View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11678_low_7 (Length: 442)

Name: NF11678_low_7
Description: NF11678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11678_low_7
NF11678_low_7
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (49-434)||(39472996-39473381)
chr5 (56-430)||(39476482-39476856)
chr5 (60-428)||(39487437-39487805)
chr5 (60-430)||(39484233-39484605)
chr5 (60-431)||(39463390-39463761)
chr5 (60-431)||(39451969-39452340)
chr5 (56-434)||(39461219-39461597)
chr5 (60-434)||(39457128-39457502)
chr5 (58-433)||(39455595-39455970)
chr5 (60-425)||(43311363-43311728)
chr5 (80-255)||(39452831-39453006)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 39473381 - 39472996
Alignment:
Q  49 aatatgcgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacact 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473381 aatatgcgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacact 39473282  T
Q  149 ccttattcctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaac 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39473281 ccttattcctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggcgcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcaactcctattttcaac 39473182  T
Q  249 tcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaac 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473181 tcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaac 39473082  T
Q  349 cacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctctgct 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39473081 cacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacaacccttccaatctctgct 39472996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 56 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 39476856 - 39476482
Alignment:
Q  56 gtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttatt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39476856 gtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcactttcttccttacatctgcatccttatccaacacactccttatt 39476757  T
Q  156 cctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacaca 255  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| | |||||| ||||||||||||| |  || || || ||||| |||| ||||||||    
T  39476756 cctcgctcaattttatcggcagttacaagatagttaggcctaccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacaca 39476657  T
Q  256 ccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatg 355  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39476656 ccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatg 39476557  T
Q  356 cgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctc 430  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  39476556 tgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctc 39476482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 60 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39487805 - 39487437
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  39487805 gaagatccaccctctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctatcacttttttcctgaattctccatccttatccaacaaattccttattcctc 39487706  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacaccaa 259  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  |||||||| || || |||||||||| | |||||| || ||||||||||  |||||||||||    
T  39487705 tctcaatcttatccgcagttacaagatagttaggcccttcattaaaccccaccttataatccaaagcaatttccacacctattttcagttcacacaccaa 39487606  T
Q  260 ttcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaa 359  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  39487605 ttcaaaagcattagcctgttgctcagcatagagtggccacgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaa 39487506  T
Q  360 gcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatc 428  Q
     ||||||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  39487505 acaaatcctccagtggctggatgagctagtatttgggcctgttgggcccatccaattacccttccaatc 39487437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 60 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 39484605 - 39484233
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  39484605 gaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcatttttttcactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactc 39484506  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactc--ctattttcaactcacacacc 257  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||  |||||||||||| | ||| || || |  |||| | || ||||||||||    
T  39484505 tctcaatcttgtcggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacacc 39484406  T
Q  258 aattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcg 357  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  || | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  39484405 aattcaaaagcattagcctgttgttcaacaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtg 39484306  T
Q  358 aagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctc 430  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  | ||||||||||||    
T  39484305 aaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatctaattatccttccaatctc 39484233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 60 - 431
Target Start/End: Original strand, 39463390 - 39463761
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39463390 gaagatcctccctctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacttctccatccttatctaacacactccttattcctc 39463489  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacaccaa 259  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||  ||||||| | || |||||||| ||||| || ||  | || || |||||||||||||     
T  39463490 tctcaatcttatcagcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactccactctgtaatccaatgaaatctccaccgccatctttaactcacacaccag 39463589  T
Q  260 ttcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaa 359  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| | |  ||||| | ||| |  || ||||||||||| |||||||| |||   |||||||| |||||||| ||     
T  39463590 ttcaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtggaacaccaaaatatatgctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgag 39463689  T
Q  360 gcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctct 431  Q
     ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||    
T  39463690 acaaatcctcccgtggccgggtgggctagtatttgggcctgtggagcccaaccaatcacccttccaatctct 39463761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 60 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 39452340 - 39451969
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39452340 gaagatcctccttctaacagagtcttcttactcttttcactcatctctttcatttttttcctgaactctccatccttatccaacacactccttattcctt 39452241  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacaccaa 259  Q
