View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11691_low_1 (Length: 892)

Name: NF11691_low_1
Description: NF11691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11691_low_1
NF11691_low_1
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (17-800)||(48653199-48653994)
chr7 (508-800)||(10288162-10288454)
chr7 (508-800)||(15873347-15873638)
chr7 (391-800)||(11035754-11036167)
chr7 (391-800)||(22078061-22078463)
chr7 (20-276)||(48576767-48577021)
chr7 (422-818)||(9993780-9994177)
chr7 (426-825)||(21490834-21491233)
chr7 (508-803)||(18366694-18366993)
chr7 (422-788)||(12911114-12911482)
chr7 (653-799)||(40106499-40106646)
chr7 (653-801)||(49169709-49169858)
chr7 (653-800)||(12196125-12196273)
chr7 (659-755)||(24056673-24056770)
chr7 (653-788)||(13163656-13163792)
chr7 (653-746)||(3692025-3692120)
chr7 (671-770)||(9554544-9554644)
chr7 (422-553)||(12196352-12196485)
chr7 (246-407)||(7589140-7589302)
chr7 (422-512)||(10288489-10288580)
chr7 (422-464)||(40106227-40106269)
chr7 (204-316)||(10288631-10288739)
chr7 (422-459)||(49170055-49170092)
chr7 (422-512)||(15873673-15873764)
chr7 (520-567)||(24056859-24056906)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (20-800)||(13772780-13773577)
chr6 (391-800)||(32449637-32450038)
chr6 (508-800)||(34636730-34637022)
chr6 (550-788)||(23260034-23260270)
chr6 (513-788)||(24164334-24164615)
chr6 (655-800)||(10751000-10751145)
chr6 (617-825)||(20559450-20559655)
chr6 (653-800)||(26182064-26182211)
chr6 (514-621)||(20558043-20558150)
chr6 (508-567)||(10751164-10751223)
chr6 (264-368)||(20555538-20555635)
chr6 (422-506)||(10751264-10751349)
chr6 (669-761)||(31275943-31276036)
chr6 (422-512)||(23260312-23260403)
chr6 (661-711)||(31276842-31276892)
chr6 (444-495)||(20557927-20557977)
chr6 (422-512)||(34636604-34636695)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (47-800)||(35670138-35670915)
chr2 (101-818)||(12773785-12774511)
chr2 (17-770)||(28266552-28267307)
chr2 (508-800)||(40448024-40448316)
chr2 (480-787)||(41339638-41339944)
chr2 (653-800)||(18292114-18292262)
chr2 (653-799)||(40728802-40728947)
chr2 (666-800)||(34397226-34397361)
chr2 (653-788)||(44789194-44789330)
chr2 (199-365)||(41340076-41340240)
chr2 (509-567)||(36731835-36731893)
chr2 (426-567)||(34397461-34397604)
chr2 (671-770)||(23827790-23827890)
chr2 (422-506)||(18292398-18292483)
chr2 (660-786)||(29271277-29271405)
chr2 (423-474)||(44789002-44789053)
chr2 (422-464)||(40729174-40729216)
chr2 (726-769)||(11387703-11387746)
chr2 (422-512)||(40447898-40447989)
chr2 (29-71)||(12774513-12774555)
chr2 (422-464)||(41340000-41340042)
[»] chr1 (30 HSPs)
chr1 (170-800)||(18472313-18472932)
chr1 (508-825)||(6836441-6836757)
chr1 (508-800)||(43406738-43407030)
chr1 (508-800)||(338651-338943)
chr1 (508-825)||(37666524-37666841)
chr1 (207-495)||(25921689-25921978)
chr1 (422-788)||(35761413-35761794)
chr1 (480-770)||(33007052-33007342)
chr1 (368-825)||(16075105-16075570)
chr1 (661-800)||(8422252-8422392)
chr1 (653-768)||(19198203-19198321)
chr1 (667-770)||(24276088-24276191)
chr1 (653-746)||(9536770-9536864)
chr1 (88-168)||(33007646-33007726)
chr1 (671-766)||(24055672-24055767)
chr1 (678-770)||(33009104-33009197)
chr1 (671-770)||(16111072-16111176)
chr1 (423-474)||(6836394-6836445)
chr1 (422-512)||(33007349-33007440)
chr1 (501-560)||(36386378-36386437)
chr1 (422-512)||(43407065-43407156)
chr1 (422-512)||(338525-338616)
chr1 (422-512)||(8421979-8422070)
chr1 (369-464)||(9537138-9537232)
chr1 (422-512)||(37666876-37666967)
chr1 (204-316)||(43407207-43407315)
chr1 (422-474)||(19198451-19198504)
chr1 (513-548)||(24055824-24055859)
chr1 (513-548)||(24276027-24276062)
chr1 (133-175)||(18473603-18473645)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (130-459)||(42861537-42861869)
chr5 (508-800)||(537363-537655)
chr5 (584-800)||(42861989-42862209)
chr5 (653-788)||(40691563-40691699)
chr5 (653-800)||(6309383-6309531)
chr5 (676-800)||(38001690-38001814)
chr5 (192-408)||(25101727-25101939)
chr5 (192-408)||(25160820-25161032)
chr5 (676-800)||(30910469-30910594)
chr5 (671-765)||(23211155-23211249)
chr5 (508-563)||(42861887-42861942)
chr5 (469-700)||(27026859-27027089)
chr5 (20-77)||(42861458-42861515)
chr5 (422-474)||(25101617-25101669)
chr5 (422-474)||(25160710-25160762)
chr5 (423-474)||(6309186-6309237)
chr5 (426-567)||(4557610-4557743)
chr5 (422-464)||(40691292-40691334)
chr5 (778-825)||(105368-105416)
chr5 (422-512)||(537237-537328)
chr5 (653-711)||(4557465-4557523)
chr5 (422-460)||(30910215-30910253)
chr5 (283-320)||(27026806-27026843)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (508-800)||(40459494-40459786)
chr4 (426-785)||(49499523-49499876)
chr4 (390-818)||(2761444-2761881)
chr4 (653-800)||(55162879-55163027)
chr4 (223-511)||(13652750-13653042)
chr4 (223-511)||(13660875-13661167)
chr4 (653-788)||(28968621-28968757)
chr4 (679-800)||(70014-70135)
chr4 (669-754)||(41869372-41869458)
chr4 (671-770)||(10276754-10276854)
chr4 (423-474)||(69782-69833)
chr4 (422-464)||(55162571-55162613)
chr4 (368-512)||(40459315-40459459)
chr4 (508-567)||(55162735-55162793)
chr4 (764-809)||(19665366-19665411)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (508-800)||(16975863-16976153)
chr3 (508-800)||(7336063-7336357)
chr3 (508-788)||(5004112-5004394)
chr3 (508-800)||(46403971-46404264)
chr3 (510-799)||(9104648-9104932)
chr3 (508-825)||(11937234-11937552)
chr3 (654-787)||(8731431-8731566)
chr3 (654-787)||(9083318-9083453)
chr3 (653-800)||(43277413-43277562)
chr3 (653-762)||(17542113-17542223)
chr3 (671-770)||(5704621-5704721)
chr3 (422-512)||(5004418-5004509)
chr3 (422-512)||(7336392-7336483)
chr3 (389-467)||(9104564-9104643)
chr3 (422-512)||(16975737-16975828)
chr3 (423-474)||(17542393-17542444)
chr3 (204-316)||(7336534-7336642)
chr3 (838-877)||(46016622-46016661)
chr3 (480-567)||(43277649-43277737)
chr3 (721-770)||(1461514-1461563)
chr3 (423-464)||(43277793-43277834)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (424-788)||(32728-33078)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (536-800)||(1-267)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (601-771)||(35840786-35840956)
chr8 (422-800)||(40840896-40841267)
chr8 (422-800)||(41957830-41958211)
chr8 (659-800)||(6150213-6150355)
chr8 (283-411)||(22635827-22635958)
chr8 (653-800)||(44436790-44436937)
chr8 (192-408)||(3189237-3189452)
chr8 (721-799)||(22815705-22815783)
chr8 (671-770)||(12659339-12659439)
chr8 (422-472)||(22635722-22635772)
chr8 (423-474)||(44436540-44436591)
chr8 (423-467)||(22816020-22816064)
chr8 (422-474)||(3189127-3189179)
chr8 (671-770)||(10250945-10251045)
chr8 (508-567)||(22815930-22815988)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (651-800)||(1709-1858)
[»] scaffold1838 (1 HSPs)
scaffold1838 (653-800)||(875-1022)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (659-794)||(242422-242559)
scaffold0013 (423-479)||(242728-242783)
[»] scaffold0120 (1 HSPs)
scaffold0120 (671-770)||(2123-2223)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (671-770)||(356363-356463)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (671-770)||(11403-11503)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 48653994 - 48653199
Alignment:
Q  17 agttagctgataatagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaataaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgt 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653994 agttagctgacaatagttaatgttctccactccaatagaaataattaagttaatgaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgt 48653895  T
Q  117 tggtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatg 216  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  48653894 tggtaggacttaatatatgaattcaaaagatgaaaggtagactctccttttatgttggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagatcgttatc 48653795  T
Q  217 gaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653794 gaactgaaataataagaagagaaatgagccttttatgaaagatttcttttatcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtgg 48653695  T
Q  317 cgggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48653694 cgggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgccttagtggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcgggat 48653595  T
Q  414 tcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||       ||||||| |  || ||  || ||||||    
T  48653594 tcatgatccattttcatgatcatgcataacatatgcatctgtgtggtgtctgtgtggc-gggttat-------ttctgtgcg-gtgcctgtgtggcgggt 48653504  T
Q  514 tatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctata--------------------catctgtgtg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||                    ||||||||||    
T  48653503 tatatccggatcatgtagtatttaagagcttgcattttacacataattgcattgcattgggtctgctatatacatatgtgtgtctttattcatctgtgtg 48653404  T
Q  594 ttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattg 687  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |  ||      ||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  48653403 ttgataagtg-ttaaactattata-atgcaaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaaacatatgacttgaatgta-ttttcttaaatctttttgattg 48653307  T
Q  688 agaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtac 787  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |||     |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  48653306 agaagttttgatattatctattcattgt-----ttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacattaatattttaggtac 48653212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 10288454 - 10288162
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10288454 gcgggatatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctgttattcatctgtgtgttgataagtgatta 10288355  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10288354 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 10288255  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10288254 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 10288162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 15873638 - 15873347
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15873638 gcgggatatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttgcatatcattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgttgataagtgatta 15873539  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15873538 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacctt-aagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 15873440  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  15873439 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttgcactaacattttaggtaccaaagaagagatg 15873347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 391 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 11036167 - 11035754
Alignment:
Q  391 ttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcgggg-ttataattatatt 488  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  | ||||||  ||  |||||||||    
T  11036167 ttgttgtgcctaagtggcgggatttagtcttcattttcatgatcatgcattagcatatgcatctctgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatatt 11036068  T
Q  489 ctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacat 586  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||  ||  |     |   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  11036067 ctgtgtggatgccttagtggcgggaattgcaattatactctgtagtatctaagagcatgcattttacacaacattgcattgcattgggtctgttatacat 11035968  T
Q  587 ctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgatt 686  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11035967 ctgtgtgttgataagtgattatactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacctcaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgatt 11035868  T
Q  687 gagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggta 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11035867 gagaagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggta 11035768  T
Q  787 cccatgaagagatg 800  Q
    || | |||||||||    
T  11035767 ccaaagaagagatg 11035754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 391 - 800
Target Start/End: Original strand, 22078061 - 22078463
Alignment:
Q  391 ttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattc 489  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |       |||| ||     
T  22078061 ttgttgtgcctaagtggcgggatttagtcttcattttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcgtg-------ttat-tta 22078152  T
Q  490 tgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctg 589  Q
    ||||||  || ||  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||     
T  22078153 tgtgtgg-tgcctgtgtggcgggatatatccggatcatatagtatttaagagcatgtattttacacatcattgcattgcattaggtctgttatacatcta 22078251  T
Q  590 tgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgag 689  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22078252 tgtgttgataagtgattaaacatttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttctgattgag 22078351  T
Q  690 aagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgag-tatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22078352 aagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtactttgagttatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaatattttaggtacc 22078451  T
Q  789 catgaagagatg 800  Q
     | |||||||||    
T  22078452 aaagaagagatg 22078463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 276
Target Start/End: Original strand, 48576767 - 48577021
Alignment:
Q  20 tagctgataatagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaataaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgtt-g 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  48576767 tagctgacaatagttaatgttctctactccagtagaaataattaagttaatgaactataagaataaagttgtttgttactcatgggtatgtatgtgtttg 48576866  T
Q  119 gtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatgga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  48576867 gtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaaggtagactctccttttatgtgggtatatgttttggattgatgaacataaatgtgagatcgttatcga 48576966  T
Q  219 actgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtata 276  Q
    ||| |||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48576967 actaaaataat---aagagaaatgagccttttatgaaagatttcttttgtcatgtata 48577021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 422 - 818
Target Start/End: Original strand, 9993780 - 9994177
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccg 521  Q
    |||| |||| ||||||||| |||||||||  | ||||||||||||| | |||| ||||||||||||| | |||| ||   |  || ||||||| ||||||    
