View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11675_low_1 (Length: 695)

Name: NF11675_low_1
Description: NF11675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11675_low_1
NF11675_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-679)||(5954881-5955549)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5955549 - 5954881
Alignment:
Q  11 cacagattgtgtccttaggaccataccatcatggcaaaaaacgccttcgacaaatggaacgtcataaatggcgttccattaaccacgttcttaagaggac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955549 cacagattgtgtccttaggaccataccatcatggcaaaaaacgccttcgacaaatggaacgtcataaatggcgttccattaaccacgttcttaagaggac 5955450  T
Q  111 aaaacatgacattaggctttatctggatgcaatgaaagagatggaagaaaaagcaagatcttgttatgaaggaacgatcgggttaagcagcaatgagttt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955449 aaaacatgacattaggctttatctggatgcaatgaaagagatggaagaaaaagcaagatcttgttatgaaggaacgatcgggttaagcagcaatgagttt 5955350  T
Q  211 gtggaaatgttggtccttgatggttgttttgtgattgagctgtttagaggagcaacagaagggtttaaggaacttggttattcaaggaacgatcctgttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955349 gtggaaatgttggtccttgatggttgttttgtgattgagctgtttagaggagcaacagaagggtttaaggaacttggttattcaaggaacgatcctgttt 5955250  T
Q  311 ttgcaatgcgcggatcgatgcattcgattcaaagagatatgatcatgctagaaaatcagcttccccttttcatactagatttgcttctgggaattcagat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955249 ttgcaatgcgcggatcgatgcattcgattcaaagagatatgatcatgctagaaaatcagcttccccttttcatactagatttgcttctgggaattcagat 5955150  T
Q  411 tggtaaaccagatttaaaaggacttgttgcaaatctagcactcagattcttcgaccctttaatgccaacagatgaaccattaacaaaaagtgatagaaat 510  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955149 tggtaaaccagatttgaaaggacttgttgcaaatctagcactcagattcttcgaccctttaatgccaacagatgaaccattaacaaaaagtgatagaaat 5955050  T
Q  511 aaactggaatcaacatttagaaaaagcactaccaacgccacctttgatcctttatccgaccaaggaggtcttcactgtctcgatgtatttagacgaagct 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5955049 aaactggaatcaacatttagaaaaagcactaccaatgccacctttgatcctttatccgaccaaggaggtcttcactgtctcgatgtatttagacgaagct 5954950  T
Q  611 tattgcgctcaggacctcaaccagcacctagaatatggatcagacgcaggtcgaacgctaatagagttg 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5954949 tattgcgctcaggacctcaaccagcacctagaatatggatcaaacgcaggtcgaacgctaatagagttg 5954881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University