    |||||||||| || ||||| | ||||||||||||  |||  ||||||||| |||||||||| |||| ||| || ||    || |||||||||||||||||    
T  39452240 tctcaatcttgtcagcagtcaaaagatagttaggaccactgttaaactccaccctataatctaacgcaatctccacggaaatcttcaactcacacaccaa 39452141  T
Q  260 ttcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaa 359  Q
    |||||||||||||  |||||| || ||| | || |||||||  || || |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||||| |||    
T  39452140 ttcaaaagcattaacctgttgctcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaa 39452041  T
Q  360 gcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctct 431  Q
     |||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  39452040 acaaatcctcctatggctggatgtgctagtatttgggcttgtggggcccaaccaatcacccttccaatctct 39451969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 56 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 39461597 - 39461219
Alignment:
Q  56 gtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttatt 155  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39461597 gtaagaagatccaccctctaacaaagttttcctactcttttcactcatctctttcactttctttctgacctctccatccttttccaacacattccttatt 39461498  T
Q  156 cctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacaca 255  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||| |||  ||| || ||  | || |||| ||||  ||    
T  39461497 cctctctcaatcttgtcagcagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctataatctaacacaatctccacagccatcttcagctcatgca 39461398  T
Q  256 ccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatg 355  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||| ||| | || ||||| | ||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  39461397 ccaactgaaaagcattagtctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcacaccaaaatacatgctctcgagtattgaattccagccacaatg 39461298  T
Q  356 cgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctctgct 434  Q
     ||| | ||||||||  ||||||||||||| | ||||||    || || |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  39461297 ggaaacgaatcctcccgtggctgggtgggccaatatttgagtctgcggagcccatccaatgacccttccaatccctgct 39461219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 60 - 434
Target Start/End: Original strand, 39457128 - 39457502
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39457128 gaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgctgcactcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacactctttattcctc 39457227  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacaccaa 259  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||  || |||||||||||   ||||||||| || | ||| || ||  | || |||| |||||| |||||    
T  39457228 tctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcaatctccacagccatcttcagctcacataccaa 39457327  T
Q  260 ttcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaa 359  Q
    || ||| ||||| ||||| || || ||| | || ||||| | ||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||   |||||||| |||||||| |||    
T  39457328 ttgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaa 39457427  T
Q  360 gcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctctgct 434  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39457428 acaaatcctcccgtggctgggtgggctagtatgtgcgtctgtggggcccatccaataacccttccaatctctgct 39457502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 58 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 39455970 - 39455595
Alignment:
Q  58 aagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcc 157  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39455970 aagaagatcctccctctaacaaagtcttcttgctcttttcactcatctctttcactgttttcctaaactctccatccttatccaatacactccttattcc 39455871  T
Q  158 tctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacacc 257  Q
    |||||||||||| || | ||||| ||||||||||||  ||| | || ||||| |||||||||| | || ||| || ||  | || |||| ||||||||||    
T  39455870 tctctcaatcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccaccctataatctagcgcaatctccacagcaatcttcagctcacacacc 39455771  T
Q  258 aattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcg 357  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||| ||| | || |||||||  || || ||||||||||| || |||| |||||||   ||||||||||||||||| |    
T  39455770 aattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtg 39455671  T
Q  358 aagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttccaatctctgc 433  Q
    || ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  39455670 aaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtttgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctgc 39455595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 60 - 425
Target Start/End: Original strand, 43311363 - 43311728
Alignment:
Q  60 gaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctc 159  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||     
T  43311363 gaagatccaccctctaacaatgtcttcctacaatgttcactcatctctttcactttcttccttacctctccatctgtttccaacacactccttattcctt 43311462  T
Q  160 tctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacacaccaa 259  Q
    |||| ||||| || | || || |||||| | | |  || |||   |||||  |||||||||||  | ||| || || || || |||| |||| |||| |     
T  43311463 tctcgatcttgtctgaagctaaaagataatcacgcccaacatcgtactccatcctataatccactgcaatctccacacccatcttcagctcagacacaag 43311562  T
Q  260 ttcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaa 359  Q
    || ||||||||| || ||||| || ||| | |||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||    ||||||||||||||||| |||    
T  43311563 ttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtggcaataggcacaccataatatatgctctcgagagtcgaattccaaccacaatgtgaa 43311662  T
Q  360 gcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacgacccttcca 425  Q
     |||| |||||  | ||||| || || |||| |||||| || || |||||||||| ||||||||||    
T  43311663 acaaagcctcctgttgctggatgagcgagtacttggacctgaggagcccatccaatgacccttcca 43311728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 80 - 255
Target Start/End: Original strand, 39452831 - 39453006
Alignment:
Q  80 agtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctctctcaatcttatcggcagtt 179  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||    
T  39452831 agtcttcttacatgtttcacttatctcttgcactttctttcttacctctccatccttatacaacacactctttattcctctctcaattttgtccgcagtt 39452930  T
Q  180 acaagatagttaggttcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcgactcctattttcaactcacaca 255  Q
    | |||| ||||||  |||||| ||||||||  ||| ||||| |||| ||| || ||  | || |||||||||||||    
T  39452931 aaaagagagttagactcaccaataaactccaacctctaatctaacgtaatctccacgaccatcttcaactcacaca 39453006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University