View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11700_high_1 (Length: 1129)

Name: NF11700_high_1
Description: NF11700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11700_high_1
NF11700_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-1108)||(43408129-43409219)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1034; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1034; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1108
Target Start/End: Original strand, 43408129 - 43409219
Alignment:
Q  20 gatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggtccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408129 gatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggtccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttg 43408228  T
Q  120 ctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtacctatgaggaggagatcagccctaattcacactca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408229 ctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtacctatgaggaggagatcagccctaattcacactca 43408328  T
Q  220 aaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttcatgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408329 aaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttcatgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgt 43408428  T
Q  320 catcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408429 catcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggacatgccttggtgttattgagtttgttatctccaatc 43408528  T
Q  420 aaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgtta 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408529 aaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtat----gtttgttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgtta 43408624  T
Q  520 gaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggta 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408625 gaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggta 43408724  T
Q  620 a---gcaaacaatca---tcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataatta 713  Q
    |   |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408725 attagcaaacaatcatcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaattgtttctaaaaatgatatgataatgaataatta 43408824  T
Q  714 ggtatttgaagagctatatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggct 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408825 ggtatttgaagagctatatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaagacgcacaatttaccattagcactaacatgggct 43408924  T
Q  814 ccttgcctacaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcag 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408925 ccttgcctacaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaactatgagttgctgcatatcaacggttgattcag 43409024  T
Q  914 cttgttatgttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaac 1013  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409025 cttgttatgttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaatggacaaggaatagtaggaacagccttcacaac 43409124  T
Q  1014 aaccaaaccttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctg 1108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409125 aaccaaaccttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatgccaacatgtttggcttacacgctgctg 43409219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University