View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11703_high_18 (Length: 553)

Name: NF11703_high_18
Description: NF11703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11703_high_18
NF11703_high_18
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (19-545)||(19648845-19649371)
chr5 (42-543)||(34665891-34666398)
chr5 (42-543)||(34646197-34646704)
chr5 (49-125)||(16803485-16803561)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (42-543)||(40717901-40718405)
chr8 (42-543)||(14183144-14183648)
chr8 (153-515)||(14192205-14192570)
chr8 (243-298)||(14201295-14201350)
chr8 (482-520)||(14201537-14201575)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (42-542)||(45645393-45645899)
chr4 (472-524)||(1390718-1390770)
chr4 (259-293)||(1390499-1390533)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (154-300)||(34302979-34303125)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (255-297)||(28403252-28403294)
chr2 (255-297)||(45396191-45396233)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 19649371 - 19648845
Alignment:
Q  19 ggatgtttcaaggggaaacttccggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttctta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19649371 ggatgtttcaaggggaaacttccggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttctta 19649272  T
Q  119 ctgtttgttgccattgttggttgactcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactcctttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19649271 ctgtttgttgccattgttggttgactcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactcctttt 19649172  T
Q  219 gtgaaaaaagaccctcaagctttctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagggttagatgacagtgaggagg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19649171 gtgaaaaaagaccctcaagctttctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttgaagtgttagatgacagtgaggagg 19649072  T
Q  319 gtaacatcatacttgattccggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcg 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  19649071 gtaacatcatacttgattctggtacaacattgactcttttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtagcacaactggtgaaactagatcg 19648972  T
Q  419 tgttgatgatcctaatcaactattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatatt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19648971 tgttgatgatcctaatcaactattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatatt 19648872  T
Q  519 aagttgaacccaattagtacctttgct 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19648871 aagttgaacccaattagtacctttgct 19648845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 543
Target Start/End: Original strand, 34665891 - 34666398
Alignment:
Q  42 ggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttgttgccattgttggtt- 140  Q
    ||||||||||| ||||||   || || |||||||| | ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||        
T  34665891 ggtatagttggccttggaggcgggccggtgtctctcataacacaattgggatcatcaattggtggtaaattctcttattgtttggtgccattgttgaaca 34665990  T
Q  141 --gactcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagc 238  Q
      || || |||    | || | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||    |     
T  34665991 aggagtcaaacgcatcaagtatactcagttttggagatgccgctgtggtttcgggtgacggtgttgtgtcaactcctctaataaaaaaagacccc---gt 34666087  T
Q  239 tttctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagggtt------agatgacagtgaggagggtaacatcatactt 332  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |       || ||    ||| || |||||||||||| ||    
T  34666088 tttctactttttgacattacaagcatttagtgttggaaacaaaagagtagaatttggaggctcttcggaaggtggtgatgatgaaggtaacatcataatt 34666187  T
Q  333 gattccggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatccta 432  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| ||  | || |||||||| |||||||| || ||||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34666188 gattcaggtacaacattgacacttataccttccgacgtctatactaacttggaatcagctgtggtggatttggtgaaactagatcgtgttgatgatccta 34666287  T
Q  433 atcaactattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttgaacccaat 532  Q
    |||||| ||| | ||| || |||||| | | |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |  | ||    
T  34666288 atcaacaattcagcctatgctatagtttgaaatcaaatgaatatgattttcctataatcaccgcacattttaaaggtgccgatattgagttgcattctat 34666387  T
Q  533 tagtacctttg 543  Q
    |||||||||||    
T  34666388 tagtacctttg 34666398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 42 - 543
Target Start/End: Original strand, 34646197 - 34646704
Alignment:
Q  42 ggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttgttgccattgttggtt- 140  Q
    ||||||||||| ||||||   || || |||||||| | ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||        
T  34646197 ggtatagttggccttggaggcgggccggtgtctctcataacacaattgggatcatcaattggtggtaaattctcttattgtttggtgccattgttgaaca 34646296  T
Q  141 --gactcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagc 238  Q
      || || |||    | || | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||    |     
T  34646297 aggagtcaaacgcatcaagtatactcagttttggagatgccgctgtggtttcgggtgacggtgttgtgtcaactcctctaataaaaaaagacccc---gt 34646393  T
Q  239 tttctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagggtt------agatgacagtgaggagggtaacatcatactt 332  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |       || ||    ||| || |||||||||||| ||    
T  34646394 tttctactttttgacattacaagcatttagtgttggaaacaaaagagtagaatttggaggctcttcggaaggtggtgatgatgaaggtaacatcataatt 34646493  T
