436203)
chr2 (18-437)||(7524614-7525030)
chr2 (18-435)||(7519718-7520125)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 436
Target Start/End: Original strand, 7435785 - 7436203
Alignment:
Q  18 tcaaccggactagaagggatgacaatgaattccttggtggttagattccacaatacagcttttctctcatcatccaataaattagagagacaaagaaagc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7435785 tcaaccggactagaagggatgacaatgaattccttggtggttggattccacaatacagcttttctctcatcatccaataaattagagagacaaagaaagc 7435884  T
Q  118 cattgatactaatagaccccaaaatataaatatcttggccaagcacttgaaacgggagtgacaaatttaatttaaccctgttctcaaatttctcaccaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7435885 cattgatactaatagaccccaaaatataaatatcttggccaagcacttgaaacgggagtgacaaatttaatttaaccctattctcaaatttctcaccaga 7435984  T
Q  218 aatgaaatgcatcttggaccggaagagaggttcaaccacgggcctaactacattgtcaaacacgatagtatgccgtaagatgagagatgcatcggcatga 317  Q
    |||||||| || | ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7435985 aatgaaatacaacgtggactggaataggggttcaaccacgggcctaactacattgtccaacacgatagtatgccgtaagatgagagatgcatcagcatga 7436084  T
Q  318 tcagaatgatttccatgtatgatttgattccggtagattttcatgaaataagggttttgaaataacattgaccatgaattacatgtagattcgaatcgct 417  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7436085 tcagaatgatttccttgtatgattcgattccggtagattttcatgaaataagggttttgaaataacattgaccatgatttacatgtagattcaaatcgct 7436184  T
Q  418 tcaaagatttaagaggcaa 436  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7436185 tcaaagatttaagaggcaa 7436203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 437
Target Start/End: Original strand, 7524614 - 7525030
Alignment:
Q  18 tcaaccggactagaagggatgacaatgaattccttggtggttagattccacaatacagcttttctctcatcatccaataaattagagagacaaagaaagc 117  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| ||||||| |||||    
T  7524614 tcaacaggactagaaggaatgacaatgaattcctcggtagttggattccacaatacagctttcctctcatcatccggtacattagaaagacaaacaaagc 7524713  T
Q  118 cattgatactaatagaccccaaaatataaatatcttggccaagcacttgaaacgggagtgacaaatttaatttaaccctgttctcaaatttctcaccaga 217  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  7524714 cattgatactgatagaacccaaaatataaatatcttggccaagcacttgaaatgggagtgacatatttaatttaaccctattctcaaatctctcaccaga 7524813  T
Q  218 aatgaaatgcatcttggaccggaagagaggttcaaccacgggcctaactacattgtcaaacacgatagtatgccgtaagatgagagatgcatcggcatga 317  Q
    ||||||||  |   ||||||| |  || ||||||||||  ||| ||   || | ||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||  |||      
T  7524814 aatgaaataaaatgtggaccgaattaggggttcaaccaaaggcgta---acgtagtcaaccgcaatagtatgccgtaaaatgagagatgcatcatcatag 7524910  T
Q  318 tcagaatgatttccatgtatgatttgattccggtagattttcatgaaataagggttttgaaataacattgaccatgaattacatgtagattcgaatcgct 417  Q
     ||||||||||||  | |||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||| ||  |||||| |||||||    
T  7524911 ccagaatgatttctgtatatgatatggttgcggtacattttcatgaaataagagttttgaaataacaatgaccatggtttagatacagattcaaatcgct 7525010  T
Q  418 tcaaagatttaagaggcaat 437  Q
     |||||||||||||||||||    
T  7525011 gcaaagatttaagaggcaat 7525030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 7520125 - 7519718
Alignment:
Q  18 tcaaccggactagaagggatgacaatgaattccttggtggttagattccacaataca-gcttttctctcatcatccaataaattagagagacaaagaaag 116  Q
    ||||| ||||||  ||| |||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7520125 tcaacgggactacgaggaatgaaaatgaattcctcggttgttggattccacaataaaaggttttctctcatcatccaatatattagagagacaaagaaag 7520026  T
Q  117 ccattgatactaatagaccccaaaatataaatatcttggccaagcacttgaaacgggagtgacaaatttaatttaaccctgttctcaaatttctcaccag 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||  ||||||| | ||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||  ||||   ||    
T  7520025 ccattgatactaacagaccccaaaatataaataactgagccttgcacttggaccggaagtgacaaatctattttaaccctattctcaaacctctctttag 7519926  T
Q  217 aaatgaaatgcatcttggaccggaagagaggttcaaccacgggcctaactacattgtcaaacacgatagtatgccgtaagat-gagagatgcatcggcat 315  Q
    | |  |||| || | |||| || || || |||||            |||||||   |||| |||  ||||||||||||||||  |||||||||||  | |    
T  7519925 atacaaaatacaacgtggagcgaaataggggttc------------aactacagattcaaccaccgtagtatgccgtaagataaagagatgcatcatctt 7519838  T
Q  316 gatcagaatgatttccatgtatgatttgattccggtagattttcatgaaataagggttttgaaataacattgaccatgaattacatgtagattcgaatcg 415  Q
     || ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||   ||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |  ||| ||| |    
T  7519837 aatgagaatgatttccatgcatgatatgattgcagtagacgctcatgaaatagtggttttcaaataacattgaccgtgatttacatgcaagttcaaatag 7519738  T
Q  416 cttcaaagatttaagaggca 435  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  7519737 cttcaaagattttagaggca 7519718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University