View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11678_high_1 (Length: 649)

Name: NF11678_high_1
Description: NF11678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11678_high_1
NF11678_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-639)||(24654510-24655134)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 24655134 - 24654510
Alignment:
Q  19 caaatcattgtatcatttgtaagttgtaatagttttttcttaccttatgtatagaaacacttgtgtgatgtaaaatctagctttacaagttgtgaagaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24655134 caaatcattgtatcatttgtaagttgtaatagttttttcttaccttatgtataggaacacttgtgtgatgtaaaatctagctttacaagttgtgaagaaa 24655035  T
Q  119 ttctcttttaacacatagtttgtctacttgatgattccaatttaaggatttaaatgatggtggtatcattcccttaaaaaatgatggttgcatcacgatc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24655034 ttctcttttaacacatagtttgtctacttgatgattccaatttaaggatttaaatgatggtggtatcattcc-ttaaaaaatgatggttgcatcacgatc 24654936  T
Q  219 tttgatattatggacaattggatcaaatgtagactgaattaccaaggtggcatcatccttgataatacagacaatcgtgatcgaatgcaacgaacatgtt 318  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24654935 ttttatattatggacaattggatcaaatgtagactgaattaccaaggtgacatcatccttaataatatagacaattgtgatcgaatgcaacgaacatgtt 24654836  T
Q  319 cttaattatgtttgtgttggtgtcgcaaagatatccaaaaatccgatcttacaatctaaagtcgttgacctttttcttagaccttgactccaatcctatc 418  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  24654835 cttgattatgattgtgttggtgtcgcagagatatccaaaaatttgatcttgcaatttaaagtcgttgacctttttcttagaccttcactccaatcatatt 24654736  T
Q  419 aaagatcaaaattcaatatcaata-----gctttaactaatttttctaccccaaattcgaaatttaattcgtcttaatctcaaagcaaatctaaatcttc 513  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24654735 aagaatcaaaatttaatatcaatagaaaggctttaactaatttttctaccccaaattcgaaatttaattcgtcttaatgtcaaagcaaatctaaatcttc 24654636  T
Q  514 cacatctccaaaaacctaatccaggcaatttcctaaattttcttttcctagtcaatttattatgctttacctttatgtcatttctattgtgagaactaaa 613  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  24654635 cacatctccaaaatcctaatccaggcaatttcctaaattttcttttcctagtcaatttattatgctttacctttatgtcattcctattgtgagaaccaaa 24654536  T
Q  614 atcctcatccatgcgactaccctttg 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24654535 atcctcatccatgcgactaccctttg 24654510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University