T  9993780 cattatcattatcatgcatggcatatgcacgtttgtggtgcctgtgtgacggg-ttataattatattttttgtggatacatgtgtggcgggttttatccg 9993878  T
Q  522 gatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatata 621  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  9993879 gatcatgtagtatttaaaagcatgcattttacacggcattgcattgcattgggtctgttatacatttttgtgttgataagtgattaaattggtatataaa 9993978  T
Q  622 caaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9993979 caaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttatgtgtatttttctttttttctttttattgagaagttttgatactatctattttgtggcattgt 9994078  T
Q  722 tctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaatt-gacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat-gtgtttgctttggtgtttt 818  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||| || ||||||||||||||| | | ||||| || |||| ||||||||||||||    
T  9994079 tcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattggcccctaacactaacattttaggtatcaaagaagacatggtgtatgctttggtgtttt 9994177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 426 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 21491233 - 21490834
Alignment:
Q  426 ttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggat 524  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |       |||| |||||||||  || ||  || ||||||||| |||||||    
T  21491233 ttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcgtg-------ttat-ttctgtgtgg-tgcctgtgtggcgggttatttccggat 21491143  T
Q  525 catgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaa 624  Q
    ||||||| || ||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||    
T  21491142 catgtagaatctaaaagcatgcaatttacacataattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgttgataagtgattaaactattataaag-caa 21491044  T
Q  625 aagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgata----ctatctattttgtg 714  Q
    ||||||| ||| ||||| |||  || |||      |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||| ||    
T  21491043 aagaaat-tgtgtgaaccttat-ttaaagcatataacttgaatgtattttccttatttctttttaattgagaagttttgatatatactatctattttatg 21490946  T
Q  715 tcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatgtgtttgctttggt 813  Q
     | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||    
T  21490945 acattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagacatgtgtatgctttggt 21490846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 508 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 18366993 - 18366694
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  18366993 gcgggttatatccggatcatgtagaatctaagagcatgcattttacacataattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgtggataagtgatta 18366894  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatac 701  Q
    |||| ||||| |  |||||||||| ||| ||||  |||  || |||      |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18366893 aactattataaag-caaaagaaat-tgtgtgaagcttat-ttaaagcatataacttgaatgtattttccttatttctttttaattgagaagttttgatac 18366797  T
Q  702 tatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||||||| || | ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  18366796 tatctattttatgacattgtttcttgtgctttgggtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagacatg 18366697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 422 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 12911482 - 12911114
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcgggg-ttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatat 518  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||  ||  ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  12911482 cattttcataatcatgtatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggtaggaattgcaattatattctgtgtggatgtcttagtagcgggaattatat 12911383  T
Q  519 ccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatat 618  Q
      ||||||| |||| | ||||||||||||| |||| ||| ||| |||||     |||| | | || || ||||  || |||| |||||||||| |||||     
T  12911382 atggatcatatagtttataagagcatgcatcttacgcataattccattg-----agtcggttgtatatttgtgattttataattgattaaactattata- 12911289  T
Q  619 atacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttg 712  Q
    || |||| ||||| |||  |||| |||| || |||      |||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12911288 atgcaaatgaaatatgtgcgaaccttac-ttaaaggatatgacttgaatgtatttt-cttaaacctttttgattgagaagttttgatactatctatttta 12911191  T
Q  713 tgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    || | ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12911190 tgacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataagaaaattgacccttacactaatattttaggtacc 12911114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 653 - 799
Target Start/End: Original strand, 40106499 - 40106646
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40106499 gacttgaatgtatttttcttatatctttttgattgagaagttttgatactatctattttatgacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttgga 40106598  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat 799  Q
    || | ||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||||||    
T  40106599 tatggaaattgacccttacattaaaattttaggtacctaagaagagat 40106646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 653 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 49169858 - 49169709
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  49169858 gacttgaatgtaattttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctattttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttgga 49169759  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatgt 801  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  49169758 taagaaaattgacccctacattaacattttaggtaccaaagaagagatgt 49169709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 12196273 - 12196125
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttc-tagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||  || | |||||  | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12196273 gacttgaatgtatttttcttaattctttttgattgataagttttgctattatctatttcatgacattgtttatggtgctttgagtatgaaccaatttgga 12196174  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  12196173 taaggaaattgactcttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 12196125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 659 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 24056770 - 24056673
Alignment:
Q  659 aatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataag 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24056770 aatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatattatctattttatgacattgtttctagtgctttgagtatgaatcaatttggataag 24056673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 653 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 13163792 - 13163656
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||| || | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||     
T  13163792 gacttgaaagtaattttcttaattcttttttattgataagttttgatattatctaatttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttggt 13163693  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  13163692 taaggaaattgacccttacactaatattttagatacc 13163656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 653 - 746
Target Start/End: Original strand, 3692025 - 3692120
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgt--gtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaat 746  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |   || |||| |||||||||||||||||||||    
T  3692025 gacttgaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgataccatctatttttttggaattttttcttgtgctttgagtatgaaccaat 3692120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 9554644 - 9554544
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |  | ||||| || ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  9554644 ttatttctttttgattaagaagttttgatactatctactttataacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccagtttagataagaaaattgaccctta 9554545  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  9554544 c 9554544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 12196485 - 12196352
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatat 518  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||  | ||||||  ||  |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||  ||||||    
T  12196485 cattttcatgatcatacatggcatattcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctgtgtggatgccttagtgacgggaattatat 12196386  T
Q  519 ccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttac 553  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||    
T  12196385 ccggatcatatagt-tataagagcatgcatcttac 12196352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 246 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 7589302 - 7589140
Alignment:
Q  246 cttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatga 345  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||  |  ||  |||||||||| || |||||||||   ||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  7589302 cttttatggaagacctcttttgtcatgtgcattataatgtgttattatttcctgtgtggtcctcttggtggcggggatgcatctatttttattatcatga 7589203  T
Q  346 cataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtgg 407  Q
    |||  |||||||| |||| | |   || ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  7589202 cat--gcatttttagtgtccctcagtgacgggttaaatttataattttttgtggtgcttaagtgg 7589140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 10288580 - 10288489
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  10288580 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 10288489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 464
Target Start/End: Original strand, 40106227 - 40106269
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40106227 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcct 40106269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 10288739 - 10288631
Alignment:
Q  204 tgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtg 303  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| || |||||   |||||||||    
T  10288739 tgagattattatcgaacataaataataggaagagaaat-aagttttcatgaaagatttcttttgtcgtgtgtatgatgtggtattatt---ttctgtgtg 10288644  T
Q  304 gttgcctaagtgg 316  Q
     ||||||||||||    
T  10288643 attgcctaagtgg 10288631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49170092 - 49170055
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtgg 459  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49170092 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtgg 49170055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 15873764 - 15873673
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  15873764 cattttcatgttcgtgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 15873673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 24056906 - 24056859
Alignment:
Q  520 cggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  24056906 cggatcatgtagtgtttaggagcatgcatcttacacataattgcattg 24056859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 13773577 - 13772780
Alignment:
Q  20 tagctgataatagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaataaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgttgg 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13773577 tagctgacaatagttaatgttctccactctagtagaaataattaagttaatgaactataaaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgttgg 13773478  T
Q  120 taagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatggaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||    
T  13773477 taagacttaatatatgaactcaaaagatgaaaggtagactctccttttatgtgggtatatgggttggattgatgaatataaatgtcagatcgttatcgaa 13773378  T
Q  220 ctgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13773377 ctgaaataataagaagagaaatgagccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataggatgttgagttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgg 13773278  T
Q  320 gattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattca 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  13773277 gattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgccttagtggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcgagatcca 13773178  T
Q  417 tgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||       ||||  |||||||||  ||  |  || | || ||||    
T  13773177 tgatccattttcatgatcatgcatagcatatacatctgtgtggtgcctgtgtggcgg-------atta-cttctgtgtg-gtgcttgtgtggtggattat 13773087  T
Q  517 atccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctata------------------catctgtgtgttgat 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||  |||||||||                  |||||||||||||||    
T  13773086 atccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacataattgcattacattggatctgctatacatatgtgtgtctttattcatctgtgtgttgat 13772987  T
Q  599 aagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaag 692  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |  ||      |||||  ||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  13772986 aagtgattaaactattata-atgcaaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaaacatatgacttgtatgta-ttttcttaaatctttttgattgagaag 13772889  T
Q  693 ttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccat 791  Q
    |||||||| ||||||| || || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||| |     
T  13772888 ttttgatattatctatattatgacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgactcttacactaatattttaggtaccaaa 13772789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 391 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 32450038 - 32449637
Alignment:
Q  391 ttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattc 489  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||| |||    
T  32450038 ttgttgtgcctaagtggcgggatttaatcttcattttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg-------ttat-ttc 32449947  T
Q  490 tgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctg 589  Q
    ||||||  || ||  || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  32449946 tgtgtgg-tgcctgtgtggcgggatatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcattggattgagtctgttatacatttg 32449848  T
Q  590 tgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgag 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32449847 tgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgag 32449748  T
Q  690 aagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtaccc 789  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  32449747 aagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtacca 32449648  T
Q  790 atgaagagatg 800  Q
    | |||||||||    
