View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11684_low_1 (Length: 841)

Name: NF11684_low_1
Description: NF11684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11684_low_1
NF11684_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-833)||(7970230-7971047)
chr7 (18-492)||(37576392-37576881)
chr7 (786-824)||(37576162-37576200)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (18-491)||(28474144-28474622)
chr5 (18-403)||(32662291-32662676)
chr5 (18-402)||(32652149-32652533)
chr5 (18-546)||(32762222-32762762)
chr5 (18-504)||(32656404-32656902)
chr5 (18-490)||(32558204-32558682)
chr5 (88-403)||(32857635-32857953)
chr5 (18-504)||(32739361-32739852)
chr5 (18-396)||(32767287-32767662)
chr5 (20-381)||(25468977-25469335)
chr5 (18-400)||(32709570-32709951)
chr5 (183-455)||(25477214-25477491)
chr5 (331-401)||(32660829-32660899)
chr5 (434-541)||(32857482-32857590)
chr5 (642-732)||(32661124-32661215)
chr5 (786-823)||(32761912-32761949)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-515)||(17582762-17583262)
chr1 (17-546)||(17590628-17591170)
chr1 (637-819)||(17590343-17590524)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-387)||(16756349-16756717)
chr2 (18-404)||(16751851-16752237)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-180)||(21524147-21524311)
chr4 (644-719)||(25398390-25398468)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (633-695)||(29506614-29506676)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 833
Target Start/End: Original strand, 7970230 - 7971047
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970230 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgatgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 7970329  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970330 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccggtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 7970429  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970430 tagattgcaatagattctcaatggctatacaacgttttgagctaatgtgcaatgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 7970529  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaata----aagagattttat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||    
T  7970530 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaacgaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaagtaagagattttat 7970629  T
Q  414 gtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacataagctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaaaaacggatt 513  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970630 gtaaggcttgttagcagaccatgcaatcaaaagtataaccaacataagctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaaaaacggatt 7970729  T
Q  514 gcagcttgcacccaaaatgctatagcggtatagatgatagcaatatggccacaataccaaagtttagagaaacaatacaggttcatataacatacacata 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  7970730 gcagcttgcacccaaaatgctatagcggtatagatggtagcaatatggccacaataccaaagtttagagaaacaatacaggttc--ataacatacacata 7970827  T
Q  614 taaaagctcatatgagagatcattgtaactaatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtcttagcctccaaggcttaaaaaactcatctaagcgttta 713  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970828 taaaagctcatatgagaggtcattgtcactaatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtcttagcctccaaggcttaaaaaactcatctaagcgttta 7970927  T
Q  714 aaataattaaaagtgattcgtagaatagtatcactatctgtattttaaccacttattcatcatatgatcatgctcttcactactagacctcatttgttat 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970928 aaataattaaaagtgattcgtagaatagtatcactatctgtattttaaccacttattcatcatatgatcatgctcttcactactagacctcatttgttat 7971027  T
Q  814 gcatctatctctgcttctcc 833  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  7971028 gcatctatctctgtttctcc 7971047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 37576881 - 37576392
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||  || || |||    
T  37576881 accataagaaaacttggtctgagaatccccgtgtttatggctgaaatgcttagacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaatctggcagagggcag 37576782  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    ||||| ||  ||| |||||||| ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||  |||||||| ||| |    
T  37576781 taacacggctcatggatgcattgttcttcatggttcatctttccaatgtaacttattttctctctgcaaccgtattttgcattcgaacatgacaattcaa 37576682  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37576681 tagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgcgcaatgagcacttgggacacgtgttcctaagtttaggatagcaggtagagca 37576582  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaata-------------aag 404  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||             |||    
T  37576581 agcaatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccacctgctaaaataaaataaaataaataaaataag 37576482  T
Q  405 ag-attttatgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacat-aagctgatcattcttaatttattcttcttaaaat 492  Q
