View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11674_high_1 (Length: 694)

Name: NF11674_high_1
Description: NF11674
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11674_high_1
NF11674_high_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-630)||(14174362-14174990)
chr4 (1-623)||(28610887-28611510)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-623)||(12931098-12931720)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (229-627)||(51303082-51303480)
chr3 (121-616)||(24876227-24876720)
chr3 (9-95)||(24875603-24875688)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (54-398)||(38996546-38996890)
chr5 (433-604)||(38996901-38997071)
chr5 (330-433)||(38994363-38994466)
chr5 (469-552)||(38994541-38994624)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 14174990 - 14174362
Alignment:
Q  1 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174990 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactat 14174891  T
Q  101 cttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacag 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  14174890 cttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttctggcaaagaactcaaaagtaatag 14174791  T
Q  201 tgcttgtaattcgtcatccagcaccagcttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccga 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  14174790 tgcttgtaattcatcatccagcaccaacttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaagtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctctcgg 14174691  T
Q  301 tactttaaattcactaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 400  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174690 tactttagattcaccaactttcta-tagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 14174592  T
Q  401 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatctgtcacctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14174591 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacaaccttccgatgagactttttccagtcttcatccgtcacctt 14174492  T
Q  501 atctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174491 atctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtg 14174392  T
Q  601 agtttaatcatcgtaccagtgttaccagtt 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174391 agtttaatcatcgtaccagtgttaccagtt 14174362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 623
Target Start/End: Original strand, 28610887 - 28611510
Alignment:
Q  1 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610887 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactat 28610986  T
Q  101 cttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacag 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  28610987 cttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttctggcaaagaactcaaaagtaatag 28611086  T
Q  201 tgcttgtaattcgtcatccagcaccagcttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccga 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611087 tgcttgtaattcatcatccagcaccaacttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaagtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccga 28611186  T
Q  301 tactttaaattcactaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 400  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611187 tactttagattcaccaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcgttctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 28611286  T
Q  401 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatctgtcacctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  28611287 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactaacagccttccgatgagactttttccagtcttcatccgtaacctt 28611386  T
Q  501 atctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctcca-tttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagt 599  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611387 atctggctttgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccattttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagt 28611486  T
Q  600 gagtttaatcatcgtaccagtgtt 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  28611487 gagtttaatcatcgtaccagtgtt 28611510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 563; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 12931720 - 12931098
Alignment:
Q  1 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931720 ctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcatgagagctacttgatcccatgtattttcttcttgtttcttcattgaacatactat 12931621  T
Q  101 cttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacag 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  12931620 cttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttttggcaaagaactcaaaagtaatag 12931521  T
Q  201 tgcttgtaattcgtcatccagcaccagcttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccga 300  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12931520 tgcttgtaattcatcattcagcaccaacttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaagtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccgg 12931421  T
Q  301 tactttaaattcactaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 400  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931420 tactttagattcaccaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttg 12931321  T
Q  401 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatctgtcacctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12931320 tctctgtggccacatggtggaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatccgtcacctt 12931221  T
Q  501 atctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931220 atctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtg 12931121  T
Q  601 agtttaatcatcgtaccagtgtt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12931120 agtttaatcatcgtaccagtgtt 12931098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 229 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 51303480 - 51303082
Alignment:
Q  229 ttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccgatactttaaattcactaactttctaatag 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  51303480 ttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaagtcactcaagtgctcgacaactgatcttccctcccgatactttaaattcaccaaatttttaatag 51303381  T