T  32449647 aagaagagatg 32449637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 34636730 - 34637022
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34636730 gcgggatatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttgcacatcattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgttgataagtgatta 34636829  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34636830 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttatcttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 34636929  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  34636930 ttttgtggcattgttcttgtgctttgggtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 34637022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 550 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 23260270 - 23260034
Alignment:
Q  550 ttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacctt 649  Q
    |||||||||||| ||||| |||  ||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23260270 ttacacatcattacattgcattaggtctgttttacatctgtgt--tgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacctt 23260173  T
Q  650 gaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtg 749  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  23260172 aaatacttaaatgtatttttcttatttcttttttattgagaagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttg 23260073  T
Q  750 gataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23260072 gataaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 23260034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 513 - 788
Target Start/End: Original strand, 24164334 - 24164615
Alignment:
Q  513 ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactg 612  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||     
T  24164334 ttatatctggatcatgtagtatttaagagcatgtattttacacataattgcattgcatttggtctgttatacatttatgtgttgataattgattaaacta 24164433  T
Q  613 ttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatct 706  Q
    ||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  24164434 ttata-atgcaaaagaaatgtgtgtaaactttaccttgaagcatatgactttaatgtatttttcttattttttcttgattgagaagttttgatactatct 24164532  T
Q  707 attttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattga-cccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  24164533 attttatgacattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgaccccttacaccaacattttaggtacc 24164615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 655 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 10751145 - 10751000
Alignment:
Q  655 cttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataa 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10751145 cttaaatgtatttttcttatttcttttttattgagaagttttgatactatctattatgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataa 10751046  T
Q  755 gaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10751045 ggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 10751000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 617 - 825
Target Start/End: Original strand, 20559450 - 20559655
Alignment:
Q  617 atatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtc 716  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || |    
T  20559450 atatataaaagaaatgtgtatgcactttaccttaaagacttaaatat---tttcttatttctttttgattgagaagttttggtagtatctattta-tggc 20559545  T
Q  717 gttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat-gtgtttgctttggtgt 815  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||| | | ||||| || |||| |||||||||||    
T  20559546 attgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaagaaattgacccttacagtaacattttaggtatcaaagaagacatggtgtatgctttggtgt 20559645  T
Q  816 tttgcttgaa 825  Q
    ||||||||||    
T  20559646 tttgcttgaa 20559655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 26182211 - 26182064
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggat 752  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || | ||||||  ||||||||||||||||||||| | |||    
T  26182211 gacttgaatgtaattttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctatttcatgacattgttccggtgctttgagtatgaaccaattttgat 26182112  T
Q  753 aagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  26182111 aaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 26182064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 514 - 621
Target Start/End: Original strand, 20558043 - 20558150
Alignment:
Q  514 tatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20558043 tatatccggatcatgtagtatttaagagcatgtgttttatacatcattgcattgcattgggtctgttgtacatatgtgtgttgataagtgattaaactgt 20558142  T
Q  614 tatatata 621  Q
    ||||||||    
T  20558143 tatatata 20558150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 508 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 10751223 - 10751164
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10751223 gcgggatatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttgcacatcattgcattg 10751164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 264 - 368
Target Start/End: Original strand, 20555538 - 20555635
Alignment:
Q  264 tttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgt 363  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||      |||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20555538 tttgtcatgtacatgatgttgtgttattactttc------gttgcccaagtggtgg-attccatctatttttattatcatgacataaacatttttggtgt 20555630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 10751349 - 10751264
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagt 506  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  10751349 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattacaattatattctctgtggatgccttagt 10751264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 669 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 31276036 - 31275943
Alignment:
Q  669 tcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgtt-gttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaatt 761  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||  |||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31276036 tcttatttctttttgatcgagaagttttgatattatctattttatgacattatttctcgtgttttaagtatgaaccaatttggataaggaaatt 31275943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 23260403 - 23260312
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||    
T  23260403 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattttgtgtggatgccttagtggcggg 23260312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 661 - 711
Target Start/End: Original strand, 31276842 - 31276892
Alignment:
Q  661 tgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctatttt 711  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31276842 tgtatcttttttatttcttttttattgagaagttttgatactatctatttt 31276892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 444 - 495
Target Start/End: Original strand, 20557927 - 20557977
Alignment:
Q  444 atatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtg 495  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  20557927 atatgcatctgtgtggtgtctgtgtggctgg-ttataattatattctgtgtg 20557977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 34636604 - 34636695
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  34636604 cattttcatgttcgtgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 34636695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 35670915 - 35670138
Alignment:
Q  47 tccagtagaaataattaagttaataaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgttggtaagacttaatatatgaactcaaaaga 146  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35670915 tccagtagaaataattaagttaatgaactataagaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgttggtaagacttaatatatgaactcaaaaga 35670816  T
Q  147 tgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaacc 246  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  35670815 tgaaaggtagactctccttttatgtggatatatgtgttggattgatgaacataaatgtgagatcgttat----ctgaaataataagcagataaatgagcc 35670720  T
Q  247 ttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatgac 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35670719 ttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgtcgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatgac 35670620  T
Q  347 ataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagc 443  Q
    ||||| ||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35670619 ataagaatttttggtgtgccttagtggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctatgtggcgggattcatgatccattttcatgatcatgcatagc 35670520  T
Q  444 atatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttat----aattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaag 539  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |    | |      |||| || |||||| ||| ||  || ||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  35670519 atatgcatctgtgtggtgtctgtgtggtgtctgtgtggcgggttat-ttatgtgtg-atgcctgtgtggcgagttatatttggatcatgtagtatttaag 35670422  T
Q  540 agcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctata------------------catctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatata 621  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||                  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |      
T  35670421 agcatgcattttacacataattgcattgcattgggtctgctatatatatgtgtgtccttattcatctgtgtgttgataactgattaaactattata-acg 35670323  T
Q  622 caaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||      ||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  35670322 caaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaaacatatgacttgaatgta-ttttcttaaatctttttgattgagaagttttgatactatctattttatga 35670224  T
Q  716 cgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    | ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||    
T  35670223 cattgtttcttgtgctttgagtaggaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaatattttaggtaccaaagaagagatg 35670138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 101 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 12774511 - 12773785
Alignment:
Q  101 atgagtatgtatgtgttggtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataa 200  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12774511 atgagtatggatgttttggtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaaggtagactctccttttatgtgggtatatgttttggattgatgaacataa 12774412  T
Q  201 atgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaa-----ccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactt 295  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  12774411 atgtgagatcgttatcgaactaaaataataataagagaaattaaatgagccttttatgaaagatttcttttgtcatgtacatgatgttgtattattactt 12774312  T
Q  296 tctgtgtggttgcctaagtggc-gggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctt 391  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||||| |||  | |||  ||||    
T  12774311 tctgtgtggttgcctaagtggcggggattgcatctgtttttattatcatgacataagcatttgtggtgtgccttagtggcgggataatatcatatctctt 12774212  T
Q  392 tgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgag-gcggggttataattatattct 490  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   || |  |||||||     | || |    
T  12774211 tgtggtgcctaagtggcgggattcatgattcattttcatgatcatgcatcgcatatgcatctgtgtggtgccttatagtggcgggttat-----ttttgt 12774117  T
Q  491 gt-gtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctg 589  Q
    || ||| ||||    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||| ||| ||    
T  12774116 gtggtgcatgt----gtggcgggttatatctggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacataatcgcattgcattgagtctgttatgcatttg 12774021  T
Q  590 tgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttctttttg 683  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||      ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12774020 tgtgttgataagtgattaaactattata-atacaaaggaaatgtgtgtgaactttaccttaaagaatatgacttaaatgtatttttcttaattctttttg 12773922  T
Q  684 attgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacatttta 782  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  12773921 attgagaagttttggtactatctatcttatgacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataagaaaattgacacttacactaacctttta 12773822  T
Q  783 ggtacccatgaagagat-gtgtttgctttggtgtttt 818  Q
    |||||| | |||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  12773821 ggtaccaaagaagagatagtgtatgcttcggtgtttt 12773785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 17 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 28267307 - 28266552
Alignment:
Q  17 agttagctgataatagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaataaactatagaaataaagttgtttgttactcatgagtatgtatgtgt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28267307 agttagctgacaatagttaatgttctatactccagtaaaaataattaagttaatgaactataagaataaagttgtttgttactcatgagtatgtacgtgt 28267208  T
Q  117 t-ggtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttat 215  Q
    | |||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || |||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28267207 ttggtaagactta---tatgaactcaaaagatgaaaggtagactctccttttacatagg-atatgttttggattgatgaacataaatgtgagatcgttat 28267112  T
Q  216 ggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtg 315  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267111 cgaactaaaataataagaagggaaatgagccctttatgaaagatttcttttgtcatgtacatgatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtg 28267012  T
Q  316 gcgg-gattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcagg 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||  |||  | ||| | | |||| ||||||  ||||| ||    
T  28267011 gcggagattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgccttagtggcggcataatatcatattgcattgttgtgcctgtgtggcggg 28266912  T
Q  412 attcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtgg-tgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcg 510  Q
    ||| |   | |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||  | |||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||    
T  28266911 atttagtcttcattttaatgatcatgcatggcatatgcatctatgtggatgtcttagtggcgggattacaattatattctatgtggatgtcttagtggcg 28266812  T
Q  511 gg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaa 608  Q
    ||  ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||  |   ||| |||||     ||| |||| | | || || ||||  || |||| |||||||    
T  28266811 ggaattatatccggatcatatagt-tataagagcatgcatcctctgcataattgc-----atttagtcagttgtatatttgtgattttataattgattaa 28266718  T
Q  609 actgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacct--tgaa---gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatacta 703  Q