    || ||| | |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37576481 agaattctttgtaaggcttgttagcaagttatgcaatcaaaagtataaccaacataaatctaatcattcttagtttattcttctcaaaat 37576392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 786 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 37576200 - 37576162
Alignment:
Q  786 ctcttcactactagacctcatttgttatgcatctatctc 824  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  37576200 ctcttcactactagacatcatttgttatgcatctttctc 37576162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 28474622 - 28474144
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| || |||    
T  28474622 accataagaaaatttgattcgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaaccagaaagagggcag 28474523  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |    
T  28474522 taacatggaaagtagatgcattcgtcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatggtttgcattcggacatggcatttcaa 28474423  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28474422 tagataacaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgcgcaacgagcactcatgacacttgttcctaagtttagtacagcaggtagagca 28474323  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactga-----attgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaagagatttta 412  Q
    ||| |||||||||||||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||| ||||||||       
T  28474322 aacaatatgaccattatcacactgaaaggtattgcaacataaaagaaaatcatcaaattatactttgaaccatttgttagaataaaat-aagagattcat 28474224  T
Q  413 tgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacat-aagctgatcattcttaatttattcttcttaaaa 491  Q
    |||||||||||||||||  |  || ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  28474223 tgtaaggcttgttagcaagttttgtaatcaaaagtataaccaacataaaggtaatcattctcaatatattcttctcaaaa 28474144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 403
Target Start/End: Original strand, 32662291 - 32662676
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||  || |||    
T  32662291 accataagaaaatttgatatgagaatccccgtgtttatcgctgaaatgcttagacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacagcttgaaacagggcag 32662390  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |    
T  32662391 caacatggcacatggatgcattcttcttcatgcttcctctttccaatgcaacttattttctcattgcaaccatgatttacattcggacatgacatttcaa 32662490  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  32662491 tagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatacgcaacgagcacttgtgacgcttgttcccaagtttaggatagcaggtagagca 32662590  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaa 403  Q
    ||  |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||    
T  32662591 aaaaatatgaccattatcacactgtagtgcaacataaaagaaaataatcaaattagactaagaaccatttgctagaataaaataaa 32662676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Original strand, 32652149 - 32652533
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||  ||| ||||||||| || |||||||||| ||||| || ||  || |||    
T  32652149 accataaaaaaatttgatttgagtatccctttgtttattgctgaaatgcttatacagcacttctgatgatgcaacaaagtgacaacttggaacagggcag 32652248  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  32652249 taacatggcgcatggatgcattctttttcatgcctcctctttccaatgtaacttattttctcattgcaaccatgttttgcattcggacatgacatttcaa 32652348  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  32652349 tagatagcaatagattctcagcggctttacaatgttttgagctaatgggcaacgagcaattgtgacacttgtttctaagtttagtactgcaggtagagca 32652448  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataa 402  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  32652449 aacaatatgaccattatcacactgaattgcaacataaaagaaaatcatcaagttagactttgaaccatttactaaaataaaataa 32652533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 32762762 - 32762222
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  32762762 accataagaaaatttgatgtgagaatccctgtgtttatggctgacatggttggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaacctgaaagggggcag 32762663  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
T  32762662 taacatagttcgtagatgcattcctcttcatgcttcctattttcaatgtaacttattttctccctgcaaccatattttgcattcggacatgacatttcaa 32762563  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32762562 tagattgcaatacgttctcaatgtatttacaacgttttgagctaatattcaaagagcacatgaaacacttgttcctgagtttaggacagcaggtagagca 32762463  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactga-----attgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaata----aagagat 408  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||     ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||    |||||||    
T  32762462 aataatatgaccattatcgcactgaaaggtattgcaacataaaagcaaatcatcaaattagagtttgaaccatttgttagaataaaataaaataagagat 32762363  T
Q  409 -tttatgtaaggcttgttagc-agatcatgcaatcaaaagtataaccaacat-aagctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaaa 505  Q
     | | ||||||| |||  ||| || | ||| ||||||||||||||| | ||| ||||| |||||| | ||| |||| |||| |||||  ||||||||||     
T  32762362 gtctttgtaaggattgaaagcaagtttatgaaatcaaaagtataacaaccataaagctaatcattttcaatatattattctcaaaatttatgtactcaat 32762263  T
Q  506 aacggattgcagcttgcacccaaaatgctatagcggtatag 546  Q
