View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11672_high_2 (Length: 616)

Name: NF11672_high_2
Description: NF11672
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11672_high_2
NF11672_high_2
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (190-600)||(17928101-17928511)
chr5 (4-593)||(16397185-16397768)
chr5 (2-586)||(15357794-15358372)
chr5 (46-591)||(16403779-16404324)
chr5 (2-586)||(15347525-15348103)
chr5 (2-584)||(16414519-16415095)
chr5 (2-591)||(15336147-15336727)
chr5 (14-503)||(15083553-15084034)
chr5 (14-594)||(15452456-15453030)
chr5 (14-592)||(15428614-15429186)
chr5 (301-593)||(15331693-15331986)
chr5 (1-260)||(15332021-15332280)
chr5 (358-390)||(30520888-30520920)
chr5 (358-390)||(30561228-30561260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-503)||(8187708-8188203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 190 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 17928511 - 17928101
Alignment:
Q  190 aggatagttaaccactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaa 289  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17928511 aggatagttaaccacttttagctaagaatttgggtgtctgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagttatcataggatcaacttctggaa 17928412  T
Q  290 attcctatgactgtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17928411 attcctatgactgtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtg 17928312  T
Q  390 ggatgaggaacaagagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagca 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17928311 ggatgaggaacaagagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagca 17928212  T
Q  490 gaaatcatgggaacggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtag 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17928211 gaaatcatgggaacggtgcctgctcataaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtag 17928112  T
Q  590 aacagacaaag 600  Q
    ||| |||||||    
T  17928111 aactgacaaag 17928101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 4 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 16397768 - 16397185
Alignment:
Q  4 gactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatgtg 103  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| | |||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  |    
T  16397768 gactggcgacaaaccacctcaatcgttactcaacctttagtctatggaagaaacgaagataaggataaaattgtagactttttggttggtgatgcttccg 16397669  T
Q  104 actcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaacca 203  Q
    |    ||||| ||||| ||||||||| |  | ||  |||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| | |||||| |||||    
T  16397668 aacaagaggacttatccgtctatccaattgttgggctaggtggactaggtaaaacaacacttgctcaactcgtcttcaatcatgacaagatagtcaacca 16397569  T
Q  204 ctttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgactgt 303  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||| |    |  ||   || ||||      ||    
T  16397568 ctttgagttaaaaatttgggtgtgcgtttcagaagatttcactctaaaaagaatgacaaaagccatcatagaaggggcaactaagaagtcct------gt 16397475  T
Q  304 gaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaacaag 403  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||||    
T  16397474 gaggatttagatctagagctacttcaaagaaaacttcaagatctacttcgaagaaaaagatacttgcttgttttggatgacgtgtggaatgacaaacaag 16397375  T
Q  404 agaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgggaac 503  Q
    |||||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16397374 agaattggcaaagattgaaatctgtattggcttgtggaggaaaaggcgcttcaattttggtcactacccgtcttccaaaggtagcaaaaatcatgggaac 16397275  T
Q  504 ggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaaca 593  Q
      | |||  ||| ||| | |||| | | |||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16397274 aatacctcatcatgaattatcaaggctatctgacgaagattgttgggaattgtttaaacaacgagcctttggaccaaatgaggtacaaca 16397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 2 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15358372 - 15357794
Alignment:
Q  2 ttgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatg 101  Q
    ||||||||||  |||| |||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |     
T  15358372 ttgactggcgacaaaccacctcaaatatcactcaacctcaagtttttggaagaaatgaagataaggatcaaattgtagactttttggttgatgatgcgta 15358273  T
Q  102 tgactcg-gaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaa 200  Q
    | ||| | ||||||||||| ||||||||| || ||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |  | ||||||||||||| | |||| ||    
T  15358272 t-acttgtgaggatttatcagtctatccagtagtaggtcttggtggacttgggaaaacaacacttgcccaagttgtgttcaatcatgagaaggtagtcaa 15358174  T
Q  201 ccactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgac 300  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |  | |||||      | |||      