    | | ||||| || |||| ||||||||| |||||||||| |   |||   ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |     
T  28266717 aatattata-atgcaaatgaaatgtgtgtgaactttacttaaagaatatgacttgaatgta-ttttcttaattctttttgattgagaagtgttgatattg 28266620  T
Q  704 tctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttac 770  Q
    |||||||| || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  28266619 tctattttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttac 28266552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 40448024 - 40448316
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40448024 gcgggttatatccggatcatgtagtacctaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctgttattcatctgtgtgttgataagtgatta 40448123  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40448124 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 40448223  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  40448224 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttgcactaacattttaggtaccaaagaagagatg 40448316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 480 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 41339944 - 41339638
Alignment:
Q  480 aattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtct 577  Q
    ||||||||||| || | ||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||    
T  41339944 aattatattctttgcggatgccttagtggcgggcattatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcattgg-----gtct 41339850  T
Q  578 gctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttc 677  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  41339849 gttatacatctgtgtgttgataagtgattaaatttttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttattatttc 41339750  T
Q  678 tttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgc-tttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaa 775  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||| || | ||| || | |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  41339749 ttttttattgataagttttgatattatctactttatgactttgtttatggtgcttttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaa 41339650  T
Q  776 cattttaggtac 787  Q
     |||||||||||    
T  41339649 tattttaggtac 41339638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 18292262 - 18292114
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || | ||||| || |||||||||| |||||||||| ||||    
T  18292262 gacttgaatgtatttttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctatttcatgacattgtttctggtgctttgaggatgaaccaatttgga 18292163  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  18292162 taaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 18292114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 653 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 40728947 - 40728802
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggat 752  Q
    ||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||||||||||||||||||| || ||    
T  40728947 gacttgaatgtatttt-cttaaatctttttgattgagaagttttgatactatctattttatgacattgttttggtgctttgagtatgaaccaatttgaat 40728849  T
Q  753 aagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat 799  Q
    ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||    
T  40728848 aaggaaattgacccttacactaatattttaggtaccaaagaagagat 40728802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 666 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 34397361 - 34397226
Alignment:
Q  666 ttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgac 764  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || | ||||| || |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||    
T  34397361 ttttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctatttcatgacattgtttctggtgctttgagtatgaatcaatttgaataaggaaattgac 34397262  T
Q  765 ccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  34397261 ccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 34397226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 653 - 788
Target Start/End: Original strand, 44789194 - 44789330
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| || | | ||| |  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  44789194 gacttgaatgtatttttattaattcttgttgattgataagttttgatattatctattttatgacatagtttcctgtgctttgagtatgaaccaatttgga 44789293  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  44789294 taaggaaattgaccctcacactaacattttaggtacc 44789330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 199 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 41340240 - 41340076
Alignment:
Q  199 aaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttct 298  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| |||     ||| |||| ||||| |||||    
T  41340240 aaatttgagattgttatcgaacagaaataataataagagaaataagctttttatgaaagattttttttgtcgtgt---gcatgatgtggtattattttct 41340144  T
Q  299 gtgtggttgcctaag-tggcgggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgc 365  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||||| |||| | ||  |||||||||||||||    
T  41340143 gtgtggttgtctaagttgtggggattgcatatatttttattctcataatatgtgcatttttggtgtgc 41340076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 509 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 36731893 - 36731835
Alignment:
Q  509 cgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36731893 cgggttatatctggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacagcattgcattg 36731835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 426 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 34397604 - 34397461
Alignment:
Q  426 ttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcgggg-ttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccgg 522  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||| |   ||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||| |||    
T  34397604 ttcatgatcatgcatggtatatgcatctgtgtggtgccttagtggcagaaattgcaattatattctgtgtggatgtcttagtggcgggaattatattcgg 34397505  T
Q  523 atcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  34397504 atcatatagt-tataagagcatgcatcttacgcataattgcattg 34397461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 23827890 - 23827790
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  23827890 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattaaccctta 23827791  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  23827790 c 23827790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 18292483 - 18292398
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagt 506  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18292483 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctgtgtggatgccttagt 18292398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 660 - 786
Target Start/End: Original strand, 29271277 - 29271405
Alignment:
Q  660 atgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaa 758  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||| ||||||||||  | |  || |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||    
T  29271277 atgtatttttcttattcatgtttgattgagaatttttgatattatctattttacgacactgtttcttgtgcttttagtatgaaccaatttggacaaggaa 29271376  T
Q  759 attga-cccttacgctaacattttaggta 786  Q
    ||||| ||| ||| | |||||||||||||    
T  29271377 attgagcccatacaccaacattttaggta 29271405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Original strand, 44789002 - 44789053
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44789002 attttcatgatcatgcaaggcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 44789053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 40729216 - 40729174
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40729216 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcct 40729174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 726 - 769
Target Start/End: Original strand, 11387703 - 11387746
Alignment:
Q  726 gtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  11387703 gtgctttgagtatgaaccaatttggataagaaaattaaccctta 11387746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 40447898 - 40447989
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  40447898 cattttcatgatcatgcatgtcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 40447989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 12774555 - 12774513
Alignment:
Q  29 atagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaata 71  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  12774555 atagttaatgttctctattccggtagaaataattaagttaata 12774513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 41340042 - 41340000
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  41340042 cattttcatgaccatgcatggcatatgcacctgtgtggtgcct 41340000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 170 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 18472932 - 18472313
Alignment:
Q  170 gtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtc 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18472932 gtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtcagatcgttatcgaactgaaataataagaagagaaatgagccttttatgaaagatttcttttgtc 18472833  T
Q  270 atgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt-- 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |      
T  18472832 atgtataagatgttgtgttattactttctgtctggttgcctaagtggcgggattgcatctatttttattatcatgacataagcattttttgtgtgcctta 18472733  T
Q  368 -tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgt 466  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18472732 gtggcgggttaaacttataattctctgtggtgtctaagtggtgggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgt 18472633  T
Q  467 gaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcatt 566  Q
      ||| |||||||       |||||||||  || ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  18472632 atggc-gggttat-------ttctgtgtg-gtgcctatgtggcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatacattttacacataattgcatt 18472542  T
Q  567 gtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaa 660  Q
    | ||         ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |  ||      ||||| ||    
T  18472541 gcat---------tattcatctatgtgttgataagtgattaaactattata-aagcaaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaaacatatgacttgaa 18472452  T
Q  661 tgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaat 760  Q
    |||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18472451 tgta-ttttctaaaatctttttgattgagaagttttgatactatctattttatgacattgttttggtgctttgagtatgaaccaatttggataagaaaat 18472353  T
Q  761 tgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||| | |||||||||    
T  18472352 tgacccttacactaatattttagataccaaagaagagatg 18472313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 508 - 825
Target Start/End: Original strand, 6836441 - 6836757
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||    
T  6836441 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgagtctgttatacatctgtgtgttgataa---atta 6836537  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6836538 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 6836637  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat-gtgtttg 806  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||  || |||| ||    
T  6836638 ttttgtggcattgttcttgtgctttaagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaaggaatggtgtatg 6836737  T
Q  807 ctttggtgt-tttgcttgaa 825  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  6836738 ctttggtgtgtttgcttgaa 6836757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 43407030 - 43406738
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43407030 gcgggatatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctgttattcatctgtgtgttgataagtgatta 43406931  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43406930 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 43406831  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  43406830 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttgcactaacattttaggtaccaaagaagagatg 43406738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 338651 - 338943
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  338651 gcgggttatatccggatcatgtagtacctaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctgttattcatctgtgtgttgataagtgatta 338750  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  338751 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttgtttctttttgattgagaagttttgatactatcta 338850  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  338851 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttgcactaacattttaggtaccaaagaagagatg 338943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 508 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 37666841 - 37666524
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37666841 gcgggatatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcactgcattgggtctgttatacatatgtgtgttgataagtgatta 37666742  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37666741 aacttttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttaattc-ttttgattgagaagttttgatactatcta 37666643  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg-tgtttg 806  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| | | ||    
T  37666642 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatgatctatg 37666543  T
Q  807 ctttggtgttttgcttgaa 825  Q
    |||||  ||||||||||||    
T  37666542 ctttgtagttttgcttgaa 37666524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 207 - 495
Target Start/End: Original strand, 25921689 - 25921978
Alignment:
Q  207 gattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggtt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||     ||| |||| |||||||||||||||| ||    
T  25921689 gattgttatggaactgaaataataagaagaacaataagacttttatgagagatttcttttgtcatgt---gcatgatgtggtattactttctgtgtgatt 25921785  T
Q  307 gcctaagtggc-gggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgccta 402  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25921786 gcctaagtggcggggattgcctctatttttattatcatgacatatgcatttttggtgtgccttagtggtgggttaaacttataattctttgtggtgccta 25921885  T
Q  403 agtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtg 495  Q
    |||| | |||||     | ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||  | || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  25921886 agtgacgggattttgtttacattttcatgatcatacatgacatatgcatctgtgtggtgccttagtggtgggattacaattatattttgtgtg 25921978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 422 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 35761794 - 35761413
