View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11672_low_8 (Length: 448)

Name: NF11672_low_8
Description: NF11672
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11672_low_8
NF11672_low_8
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (30-443)||(3042624-3043037)
chr8 (34-437)||(3034588-3034991)
chr8 (20-442)||(3063424-3063846)
chr8 (30-437)||(3055450-3055857)
chr8 (24-259)||(25125231-25125466)
chr8 (56-412)||(3071138-3071491)
chr8 (119-412)||(3067559-3067852)
chr8 (81-437)||(3040441-3040794)
chr8 (244-437)||(3065767-3065957)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 3043037 - 3042624
Alignment:
Q  30 tcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3043037 tcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacatagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 3042938  T
Q  130 cttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcactt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042937 cttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcactt 3042838  T
Q  230 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042837 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtc 3042738  T
Q  330 caaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgt 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| |    
T  3042737 caaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactt 3042638  T
Q  430 tactctctgcttct 443  Q
    |||||||| |||||    
T  3042637 tactctcttcttct 3042624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 34 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3034991 - 3034588
Alignment:
Q  34 taaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttc 133  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3034991 taaaaggcttttgaagcacaaaatctgagtaaggccaatcaatgtcagtcatagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttggttcatcttc 3034892  T
Q  134 tgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatca 233  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||  |||||| |||||| || | ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||| |||||||    
T  3034891 tgcacatccttgtatgaagtctggcttgcagctaccaaatggatcttcaggatcaaccagcgagtatcgttttggacactgacatttcggtctcttatca 3034792  T
Q  234 actcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaac 333  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3034791 acttccaaagtgcataagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacaatataagtacatatattatcaggcttagaccacactgtggtccaac 3034692  T
Q  334 cttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttact 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| |||||    
T  3034691 cttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagagtggtagagactttact 3034592  T
Q  434 ctct 437  Q
    ||||    
T  3034591 ctct 3034588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 20 - 442
Target Start/End: Original strand, 3063424 - 3063846
Alignment:
Q  20 acactgttcctcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgttttta 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3063424 acactgttcttcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctcttttta 3063523  T
Q  120 cttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatg 219  Q
    ||| | ||||||||| |||||||||| | ||| | ||||| |||  | |||  ||||||||  | ||||| |||||||||   ||||||||||||||||     
T  3063524 cttggatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacatt 3063623  T
Q  220 ttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagacca 319  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  3063624 ttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagacca 3063723  T
Q  320 cacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtg 419  Q
     || ||||||||||||||||  | | ||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063724 tactgtggtccaaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtg 3063823  T
Q  420 gtcgagacgttactctctgcttc 442  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  3063824 gtcgagacgttactctcttcttc 3063846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 30 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3055857 - 3055450
Alignment:
Q  30 tcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3055857 tcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacataggccaatcaatgtcagtcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 3055758  T
Q  130 cttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcactt 229  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  3055757 cttctgcacatccttgtatgaagtctggcttgcagctaccaagtggatcatcaggatcaaccagtgagtatcgttttggacactgacatgttggtctctt 3055658  T
Q  230 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||    
T  3055657 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactcccttcattagcaatataattacatatattatcaggtttagaccacactatggtc 3055558  T
Q  330 caaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgt 429  Q
    ||| | ||||  ||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||| |    
T  3055557 caaacatcactctcagttgaattcttgggatacttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgccctaacataaaattcagtggtagagactt 3055458  T
Q  430 tactctct 437  Q
    ||||||||    
T  3055457 tactctct 3055450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 24 - 259
Target Start/End: Original strand, 25125231 - 25125466
Alignment:
Q  24 tgttcctcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttactta 123  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || |||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25125231 tgttcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacatagaccaatcaacggcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttactta 25125330  T
Q  124 gttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttgg 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25125331 gttcatcttctccacatccttgcatgaagtcttgctcgcaagtaccaagtggatcatcgggatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttgg 25125430  T
Q  224 tcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattata 259  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25125431 tctcttatcaactcccaaagtgcagaagctattata 25125466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 56 - 412
Target Start/End: Original strand, 3071138 - 3071491
Alignment:
Q  56 atctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagttt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||| ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  3071138 atctgatagaggccaatcagtgtcattcaaaacctgaaactcatatagatcctttgt---tttactttgttcatcttctgcacatccttgtatgaaatct 3071234  T
Q  156 ggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctat 255  Q
    |||| |||  ||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  3071235 ggcttgcagctaccatgtggatcatcaggatcaagcagtgagtaacgttttggacaccgacatgttggtctcttatcatctcccaaagtgcagatggtat 3071334  T
Q  256 tatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattctt 355  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||   ||||||||| | ||| | ||||||||| || ||||||  | ||| |||| |||| |||||    
T  3071335 tatatccacaaacaccactacctgaactaacaatatattgacatatatttttaggatgagaccacactgtagtccaatttccactatcagttgagttctt 3071434  T
Q  356 cggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 412  Q
     ||||||||| ||  ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3071435 tggatgcttgaaaggtgaaaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 3071491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 119 - 412
Target Start/End: Original strand, 3067559 - 3067852
Alignment:
Q  119 acttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacat 218  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||| |||  |||||| |||||| || | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  3067559 acttagttcatcttctgcatatccatgtatgaggtctggcttgcagctaccaaatggatcgtcaggatccaccagtgagtaactttttcgacaccgacgt 3067658  T
Q  219 gttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagacc 318  Q
    ||||| | |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |   |  ||||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  3067659 gttggcctcttattctctcccaaagtgcagtagctattatatccacaaacaccactacctaatttaggaaaataatgacatatattttcaggctgagacc 3067758  T
Q  319 acacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 412  Q
    ||||  | ||||||||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||   || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067759 acactatagtccaacctccactatcagttgaactctttggatgcttaagaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 3067852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 81 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3040794 - 3040441
Alignment:
Q  81 atcaaaatctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcat 180  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||| |   ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |||  |||||   ||||  |    
T  3040794 atcaaaatctgaaactcatatagatcctttgt---tttacatagttcatcttctgcacatccttgtacgaaatctggcttgcagctaccataaggatagt 3040698  T
Q  181 cggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgc 280  Q
    | | |||||| ||||||||||| | ||||||| || ||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3040697 caggatcaactagtgagtaactatctggacaccgaaatgctggtctcgtatcatctcccaaagtgcatatgctattatatccacaaacaccactaccttc 3040598  T
Q  281 actgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacaca 380  Q
    | | |||  ||||  |||||||||   ||| | ||||||||| || ||||||  | ||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||  |||||     
T  3040597 agtaacaaaataatgacatatatttcgaggatgagaccacactgtagtccaatttccaatatcagttgaattcttcggatgcttgaaaagtgaaaacact 3040498  T
Q  381 ccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttactctct 437  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| |  || || ||||| |||||||||    
T  3040497 ccatcaaaattaattgttgctctaagataaaaatcagttgtggagactttactctct 3040441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 437
Target Start/End: Original strand, 3065767 - 3065957
Alignment:
Q  244 tgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatc 343  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||||  |||| ||  ||||||| ||||| |||||  || ||||||||||||  ||    
T  3065767 tgcagaagctgttatatccataaacaccactacctaaactaacaatatat-tacacat--tatcaggtttagatcacactatgatccaaccttcactctc 3065863  T
Q  344 aattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttactctct 437  Q
    | | ||| |||| ||||||||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | || || |||||||||    
T  3065864 agtcgaactctttggatgcttgtaaagtgtaaacaccccgtcaaaattaagagttgctctaagttaaaaatgtgtgtttgaaactttactctct 3065957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University