T  15358173 acactttgagctaagaatttgggtatgtgtttcagaagatttcagtttgaagagaatgacaaaaggcatcatagaagctgcatctgg------ccatgct 15358080  T
Q  301 tgtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||   ||  | || |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| | ||    
T  15358079 tgtgaggatttagatctagagccgttgcaaagaaaactgttggatttgctacgaagaaaaagatatttgctggtgttggatgatgtatgggatgatggac 15357980  T
Q  401 aagagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatggg 500  Q
    |||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  15357979 aagagaattggcagagattgaaatctgtattggcttgcggaggcaagggtgcttcggttttggtaaccactcgtcttccaaaggttgcagcaatcatggg 15357880  T
Q  501 aacggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgagg 586  Q
    |||  ||||  |||| ||  | |||||| | ||||||| ||| |||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15357879 aacaatgccctctcatgatttatcaatgctatctgacacagattgctgggaattgattaagcagcgagcatttggaccaaatgagg 15357794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 46 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 16404324 - 16403779
Alignment:
Q  46 tatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatgtgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtg 145  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||| ||| | |||||| ||||| ||||||||| || ||||  |||| |    
T  16404324 tatggaagagaaaaagaaaaggataaaatcgtggactttttggttggtgatgcatatgaattggaggacttatctgtctatccaatagtaggcctagggg 16404225  T
Q  146 gacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaaccactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcag 245  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | |||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  16404224 gactgggtaaaacaacacttgcccaactcgtctttaataacgagagggtagtcaaccactttgaattaagaatttgggtgattgtttctgaagatttcag 16404125  T
Q  246 tctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgactgtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagag 345  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||||   ||||  |||||  |  ||||||   |||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| ||||      
T  16404124 tctcaaaagaatggcaaaagctatcataacttcaatatctggggaggcctatggaggtgaggatttggatctagagctactacaaaaaagacttcaagtt 16404025  T
Q  346 ctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaacaagagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaa 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |  |||||||| |||||||||  ||||| | | ||||||||||||| ||||    
T  16404024 ctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgacttgtggaaccaaaaacaagagtattggctgagattgaaatttctattggcttgtggtggaa 16403925  T
Q  446 aaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgggaacggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactg 545  Q
    | ||| |||| |||||||||||||| || |||  ||| |||||  |||||||||| || |||||| |||| ||| | || | | | ||||| ||||||||    
T  16403924 agggtacttcaattttggtcactactcgtcttttaaatgtagccaaaatcatggggacagtgcctcctcatgaattatctaggctatctgataaagactg 16403825  T
Q  546 ctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaa 591  Q
     ||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  16403824 ttgggaattgtttaggcaacgagcgtttggaccaaatgaggcagaa 16403779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15348103 - 15347525
Alignment:
Q  2 ttgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatg 101  Q
    ||||||||||  |||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||  |||||| |     
T  15348103 ttgactggcgacaaaccacctcaattattactcaacctcaagtttatggaagagatgaagataagagtaaaattgtagactttttggttgatgatgcttc 15348004  T
Q  102 tgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaac 201  Q
    |   |  ||||||||||| || |||||| |  | ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |  | ||||||||||||| | |||| |||    
T  15348003 tagttttgaggatttatcagtttatccaattgtcggtttaggtggacttgggaaaacaacacttgcccaaattgtgttcaatcatgagaaggtagtcaac 15347904  T
Q  202 cactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgact 301  Q
     |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||    ||  |||  |    
T  15347903 tactttgagctaagaatttgggtatgcgtttcagaagatttcagtttgaagagaatgacaaaagccatcatagaatctacatctgg----tc--atgctt 15347810  T
Q  302 gtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaaca 401  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||   | |  | || | |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| || || ||    
T  15347809 gtgaggatttagagctagagccgctgcaaagaaaacttttaaatttgctgcaaagaaaaagatatttgctggtgttggatgatgtgtgggacgacgacca 15347710  T
Q  402 agagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatggga 501  Q
    ||||||||||| ||  ||||  | |||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || || || ||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  15347709 agagaattggcagagattgagatttgtattggcttgtggaggcaagggtgcttcgattttagtaaccactcgtctttcaaaggttgcagcaatcatggga 15347610  T