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatcc 520  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||| |||||||||  || ||  || ||||| |||||||    
T  35761794 cattttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg-------ttat-ttctgtgtgg-tgcctgtgtggcgggatatatcc 35761704  T
Q  521 ggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacat------------------ctgtgtgttgataagt 602  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||                  ||||||||||||||||    
T  35761703 ggatcatgtagtatctaagagcatacattttacacatcattgcattgcattgggtctgctatacatatgtgtgtctttattcatctgtgtgttgataagt 35761604  T
Q  603 gattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagtttt 696  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |  |||      |||| ||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||    
T  35761603 gattaaactattata-atgcaaaagaaatgtgtatgaactctacttaaaagcatatgacttgaatgtattttt-ttaaatctttttgattcagaagtttt 35761506  T
Q  697 gatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    ||||  ||||||||| || | | ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35761505 gatatcatctattttatggcatggtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 35761413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 480 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 33007342 - 33007052
Alignment:
Q  480 aattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtct 577  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||     ||||     
T  33007342 aattatattatgtgtggatgtcttagtggcgggaattatatccggatcatatagt-tataagagcatgcatcttacgcataattgcattg-----agtca 33007249  T
Q  578 gctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttct 671  Q
    | | || || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||||||| |||| |||  ||| |||      ||||||||||| ||||||    
T  33007248 gttgtatatttgtgtgttgataagtgattaaactattata-atacaaggaaaatgtgtgtgaatttt--cttaaaggatatgacttaaatgtacttttct 33007152  T
Q  672 tatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttac 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33007151 tatttctttttgattgagaagttttgatattatctattttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaatcaatttggataaggaaattgacccttac 33007052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 368 - 825
Target Start/End: Original strand, 16075105 - 16075570
Alignment:
Q  368 tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtg 467  Q
    |||||||||||  | ||| | ||||||||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||  |    
T  16075105 tggcgggttaatatcatattactttgtggtgcctgagtggcgggatttaggatgcattttcatgatcatgcatggcaaatgcatctgtgtggtgtcttag 16075204  T
Q  468 aggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcat 565  Q
     |||||||||| ||||||||| || ||| ||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||  | | |||||      
T  16075205 tggcggggttacaattatattttgggtggatgccttagtggcgggaattatatcaggatcatatagt-tataagagcatgcatcttatgcttaattgc-- 16075301  T
Q  566 tgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttacct--tgaa---gacttaaa 660  Q
       |||||||  | | || || ||||  || |||| |||||||| | ||||| || |||| |||||| || |||||||||| |   |||   ||||| |     
T  16075302 ---attgagttagttgtatatttgtgattttataattgattaaaatattata-atgcaaatgaaatgggtgtgaactttacttaaagaatatgacttgag 16075397  T
Q  661 tgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaa 759  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||| |  | ||| ||||  |||||||||||||||||||  |||||||| |||    
T  16075398 tgtatttttcttaattcttttttattaagaagttttgatatcatctattttataacattgtttcttctgctttgagtatgaaccaacttggataaggaaa 16075497  T
Q  760 ttga-cccttacgctaacattttaggtacc------catgaagagatgtgtttgctttggtgttttgcttgaa 825  Q
    |||| || |||| | |||||||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16075498 ttgagcctttacaccaacattttaggtacccatgaacatgaagagatatgtttgctttggtgttttgcttgaa 16075570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 661 - 800
Target Start/End: Original strand, 8422252 - 8422392
Alignment:
Q  661 tgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaa 759  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  8422252 tgtaattttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctattttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaa 8422351  T
Q  760 ttgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  8422352 ttgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 8422392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 653 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 19198321 - 19198203
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgt---tctagtgctttgagtatgaaccaatgtg 749  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||   ||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  19198321 gacttaaatgtatttttcttaattctttttaattgagaagttttgatactatctattttatgacattgtttatcttgtgctttgagtatgaaccaatttg 19198222  T
Q  750 gataagaaaattgaccctt 768  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  19198221 gataaggaaattgaccctt 19198203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 667 - 770
Target Start/End: Original strand, 24276088 - 24276191
Alignment:
Q  667 tttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccc 766  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  24276088 tttcttatttccttttgatcgagaagttttgatgctatctactttgtggcattgttcttgtactttgagtatgaaccaatttggataaagaaattgaccc 24276187  T
Q  767 ttac 770  Q
    ||||    
T  24276188 ttac 24276191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 653 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 9536864 - 9536770
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaat 746  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9536864 gacttgaatgtatttttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctattttatgacattgtttctagtgctttgagtatgaaccaat 9536770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 88 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 33007726 - 33007646
Alignment:
Q  88 ttgtttgttactcatgagtatgtatgtgttggtaagacttaatatatgaactcaaaagatgaaagttagactctcctttta 168  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  33007726 ttgtttattactcatgaatatgtatgtgtgggtaagacttaatatattaactcaaaagatgaaaggcagattctcctttta 33007646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 671 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 24055767 - 24055672
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccc 766  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24055767 ttatttccttttgatcgagaagttttgatgttatctactttgtggcattgttcttgtgctttgagtatcaaccaatttggataaggaaattgaccc 24055672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 678 - 770
Target Start/End: Original strand, 33009104 - 33009197
Alignment:
Q  678 tttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttac 770  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| || | ||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33009104 tttttgatcgagtagtttcgatactatctactttatgacattgtttcttgtgctttgagcatgaaccaatttggataagaaaattgacccttac 33009197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Original strand, 16111072 - 16111176
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-----ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacc 765  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||  | | |||||     || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16111072 ttatttctttttgatcgaaaagtttttatactgtctattttaagacattgtttatttcttgtcctttgagtatgaaccaatttggataagaaaattgacc 16111171  T
Q  766 cttac 770  Q
    |||||    
T  16111172 cttac 16111176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Original strand, 6836394 - 6836445
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6836394 attttcctgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 6836445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 33007440 - 33007349
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||  ||  ||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  33007440 cattttcataatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgctttagtggcgggaattgcaattatattatgtgtggatgtcttagtggcggg 33007349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 501 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 36386437 - 36386378
Alignment:
Q  501 cttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcat 560  Q
    |||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36386437 cttagtggcgagtcatatccagatcatgtagtatttaagagcatgcattttacagatcat 36386378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 43407156 - 43407065
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  43407156 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 43407065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 338525 - 338616
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  338525 cattttcatgatcatgcatgtcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 338616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 8421979 - 8422070
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcgg-ggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||   ||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  8421979 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctatgtggtgccttagtggcggaaattgcaattatattctgtgtggatgccttagtggcggg 8422070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 369 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 9537232 - 9537138
Alignment:
Q  369 ggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||| | ||||| |||| |||||||||| |||||| || || |   | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9537232 ggcgggttataattata-ttctgtgtggtgccttagtggcgggttttagtctacattttcatgatcatgcatggcatatgcatttgtgtggtgcct 9537138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 37666967 - 37666876
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  37666967 cattttcatgatcatgcatgtcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 37666876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43407315 - 43407207
Alignment:
Q  204 tgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtg 303  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| || |||||   |||||||||    
T  43407315 tgagattattatcgaacataaataataggaagagaaat-aagttttcatgaaagatttcttttgtcgtgtgtatgatgtggtattatt---ttctgtgtg 43407220  T
Q  304 gttgcctaagtgg 316  Q
     ||||||||||||    
T  43407219 attgcctaagtgg 43407207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 19198504 - 19198451
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19198504 catttttatgatcatgcattaacatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 19198451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 24055859 - 24055824
Alignment:
Q  513 ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcat 548  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24055859 ttatatccggatcatgtagtaattaagagcatgcat 24055824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 548
Target Start/End: Original strand, 24276027 - 24276062
Alignment:
Q  513 ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcat 548  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24276027 ttatatccggatcatgtagtaattaagagcatgcat 24276062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 18473645 - 18473603
Alignment:
Q  133 atgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggt 175  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  18473645 atgaactcaaaagatgaaagggagactctccttttatgtgggt 18473603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 267; Significance: 1e-148; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 130 - 459
Target Start/End: Original strand, 42861537 - 42861869
Alignment:
Q  130 tatatgaactcaaaagatgaaagttagactctccttttacgtgggtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataat 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  42861537 tatataaactcaaaagatgaaaggtagactctccttctatgtgagtatatgcgttggattgatgaacataaatgtgagatcgttatcgaactgaaataat 42861636  T
Q  230 aagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcgggattgcatct 329  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42861637 aagaagagaaatgagccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttcagtgtggttgtctaagtggcgggattgcatct 42861736  T
Q  330 atttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattt 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  42861737 atttttattatcatgacataagcatttttggtgtgccttagtggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctatgtggcgggattcatgatccattt 42861836  T
Q  427 tcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtgg 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42861837 tcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtgg 42861869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 537363 - 537655
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  537363 gcgggatatatccggatcatgtagtatataagagcatgcattttgcacatcattgcattgcattgggtctgttatacatttctgtgttgataagtgatta 537462  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  537463 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttatcttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 537562  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  537563 ttttgtggcattgttcttgtgctttgggtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 537655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 584 - 800
Target Start/End: Original strand, 42861989 - 42862209
Alignment:
Q  584 catctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttc 677  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |  ||      |||||||||||||||| ||||  ||    
T  42861989 catctctgtgttgataagtgattaaactattata-atgcaaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaaacatatgacttaaatgtatttt-cttaaatc 42862086  T
Q  678 tttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaaca 777  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  42862087 tttttgattgagaagttttgatactatctattttatgacattgttttggtgctttgagtataaactaatttggataagaaaattgacccttacactaata 42862186  T
Q  778 ttttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||||||| | |||||||||    
T  42862187 ttttaggtaccaaagaagagatg 42862209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 653 - 788
Target Start/End: Original strand, 40691563 - 40691699
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||   ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40691563 gacttgaatgtatttttcttaattctttttgattgataagttttaatattatctattttatgatattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttgga 40691662  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40691663 taaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 40691699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Original strand, 6309383 - 6309531