     ||||||||||  | ||  |||||| |||||||||| ||||    
T  32762262 gacggattgcaaatagcctccaaaacgctatagcggcatag 32762222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 504
Target Start/End: Original strand, 32656404 - 32656902
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   ||||||| ||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||| |||||| |||||  ||||||    
T  32656404 accataagaaaatttgatttgagaatccttgtgtttatcgctgaaatgcttagacaacacttcggatgatgcaacaaagccacaacttgaaataggacag 32656503  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    ||||| || |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||   ||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
T  32656504 taacagggcacatggatgcattctttttcatgattcctctttctgatgtaactaattttcttgttgcaaccatattttgcattcggacatgacatttcaa 32656603  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  32656604 gagataccaatagattctcaatggctttacaatgtttggagctagtgggcaatgagcacttgtaacacttgtttccaagtttaggacagcaggtagagca 32656703  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaa---------gagat 408  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||||||||         || ||    
T  32656704 aacaatatgaccattgtcacactgcattgcaacaaaaaagaaaacaatcaaattatacaatgaaccatttgctagaataaaataaaataaaataggacat 32656803  T
Q  409 tt-tatgt-aaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacata-agctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaa 504  Q
    || ||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  32656804 ttctatgtaaaggcttgttagcaagccatgcaattaaaagtataaccaacatatagttaatcattctcaatttattcttctcaaaatcaatgaactcaa 32656902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 490
Target Start/End: Original strand, 32558204 - 32558682
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||  || |||||||    
T  32558204 accataagaaaattcgattagagagtccccgtgtttatggttgaaatggttggacaacacttctaatgaggcaacaaaatcacaacctttaacgggacag 32558303  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | | ||||||| ||||| |||| |||| ||||   ||| | |||| ||||| ||    
T  32558304 taacatggcacatagatgcattcttcttcatgtttcctctttccactttgacttattgtctccctgcagccatattttttgttcgggcatggcatttgga 32558403  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||| ||||||||    
T  32558404 tagattgcgatatattctcaatgactttgcaacattttgagctaatgggcattgagcacttgtgacagttgttcataagttgaggaaagcaagtagagca 32558503  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaag----agattt-ta 412  Q
    ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||    |||||| |     
T  32558504 aacaatatgatcattatcgcactgaattgcaacataaaagatagtcatcaaattagactttgaaccattaggtagaataaaataaagtaagagatttctt 32558603  T
Q  413 tgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaaca-taagctgatcattcttaatttattcttcttaaa 490  Q
    || ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||  || || |||||||| || || |||||||||||    
T  32558604 tgcaaggcttgttagcatgtcgtgcaatcaaaagtataaccaacacaaaactaatcattctcaaatttttcttcttaaa 32558682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 32857953 - 32857635
Alignment:
Q  88 gcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagtaacatggtacatag---atgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgc 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||   | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32857953 gcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatggctcatagtagaagcattcttcttcatgcttactctttccagtgtaacttattttctccttgc 32857854  T
Q  185 aaccatgttttgcatt-cagacatgacatttcgatagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgac 283  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||    
T  32857853 aaccatgctttgcatttcggacatgacatttcgatagatagcaataaattctcaatggctttacaacattttgcgctaatgggcaaggagcacttgtaac 32857754  T
Q  284 acttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaacc 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||    
T  32857753 acttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacaatatgaccattattagactgaaatgcaacaaaaaag-gaatcagcaaattagacgttgaacc 32857655  T
Q  384 attttctataataaaataaa 403  Q
    |||| ||| |||| ||||||    
T  32857654 atttgctagaatataataaa 32857635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 32739852 - 32739361
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  32739852 accattagaaaatttgatttgcgaatccccatgtttatggcagaaatgcatagacaacacttctgatgattcaacaaagtcacatcctgaaaagggacag 32739753  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    ||||||||   || ||||||||| | |||||| | ||| |  | | |||| ||  || || || ||||||||| |||||||||| |||||| || ||| |    
T  32739752 taacatggcttatggatgcattcgttttcatgatccctctgcctaatgtacctatttgtcaccctgcaaccatattttgcattcggacatggcacttcaa 32739653  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  32739652 tagatcgcaatagattctcaatggcttcacagcgtttagagctgatggacaatgagcacttgtgacacttgttccgaagtttaggacagcaagtagagca 32739553  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaac-aaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaag--aga---tttt 411  Q
