View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11666_low_1 (Length: 769)
Name: NF11666_low_1
Description: NF11666
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11666_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 13039553 - 13038810
Alignment:
| Q |
19 |
atcattgtagtggtttatcttcaagtgaaatatactctttatataggataaaagaaggaaaagatgttatctatttcaatcaaggtagagaaccacaaat |
118 |
Q |
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13039553 |
atcattgtagtggtttatcttcaagtgaaatatactctttatacaggagaaaagaagaagaagatgttatttatctcaatcaaggtagggaaccacaaat |
13039454 |
T |
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| Q |
119 |
gagatgaactagattttagagttggaaatacaattcatgtgttttcgaataaaaacattattgtgaatgtccatggcatgtcatcaaccaaaaaactttc |
218 |
Q |
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| T |
13039453 |
gagatgaactagattttagagttggaaatacaattcacgtgttttgggataaaaacattattgtgaatgtccatggcatgtaatcaaccaaaaaacttta |
13039354 |
T |
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| Q |
219 |
ggagaaacttgaaaggcaagtatctcatattggtcattgttgaagaagcagtttcgtaacttacgcgtggaatgattctgatacnnnnnnnnnnccacct |
318 |
Q |
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| T |
13039353 |
agagaaacttgaaaggcaaatatctcatattggtcattgttgaagaagcagtttcgtaacttacgcgtggaatgattctgatatttttttttttccacct |
13039254 |
T |
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| Q |
319 |
tgtgtaaccctaattatataaacaaacatatcattcattcattcaaatttatgtatgtgaaactttactacacttaattcattcattcatt---cattgc |
415 |
Q |
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13039253 |
tgtgtaaccctaattatataaacaaacatatcattcattcattcaaatttatgtatgtgaaactttactacacttgaattttttttaaacttgacattgc |
13039154 |
T |
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| Q |
416 |
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515 |
Q |
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| T |
13039153 |
agttgtatgaaatactgtaaattgtgcacaagatcgctattgtaaattg-taaggttaatactttttgatcaaattttagtaaggttattaatgataatg |
13039055 |
T |
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| Q |
516 |
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615 |
Q |
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| T |
13039054 |
gattgtaactttgacaca--atacatcaatg-------ttttaagtggcgttgattttttttcttcttctaattagtcattcttttatcaataagattaa |
13038964 |
T |
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| Q |
616 |
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705 |
Q |
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| T |
13038963 |
cacaaatgcattgaagttcactcatatttgttgttggattagatagatttaatatcaaaccaaaaatcactgcaaacaacaagttgtcactatatatgca |
13038864 |
T |
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| Q |
706 |
------taatcgttgggtgcgtaatatgatttgttacataattagcaaagataa |
753 |
Q |
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| T |
13038863 |
tagtattaatcgttgggtgcgtaatatgatttgttacataattagcaaagataa |
13038810 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 13109547 - 13108809
Alignment:
| Q |
19 |
atcattgtagtggtttatcttcaagtgaaatatactctttatataggataaaagaaggaaaagatgttatctatttcaatcaaggtagagaaccacaaat |
118 |
Q |
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13109547 |
atcattgtagtggtttatcttcaagtgaaatatactctttatacaggagaaaagaagaagaagatgttatttatctcaatcaaggtagggaaccacaaat |
13109448 |
T |
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| Q |
119 |
gagatgaactagattttagagttggaaatacaattcatgtgttttcgaataaaaacattattgtgaatgtccatggcatgtcatcaaccaaaaaactttc |
218 |
Q |
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| T |
13109447 |
gagatgaactagattttagagttggaaatacaattcacgtgttttgggataaaaacattattgtgaatgtccatggcatgtaatcaaccaaaaaacttta |
13109348 |
T |
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| Q |
219 |
ggagaaacttgaaaggcaagtatctcatattggtcattgttgaagaagcagtttcgtaacttacgcgtggaatgattctgatacnnnnnnnnnnccacct |
318 |
Q |
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| T |
13109347 |
agagaaacttgaaaggcaaatatctcatattggtcattgttgaagaagcagtttcgtaacttacgcgtggaatgattctgata-ttttttttttccacct |
13109249 |
T |
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| Q |
319 |
tgtgtaaccctaattatataaacaaacatatcattcattcattcaaatttatgtatgtgaaactttactacacttaattcattcattcatt---cattgc |
415 |
Q |
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| T |
13109248 |
tgtgtaaccctaattatataaacaaacatatcattcattcattcaaatttatgtatgtgaaactttactacacttgaattttttttaaacttgacattgc |
13109149 |
T |
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| Q |
416 |
agttgtatgaaatactgtaaattgtgcacaagatcgctattgtaaattgttaaggttaatactttttgatcaaattttagtaaggttattaatgataatg |
515 |
Q |
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| T |
13109148 |
agttgtatgaaatactgtaaattgtgcacaagatcgctattgtaaattg-taaggttaatactttttgatcaaattttagtaaggttattaatgataatg |
13109050 |
T |
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| Q |
516 |
gattgtaactttgacacaatatacatcaatgttttaacttttaagtggcgttgannnnnnnncttcttctaattagtcattcttttatcaataagattaa |
615 |
Q |
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| T |
13109049 |
gattgtaactttgacaca--atacatcaatg-------ttttaagtggcgttgattttttttcttcttctaattagtcattcttttatcaataagattaa |
13108959 |
T |
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| Q |
616 |
cacaaatgcattgaagttcactgatacttgttgttggattagatagatttaatatcaaaccaaaaatcactgcaaacaacaagttgtcac---------- |
705 |
Q |
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| T |
13108958 |
cacaaatgcattgaagttcactcatatttgttgttggattagatagatttaatatcaaaccaaaaatcactgcaaacaacaagttgtcactatatatgca |
13108859 |
T |
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| Q |
706 |
------taatcgttgggtgcgtaatatgatttgttacataattagcaaag |
749 |
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| T |
13108858 |
tagtattaatcgttgggtgcgtaatatgatttgttacataattagcaaag |
13108809 |
T |
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