View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11689_high_9 (Length: 324)

Name: NF11689_high_9
Description: NF11689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11689_high_9
NF11689_high_9
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-317)||(46989596-46989912)
chr1 (160-317)||(46989164-46989321)
chr1 (167-310)||(46988955-46989098)
chr1 (160-311)||(46989386-46989537)
chr1 (185-310)||(46988526-46988648)
chr1 (185-315)||(46988734-46988864)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 46989912 - 46989596
Alignment:
Q  1 aaatgtcaactcatttcgccaaatgatacttctacaaatggtcttccatcggatcactcagatagtcatgaaatccgagctttgggtcaagcaactgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46989912 aaatgtcaactcatttcgccaaatgatacttctacaaatggtcttccatcggatcactcagatagtcatgaaatccgagctttgggtcaagcaactgcat 46989813  T
Q  101 gttctgacctagctactactgtaaagaacatggttgaacctgcttctgaggggaaaccccatgctttcaccgatttgaattgtgattcaccaggtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46989812 gttctgacctagctactactgtaaagaacatggttgaacctgcttctgaggggaaaccccatgctttcactgatttgaattgtgattcaccaggtcttaa 46989713  T
Q  201 ccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttgatatgaatgatgcccatgttgaggttctcgaagctggtcct 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46989712 ccaaaatcctgtgtcggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttgatatgaatgatgcccatgttgaggttctcgaagctggtcct 46989613  T
Q  301 ttagtgaattcatctca 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  46989612 ttagtgaattcatctca 46989596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 160 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 46989321 - 46989164
Alignment:
Q  160 catgctttcaccgatttgaattgtgattcaccaggtcttgaccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttg 259  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  46989321 catgctatcactgatatgaattgtgattcaccagggcttgaccaaaatcctgtgtcggactctcaagtggtggataatgatttgtctttaaaaaagtttg 46989222  T
Q  260 atatgaatgatgcccatgttgaggttctcgaagctggtcctttagtgaattcatctca 317  Q
    ||||||||||| ||| || |  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46989221 atatgaatgattcccttggtttggttcttgaagctggtcctttagggaattcatctca 46989164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 167 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 46989098 - 46988955
Alignment:
Q  167 tcaccgatttgaattgtgattcaccaggtcttgaccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttgatatgaa 266  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  46989098 tcactgatatgaattgtgattccccaggacttgaccaaaatcctgtgtcggattctcgagtggtggataatgctttgtcttgtaaagaatttgatatgaa 46988999  T
Q  267 tgatgcccatgttgaggttctcgaagctggtcctttagtgaatt 310  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  46988998 tgatacccatgtcgaggttcttgaatctggtcctttagcgaatt 46988955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 160 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 46989537 - 46989386
Alignment:
Q  160 catgctttcaccgatttgaattgtgattcaccaggtcttgaccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttg 259  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| | ||| | |||||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  46989537 catgctatcactgatatgaattgtgattcaccagggctagaccaaaatcctgtgtcggattcccgagtggcggataatgatatgtctttaaaaaagtttg 46989438  T
Q  260 atatgaatgatgcccatgttgaggttctcgaagctggtcctttagtgaattc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  46989437 atatgaatgatgcccatgttgaggttgttgaagctggtcctttagtgaattc 46989386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 185 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 46988648 - 46988526
Alignment:
Q  185 attcaccaggtcttgaccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttgatatgaatgatgcccatgttgaggt 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| | |||   ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  46988648 attcaccaggtcttgaccaaaatcctgtggtggattctcaactggcggaaagtgc---gtcttgtaaagagtttgatatgaatgatacccatgtcgaggt 46988552  T
Q  285 tctcgaagctggtcctttagtgaatt 310  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  46988551 tcttgaagctggtcctttagtgaatt 46988526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 185 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 46988864 - 46988734
Alignment:
Q  185 attcaccaggtcttgaccaaaatcctgtgttggattctcaagtagtggataatgctttgtcttttaaagagtttgatatgaatgatgcccatgttgaggt 284  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||| | |||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  46988864 attcaccagggcatgaccgaaatcctgtgcttgattctcaagtgacggataatgctttgccttttaaagagtttgatatgaatgatgtccgtgatgaggt 46988765  T
Q  285 tctcgaagctggtcctttagtgaattcatct 315  Q
    | | |||||  |||||| |||||||||||||    
T  46988764 tgttgaagccagtccttcagtgaattcatct 46988734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University