Q  333 gattccggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatccta 432  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| ||  | || |||||||| |||||||| || ||||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34646494 gattcaggtacaacattgacacttataccttccgacgtctatactaacttggaatcagctgtggtggatttggtgaaactagatcgtgttgatgatccta 34646593  T
Q  433 atcaactattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttgaacccaat 532  Q
    |||||| ||| | ||| || |||||| | | |||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| || ||||| |  | ||    
T  34646594 atcaacaattcagcctatgctatagtttgaaatcaaatgaatatgattttcctataatcaccgtacattttaaaggtgccgatgttgagttgcattctat 34646693  T
Q  533 tagtacctttg 543  Q
    |||||||||||    
T  34646694 tagtacctttg 34646704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16803561 - 16803485
Alignment:
Q  49 ttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttg 125  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | | |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||    
T  16803561 ttggtcttggacgtggacctttgtcttttatatcccaattgaattcttcgattggtggaaaattttcatattgtttg 16803485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 42 - 543
Target Start/End: Original strand, 40717901 - 40718405
Alignment:
Q  42 ggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttgttgccattgttggttg 141  Q
    ||||||||||| ||||||  ||| || |||||||||| ||||||| |   ||| |||||||||   ||||| ||||| |||||| | |||||||   |||    
T  40717901 ggtatagttggccttggaggtggtcccgtgtctcttataacacaacttggatcgtcaattggttcaaaattctcttattgtttgcttccattgtctcttg 40718000  T
Q  142 actcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagcttt 241  Q
    | || |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||||||||||||   || |||    
T  40718001 agtcaaacaggacaagcaaactcagttttggagatgccgctgtggtttctggtgaggatgttttgtcaactcctatagtgaaaaaagaccccacagtttt 40718100  T
Q  242 ctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttg---gagggttagatgacagtgaggagggtaacatcatacttgattcc 338  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||   | | |||  ||||| ||||||||||||||| |||||||     
T  40718101 ctactatttgacattggaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggcagatcttcaaatggtagtgatgagggtaacatcataattgattca 40718200  T
Q  339 ggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatcctaatcaac 438  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||| || |||||| |||||||||||| || |||||| ||   ||||||||||  |||||||||||||| | |||||    
T  40718201 ggtacaacgttgacgattttgccatctaatatttataataatttggaatcagccgtggcagaatctgtgaaactagagcgtgttgatgatccaactcaac 40718300  T
Q  439 tattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttgaacccaattagtac 538  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| | |||||| |||| || || |||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||    
T  40718301 aattaaacctttgctatagtaccacatcagacatatataactttcctctaataacagcgcattttaaaggtgcggatattaagttgcatcccattagtac 40718400  T
Q  539 ctttg 543  Q
    |||||    
T  40718401 ctttg 40718405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 42 - 543
Target Start/End: Original strand, 14183144 - 14183648
Alignment:
Q  42 ggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttgttgccattgttggttg 141  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||| |  |||||||  |||||||||  ||| ||||||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||     |||||    
T  14183144 ggtatagttggccttggaggtggaccagcatctcttattacacaattgggatcatcaattgatgcaaaattctcttattgtttgttgccaaacccggttg 14183243  T
Q  142 actcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagcttt 241  Q
    | || |||| ||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || |||||||||||||| ||| | |||||||| || |||  || |||    
T  14183244 agtcaaacacgacaagcaaactcaattttggagacacggctgtggtttccggggatggtgttgtgtcaacccctatagtgaaaaaggatcctatagtttt 14183343  T
Q  242 ctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggaggg---ttagatgacagtgaggagggtaacatcatacttgattcc 338  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||   | | |||   || | || |||||||||||| |||||||     
T  14183344 ctactatttgacattggaagcatttagtgttggtaacaaaagaatagaatttgaagggtcttcaaatggtggtcatgaaggtaacatcataattgattca 14183443  T
Q  339 ggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatcctaatcaac 438  Q
    |||||||| |||||  || | ||  || ||||||||| |||||||||||| ||||||    || ||||||||||    |||||| ||||||| |  | |     
T  14183444 ggtacaacgttgacggttattccaactgatgtttataataatttggaatcagcggtgttggaattggtgaaactgaagcgtgttaatgatccaacccgat 14183543  T
Q  439 tattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttgaacccaattagtac 538  Q
    |||| |||||||| |||||  ||||||||||   |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||    
T  14183544 tatttaacctttgctatagcgtcacatcagatggatatgattttcctataataacgacacattttaaaggtgcggatgttaagttgcatcctattagtac 14183643  T
Q  539 ctttg 543  Q
     ||||    
T  14183644 atttg 14183648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 153 - 515
Target Start/End: Original strand, 14192205 - 14192570
Alignment:
Q  153 acgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagctttctactatttga 252  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||||| ||||| |||||| |||||||| |  |||||||||||||  || | || ||||||||||    
T  14192205 acgagcaagctcaattttggagatgcggctacggtatctggagacggggttgtgacaactcctatattgaaaaaagaccccgaaaccttttactatttga 14192304  T
Q  253 cgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagg-gtt--agatgacagtgaggagggtaacatcatacttgattccggtacaacatt 349  Q