     || |||||||||||||||||||| |||||| | |||||| |||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||  |||   || |    
T  32739552 gacaatatgaccattatcacactgtattgcagcaaaaaaacaaaaccatcaaattcgactttgaaccaattgctataataaaataaagtaagacatttct 32739453  T
Q  412 atgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacataagctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaa 504  Q
     | |||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32739452 ttataaggcttgttagcaagttatacgatcaaaagtataaccaaca-aagctaatcatactaagtttattcttcttaaaatctatgtactcaa 32739361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 32767662 - 32767287
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||| ||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||| |||||||| ||| ||| |||    
T  32767662 accataattaaatttgatttgagaattccggtgttttcggctgaaatggttggacaacacttctgatgttgcagcaaagccacaacctaaaatggggcag 32767563  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||| |||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  |  | ||||||||||  |||||| ||||||| ||||| |    
T  32767562 taacatagtacgtatatgcattcgtcttcatgcttccgatttccgatgtaacttatttttactctacaaccatgttcggcattcggacatgatatttcaa 32767463  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32767462 tagatagcattagattctcaatggctttacaatgttttgagctaatgggcaatgagcac---caacacttgttcctaagtttaggagagcaggtagagca 32767366  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataata 396  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||||| | || || ||||||||    
T  32767365 aacaatatgaccattatcacactgaattgaaacaaaaatgaaattcattaaattagactttggaacagttgctataata 32767287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 25469335 - 25468977
Alignment:
Q  20 cataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagta 119  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  25469335 cataagaaaatttattttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagta 25469236  T
Q  120 acatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacat---ttcg 216  Q
    ||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||   |||     
T  25469235 acatggctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctgcagtaacttattgtctccctgcaaccatgtttttcattcggacatgatatttcttcc 25469136  T
Q  217 atagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagc 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      |||||||  ||||||| |||  |||||||  ||||||||||||||    
T  25469135 atagattgcaatatattctcaatggctttacaacgtttcgagctaatgt------agcacttcggacacttcttctcaagtttatcacagcaggtagagc 25469042  T
Q  317 aaacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaa 381  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  25469041 aaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaaataaaccatcaaattagactttgaa 25468977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32709951 - 32709570
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||  | ||||| |||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32709951 accataagaaaatgtgctttgaaaatccttgtgtttatggctgaaatgattggacaacacttctgatgaggcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 32709852  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||  || |||| |  ||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  32709851 taacatggcacatacatacattcttcttcatgcttcttcttctcattgtagcccattgtctccttgcagccatgtttttcattcgggcatgacatttcga 32709752  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |    ||||| ||| |||||||||||| | |||||  ||||||||| |||||    
T  32709751 aagattgcaaaagattctcaatggctttacaacgttttaagcgaatacgttttgagcatttgggacacttgttccgatgtttatcacagcaggttgagca 32709652  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaat 400  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||  ||| || ||||||||| ||||||||    
T  32709651 aacaatatgaccattaacacactgaattgcaacatatgag-aaatcatcaaattagctttttaatcattttctagaataaaat 32709570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 183 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 25477491 - 25477214
Alignment:
Q  183 gcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcgatagattgcaatagat----tctcaatggctttacaacgtttt-gagctaatgtgcaacgagcact 277  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  25477491 gcaaccatgtttttcattcggacatgacatttccatatattgcaatatatatattctcaatggctttacaacatttttgagctaatgtgcaatgagcact 25477392  T
Q  278 tgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaa-tcatcaaattagact 376  Q
    | ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  25477391 tctgacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatgcccattatcacactaaattgcaacaaaaaaaaaaacccatcaaattagact 25477292  T
Q  377 ttgaaccattttctataataaaataaagagattt-tatgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaa 455  Q
    ||||| ||||||||| || | || ||| | |||| | |||||||||||||||||  |  ||| |||||||||||||||||    
T  25477291 ttgaagcattttctagaa-agaaaaaacatatttctttgtaaggcttgttagcaagttctgc-atcaaaagtataaccaa 25477214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 331 - 401
Target Start/End: Original strand, 32660829 - 32660899
Alignment:
