View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11700_low_2 (Length: 1004)

Name: NF11700_low_2
Description: NF11700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11700_low_2
NF11700_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-988)||(16952639-16953626)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 932; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 932; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 988
Target Start/End: Complemental strand, 16953626 - 16952639
Alignment:
Q  1 tcgtttggggaagcaggttcatgggcttagtatgaaactagaagcttgtgatcatgttatggtggtgacttcacttgtggatatgtattcaaagtgtggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953626 tcgtttggggaagcaggttcatgggcttagtatgaaactagaagcttgtgatcatgttatggtggtgacttcacttgtggatatgtattcaaagtgtggt 16953527  T
Q  101 tgttggggttctgcttttgatgtttttagtggaagtgaaaagaggaacttgatcacttggaactcaatgattgcagggatgatgatgaattcagagagtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953526 tgttggggttctgcttttgatgtttttagtagaagtgaaaagaggaacttgatcacttggaactcaatgattgcagggatgatgatgaattcagagagtg 16953427  T
Q  201 agagggctgttgaattgtttgagaggatggtggatgaagggattttgcctgattcagcaacttggaactctttgattagtgggtttgcacaaaaaggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953426 agagggctgttgaattgtttgagaggatggtggatgaagggattttgcctgattcagcaacttggaactctttgattagtgggtttgcacaaaaaggagt 16953327  T
Q  301 gtgtgtagaagcttttaagtacttcaggaaaatgcagtgtgctggtgtggctccatgtttgaagattctcactagtcttttgtctgtgtgtggtgattca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953326 gtgtgtagaagcttttaagtacttcagtaaaatgcagtgtgctggtgtggctccatgtttgaagattctcactagtcttttgtctgtgtgtggtgattca 16953227  T
Q  401 tgtgtgttgcgaagtgcgaaagcgatacatggctatgctttaagaatttgtgttgataaggatgactttttggcaactgctttggttgatacatatatga 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16953226 tgtgtgttgcgaagtgcgaaagcgatacatggctatgctttaagaatttgtgttgataaggatgactttttggcaactgctttggttgatacgtatatga 16953127  T
Q  501 aatgcgggtgtgtttctttcgcacgttgtgtttttgatcagtttgatgtaaaaccagatgatcctgcattttggaatgcaatgataggagggtatggaac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953126 aatgcgggtgtgtttctttcgcacgttttgtttttgatcagtttgatgtaaaaccagatgatcctgcattttggaatgcaatgataggagggtatggaac 16953027  T
Q  601 aaatggagactatgagtctgcttttgaagtcttttacgaaatgttggatgaaatggttcaaccaaacagtgcaacatttgttagtgttctatctgcctgt 700  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16953026 aaatggagactacgagtctgcttttgaagtcttttatgaaatgttggatgaaatggttcaaccaaacagtgcaacatttgttagtgttctatctgcctgt 16952927  T
Q  701 agccacagtggccaagttgagagagggttacgttttttcagaatgattagaaagtatgatttggatccaaagcctgagcatttcggttgtgtggttgatc 800  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16952926 agccacagtggccaaattgagagagggttacgttttttcagaatgattagaaagtatggtttggatccaaagcctgagcatttcggatgtgtggttgatc 16952827  T
Q  801 tcttgggtcgagccggtcggttgggcgaagctcgagatttggtgcaagaattagcagaacctcctgcatctgtttttgattctttgctcggtgcatgtag 900  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16952826 tcttgggtcgagccggtcagttgggcgaagctcgagatttggtgcaagaattagcagaacctcctgcatctgtttttgattctttgcttggtgcatgtag 16952727  T
Q  901 gtgctacctagattccaatcttggggaagaaatagccatgaaacttattgacatagaaccgaaaaatccagctccactggtagttctg 988  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16952726 gtgctacctagattccaatcttggggaagagatggccatgaaacttattgacatagaaccgaaaaatccagctccactggtggttctg 16952639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University