Q  502 acggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgagg 586  Q
    ||  ||||   ||| ||  | |||||| | ||||| |  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15347609 acaatgccctttcatgatatatcaatgctatctgagactgattgttgggaattgtttaaacaacgagcatttggaccaactgagg 15347525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 16415095 - 16414519
Alignment:
Q  2 ttgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatg 101  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| | | | ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||| ||||||| |     
T  16415095 ttgactggcgccaaaccacctcaatcattactcaaccacgaatctatggaagagatgaagagaagaataaaattgtggaatttttggttggtgatgcttc 16414996  T
Q  102 tgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaac 201  Q
    ||  |  |  |||||| | ||||||||| |  ||||| |||||||  | ||||||||  |||| | |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||    
T  16414995 tgttttagtagatttaccagtctatccaattgtaggtctaggtggtttgggtaaaacagcacttgtccaactgatctttaatcatgaaagggtagtcaac 16414896  T
Q  202 cactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgact 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||      | |||  |    
T  16414895 cactttgagctaagaatttgggtatgtgtttcagaagattttagtttgaagagaatgacaaaagccatcatagaatcggcttctgg------ccatgctt 16414802  T
Q  302 gtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaaca 401  Q
    | |||||  |||||||||||||  | || |||| |||   |||  | ||   | ||||||| |||||||| ||  |||||||| | |||||||| |||||    
T  16414801 gcgaggacctagatctagagccgttgcagagaaaacttttagatttgctaaaaggaaaaaggtatttgctagtgctggatgatgtatgggatgatgaaca 16414702  T
Q  402 agagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatggga 501  Q
    |||||| |||| || ||| || | |||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  16414701 agagaactggcagaggttaaaatatgtattggcttgtggaggcaagggtgcttcagttttggtcactactcgtcttccaaaggttgcagcaataatggga 16414602  T
Q  502 acggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatga 584  Q
    || |||||  |||| ||  | ||| || | |||||||| ||||| | ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  16414601 acagtgccacctcatgatttatcattgctatctgacaatgactgtttggatttgttgaaacaaagagcctttggaccaaatga 16414519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 15336727 - 15336147
Alignment:
Q  2 ttgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatg 101  Q
    ||||||||||  |||| || |||||||| | ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||   |    
T  15336727 ttgactggcggcaaaccacttcaatcattaatcaacgtcaagtttatggaagagatgaagataagaataaaattgtagagtttttggttagtaatggtag 15336628  T
Q  102 tgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaac 201  Q
    |   |  ||||||||||| || |||||| |  | ||| | |||||| |||| ||||| ||| |  ||||||| |||||||||||||||||  |||| |||    
T  15336627 t---tttgaggatttatctgtttatccaattgtcggtgttggtggaattggaaaaacaacattgacccaacttatcttcaatcatgagagtgtagtcaac 15336531  T
Q  202 cactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgact 301  Q
    || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||  | |||||    ||  |||  |    
T  15336530 cagtttgatctaagaatttgggtatgtgtttcagaagatttcagtttgaaaagaatgacaaaagccatcatagaatctgcatctgg----tc--atgctt 15336437  T
Q  302 gtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaaca 401  Q
    ||||||| ||||||||||||||  | |||||||  ||    ||  | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  ||      
T  15336436 gtgaggaattagatctagagccgttgcaaagaaagcttttggatttgctacaaagaaaaagatatttgcttgtgttggatgatgtgtgggacgacaaatc 15336337  T
Q  402 agagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatggga 501  Q
    |||||||||||  |  ||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || || || |||||||||||||||| || |||||||    
T  15336336 agagaattggcaaagattgagatctgtattggcttgtggaggcaagggtgcttcgattttagtaaccactcgccttccaaaggtagcagcaaccatggga 15336237  T
Q  502 acggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaa 591  Q
    || |||  | ||||  |  | ||||  || | |||||  || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  15336236 acagtgttttctcataatttatcaaaattatgtgacagtgattgttgggaattgtttaaacagcgagcctttggaccaaatgaggaagaa 15336147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 15084034 - 15083553
Alignment:
Q  14 aaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatgtgactcggagga 113  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || | ||     |||||    
T  15084034 aaaccacctcaatcatttctcaacctcaagtctatggaagagatgaagataaggataaaattgtagattttttggttagggaagcttctggtcttgagga 15083935  T
Q  114 tttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaaccactttgagcta 213  Q
    ||| |  |||| |||| |  | ||| |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | ||  | ||||  |||       
