View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11671_high_5 (Length: 500)
Name: NF11671_high_5
Description: NF11671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11671_high_5 |
 | |
|
| [»] chr4 (8 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0083 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 38247873 - 38247390
Alignment:
| Q |
18 |
ttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctat |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38247873 |
ttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctat |
38247774 |
T |
|
| Q |
118 |
atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggga |
217 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38247773 |
at--tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggga |
38247676 |
T |
|
| Q |
218 |
gcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgta |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38247675 |
gcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgta |
38247576 |
T |
|
| Q |
318 |
aagttttcagataattagttacatatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatttatcaaagatgaataaagac |
417 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38247575 |
aagttttcagataattagttacacatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatttatcaaagatgaataaagac |
38247476 |
T |
|
| Q |
418 |
a---tgattgaaaagggtaactgaataatttacatttctgtgtattcagctagctattggagaaaaacaaatttgtaattttggct |
500 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38247475 |
atgatgattgaaaagggtaactgaataatttacatttctgtgtattcagctagctataggagaaaaacaaatttgtaattttggct |
38247390 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 38252904 - 38252423
Alignment:
| Q |
18 |
ttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctat |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
38252904 |
ttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctac |
38252805 |
T |
|
| Q |
118 |
atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggga |
217 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38252804 |
at--tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcaccaagga |
38252707 |
T |
|
| Q |
218 |
gcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgta |
317 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| | || ||| |
|
|
| T |
38252706 |
gcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctcccatatcaacaactcagacttttttctcgttcttcttttgtcgccgacgta |
38252607 |
T |
|
| Q |
318 |
aagttttcagataattagttacatatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatttatcaaagatgaataaagac |
417 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38252606 |
aatttttctgatagttagttacatatatgatgatataagtggcgtgtcattgatggtattatggtaagatatgatcgatttatcaaagatgaataaagac |
38252507 |
T |
|
| Q |
418 |
atgattgaaaagggtaactgaataatt-tacatttctgtgtattcagctagctattggagaaaaacaaatttgtaattttggct |
500 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38252506 |
atgattggaaagggtaactgaataattacacttctctgtgtattctgctagatataggagaaaaacaaatttgtatttttggct |
38252423 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 28 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 38213497 - 38213038
Alignment:
| Q |
28 |
tgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtagg |
127 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
38213497 |
tgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggcaaactatat--tgtagg |
38213400 |
T |
|
| Q |
128 |
aatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactgga |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || || ||||||||||||| |
|
|
| T |
38213399 |
aatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagcaaggagcacactgga |
38213300 |
T |
|
| Q |
228 |
gtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgtaaa------gt |
321 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||| ||| | ||||| |||| | |
|
|
| T |
38213299 |
gtaatgggacttttctacttattggtggcagaacaactcccataccaacacttcagacattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgc |
38213200 |
T |
|
| Q |
322 |
tttcagataattagttacatat--atgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatttatcaaagatgaataaagacat |
419 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |||||| | | |||||||| | | || |||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
38213199 |
ttttagataattagggacatataaagggtaatataagtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattg----atcaaagaggaataaatacaa |
38213104 |
T |
|
| Q |
420 |
gattgaaaagggtaactgaataatt-tacatttctgtgtattcagctagctattggagaaaaacaa |
484 |
Q |
| |
|
||||| ||| |||||||| |||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
38213103 |
gattggcaagtgtaactgagaaattacacttctctttgtattcagctagctataggagaaaaacaa |
38213038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 38237411 - 38237029
Alignment:
| Q |
18 |
ttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctat |
117 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |
|
|
| T |
38237411 |
ttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggg--at |
38237314 |
T |
|
| Q |
118 |
atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggga |
217 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38237313 |
acattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaagga |
38237214 |
T |
|
| Q |
218 |
gcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgta |
317 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| | || |||||||||| ||| | ||||| || |
|
|
| T |
38237213 |
gcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttcattttttatggatata |
38237114 |
T |
|
| Q |
318 |
aa------gttttcagataattagttacatatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgat |
396 |
Q |
| |
|
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38237113 |
aataatatacttttagataattagttacatatatgataatataagtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattgat |
38237029 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 28 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 38225982 - 38225743
Alignment:
| Q |
28 |
tgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtagg |
127 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||| || | || |||||||| |
|
|
| T |
38225982 |
tgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctataccaagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggc--tacattgtagg |
38225885 |
T |
|
| Q |
128 |
aatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactgga |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
38225884 |
aatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatggtgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactgga |
38225785 |
T |
|
| Q |
228 |
gtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca |
269 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38225784 |
gtaatgggacttttctacttgttggtggcagaacagctccca |
38225743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 30 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38242599 - 38242369
Alignment:
| Q |
30 |
tggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaa |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||| |||||||||| |
|
|
| T |
38242599 |
tggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtggg--atacattgtaggaa |
