View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11661_high_7 (Length: 465)

Name: NF11661_high_7
Description: NF11661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11661_high_7
NF11661_high_7
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-362)||(14275945-14276293)
chr5 (31-240)||(37627055-37627262)
chr5 (74-157)||(37803601-37803684)
chr5 (167-362)||(37806299-37806496)
chr5 (209-347)||(33614491-33614635)
chr5 (428-465)||(37627457-37627494)
chr5 (428-465)||(37806567-37806604)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-362)||(11991764-11992113)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (19-362)||(2188002-2188349)
chr7 (19-362)||(19632556-19632902)
chr7 (19-240)||(1608465-1608685)
chr7 (428-465)||(2187897-2187934)
chr7 (428-465)||(1608877-1608914)
chr7 (428-465)||(19632970-19633007)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-360)||(41313585-41313931)
chr1 (428-465)||(41314001-41314038)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-345)||(19215664-19215995)
chr2 (22-289)||(19589466-19589736)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (19-362)||(29822775-29823121)
chr8 (19-235)||(451958-452171)
chr8 (19-203)||(7093793-7093976)
chr8 (19-203)||(7097526-7097709)
chr8 (270-362)||(453981-454077)
chr8 (428-465)||(29822669-29822706)
chr8 (270-362)||(7094022-7094117)
chr8 (270-362)||(7097755-7097850)
chr8 (428-457)||(45463068-45463097)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (19-349)||(58603-58925)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-324)||(8377726-8378031)
[»] scaffold0060 (1 HSPs)
scaffold0060 (19-59)||(16839-16879)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 14275945 - 14276293
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  14275945 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaccaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcaggtcccaaccaat 14276044  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccg----accaaattaatc 214  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||    ||||||||||||    
T  14276045 tataggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacatgattattaactccaaaaaatagatcacacacaatgagtatccgaccaaccaaattaatc 14276144  T
Q  215 attgtcttaagcacctgctagagacacaaattaca-cctcaataactttgacttacaaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattata 313  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||  ||||||     
T  14276145 attgtcttaaccacctgccagagacacagattacatcgacaataactctgacttacaaatatgcaagtccgcaattcagatatgaaaacaacaaattatg 14276244  T
Q  314 ctcacaaccaatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14276245 ctcacagccaatacaaaagcaagttcacatagtatgtaagcatggtaca 14276293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 37627055 - 37627262
Alignment:
Q  31 acgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcaccac 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||     
T  37627055 acgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagcctcaaccaattatgggcactcaagacttcggatcccaaccaattatgggcaccaa 37627153  T
Q  131 acgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcacct 230  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  37627154 gcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccac-aaatagaccactcacaatgagtatgcgactaaattaatcattgtcttaaccacct 37627252  T
Q  231 gctagagaca 240  Q
    ||||||||||    
T  37627253 gctagagaca 37627262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 74 - 157
Target Start/End: Original strand, 37803601 - 37803684
Alignment:
Q  74 gccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacac 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37803601 gccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacacgacaatgaatgtatgcatgcgacac 37803684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 167 - 362
Target Start/End: Original strand, 37806299 - 37806496
Alignment:
Q  167 aactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgac 265  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||  || ||||   |||    
T  37806299 aactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaac---gac 37806395  T
Q  266 ttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactcacaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggta 360  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  | |||||||||||||    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37806396 taacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaataacaagttatactcacaacaaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatgata 37806494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 209 - 347
Target Start/End: Original strand, 33614491 - 33614635
Alignment:
Q  209 ttaatcattgtcttaagcacctgctagagacacaaattacacct-caataactttgacttacaaa-tatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatg 306  Q
    |||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||  ||| |||||||      
T  33614491 ttaatcattgtcttaaccacatacgagagacacaaattacaccaacaataatttcgacttacaaaatatgcaagaccacaattcacgcataaaaacaaca 33614590  T
Q  307 aattatactcacaac----caatacaaaagcaagttcacatagta 347  Q
    |||||||||||||||    |||||||||| |||||||| ||||||    
T  33614591 aattatactcacaaccaaacaatacaaaatcaagttcatatagta 33614635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Original strand, 37627457 - 37627494
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37627457 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 37627494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Original strand, 37806567 - 37806604
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37806567 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 37806604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 11991764 - 11992113
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  11991764 caaatgaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaccaagaaacgataagcctcaaccaattatgggcactcaagactttgggtcccaaccaat 11991863  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11991864 tatgggcaccatgcgacaatgaatgcatgcttgcgacacatggttattaactccacaaaatagatcactcacaatgagtattcgaccaaattaatcattg 11991963  T
Q  219 tctt-aagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatact 315  Q
    |||| || ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  11991964 tcttaaaccacctgctagagacacggattacaccgacaataactcggacttacaaaatatgcaagaccgcaattcagacatgaaaacaacgaattatact 11992063  T
