View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11675_high_3 (Length: 465)

Name: NF11675_high_3
Description: NF11675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11675_high_3
NF11675_high_3
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (17-449)||(13336732-13337164)
chr5 (17-449)||(13340070-13340505)
chr5 (17-433)||(13345887-13346306)
chr5 (18-433)||(13354584-13355002)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 13337164 - 13336732
Alignment:
Q  17 agcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccccaagcccaggataatccacaaac 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13337164 agcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacgctcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccccaagcccaggataatccacaaac 13337065  T
Q  117 acactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaat 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13337064 gcactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaat 13336965  T
Q  217 caatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggatt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336964 caatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggatt 13336865  T
Q  317 ttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336864 ttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagta 13336765  T
Q  417 aacccgtctccgtggaggcttgaaccgtttgtg 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336764 aacccgtctccgtggaggcttgaaccgtttgtg 13336732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 13340505 - 13340070
Alignment:
Q  17 agcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttg-attcc--ccaagcccaggataatccaca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||   |||   ||||||||| |||||    
T  13340505 agcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataagccaca 13340406  T
Q  114 aacacactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactg 213  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || ||| || || ||||||||||| | ||||||     |    
T  13340405 aacacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgcgcgcg 13340306  T
Q  214 aatcaatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattgg 313  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340305 aatcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattgg 13340206  T
Q  314 attttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaa 413  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13340205 attttgagatggaataagtgcagtttccggattgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaaagaaa 13340106  T
Q  414 gtaaacccgtctccgtggaggcttgaaccgtttgtg 449  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  13340105 gtaaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtg 13340070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13346306 - 13345887
Alignment:
Q  17 agcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccc---caagcccaggataatccaca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||   ||  |||||| ||||  |||    
T  13346306 agcagagaaaccaactctaacccattcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgagacaccagttgctttcctcccactcccagggtaattgaca 13346207  T
Q  114 aacacactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||| |||||| |||||    
T  13346206 aacacactcaatcttttagactcggagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcaaaaaatcaacaggccagtccacagttgcaactg 13346107  T
Q  214 aatcaatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattgg 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  13346106 aatcaatagaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagcaggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctattatagg 13346007  T
Q  314 attttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaa 413  Q
    ||||| ||| | |   | ||||||||| |||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| | | |||||    
T  13346006 atttttagaaggatcgaatgcagtttctgggtcgaaaagaccaagatagccgccacttgaattttttggtacttcaaaatgaagtggtccgatatagaaa 13345907  T
Q  414 gtaaacccgtctccgtggag 433  Q
    | ||| || |||||||||||    
T  13345906 gcaaatccatctccgtggag 13345887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13355002 - 13354584
Alignment:
Q  18 gcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttga-ttcccc--aagcccaggataatccacaa 114  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| | ||| || |||| |  |  |||||||||| ||||||    
T  13355002 gcagagaaacctattctaacccattcaggcaaaacactccttagatcaacaacaactgaaaccctagtggaattccactgagtcccaggataagccacaa 13354903  T
Q  115 acacactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactga 214  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |  |||  |  ||  ||    
T  13354902 acacactcaatcttttagactctgagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcacaaaattaataggccattgtgcatattcaaggga 13354803  T
Q  215 atcaatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattgga 314  Q
    | |||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||| ||| |||||  || |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||     
T  13354802 aacaattgacccaacatcaattccaatgtgaggagattgaaatgatgaaggagggtcccattcatttgtaaaaccatcaaattcaatagctaatattggg 13354703  T
Q  315 ttttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaag 414  Q
     |||  |||| |  || |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  13354702 gttttggatggaggaaatgcattttctgggtcgaaaagaccaagataccctccgcttgaattttttggtacgtcaaaatgtagtggtcccagatagaaag 13354603  T
Q  415 taaacccgtctccgtggag 433  Q
      || |||||||| |||||    
T  13354602 cgaatccgtctccatggag 13354584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University