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| || |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | | || | | ||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  6309383 gacttgaaggtatttttattaattcttgttgattgataagttttgatattatctaatatatgacatagtttctggtgctttgagtatgaaccaatttgga 6309482  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  6309483 taaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 6309531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 676 - 800
Target Start/End: Original strand, 38001690 - 38001814
Alignment:
Q  676 tctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaa 775  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||    
T  38001690 tctttttgattgagaagttttgatactatctattttatgacattgttttggtgttttgtgtatgaaccaatttggataaggaaattggctcttacactaa 38001789  T
Q  776 cattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
     |||||||||| | | |||||||||    
T  38001790 tattttaggtatcaaagaagagatg 38001814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 192 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 25101939 - 25101727
Alignment:
Q  192 tgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttatt 291  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |   || |  ||||||||| || |||| ||||||||||  | ||||| || |||||    
T  25101939 tgaacataaatttgagagtgt-atggaactgaaataataagaaca---ataagacttttatgagagttttcatttgtcatgtgcatgatgtggtattatt 25101844  T
Q  292 actttctgtgtggttgcctaagtggcggg-attgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgcttt---ggcgggttaaacttataat 387  Q
       |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||   |||||||||||||||||||    
T  25101843 ---ttctgtgtggttgcttaagtggcggggattgcatctatttg-attatcatgatatatgcatttttgatgtaccttagtggcgggttaaacttataat 25101748  T
Q  388 tctttgtggtgcctaagtggc 408  Q
    |||| ||| ||||| ||||||    
T  25101747 tcttggtgttgccttagtggc 25101727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 192 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 25161032 - 25160820
Alignment:
Q  192 tgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttatt 291  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |   || |  ||||||||| || |||| ||||||||||  | ||||| || |||||    
T  25161032 tgaacataaatttgagagtgt-atggaactgaaataataagaaca---ataagacttttatgagagttttcatttgtcatgtgcatgatgtggtattatt 25160937  T
Q  292 actttctgtgtggttgcctaagtggcggg-attgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgcttt---ggcgggttaaacttataat 387  Q
       |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||   |||||||||||||||||||    
T  25160936 ---ttctgtgtggttgcttaagtggcggggattgcatctatttg-attatcatgatatatgcatttttgatgtaccttagtggcgggttaaacttataat 25160841  T
Q  388 tctttgtggtgcctaagtggc 408  Q
    |||| ||| ||||| ||||||    
T  25160840 tcttggtgttgccttagtggc 25160820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 676 - 800
Target Start/End: Original strand, 30910469 - 30910594
Alignment:
Q  676 tctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttc-tagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgcta 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || | |||||  | ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||    
T  30910469 tctttttgattgagaagttttgatattatctactttatgacattgtttatggtgttttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacacta 30910568  T
Q  775 acattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    | |||||||||||  | |||||||||    
T  30910569 atattttaggtacgaaagaagagatg 30910594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 671 - 765
Target Start/End: Original strand, 23211155 - 23211249
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacc 765  Q
    |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  23211155 ttatttattttttatcgagaaattttgatactatctactttgtggcattgttattgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacc 23211249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 508 - 563
Target Start/End: Original strand, 42861887 - 42861942
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgc 563  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42861887 gcgggttatatccagatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacataattgc 42861942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 469 - 700
Target Start/End: Original strand, 27026859 - 27027089
Alignment:
Q  469 ggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcatt 566  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||  ||||||  |||     
T  27026859 ggcgggattataattatattctgtgtggatgccttagtggcaggaattatatccggatcatgtagtttttaggagcatgc---ttatgcatcatatcat- 27026954  T
Q  567 gtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaa 660  Q
       ||||||| | |||| || ||||| ||||||| |||||||||| || ||| | |||| |||||| || |||| |||||| | |||      ||||  |    
T  27026955 ---ttgagtcagttatatatttgtgttttgataattgattaaactattttat-tgcaaaggaaatgcgtgtgaattttaccctaaaggacataacttgga 27027050  T
Q  661 tgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgata 700  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  27027051 tgtatttttcttaatt-tttttgattgagaagttttgata 27027089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 77
Target Start/End: Original strand, 42861458 - 42861515
Alignment:
Q  20 tagctgataatagttaatgttctccactccagtagaaataattaagttaataaactat 77  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  42861458 tagctgacaataattaatgttctccactccagtataaataattaagttaatgaactat 42861515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 422 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 25101669 - 25101617
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25101669 cattttcatgatcatgcatggtatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 25101617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 422 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 25160762 - 25160710
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25160762 cattttcatgatcatgcatggtatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 25160710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Original strand, 6309186 - 6309237
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6309186 attttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgtctgtgtggcggg 6309237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 4557743 - 4557610
Alignment:
Q  426 ttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggat 524  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||       |||||||||  || ||  || |||||||||||| |||     
T  4557743 ttcatgatcatgcattagcatatgcatctctgtggtgcctgtgtggc-gggttat-------ttctgtgtg-gtgcctgtgtggcgggttatatctggac 4557653  T
Q  525 catgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  4557652 catgtagaatctaagagcatgcatcttacgcataattgcattg 4557610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 464
Target Start/End: Original strand, 40691292 - 40691334
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  40691292 cattttcatgatcatgcaaggcatatgcatctgtgtggtgcct 40691334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 778 - 825
Target Start/End: Original strand, 105368 - 105416
Alignment:
Q  778 ttttaggtacccatgaagagatgtgtttgctttggtg-ttttgcttgaa 825  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  105368 ttttaggtatccatgaagagatgtgtttgatttggtgattttgcttgaa 105416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 537237 - 537328
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  537237 cattttcatgttcgtgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 537328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 653 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 4557523 - 4557465
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctatttt 711  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  4557523 gacttgaatgcatttttcttaattctttttgataggtaagttttgatattatctatttt 4557465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 460
Target Start/End: Original strand, 30910215 - 30910253
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggt 460  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30910215 catttccatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggt 30910253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 320
Target Start/End: Original strand, 27026806 - 27026843
Alignment:
Q  283 tgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggcggg 320  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27026806 tgtggtattactttctgtgtggttgcctaagtgacggg 27026843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 40459494 - 40459786
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40459494 gcgggttatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctgttattcatctgtgtgttgataagtgatta 40459593  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40459594 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 40459693  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  40459694 ttttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttgcactaacattttaggtaccaaagaagagatg 40459786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 426 - 785
Target Start/End: Original strand, 49499523 - 49499876
Alignment:
Q  426 ttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggat 524  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||| |||||||||  || ||  || ||||||||||||| |||    
T  49499523 ttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg-------ttat-ttctgtgtgg-tgcctgtgtggcgggttatatccagat 49499613  T
Q  525 catgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaa 624  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||    
T  49499614 catgtagaatttaagagcatgcattttacacataattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgttgataagtgattaaactattata-aagcaa 49499712  T
Q  625 aagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgt 718  Q
    ||||||| ||| ||||| |||  || |||      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| || | |    
T  49499713 aagaaat-tgtgtgaacctta--ttaaagcatataacttgaatgtatttttcttatttctttttaattgagaagttttgatatgatctattttatgacat 49499809  T
Q  719 tg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggt 785  Q
    || |||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49499810 tgtttctggtgc-ttgagtatgaactaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggt 49499876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 390 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 2761881 - 2761444
Alignment:
Q  390 tttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattc 489  Q
    |||||||||| |||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  | || |||       |||| | |    
T  2761881 tttgtggtgcttaagtggtgggatttaggattcattttcatgatcatgcatggcatatgcatttgtgtggtgccttagtggaggg-------ttat-tcc 2761790  T
Q  490 tgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatc-- 587  Q
    ||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||      
T  2761789 tgtgtgg-tgccttagtggcgggttatatccgaatcatttagtatttaagagcatgcattttacacatgattgcattgcattgtgtctgttatacatcgg 2761691  T
Q  588 -----------tgtgtgttgataagtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttc 670  Q
               | |||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||| |  ||      || || ||||||||||||    
T  2761690 tgtgttatacatatgtgttgataagtgattaaactattat-gatgcaaaagaaatgtgtatgaactttacttaaaagcatatgatttgaatgtatttttc 2761592  T
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctt-- 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||      
T  2761591 ttatttctttttgattgagaagtttagatactatctattttatggc---attcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttac 2761495  T
Q  769 acgctaacattttaggtacccatgaagagat-gtgtttgctttggtgtttt 818  Q
    || |||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||||||||||||||    
T  2761494 acactaatattttaggtatcaaagaagacatggtgtatgctttggtgtttt 2761444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Original strand, 55162879 - 55163027
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  55162879 gacttgaatgtaattttcttaattctttttgattgataagttttgatattatctattttatgacattgtttctggtgctttgagtatgaaccaatttgga 55162978  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  55162979 taaggaaattgacccttacactaacattttaggcaccaaagaagagatg 55163027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 223 - 511
Target Start/End: Original strand, 13652750 - 13653042
Alignment:
Q  223 aaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggc-ggga 321  Q
    ||||||||||||||||||  ||   |||||| ||||  |||||||||||||  | |||  |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||| ||||    
T  13652750 aaataataagaagagaaaataagactttatggaagacctcttttgtcatgtgcatgataatgtgctattattttttgtgtgattgccttagtggcgggga 13652849  T
Q  322 ttgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgc---tttggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattca-t 417  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||| |  | ||||||||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || | |    
T  13652850 ttgcatctacctttattatcgtgacatatg--tatttggtgtgcctttgtggcgggttaaacttattattctttgtggtacctaagtggcgggttttagt 13652947  T
Q  418 gatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcg-gggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgg 511  Q
      | ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||  | |||| |  ||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13652948 cttgcattttcatgatcatgcatggtatatgcatttgtgtggtgccttagtggcgagaattgcaattatattttgtgtgaatgtcttagtggcgg 13653042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 223 - 511
Target Start/End: Original strand, 13660875 - 13661167
Alignment:
Q  223 aaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggc-ggga 321  Q
    ||||||||||||||||||  ||   |||||| ||||  |||||||||||||  | |||  |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||| ||||    
T  13660875 aaataataagaagagaaaataagactttatggaagacctcttttgtcatgtgcatgataatgtgctattattttttgtgtgattgccttagtggcgggga 13660974  T
Q  322 ttgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgc---tttggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattca-t 417  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||| |  | ||||||||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || | |    
T  13660975 ttgcatctacctttattatcgtgacatatg--tatttggtgtgcctttgtggcgggttaaacttattattctttgtggtacctaagtggcgggttttagt 13661072  T
Q  418 gatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcg-gggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgg 511  Q
      | ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||  | |||| |  ||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13661073 cttgcattttcatgatcatgcatggtatatgcatttgtgtggtgccttagtggcgagaattgcaattatattttgtgtgaatgtcttagtggcgg 13661167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 653 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 28968757 - 28968621
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||| |||||||||| ||   ||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  28968757 gacttgaatgtatttttcttaattcgtttttattggtaagttttgatattatctattttatgagattgtttcttgtgctttgagtatcaaccaatttgga 28968658  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28968657 taaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 28968621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 679 - 800
Target Start/End: Original strand, 70014 - 70135
Alignment:
Q  679 ttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaaca 777  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | | |||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  70014 ttttgattgagaagttttgatattatctattttatgacatagtttctggtgc-ttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgatccttacactaaca 70112  T
Q  778 ttttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||| |||| | |||||||||    
T  70113 ttttagataccaaagaagagatg 70135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 669 - 754
Target Start/End: Original strand, 41869372 - 41869458
Alignment:
Q  669 tcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgtt-gttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataa 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||  |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  41869372 tcttatttctttttgattgagaagttttgatattatctatttcgtgacattatttcttgtgctttgagtatgaactaatttggataa 41869458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Original strand, 10276754 - 10276854
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  10276754 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttgtataaggaaattgaccctta 10276853  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  10276854 c 10276854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Original strand, 69782 - 69833
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  69782 attttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 69833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 464
Target Start/End: Original strand, 55162571 - 55162613
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55162571 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcct 55162613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 368 - 512
Target Start/End: Original strand, 40459315 - 40459459
Alignment:
Q  368 tggcgggttaaacttataattctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtg 467  Q
    |||||||||| | ||||| |||| ||| |||||| |||||| || || | | | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |    
T  40459315 tggcgggttataattata-ttctatgttgtgccttagtggcgggttttaggttgcattttcatgatcatgcatgtcatatgcatctgtgtggtgccttag 40459413  T
Q  468 aggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
     ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  40459414 tggcgggatttgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 40459459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 508 - 567
Target Start/End: Original strand, 55162735 - 55162793
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  ||| |||||||||    
T  55162735 gcgggttatatccggatcatgtagt-tataagagcatgcatcttatgcataattgcattg 55162793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 764 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 19665411 - 19665366
Alignment:
Q  764 cccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatgtgtttgctt 809  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  19665411 cccttacaccaacattttatgtacacatgaagagatgtgtttgctt 19665366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Original strand, 16975863 - 16976153
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16975863 gcgggttatatccggatcatgtactatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgggtctattatacatctgtg--ttgataagtgatta 16975960  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 707  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16975961 aactgttatatatacaaaataaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatcta 16976060  T
Q  708 ttttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  16976061 ttttgtggcattgttcttgtgttttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 16976153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 7336357 - 7336063
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7336357 gcgggatatatccggatcatgtagtatctaagagcatgcattttgcacatcattgcattgcattgggtctgttatacatctgtgtgttgataaatgatta 7336258  T
Q  608 aactgttatatata--caaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 705  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7336257 aactgttatatatatacaaaggaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 7336158  T
Q  706 tattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  7336157 tattttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaacaaagaagagatg 7336063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 508 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 5004394 - 5004112
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5004394 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttgcacatcattgcattgcattgggtctataatacatctgtgtgttgataaatgatta 5004295  T
Q  608 aactgttat--atatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 705  Q
    |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5004294 aactgttatgtatataccaaggaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 5004195  T
Q  706 tattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5004194 tattttgtggtattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 5004112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 508 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 46404264 - 46403971
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  46404264 gcgggatatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcgttttgcatatcattgcattgcattgggtctgttatacatctgtctgttgataaatgatta 46404165  T
Q  608 aactgtt--atatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 705  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46404164 aactgttgtatatatacaaaggaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttt-cttatttctttttgattgagaagttttgatactatc 46404066  T
Q  706 tattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  46404065 tattttatggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 46403971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 510 - 799
Target Start/End: Original strand, 9104648 - 9104932
Alignment:
Q  510 gggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9104648 gggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgg-----gtctgttatacatatgtgtgttgataagtgattaaa 9104742  T
Q  610 ctgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctatt 709  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  9104743 ctgttatatatacaacagaaatgtgtatgaactttacctt-aaaacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagtttcgatactatttatt 9104841  T
Q  710 ttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat 799  Q
    || || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| | |||| |||||||||||| | ||||||||    
T  9104842 ttatggcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgatccttgcactaatattttaggtaccaaagaagagat 9104932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 508 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 11937552 - 11937234
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgatta 607  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11937552 gcgggttatatccggatcatgtagaatataagaacatgcattttacacataattgcattgcattgggtctgttatacatttgtgtgttgataagtgatta 11937453  T
Q  608 aactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaag------acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatac 701  Q
    |||| ||||| |  |||||||||| ||| ||||| |||  || |||      |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11937452 aactattata-aagcaaaagaaat-tgtgtgaacctta-tttaaagcatataacttgaatgtattttccttatttctttttaattgagaagttttgatac 11937356  T
Q  702 tatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||   |||| || | ||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||    
T  11937355 tat---ttttatgacattgtttcttatgctttgaatatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaatattttaggtaccaaagaagacatg 11937259  T
Q  801 tgtttgctttggtgttttgcttgaa 825  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  11937258 tgtatgctttggtgttttgcttgaa 11937234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 654 - 787
Target Start/End: Original strand, 8731431 - 8731566
Alignment:
Q  654 acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggat 752  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  8731431 acttcaatgtatttttctaatttctttttgattgataagtcttgatactatctattttatggcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggat 8731530  T
Q  753 aagaaaattga-cccttacgctaacattttaggtac 787  Q
    ||| ||||||| |||||||   ||||||||||||||    
T  8731531 aaggaaattgaccccttacatcaacattttaggtac 8731566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 654 - 787
Target Start/End: Original strand, 9083318 - 9083453
Alignment:
Q  654 acttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggat 752  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || | ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  9083318 acttcaatgtatttttctaatttctttttgattgataagtcttgatactatctattttatggcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggat 9083417  T
Q  753 aagaaaattga-cccttacgctaacattttaggtac 787  Q
    ||| ||||||| |||||||   ||||||||||||||    
T  9083418 aaggaaattgaccccttacatcaacattttaggtac 9083453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 43277562 - 43277413
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtattttt-cttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttc-tagtgctttgagtatgaaccaatgtgg 750  Q
    ||||| ||||||||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||  | ||||||||||||||||||||| |||    
T  43277562 gacttgaatgtattttttcttaatttttttttattgataagttttgatactatctattttatgacattgtttatggtgctttgagtatgaaccaatttgg 43277463  T
Q  751 ataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||  | |||||||||    
T  43277462 ataaggaaattgacccttacactaatattttaggtactaaagaagagatg 43277413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 653 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 17542223 - 17542113
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| || | ||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17542223 gacttgaatgtatttttcttaattctttttgattggtaagttttgatattatctattttatgacattgtttatggtgctttgagtatgaactaatttgga 17542124  T
Q  752 taagaaaattg 762  Q
    |||| ||||||    
T  17542123 taaggaaattg 17542113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Original strand, 5704621 - 5704721
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  5704621 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgaccctta 5704720  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  5704721 c 5704721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 5004509 - 5004418
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  5004509 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 5004418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 7336483 - 7336392
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||    
T  7336483 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctctgtggatgccttagtggcggg 7336392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 389 - 467
Target Start/End: Original strand, 9104564 - 9104643
Alignment:
Q  389 ctttgtggtgcctaagtggcaggattcatgatccattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtg 467  Q
    |||||| |||||||||||||  |||| |   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9104564 ctttgttgtgcctaagtggcgtgatttagtcttcattttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtg 9104643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 512
Target Start/End: Original strand, 16975737 - 16975828
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg-gttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg 512  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||  ||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  16975737 cattttcatgatcatccatggcatatgcatctgtgtggtgccatagtggcgggaattgcaattatattctgtgtggatgccttagtggcggg 16975828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 17542444 - 17542393
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  17542444 attttcgtgatcatgcatcgcatatgtatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 17542393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 7336642 - 7336534
Alignment:
Q  204 tgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttattactttctgtgtg 303  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| || |||||   |||||||||    
T  7336642 tgagattattatcgaacataaataataggaagagaaat-aagttttcatgaaagatttcttttgtcgtgtgtatgatgtggtattatt---ttctgtgtg 7336547  T
Q  304 gttgcctaagtgg 316  Q
     ||||||||||||    
T  7336546 attgcctaagtgg 7336534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 838 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 46016661 - 46016622
Alignment:
Q  838 ttgtgcgaagaagaagagcttaacaacattggatctttcc 877  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  46016661 ttgtgcgaagaagaagagcttaacaacatcgggtctttcc 46016622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 480 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 43277737 - 43277649
Alignment:
Q  480 aattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| || ||  ||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  43277737 aattatattctgtgtggatgccttagtggcaggaattatatctggatcatatagt-tataagagcatgcatcttacgcataattgcattg 43277649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 721 - 770
Target Start/End: Original strand, 1461514 - 1461563
Alignment:
Q  721 ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||    
T  1461514 ttcttgtgctttgagtatgaactaatttggataaggaaattgactcttac 1461563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 43277834 - 43277793
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcct 464  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  43277834 attttcatgatcatacatgacatatgcatctgtgtggtgcct 43277793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 424 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 33078 - 32728