Q  331 ttatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaata 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  32660829 ttatcacactgaattgcaacaaaaaagaaactcatcaaattagacgttgaaccatttgctagaataaaata 32660899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 434 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 32857590 - 32857482
Alignment:
Q  434 atgcaatcaaaagtataaccaacataa-gctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaaaaacggattgcagcttgcacccaaaatg 532  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||||| ||| || | ||||| |    
T  32857590 atgcaagcaaaagtataaccaacataaagctaattattctcaatttattcttctcaaaatctatgtactcaacgatggattgcggctggccctcaaaacg 32857491  T
Q  533 ctatagcgg 541  Q
    || ||||||    
T  32857490 ctctagcgg 32857482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 642 - 732
Target Start/End: Original strand, 32661124 - 32661215
Alignment:
Q  642 ctaatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtcttagcctccaaggcttaaaa-aactcatctaagcgtttaaaataattaaaagtgattc 732  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | | |||||| ||||||| ||||||||||| | |||| || ||  |||||||||||    
T  32661124 ctaatatccaaacccaatgtaaagcaaataagtctgaacttccaagacttaaaagaactcatctaatcatttataacaaacaaaagtgattc 32661215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 786 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 32761949 - 32761912
Alignment:
Q  786 ctcttcactactagacctcatttgttatgcatctatct 823  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  32761949 ctcttcactactagacctcatttgtaaagcatctatct 32761912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 18 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 17583262 - 17582762
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  17583262 accataagaaaatttgatttgagaatcaccatgtttatggctgaagtggttggacaacaattctgacgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggcag 17583163  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||| |||| ||    
T  17583162 tcacatggtacgtagatgcatttttcttcatgcttcctat---cagtgtaacttattttcgccttgcaaccatgttttgcatttggatatgaaattttga 17583066  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  17583065 tagatagcaatagattctcaatgactttacaacgttttgagctaatgcgcaatgagcactcgtgacacttgttcctaagtttagtacagcaagtagagca 17582966  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacact-----gaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaagagattt-t 411  Q
    ||| |||||| ||||||||||||     | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |    
T  17582965 aacaatatgatcattatcacactgcaaggtattgcaacatcaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccatttgttagaataaaataaa-agatttat 17582867  T
Q  412 atgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacat-aagctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtactcaaaaacgg 510  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  |||| | ||||||||||  ||||    
T  17582866 ttgtaaggcttgttagcaaattatgcaatcaaaagtataaccaacataaagctaatcattctcaatttattcttcacaaaagctatgtactcaatgacgg 17582767  T
Q  511 attgc 515  Q
    |||||    
T  17582766 attgc 17582762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 17 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 17591170 - 17590628
Alignment:
Q  17 aaccataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggaca 116  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  17591170 aaccataagaaaatttgattatagaatccccatgtttatgcctgaaatggttggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggca 17591071  T
Q  117 gtaacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcg 216  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||| |    
T  17591070 gtaacatagtacgtagacgcattcttcttcatgcttcctat---cggtgtaacttatcttctccttacaaccatgctttgcattcgaacatgacattttg 17590974  T
Q  217 atagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagc 316  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  17590973 atagatagcaatagattctcaatggctttgcaacgttttgagctaatgtgcaatgagcactcgtgacacttgttcttaagtttcgtacagcaggtagagc 17590874  T
Q  317 aaacgatatgaccattatcacact-----gaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaata---------a 402  Q
    |||| |||||||||||||||||||     | || ||| || |||||||||||||||||||||||||||| | ||||  || |||||||||         |    
T  17590873 aaacaatatgaccattatcacactacaaggtatcgcagcacaaaagaaaatcatcaaattagactttgatcgatttgttagaataaaatataataaaata 17590774  T
Q  403 agagattt-tatgtaaggcttgttagcagatcatgcaatcaaaagtataaccaacata-agctgatcattcttaatttattcttcttaaaatcaatgtac 500  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||  | |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||    
T  17590773 agagatttctttgtgaggcttgttagcaagttatgcaaccaaaagtataatcaacatacagctaatcattctcaatttattcttcacaaaatctatgtac 17590674  T
Q  501 tcaaaaacggattgcagcttgcacccaaaatgctatagcggtatag 546  Q
    ||||  ||||||||| ||| || || |||| ||||||| |||||||    
T  17590673 tcaattacggattgcggctcgccccgaaaacgctatagtggtatag 17590628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 637 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 17590524 - 17590343