    | || |||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| |||  | |||    | | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  14192305 cattggaagcatttagtgttggaaatagaagagtagaaattggaggagttccaaatggtgataatgagggtaacatcataattgattcgggtacaacatt 14192404  T
Q  350 gacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatcctaatcaactattaaacctt 449  Q
     |||| |||| |     ||| |||  ||  ||||||||| || |||| | |  |||||||  |||  |||||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  14192405 aacaagtttaacaaaagatgattactcttttttggaatctgctgtggtagatttggtgaagttagaacgtgttgacgatcctactcaaacattaaacctt 14192504  T
Q  450 tgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagat 515  Q
    || |||||| ||| | | ||   |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  14192505 tgctatagtgtcaaagctgagggatatgattttcctataatcacaatgcattttaaaggtgcagat 14192570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 243 - 298
Target Start/End: Original strand, 14201295 - 14201350
Alignment:
Q  243 tactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagg 298  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  14201295 tactacttgacattagaagcatttagtgtgggaaacaaattaatagaatttggagg 14201350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 482 - 520
Target Start/End: Original strand, 14201537 - 14201575
Alignment:
Q  482 tcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaa 520  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14201537 tcctttaatcactgcacattttaaaggtgcagatattaa 14201575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 42 - 542
Target Start/End: Original strand, 45645393 - 45645899
Alignment:
Q  42 ggtatagttggtcttggaattggacctgtgtctcttacaacacaattgaaatcttcaattggtggtaaattttcttactgtttgttgccattgttggtt- 140  Q
    |||||||| || ||||||  |||||| |||||||| | ||||||||||  ||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||  | |      
T  45645393 ggtatagtgggccttggaggtggaccagtgtctctaataacacaattgggatcatcaattggtggtgaattctcttattgtttggtgccattg--gataa 45645490  T
Q  141 ----gactcgaacaagacgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaa 236  Q
        || || ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |  | ||||||||||||  |    
T  45645491 caaggagtcaaacacaacgagtaaactcagttttggagatgccgctgtggtttcgggtgacaatgttgtgtcaactcctataataaaaaaagacccttca 45645590  T
Q  237 gctttctactatttgacgttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggaggg---ttagatgacagtgaggagggtaacatcatacttg 333  Q
    | || ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   | ||| ||  |||| || |||||||| ||| |||    
T  45645591 gtttactacgttttgacattagaagcatttagtgttggaaacaaaagagtagaatttggagggtcttcagaggatggtgatgaaggtaacattataattg 45645690  T
Q  334 attccggtacaacattgacaattttaccgtctcatgtttatactaatttggaatcggcggtggcacaactggtgaaactagctcgtgttgatgatcctaa 433  Q
    |||| |||||||||||||   |||||||  || | |||||||  ||||||||||| || ||||   |  |||||||||||   ||||| ||||||||| |    
T  45645691 attcaggtacaacattgatggttttaccagctgacgtttataaaaatttggaatcagctgtggttgatttggtgaaactaaaacgtgtggatgatcctta 45645790  T
Q  434 tcaactattaaacctttgttatagtatcacatcagaccaatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttgaacccaatt 533  Q
    | |||||||   ||| || ||||||   |||| |||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||| |  | |||    
T  45645791 taaactattcggcctatgctatagtgcgacattagatgaatatgattttcctctaatcaccgcacattttaaaggtgctgatgttgagttgcattctatt 45645890  T
Q  534 agtaccttt 542  Q
    |||||||||    
T  45645891 agtaccttt 45645899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 472 - 524
Target Start/End: Original strand, 1390718 - 1390770
Alignment:
Q  472 aatatgattttcctataatcactgcacattttaaaggtgcagatattaagttg 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1390718 aatatgattttcctataatcactgcacattttgaaggtgcagatattaagttg 1390770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 293
Target Start/End: Original strand, 1390499 - 1390533
Alignment:
Q  259 aagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaattt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1390499 aagcatttagtgttggaaacaaaagagtagaattt 1390533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Original strand, 34302979 - 34303125
Alignment:
Q  154 cgagcaaactcaattttggagatgccgctgtggtttctggtgacggtgttgtgtcaactccttttgtgaaaaaagaccctcaagctttctactatttgac 253  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||  |||  ||||||||||| | || |||||||||| |  |  |||||||||||||||    
T  34302979 cgagtaaactcaattttggagatgtcgcaattgtttctggtcacaatgtattgtcaactcctatagttaaaaaagaccattcatttttctactatttgac 34303078  T
Q  254 gttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggagggt 300  Q
      ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  34303079 aatagaagcatttagcgttggagacaaaagagtagaatttgcagggt 34303125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 297
Target Start/End: Original strand, 28403252 - 28403294
Alignment:
Q  255 ttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggag 297  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  28403252 ttagaagcatttagtgtaggaaacaatagaatagaatatggag 28403294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 45396233 - 45396191
Alignment:
Q  255 ttagaagcatttagtgttggaaacaaaagaatagaatttggag 297  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  45396233 ttagaagcatttagtgtaggaaacaatagaatagaatatggag 45396191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University