Alignment:
Q  424 ttttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatccgga 523  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| ||  || ||||||||||||||||    
T  33078 ttttcattatcatgcatgacatatgcatctgtgtggtgcctgtgtgacggg-tcataattatattctgtgtggatgcctgtgtggcgggttatatccgga 32980  T
Q  524 tcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatataca 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||             |||||| ||||||||| |    
T  32979 tcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgcattgagtctgttatacatctgtgt-------------taaactattatatataaa 32893  T
Q  624 aaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtat-ttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt 722  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  32892 aaagatatgtgtatgaactttaccttaaa-acttaaatgtatctttttttatctctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtggctttgtt 32794  T
Q  723 ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacc 788  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32793 cttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtacc 32728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 536 - 800
Target Start/End: Original strand, 1 - 267
Alignment:
Q  536 taagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttata--tatacaaaagaaatgt 633  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  1 taagagcatgcattttgcacatcattgcattgcattgggtctgttatacatctgtgtgttgataaatgattaaactgttatatatatacaaaggaaatgt 100  T
Q  634 gtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttg 733  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  101 gtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtgctttg 200  T
Q  734 agtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  201 agtatgaatcaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaacaaagaagagatg 267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 3e-72; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 601 - 771
Target Start/End: Original strand, 35840786 - 35840956
Alignment:
Q  601 gtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgata 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35840786 gtgattaaactgttatatatacaaaagaaatgtgtatgaactttaccttaaagacttaaatgtatttttcctatttctttttaattgagaagttttgata 35840885  T
Q  701 ctatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacg 771  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  35840886 ctatctattttgtggcattgttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacg 35840956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 422 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 40841267 - 40840896
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcat-agcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcgggttatatcc 520  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||        |||| |||| ||||  || ||  || |||||||||||||    
T  40841267 cattttcatgatcatgcattagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggc-------ttat-ttctatgtgg-tgcctgtgtggcgggttatatcc 40841177  T
Q  521 ggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatatat 620  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  40841176 ggatcatgtagtatttaagagcatacattttacacataatcgcattgcattgggtctgctatgcatttgtgtgttgataagtgattaaactattata-at 40841078  T
Q  621 acaaaagaaatgtgtatgaactttaccttgaa------gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtg 714  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||      || || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||     |     
T  40841077 acaaaggaaatgtgtgtgaactttaacttaaagaatatgaattgaatgtaattttcttaattctttttgtttgagaagttttggtactatcta-----tc 40840983  T
Q  715 tcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    || ||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  40840982 tcattgtttcttgtgctttgagtatgaactaatttggataaggaaattgacccttacactaacattttatgtaccaaagaagagatg 40840896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 422 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 41958211 - 41957830
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcgggg-ttataattatattctgtgtgaatgtcttagtagcggg--ttatat 518  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||  ||  |||||||||||||||| |||  ||||| | ||   ||||||    
T  41958211 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgccttagtggcgggaattgcaattatattctgtgtggatgctttagtggtggaaattatat 41958112  T
Q  519 ccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattgtattgagtctgctatacatctgtgtgttgataagtgattaaactgttatat 618  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||     |||| | | || || ||||  || |||| |||||||||| ||||||    
T  41958111 ccggatcatatagt-tataagagcatacatcttacgcataattgcattg-----agtcggttgtatatttgtgattttataattgattaaactattatat 41958018  T
Q  619 ata---caaaagaaatgtgtatgaactttacctt--gaa---gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattt 710  Q
    |||   |||| ||||| ||| |||| ||||| |   |||   ||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41958017 ataatgcaaatgaaatatgtgtgaattttacttaaagaatatgacttgaatgtatttt-cttaaatctttttgattgagaagttttgatactatctattt 41957919  T
Q  711 tgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    | || | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||    
T  41957918 tatgacattgtt-tcttgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgacccttacactaatattttaggtaccaaagaagagatg 41957830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 659 - 800
Target Start/End: Original strand, 6150213 - 6150355
Alignment:
Q  659 aatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaa 757  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| || | ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  6150213 aatgtatttttcttaattctttttgattggtaagttttgatattatctattttatgacattgtttctggtgttttgagtatgaaccaatttggataagga 6150312  T
Q  758 aattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||    
T  6150313 aattgacccttacactaacattttagataccaaagaagagatg 6150355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 283 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 22635958 - 22635827
Alignment:
Q  283 tgtgttattactttctgtgtggttgcctaagtggc-gggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcgggttaa 378  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  22635958 tgtggtattactttctgtgtggttgcctaagtggcggggattgcatcta-tttgattctcatgacatatgcatttttggagtgctttaatggcgggttaa 22635860  T
Q  379 acttataattctttgtggtgcctaagtggcagg 411  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  22635859 acttataattattggtggtgccttagtggcagg 22635827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Original strand, 44436790 - 44436937
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || | ||||| || |||||||||||||||| |||| ||||    
T  44436790 gacttgaatgtattttttttaattctttttgattgataagttttgatattatctattta-tgacattgtttctggtgctttgagtatgaatcaatttgga 44436888  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  44436889 taaggaaatcgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 44436937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 192 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 3189452 - 3189237
Alignment:
Q  192 tgaacataaatgtgagattgttatggaactgaaataataagaagagaaatgaaccttttatgaaagatttcttttgtcatgtataagatgttgtgttatt 291  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||   |||||||| || |||||||||||| ||  | ||||| ||   |||    
T  3189452 tgaacataaatttgagagtgt-atggaactgaaataataagaacaacaa-gag--ttttatgagagttttcttttgtcacgtgcatgatgtagt---att 3189360  T
Q  292 actttctgtgtggttgcctaagtggc-gggattgcatctatttttattatcatgacataagcatttttggtgtgctt---tggcggg---ttaaacttat 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |   |||||||   ||||||||||    
T  3189359 actttctgtgtggttgcctaagtggcggggattgcatcta-tttgattctcatgacatatgcatttttggtgtgccttagtggcgggtaattaaacttat 3189261  T
Q  385 aattctttgtggtgcctaagtggc 408  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||    
T  3189260 aattcttggtggtgccttagtggc 3189237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 721 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 22815783 - 22815705
Alignment:
Q  721 ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagat 799  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22815783 ttctggtgctttgagtatgaaccaatttggataatgaaattgacccttacattaacattttaggtaccaatgaagagat 22815705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 12659439 - 12659339
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12659439 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgaccctta 12659340  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  12659339 c 12659339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 422 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 22635772 - 22635722
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcg 472  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22635772 cattttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcg 22635722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 423 - 474
Target Start/End: Original strand, 44436540 - 44436591
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44436540 attttcatgatcatgcttggcatatgcatctgtgtggtgcctgtgtggcggg 44436591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 22816064 - 22816020
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtg 467  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  22816064 attttcatgatcatgcatggcatatgcatctgtgcggtgcctgtg 22816020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 422 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 3189179 - 3189127
Alignment:
Q  422 cattttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggg 474  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  3189179 cattttcatgatcatgcatgacatatgcatttgtgtggtgcttgtgtggcggg 3189127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Original strand, 10250945 - 10251045
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    |||||||||||| || |||||| ||| || |||||||||||    | ||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  10250945 ttatttcttttttatcgagaagatttcatgctatctattttagagcattgtttcttgtgcttttagtatgaaccaatttggataaggaaattgactctta 10251044  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  10251045 c 10251045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 508 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 22815988 - 22815930
Alignment:
Q  508 gcgggttatatccggatcatgtagtatttaagagcatgcattttacacatcattgcattg 567  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  22815988 gcgggttatatctggatcatatagt-tataagagcatgcatcttacacataattgcattg 22815930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 651 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 1858 - 1709
Alignment:
Q  651 aagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttctagtgctttgagtatgaaccaatgtgg 750  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| |||    
T  1858 aagacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtggcattgttcttgtgctttgggtatgaaccaatttgg 1759  T
Q  751 ataagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  1758 ataaggaaattgacccttacactaacattttaggtaccaaagaagagatg 1709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1838 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:

Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 653 - 800
Target Start/End: Original strand, 875 - 1022
Alignment:
Q  653 gacttaaatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtgga 751  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| || | ||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  875 gacttgaatgtatttttcttatttctttttgattgataagttttgatattttctactttatgacattgtttatggtgctttga-tatgaaccaatttgga 973  T
Q  752 taagaaaattgacccttacgctaacattttaggtacccatgaagagatg 800  Q
    |||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| | |||||||||    
T  974 taaggaaattgacccttacactaatattttaagtaccaaagaagagatg 1022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 62; Significance: 3e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 659 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 242559 - 242422
Alignment:
Q  659 aatgtatttttcttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttg-ttctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaa 757  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |  | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || | ||| |    
T  242559 aatgtatttttcttaattctttttgattgagaagttttgatatcatctaatttataacattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttgaacaagga 242460  T
Q  758 aattgaccc-ttacgctaacattttaggtacccatgaa 794  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  242459 aattgaccctttacaccaacattttaggtacccatgaa 242422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 242783 - 242728
Alignment:
Q  423 attttcatgatcatgcatagcatatgcatctgtgtggtgcctgtgaggcggggttat 479  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  242783 attttcatgatcttgcatagcatatgcatatgtgtggtgcctgtgtggc-gggttat 242728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0120 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0120
Description:

Target: scaffold0120; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 2223 - 2123
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2223 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgaccctta 2124  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  2123 c 2123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 45; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 356463 - 356363
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgtt-ctagtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    | ||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  356463 ttatttctttttgatcgagaagattttatactatctattttagagcattgtttcttgtgctttgagtatgaaccaatttgaataaggaaattgaccctta 356364  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  356363 c 356363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 671 - 770
Target Start/End: Original strand, 11403 - 11503
Alignment:
Q  671 ttatttctttttgattgagaagttttgatactatctattttgtgtcgttgttcta-gtgctttgagtatgaaccaatgtggataagaaaattgaccctta 769  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    | ||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  11403 ttatttctttttgattgagaaaattttatactatctattttagagcattgttttttgtgctttgagtatgaaccaatttggataaggaaattgatcctta 11502  T
Q  770 c 770  Q
    |    
T  11503 c 11503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University