View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11686_low_3 (Length: 724)

Name: NF11686_low_3
Description: NF11686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11686_low_3
NF11686_low_3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-707)||(6011579-6012273)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 6012273 - 6011579
Alignment:
Q  13 cacagagcaatagcgatgtgttcaaaaaccgctactctatagcaccgatattaaacaaaattgattcttactcgacgccatatgagaaaaaatgatggaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012273 cacagagcaatagcgatgtgttcaaaaaccgctactctatagcaccgatattaaacaaaattgattcttactcgacgccatatgagaaaaaatgatggaa 6012174  T
Q  113 attaccttgctatgttgctccatcctgacatctaagggaacatcgtcaacctttgtgaaacctccaagaggatgaagcaataaaatcggatttttgtaac 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012173 attaccttgctatgttgctccatcctgacatctaagggaacatcgtcaacctttgtgaaacctccaagaggatgaagcaataaaatcggatttttgtaac 6012074  T
Q  213 ccatgtctagtaggcgttgacgagtatcgttcattaacaaggcatgaccgttatgcacaggatttcttaactgaaaggcgaaaactgcatcagctttacg 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012073 ccatgtctagtagacgttgacgagtatcgttcattaacaaggcatgaccgttatgcacaggatttcttaactgaaaggcgaaaactgcatcagctttacg 6011974  T
Q  313 cctatcaaattcttcccgaagttgcttgggagatagcctgtagttatcaagaccatcattgtatttgataggttttagcacttccaaatctcctccaata 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011973 cctatcaaattcttcccgaagttgcttgggagatagcctgtagttatcaagaccatcattgtatttgataggttttagcacttccaaatctcctccaata 6011874  T
Q  413 agccaatttccagctggagcaatgacctcctcaacataaggcaatcctggagcagttgttccccaggttctagctattctttcttctttgttatgcttgt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011873 agccaatttccagctggagcaatgacctcctcaacataaggcaatcctggagcagttgttccccaggttctagctattctttcttctttgttatgcttgt 6011774  T
Q  513 agatttcaatgctgcaaagaagttaaattaatgttcattggttaatgaaaaaggaaaactcagagacaccatgacaggagtttacttaaatagtcataac 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011773 agatttcaatgctgcaaagaagttaaattaatgttcattggttaatgaaaaatgaaaactcagagacaccatgacaggagtttacttaaatagtcataac 6011674  T
Q  613 cattgtaattcaaaaattgaacgtgctaaaaaatggacggttcaaccagttaaaccatgaactgagattgcctccggttcggttatttgggtgat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011673 cattgtaattcaaaaattgaacgtgctaaaatatggacagttcaaccagttaaaccatgaactgagattgcctccggttcggttatttgggtgat 6011579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University