Alignment:
Q  637 tgtaactaatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtcttagcctccaaggcttaaaa-aactcatctaagcgtttaaaataattaaaagtgattcgta 735  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||  ||| |||| || |     
T  17590524 tgtaactaatatttaaacccaat-taaagcaaataagtcttatcctccaaggcttaaaataattcatccaagcatttaaaataaacaaaggtgactcttt 17590426  T
Q  736 gaatagtatcactatctgtattttaaccacttattcatca----tatgatcatgctcttcactactagacctcatttgttatgcatct 819  Q
     ||||| |||||||||     | |||||||||||||||||     ||| |||    |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17590425 aaatagaatcactatc-----tctaaccacttattcatcaacgtcatgctcacttacttcactactagacctcatttgttttgcatct 17590343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 16756717 - 16756349
Alignment:
Q  19 ccataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagt 118  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  16756717 ccataataaaaattgatttgagaatcctcgtgtttatggctgaaatggtcggacaacacctctgatgaagcaacaaagtcacaacctgaaagggggcaat 16756618  T
Q  119 aacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcgat 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||   ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||    
T  16756617 aacatggcacatagatgcattcttcttcatgcttcctcttctgaatgtaatcgattgtctccttgcaaccatatttttcattcagacatggcattttgat 16756518  T
Q  219 agattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaa 318  Q
    | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||      |||||||||| ||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||||    
T  16756517 atattgcaatagattctcaaaggctctacaacgttttaagctaatgcattttgagcacttgtcacacttgttcccaaacttagagcagcaggtagagcaa 16756418  T
Q  319 acgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattt 387  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | | ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16756417 acaatatgaccattatcacactgaatttcaacataattgtatatcattaaattagactttcaaccattt 16756349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 16752237 - 16751851
Alignment:
Q  18 accataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacag 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||     
T  16752237 accataagaaaatttgatttgagaatcctcgtgtttattgctgaaatggttggacaacacctctgatgaggcaacaaaatcacaacctgaaatggggcaa 16752138  T
Q  118 taacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacatttcga 217  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||   | |||||  |||| ||||  ||||||||| |||| ||||| | |||||||||| ||    
T  16752137 taacatgggacatagatgcatttttcttcatgcttcgtcttctgactgtaatctattgtctctctgcaaccatatttttcattcgggcatgacattttga 16752038  T
Q  218 tagattgcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtgcaacgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagca 317  Q
    || |||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||      ||||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  16752037 tatattgcaatagattctcaaaggctctgcaacgttttaagctaatgcattttgagcacttgtcgcacttgttcccaagcttagaacagcaggtaaagca 16751938  T
Q  318 aacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatcaaattagactttgaaccattttctataataaaataaag 404  Q
    ||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||    
T  16751937 aacaatatgaccagttttacactgaatttcaacataaatgtaaatcaccaaattagactttgaaccatttgatagagtaaaataaag 16751851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 21524311 - 21524147
Alignment:
Q  19 ccataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacacttctgacgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagt 118  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||  |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21524311 ccatacgaaaatttgatttgagaatccctgtgtttaaagctgaaatggtttgacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagt 21524212  T
Q  119 aacatggtaca---tagatgcattcttcttcatgcttcctatttccagtgtaacttattttctcc 180  Q
    |||||||  ||   |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  21524211 aacatggctcatagtagaagcattcttcttcatgcttactctttccggtgtaacttattttctcc 21524147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 644 - 719
Target Start/End: Original strand, 25398390 - 25398468
Alignment:
Q  644 aatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtctt--agcctccaaggcttaaaa-aactcatctaagcgtttaaaataa 719  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||  ||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  25398390 aatattcaaacccaatataaatcaaataagttttagagccttcaagatttaaaacaactcatctaagcatttaaaataa 25398468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 633 - 695
Target Start/End: Original strand, 29506614 - 29506676
Alignment:
Q  633 tcattgtaactaatattcaaacccaatgtaaatcaaacaagtcttagcctccaaggcttaaaa 695  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||| |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  29506614 tcattgttactaatattcaaacccaacataaagcaaataagttttagcttcccaggcttaaaa 29506676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University