Q  316 ca----caaccaatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    ||    ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  11992064 cacagccaagcaatacaaaatcaagttc-catagtatgtatgcatggtaca 11992113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 2188349 - 2188002
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2188349 caaaagaagacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaat 2188251  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    |||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  2188250 tatgagcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgacttaattaatcattg 2188151  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactc 316  Q
    |||||| |||||||||||||||   ||||||||  || ||||  ||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | ||||||||    
T  2188150 tcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactc 2188052  T
Q  317 acaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    |||||    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  2188051 acaaccaatcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatgataca 2188002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 19632556 - 19632902
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  19632556 caaaagaagacaacaagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgg-cactcaagacttcgggtcccaaccaat 19632653  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    |||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19632654 tatgagcaccacgcgacactgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattg 19632753  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactc 316  Q
    |||||| |||||||||||||||   ||||||||  || |||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | ||||||||    
T  19632754 tcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaacgttgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactc 19632852  T
Q  317 acaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    |||||    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  19632853 acaacgaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatgataca 19632902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Original strand, 1608465 - 1608685
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  1608465 caaaagaaatcaaagagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttagggtcccaaccaat 1608563  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1608564 tatgggcaccacgcgaccatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaagatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattg 1608663  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagaca 240  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  1608664 tcttaaccacctgctagagaca 1608685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 2187934 - 2187897
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2187934 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 2187897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Original strand, 1608877 - 1608914
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1608877 tggagcgcccttttccttaccttagcaatatagcagct 1608914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Original strand, 19632970 - 19633007
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19632970 tggagcgccctttcccttaccttaacaatatagcagct 19633007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 41313585 - 41313931
Alignment:
Q  19 caaaagaaa-acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaa 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  41313585 caaaagaaagacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaa 41313683  T
Q  118 ttataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcatt 217  Q
    ||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41313684 ttatgagcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcatt 41313783  T
Q  218 gtcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatact 315  Q
    ||||||| |||||||||||||||   ||||||||  || ||||  | ||| || ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | |||||||    
T  41313784 gtcttaaccacctgctagagacattgattacaccaacagtaacgctaactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaagttatact 41313882  T
Q  316 cacaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggta 360  Q
    ||||||    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  41313883 cacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatggta 41313931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Original strand, 41314001 - 41314038
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41314001 tggagcgccatttcccttaccttagcaatatagcagct 41314038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 19215995 - 19215664
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19215995 caaaagaagacaacgagcctaaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaat 19215897  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  19215896 tatgggcaccatgcgacaatgaatgtatgcatgcaacacctgcttattaactccacaaaataggccactcacaatgagtatccgactaaattaatcatta 19215797  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactc 316  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||   | |||    ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  19215796 tcttaaccacctgctagagacactgattacaccgatagtaataccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcagacatgaaaacaacaagttatactc 19215697  T
Q  317 acaac----caatacaaaagcaagttcacatag 345  Q
    |||||    |||||||||| |||||||||||||    
T  19215696 acaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatag 19215664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 19589736 - 19589466
Alignment:
Q  22 aagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattat 121  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |  | ||||||||||||    
T  19589736 aagaaaacaacgagtctcaaccaattatgaacactcaaaaca-aaacgacaaaccccaaccaattacgggcactcaagacttagggttccaaccaattat 19589638  T
Q  122 aggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataatt-attaactcca-caaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgt 219  Q
     |||| |||||||| || ||| ||||||||  | ||||  || ||||||||||  ||||||||||  | ||| ||||||||| || ||||||||  ||||    
T  19589637 gggcagcacacgacgatgaatatatgcatgtaatacatggttaattaactccataaaaatagatcaattacactgagtatccaactaaattaatggttgt 19589538  T
Q  220 cttaagcacctgctagagacacaaattaca-cctcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaatt 289  Q
      ||| ||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| || ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  19589537 tctaaccaccatctagagacacagattacatcaacaataatttcgacatacaaaatatgcaagaccacaatt 19589466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 141; Significance: 9e-74; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 29823121 - 29822775
