View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11691_high_4 (Length: 685)

Name: NF11691_high_4
Description: NF11691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11691_high_4
NF11691_high_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-668)||(8463755-8464402)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 8464402 - 8463755
Alignment:
Q  17 gattgatagataacgatactcaacattgacctcctttctcgtgttgatatggttgaaagga---ttaatatggtccaattga-ccttcaaacgagacatt 112  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8464402 gattgatagataaagatacttaacattgacctcatttctcgtgttgctatggttgaaaggactattaatttggtccaattgatccttcaaacgagacatt 8464303  T
Q  113 gtaacatcgaccttattctaaattgatcgtgtttcccttttatgtggtaaaataagaagatcaattggaactaatagagtaagacgtattgtacatctcc 212  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8464302 gtaacatcaaccttattctaaaatgattgtgtttcccttttatgtggtaaaataagaagatcaattggaactaatagagtaagatgtattgtacatctcc 8464203  T
Q  213 ctcccatatgcatcaagccacatggtccacataaaatggcagagctcatatatgggacgggccaacgaggtatgactcttccgcctatgaatctatgatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        ||    
T  8464202 ctcccatatgcatcaagccacatggtccacatataatggcagagctcatatatgggacgggccaacaaggtatgactcttccgcctatga--------tg 8464111  T
Q  313 atgcttgctcatgctcctcttccccctctgcctaaggttgtgatacacactcgtgctcctttgattgtggctcatgagaggatctacctctcttggctct 412  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8464110 atgcttgctcatgctcctcctccccctctacctaaggttgtgatacacgctcatgctccttcgattgtggctcatgagaggatctacctctcttggcttt 8464011  T
Q  413 gcacttcatcagcctaatagaaagagtcatggacatcctgttacccataacgtgattgaggtgtgtccatatcttaaatgttgacaaaattgagagaaat 512  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464010 gcacttcatcaacctaatagaaagagtcatggacatcctgttacccataacatgattgaggtgtttccatatcttaaatgttgacaaaattgagagaaat 8463911  T
Q  513 caacaattttgcatctctgtacacatttcggattttagaagcaaaaatgacaaggaacaaatttcatcttctaaaatctaaacccaaccattatggtaga 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8463910 caacaattttgcatctctgtacacatttcggattttagaataaaaaatgacaaggaacacatttcatcttctaaaatctaaacccaaccattatgataga 8463811  T
Q  613 ataactacaaatcaagtaacaaaaaattgagcaaatgtgtactaacctcttatatg 668  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8463810 ataactgcaaatcaagtaacaaaaatttgagcaaatgtgtacgaacctcttatatg 8463755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University