View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1169_low_1 (Length: 960)
Name: NF1169_low_1
Description: NF1169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1169_low_1 |
 | |
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| [»] chr8 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 140 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 259265 - 258476
Alignment:
| Q |
140 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
239 |
Q |
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| T |
259265 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
259166 |
T |
|
| Q |
240 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
339 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
259165 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
259066 |
T |
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| Q |
340 |
caatatacaaaaccatgtctggttacataacaacaaca---acaataacaatgat------aatagcaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
430 |
Q |
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| T |
259065 |
caatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgataataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
258966 |
T |
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| Q |
431 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
530 |
Q |
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| T |
258965 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
258866 |
T |
|
| Q |
531 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactaga |
630 |
Q |
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| T |
258865 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag- |
258767 |
T |
|
| Q |
631 |
aaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactccaaaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
730 |
Q |
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| T |
258766 |
--------aagcaattaaattatatattttatca---------------------aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
258696 |
T |
|
| Q |
731 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
830 |
Q |
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|
| T |
258695 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
258596 |
T |
|
| Q |
831 |
agagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtagtttaatatactttgtcaaatggaatagcag |
930 |
Q |
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| T |
258595 |
agagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtag----------tttgtcaaatggaatagcag |
258506 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 140 - 960
Target Start/End: Original strand, 656656 - 657445
Alignment:
| Q |
140 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
239 |
Q |
| |
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| T |
656656 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
656755 |
T |
|
| Q |
240 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
339 |
Q |
| |
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|
| T |
656756 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
656855 |
T |
|
| Q |
340 |
caatatacaaaaccatgtctggttacat---aacaacaacaacaataacaatgat------aatagcaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
430 |
Q |
| |
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|
| T |
656856 |
caatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgataataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
656955 |
T |
|
| Q |
431 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
530 |
Q |
| |
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|
| T |
656956 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
657055 |
T |
|
| Q |
531 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactaga |
630 |
Q |
| |
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|
|
| T |
657056 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag- |
657154 |
T |
|
| Q |
631 |
aaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactccaaaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
730 |
Q |
| |
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| T |
657155 |
--------aagcaattaaattatatattttatca---------------------aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
657225 |
T |
|
| Q |
731 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
830 |
Q |
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|
| T |
657226 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
657325 |
T |
|
| Q |
831 |
agagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtagtttaatatactttgtcaaatggaatagcag |
930 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
657326 |
agagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtag----------tttgtcaaatggaatagcag |
657415 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 140 - 960
Target Start/End: Original strand, 842391 - 843180
Alignment:
| Q |
140 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
239 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
842391 |
ccccaagggttgaacattggttttacaaattatggataatacaataatcgctattgataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagct |
842490 |
T |
|
| Q |
240 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
339 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842491 |
ctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctg |
842590 |
T |
|
| Q |
340 |
caatatacaaaaccatgtctggttacat---aacaacaacaacaataacaatgat------aatagcaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
430 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842591 |
caatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgataataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacag |
842690 |
T |
|
| Q |
431 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
530 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842691 |
ttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccacct |
842790 |
T |
|
| Q |
531 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactaga |
630 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842791 |
tgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgtacccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag- |
842889 |
T |
|
| Q |
631 |
aaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactccaaaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
730 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842890 |
--------aagcaattaaattatatattttatca---------------------aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttca |
842960 |
T |
|
| Q |
731 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
830 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842961 |
aatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactatgccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattca |
843060 |
T |
|
| Q |
831 |
agagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtagtttaatatactttgtcaaatggaatagcag |
930 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
843061 |
agagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccagtaacacgaaatgtag----------tttgtcaaatggaatagcag |
843150 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 226 - 357
Target Start/End: Original strand, 27546998 - 27547129
Alignment:
| Q |
226 |
cttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggat |
325 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
27546998 |
cttcttctcaagctctggcttgttggctccaacaagtttgtcaagttgttgtccatctttaagaaagaagaaagttggtgtggctttgatgtcccatgaa |
27547097 |
T |
|
| Q |
326 |
gtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccatgt |
357 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
27547098 |
gtgctgaagtcctgcaacatacacaaccatgt |
27547129 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 416 - 572
Target Start/End: Original strand, 27547784 - 27547940
Alignment:
| Q |
416 |
cttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttaca |
515 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || |||| ||||||||| || | ||||| ||||| || ||||| | ||| || |
|
|
| T |
27547784 |
cttcactacttacagttagttcatccacatcaaccaataggaacatcatagatgtgtatttctcagacatttcgcagtaatatggcgcaatcaccttgca |
27547883 |
T |
|
| Q |
516 |
aggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttag |
572 |
Q |
| |
|
||| | |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
27547884 |
aggcccgcaccacactgcgctgaaatttgcgatcacctgttgaacaaggagctttag |
27547940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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