38242502 |
T |
|
| Q |
130 |
tgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagt |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | || |||||||| || |
|
|
| T |
38242501 |
tgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgt |
38242402 |
T |
|
| Q |
230 |
aatgggacttttctacctattggtggcagaaca |
262 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38242401 |
aatgggatttttctacctattggtggcagaaca |
38242369 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 38219898 - 38219656
Alignment:
| Q |
25 |
atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt |
124 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| || | || ||||| |
|
|
| T |
38219898 |
atttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggc--tacattgt |
38219801 |
T |
|
| Q |
125 |
aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacact |
224 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| | | || |||| | |
|
|
| T |
38219800 |
aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaat |
38219701 |
T |
|
| Q |
225 |
ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca |
269 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38219700 |
ggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactccca |
38219656 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 326 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 38242325 - 38242254
Alignment:
| Q |
326 |
agataattagttacatatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatt |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38242325 |
agataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgatt |
38242254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 17453819 - 17453562
Alignment:
| Q |
18 |
ttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctat |
117 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
17453819 |
ttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgtaccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtac |
17453720 |
T |
|
| Q |
118 |
atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggga |
217 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
17453719 |
at--tgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatggtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaaga |
17453622 |
T |
|
| Q |
218 |
gcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca |
277 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17453621 |
gcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca |
17453562 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 17432914 - 17432676
Alignment:
| Q |
25 |
atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt |
124 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| |
|
|
| T |
17432914 |
atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaaatgaggcaggg--------------tacattgt |
17432829 |
T |
|
| Q |
125 |
aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacact |
224 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || ||||| || |||||| |
|
|
| T |
17432828 |
aggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacaccaaagaccacact |
17432729 |
T |
|
| Q |
225 |
ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca |
277 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
17432728 |
ggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaagaacttccataccaaca |
17432676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 117 - 260
Target Start/End: Original strand, 11475240 - 11475383
Alignment:
| Q |
117 |
tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggg |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| || |
|
|
| T |
11475240 |
tatattgtaggaatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactacagtagcaacataa |
11475339 |
T |
|
| Q |
217 |
agcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaa |
260 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
11475340 |
gtcactctggagtaatgggacttttctatttcttggtggcagaa |
11475383 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 42 - 260
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486616
Alignment:
| Q |
42 |
tcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgtt |
141 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||| |||| || |||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||| ||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
11486400 |
tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgag--aaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgtt |
11486497 |
T |
|
| Q |
142 |
atcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggactttt |
241 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11486498 |
accctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactacagtagcaacataagacactctggagtaatgggactttt |
11486597 |
T |
|
| Q |
242 |
ctacctattggtggcagaa |
260 |
Q |
| |
|
||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
11486598 |
ctatttcttggtggcagaa |
11486616 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 210
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480744
Alignment:
| Q |
121 |
ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagca |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
11480655 |
ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaaccacagcagca |
11480744 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 192
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
| Q |
121 |
ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctag |
192 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
11463351 |
ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag |
11463422 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0083 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:
Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 194
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
| Q |
44 |
aggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgttat |
143 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||| ||| | ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
48989 |
aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaa--aaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttat |
49086 |
T |
|
| Q |
144 |
cctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagag |
194 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
49087 |
cctcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag |
49137 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 277
Target Start/End: Original strand, 21547882 - 21548038
Alignment:
| Q |
121 |
ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagca |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||| |||| || ||| || |
|
|
| T |
21547882 |
ttgtaggaatgaccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaattctagaggtgaactataacaacagcagaagaca |
21547981 |
T |
|
| Q |
221 |
cactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactcccataccaaca |
277 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| ||||| || | |||||||||||| | || ||| ||||||| |
|
|
| T |
21547982 |
ctctggagtaatggggcttttttatttcttggtggcagaaaagctaccacaccaaca |
21548038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University