View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11702_high_1 (Length: 731)

Name: NF11702_high_1
Description: NF11702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11702_high_1
NF11702_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (3-707)||(39307804-39308505)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 707
Target Start/End: Original strand, 39307804 - 39308505
Alignment:
Q  3 agcaaaggaaatgagaggaggaacgttgagaattgtgctagaaagtgctacctcaggatcttgtaacaataacagtaacttgttttcaactcctctatgg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39307804 agcaaaggaaatgagaggaggaacgttgagaattgtgctagaaagtgctacctcaggatcttgtaacaataacagtaacttgttttcaactcctctttgg 39307903  T
Q  103 attatgtactgtaatgggaggaaagtcgggtattcggttaagcgtaagccttcaagaagcgatttagaagcacttaacttgatgcggtcggtttctgttg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39307904 attatgtactgtaatgggaggaaagtcgggtattcggttaagcgtaagccttcaagaagtgatttagaagcacttaacttgatgcggtcggtttctgttg 39308003  T
Q  203 gtactggtgttataaatggaaaagagatttgtcaagaagatgatcaacttatgtatcttagagctaactttcaaagggttcgtggttcttctaaatctaa 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39308004 gtactggtgttataaatggaaaagagatttgtcaagaagatgatcaacttatgtatcttagagctaactttcaaagggttcgtggttcttctaaatctaa 39308103  T
Q  303 ttgtgaatcttttcatttgattgatcctgaaggaagcattggtcaagagcttagtattttcttttttcaatcaaaatgaccttgttgatgttttcgttta 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39308104 ttgtgaatcttttcatttgattgatcctgaaggaagcattggtcaagagcttagtattttcttttttcaatcaaaatgaccttgttgatgttttcgttta 39308203  T
Q  403 gaagtcatgtccgctgcannnnnnnnnctgaggtattgttcgctttggatcttgagtgtgtcctc-gtggctttgtcgttaaaaggcgtgtgaataggtt 501  Q
    ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39308204 gaagtcatgtccgctgcatttttttttctgaggtattgttcgctttggatcttgagtgtgtcctctgtgactttgtcgttaaaaggcgtgtgaataggtt 39308303  T
Q  502 ggggagacgggatgtttataaactactattaaccttgatttgcaagtcatgtctgattttttgttgatccggaccggtttcgtttcaatcattcaacttg 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||    
T  39308304 ggggagacgggatgtttataaactactattaaccttgatttgcaagtcatgtctgattttttgttgatccggaccg-----gtttcaatcattcaacttg 39308398  T
Q  602 attaa-ttaattgtccctttttgagctatgccaagctattgtggtcaatcatggctttagcagacatggctttatgattgttatttgttaataagtttag 700  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39308399 attaatttaattatccctttttgagctatgccaagctattgtggtcaatcatggctttagcagacatggctttatgattgttatttgttaataagtttaa 39308498  T
Q  701 tttcttc 707  Q
    |||||||    
T  39308499 tttcttc 39308505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University