Q  329 cgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttgtctctgtggccacatggtggaatacact 428  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  51303380 cgaaagttttgttttgtgcgatctttctttgatacatctttttgatgttcttccacagagtctgggcatttgtctctatgaccacatggtggaatacact 51303281  T
Q  429 aagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatctgtcaccttatctggcttcgtgtctcccttttctaca 528  Q
    ||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  51303280 aagatccacccgctgcctgatgagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatttgtcaccttatatggcttagtgtctcccttttctaca 51303181  T
Q  529 ggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtgagtttaatcatcgtaccagtgttacca 627  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51303180 ggatcatacatatccttgcagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtgagtttaatcattgtaccagtgttacca 51303082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 121 - 616
Target Start/End: Original strand, 24876227 - 24876720
Alignment:
Q  121 agtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgcttgtaattcgtcatcca 220  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| || || ||||| | |||| |    
T  24876227 agtgctccatctggagcatagttgcttaacgacactacccaagtttccctattttttggcaaagaactcaaaagtaacaatgattataatttggcatcga 24876326  T
Q  221 gcaccagcttcatggcaaccaattggtttaccaagtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccgatactttaaattcactaactt 320  Q
     |||    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24876327 acac----ttcatggcaaccaattggtttagcaagtattgaaagtcactcaagtgcttggcaaccgatcttccctcctgatactttaaattcaccaactt 24876422  T
Q  321 tctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttgtctctgtg-gccacatggtg 419  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||| ||||  ||||||||||    
T  24876423 tctaatagtgaaagttttgttttgtgcggtatttctttgatatatattttcgatgttcttccatggagtatgggcattcgtctatgtgccccacatggtg 24876522  T
Q  420 gaatacactaagatccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagac-tttttccagtcttcatctgtcaccttatctggcttcgtgtctcc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||  | || ||||||||||||||||  || |  |||||||||| |||||||||    
T  24876523 gaatacactaagatccacccactgcctaagcaaactaacaaccttccgacaaaacttttttccagtcttcattcgtaattttatctggctccgtgtctcc 24876622  T
Q  519 cttttctacaggatcatacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtgagtttaatcatcgtac 616  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24876623 cttttctgcaggatcatatgtatcattgcagtaaagtatatcctccgttttcgacttccaaatgaagtagtttctagaagtgagtttaatcatcgtac 24876720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 95
Target Start/End: Original strand, 24875603 - 24875688
Alignment:
Q  9 gctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacat 95  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  24875603 gctcttacttctgcctctgttttccgtgacattggtttgagagctacttgatcctatgt-ttttattcttatttcttcatcgaacat 24875688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 54 - 398
Target Start/End: Original strand, 38996546 - 38996890
Alignment:
Q  54 acttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgac 153  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  | ||||| |  || |||||||| ||| || ||||  ||| | ||||||||||||||    
T  38996546 acttgatcctatgtcttctcttcttgcttcttcattaaacatgttttctttcatttgtgacaaagtcagttcttcatcgagagtatagttgcttaatgac 38996645  T
Q  154 accaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgcttgtaattcgtcatccagcaccagcttcatggcaaccaattggtttacca 253  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||||    
T  38996646 accaccaaagtttcccaacttttcgtaaaagaactcaaaagtagcaatgcttgtaatttgtcatccaacaccaactacaagacaaccaattggtttacca 38996745  T
Q  254 agtcttgaaggtcactcaagtgctcggcaactgatcttccctcccgatactttaaattcactaactttctaatagcgaaagttttgttttgtgcggtctt 353  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |   ||||||||||| || ||| |||||||| | |||| |||||||||||| | | | |||||| |||||  |||||    
T  38996746 agtcttgaaagtcaatcaagtgtttaacaactgatctttccccccaatactttacaatcaccaactttctaatatcaacaattttgtgttgtggagtctt 38996845  T
Q  354 tctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatt 398  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  38996846 tctttgataaatcttttcaatgttcatccacaaagtttggacatt 38996890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 433 - 604
Target Start/End: Original strand, 38996901 - 38997071
Alignment:
Q  433 tccacccactgcctaatcagactgacagccttccgatgagactttttccagtcttcatctgtcaccttatctggcttcgtgtctcccttttctacaggat 532  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||| || ||| | ||| || |||||||||||||||| |    
T  38996901 tccaccaactgcctaaccagactgacaaccttcttatgagacttttttcagtttttatcagtcactttgtctag-ttcatgcctcccttttctacagggt 38996999  T
Q  533 catacatatccttgtagtaaagtatatcctccatttttggcttccaaatggagtagtttgtagaagtgagtt 604  Q
    ||||||||||| |||  |||| |||||||| |||||| | |||  || || |||||||||||||||||||||    
T  38997000 catacatatccatgttataaattatatccttcattttcgacttttaactgaagtagtttgtagaagtgagtt 38997071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 330 - 433
Target Start/End: Original strand, 38994363 - 38994466
Alignment:
Q  330 gaaagttttgttttgtgcggtctttctttgatacatcttttcgatgttcttccacagagtctgggcatttgtctctgtggccacatggtggaatacacta 429  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| |||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  38994363 gaaaattttgttttgtgcggtatttctttgatacatattttcactgtccttccacaaagtttaggcatttgtctctatggccacatggtggaaaacaata 38994462  T
Q  430 agat 433  Q
    ||||    
T  38994463 agat 38994466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 469 - 552
Target Start/End: Original strand, 38994541 - 38994624
Alignment:
Q  469 tgagactttttccagtcttcatctgtcaccttatctggcttcgtgtctcccttttctacaggatcatacatatccttgtagtaa 552  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| |||| || |||| |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  38994541 tgagactctttttagtcttcatctatcactttgtctgacttcatgtcccccttttctacatgaacatacatatccttgttgtaa 38994624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University