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  29823121 caaaagaagacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcgctcaagacttcgggtcccaaccaat 29823023  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  29823022 tatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttatt-actccacaaaatagaccactcacaatgagtatctgactaaattaatcatgg 29822924  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactc 316  Q
    |||||| |||||||||||||||   ||||||||  || |||||  |||| || |||||||||||||| |||| ||  |||| ||||||  | | ||||||    
T  29822923 tcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaatccaagcatg-aaacaacaagtcatactc 29822825  T
Q  317 acaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    |||||    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  29822824 acaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatgataca 29822775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Original strand, 451958 - 452171
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  451958 caaaagaaatcaacgagtcccaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaat 452056  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | | |||||  |||||||| ||||| |||||||||||      
T  452057 tatgggcaccacacgacaatgaatgtatgcatgtgacacctgattattaactccacaaaaaacaccgctcttaatgagtaaccgactaaattaatcat-- 452154  T
Q  219 tcttaagcacctgctag 235  Q
    |||||| ||||||||||    
T  452155 tcttaaccacctgctag 452171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 7093793 - 7093976
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  7093793 caaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaat 7093891  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccga 203  Q
    ||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||   |||||||||| |||||||    
T  7093892 tatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga 7093976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 7097526 - 7097709
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  7097526 caaaagaaatcaacgagcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaat 7097624  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccga 203  Q
    ||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||   |||||||||| |||||||    
T  7097625 tatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga 7097709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 270 - 362
Target Start/End: Original strand, 453981 - 454077
Alignment:
Q  270 aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactcacaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  453981 aaatatgcaagaccacaattcatacatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcagggtaca 454077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 428 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 29822706 - 29822669
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29822706 tggagcgccctttcccttaccttagcaatatagcagct 29822669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 362
Target Start/End: Original strand, 7094022 - 7094117
Alignment:
Q  270 aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactcacaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | |||||||||||||    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  7094022 aaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacctagtatgtaagcatgataca 7094117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 362
Target Start/End: Original strand, 7097755 - 7097850
Alignment:
Q  270 aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactcacaac----caatacaaaagcaagttcacatagtatgtaaacatggtaca 362  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | |||||||||||||    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  7097755 aaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacctagtatgtaagcatgataca 7097850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 428 - 457
Target Start/End: Original strand, 45463068 - 45463097
Alignment:
Q  428 tggagcgccctttcccttaccttagcaata 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45463068 tggagcgccctttcccttaccttagcaata 45463097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 58603 - 58925
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  58603 caaaagaagacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaat 58702  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||| ||||||||| | | | |||| |||||||| ||||| |||||||||||      
T  58703 tatgggcaccacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacagctggttattaattccacaaaaaacacctctcataatgagtaaccgactaaattaatcat-- 58800  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacctcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactca 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||           ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| |||    
T  58801 tcttaaccacctgctagagacacagattgcacc-----------gacttacaaaatatgcaagaccacaattcatgcatgaaaacaacaagttatattca 58889  T
Q  318 caac----caatacaaaagcaagttcacatagtatg 349  Q
    ||||    ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58890 caaccaagcaatacaaaagcaagttcacataatatg 58925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 8378031 - 8377726
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaat 118  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  8378031 caaaagaaatcaacgggcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaat 8377933  T
Q  119 tataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattg 218  Q
    ||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  8377932 tatgggcaccacgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccacaaaatagacaactcacaatgaatatccgactaaattaatcactg 8377833  T
Q  219 tcttaagcacctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgacttac-aaatatgcaagacctcaattcatacatgaaaacaatgaattatactc 316  Q
    |||||| |||||||||||||||   ||||||||  || ||||  ||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  | ||||||||    
T  8377832 tcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactc 8377734  T
Q  317 acaaccaa 324  Q
    ||||||||    
T  8377733 acaaccaa 8377726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 16879 - 16839
Alignment:
Q  19 caaaagaaaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaa 59  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16879 caaaagaaatcaacgaacctcaaccaattatgagcactcaa 16839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University