T  15083934 tttgtgtgtctgtccaattgtgggtctaggcggacttgggaaaacaacacttgcccaacttatcttcaatcatgaaagggtggtccaacact--gagtcc 15083837  T
Q  214 agaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgac-tgtgaggattta 312  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||| | | |       ||||| |   |   | ||||| |||||     
T  15083836 agaatgtgggtgtgtgtttcagaagattttagtttgaagcgaatgactaaagcaatcatcgaagc-------ggaaactaagaactcatgtgaagatttg 15083744  T
Q  313 gatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaacaagagaattggc 412  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||| | | ||||||||| ||||||||| ||||||||  | ||||| ||  |||||||||||||||    
T  15083743 gatctagaaccactacaaagaagacttcaacatctactacaaggaaaaagatttttgcttgtattggatgacgtttgggacgataaacaagagaattggc 15083644  T
Q  413 tgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgggaac 503  Q
     ||  ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15083643 agagattgagatctgtattggcttgtggaggaaagggtgcttcaattttggtcactactcgtcttgcaaaggtagcagaaatcatgggaac 15083553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 594
Target Start/End: Original strand, 15452456 - 15453030
Alignment:
Q  14 aaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatgtgactcggagga 113  Q
    |||| ||||||||||| | |||| ||  |||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    |    ||| |    
T  15452456 aaaccacctcaatcattaatcaaactttagttcatggaagagacgaggataaggataaaattgtagactttttgattggtgatgcagcaaaactagagaa 15452555  T
Q  114 tttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaaccactttgagcta 213  Q
     ||||| || |||||| || ||||| | |||||||| ||||||||   ||||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  15452556 cttatcagtttatccaatagtaggtctcggtggactaggtaaaacagtactcgccaaactaattttcaatcatgagagtatagtcaaccactttgagcta 15452655  T
Q  214 agaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgactgtgaggatttag 313  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||    ||| | ||| ||| | || |  ||   || ||       ||| ||||||| |    
T  15452656 agaatttgggtgtatgtttccgaagagttcaatttgaagagaatcgtcaaatccatcctagaaacagcaactaagaagtc------ttgtaaggatttgg 15452749  T
Q  314 atctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaacaagagaattggct 413  Q
    |||||||| | ||||||| || ||| ||| || ||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||      
T  15452750 atctagagacactacaaataaaacttcaaaaggtacttcgtacaaaaagatatttgctaattttggatgatgtgtggaatgataaacaagagaaatggta 15452849  T
Q  414 gaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgggaacggtgcctgct 513  Q
      | ||||| ||| |||||| |||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||||||||  |||||  |    
T  15452850 tgatttgaaatctctattggtttgtggaggaaagggttcttcagttttggtcactacccgtcttgcaaaggtaggacaaatcatgggaacaatgcctctt 15452949  T
Q  514 cacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaacag 594  Q
    || ||  | |||| | | ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  15452950 catgatttatcaaggctatctgacaaagattgttggaaattgtttaaacaacgagcttttggaccaaatgaagtagaacag 15453030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 592
Target Start/End: Original strand, 15428614 - 15429186
Alignment:
Q  14 aaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatgtgactcggagga 113  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||| || | ||     |||||    
T  15428614 aaacaacctcaatcatttctcaacctcaagtctatggaagagataaagatatggataaaattgtagattttttggttggtgaagcttctggtcttgagga 15428713  T
Q  114 tttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaaccactttgagcta 213  Q
    ||| |  || |||||| |  | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||||||||||      
T  15428714 tttgtgtgtttatccaattgttggtataggtggacttggaaaaacaacacttgcccaacttatcttcaatcacgagagggtggtcaaacactttgagccg 15428813  T
Q  214 agaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgactgtgaggatttag 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| | || || | | | || |||   || ||       ||||    ||| |    
T  15428814 agaatttgggtttgtgtttcagaagattttagtttgaagagaatgactaaaacgataatcgaagcgacatctaagaagtc------atgtggtattttgg 15428907  T
Q  314 atctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaacaagagaattggct 413  Q
    |||||||| | ||||||| |||||| ||||| || |||| | ||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |   |||||||||||||||     
T  15428908 atctagagacactacaaacaagacttcaagacctgcttcaaggaaaaagatttttgcttgtattggacgatgtatgggacgttaaacaagagaattggca 15429007  T
Q  414 gaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgggaacggtgcctgct 513  Q
     || ||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||| || |||   |||||||||||||||||| ||||  | ||| |     
T  15429008 aaaattgagatctgttttggcttgtagaggaaagggttcttcaattttggtcactactcgtcttttgaaggtagcagaaatcatgcgaacaatacctcca 15429107  T
Q  514 cacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaac 592  Q
    || ||  | || | | | |||||| |||| || ||||| ||||||||||||   || |||||| |||||||||||||||    
T  15429108 catgatatatcgaagctatctgacgaagattgttgggaattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaac 15429186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 301 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 15331986 - 15331693
Alignment:
Q  301 tgtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaa-gagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaa 399  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||| || ||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||  ||    
T  15331986 tgtgatgatttggatcttgagccactacaaagaaaacttcaaagatctattgcaaagaaaaaaatatttgcttgttttagatgatgtgtggaatgaaaaa 15331887  T
Q  400 caagagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatgg 499  Q
    |||||||| ||||  |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||    
T  15331886 caagagaaatggcacaagttgaaatctttgttggcttgtggaggaaagggtgcttcagtattggtcactactcgtcttgaaaaggtagcagaaatcatgg 15331787  T
Q  500 gaacggtgcctgctcacgaactttcaatgttgtctgacaaagactgctgggagttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaaca 593  Q
    ||||  | ||| ||   ||| | |||| | | |||||   ||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  15331786 gaacaattcctccttttgaagtatcaaagctatctgatgtagattgttgggaattgtttaaacaacgagcttttgggccaaatgaggtagaaca 15331693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 15332280 - 15332021
Alignment:
Q  1 attgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcat 100  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||  ||||||||||||| |  |||||| |||  |||| ||||||||| |||||  |||| ||||  | ||| |    
T  15332280 attgactggcgccaaacaacctcaatcatttctcaacctcaagtcttcggaagagatggtgatagggataaaatggtagatattttggttaacggtgctt 15332181  T
Q  101 gtgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaa 200  Q
     ||  |  |||||||| ||||| |||||| |  | ||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||  | || ||    
T  15332180 ctggttttgaggatttgtcggtttatccaattgtgggactaggcggacttggaaaaacaacacttgcccaacttatattcaatcatgaaagtgttgtcaa 15332081  T
Q  201 ccactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgac 260  Q
     |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||    
T  15332080 acactttgatctgagaatgtgggtgtgtgtttcagatgattttagtatcaaaagaatgac 15332021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 358 - 390
Target Start/End: Original strand, 30520888 - 30520920
Alignment:
Q  358 aaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgg 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30520888 aaaagatatttgcttgttttggatgatgtgtgg 30520920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 358 - 390
Target Start/End: Original strand, 30561228 - 30561260
Alignment:
Q  358 aaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgg 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30561228 aaaagatatttgcttgttttggatgatgtgtgg 30561260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 158; Significance: 9e-84; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 8188203 - 8187708
Alignment:
Q  2 ttgactggcgtgaaactacctcaatcatcactcaacctcaagtatatggaagaaatgaagataaggataaaattgtagacttttttgttagtgatgcatg 101  Q
    ||||||||||  |||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |     
T  8188203 ttgactggcgccaaaccacgtcaatcatttctcaacctcaagtttatggaagagatgaagatagggataaaattatagactttcttgttggtgatgcttc 8188104  T
Q  102 tgactcggaggatttatcggtctatccattaataggtataggtggacttggtaaaacgacactcgcccaactcatcttcaatcatgagaggatagttaac 201  Q
    ||  |   |  ||||||| ||||||||| || | ||| ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  8188103 tggttttcaaaatttatctgtctatccaatagttggtctaggtggacttggaaaaacaacactgacccaactcatcttcaatcatgagaagatagtcgac 8188004  T
Q  202 cactttgagctaagaatttgggtgtgtgtttcagaagatttcagtctgaagagaatgacaaaagctatcataggatcaacttctggaaattcctatgact 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| |||| | |||||| || | | || ||    
T  8188003 cactttgagctaagaatttgggtatgtgtttctgaagatttcagtttgaagagaatgataagatccatcatagaatcagcatctggacatgcatctg-ct 8187905  T
Q  302 gtgaggatttagatctagagcccctacaaagaagactgcaagagctacttcgaagaaaaagatatttgcttgttttggatgatttgtgggatgaggaaca 401  Q
         |||||||| || ||||| ||||||||||||||   |||  || | | |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  8187904 -----gatttagaacttgagccactacaaagaagacttgtagaaatattacaaagaaaaagatatttgctcgttttggacgatgtgtgggatgatgaaca 8187810  T
Q  402 agagaattggctgaagttgaagtctgtattggcttgtggaggaaaaggtgcttcgattttggtcactacacggcttccaaaggtagcagaaatcatggga 501  Q
    ||  || |||| || |||||| |||||||||||||||||  || |||| |||||  |||||||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  8187809 aggaaactggcagaggttgaaatctgtattggcttgtgggagagaaggcgcttcagttttggtcaccactcgccttccaaaggttgcagcaatcatggga 8187710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University