View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11703_low_23 (Length: 506)

Name: NF11703_low_23
Description: NF11703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11703_low_23
NF11703_low_23
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-489)||(3804567-3805071)
chr3 (1-488)||(5164867-5165378)
chr3 (297-492)||(27149785-27149980)
chr3 (297-492)||(8435257-8435452)
chr3 (58-260)||(8435037-8435255)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-492)||(31742348-31742864)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 3805071 - 3804567
Alignment:
Q  1 tgtgtttctacatttgatggtattgtggtatcattatcagaaattgaatgttcatccgtaaaagtgaaaggaacattcaaatctatgttaagaggcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3805071 tgtgtttctacatttgatggtattgtggtatcattatcagaaattgaatgttcatgcgtaaaagtgaaagaaacattcaagtctatgttaagaggcattt 3804972  T
Q  101 ttaactatggctgaaagttcatacaaagctctttttatataaagaatgactggatgtttaaacttcatttctactctattcaaaattt------------ 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  3804971 ttaactatggctgaaagttcatacaaagctctttttatatagagaatgactagatgtttaaacttcatttctactctattcaaaatttgaaatttcaaaa 3804872  T
Q  189 ----atttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaatgagaatatcaatagcc 284  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3804871 gtttatttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaatgagaatatcaatagcc 3804772  T
Q  285 acaataaaacctatgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgatgcttgaattggaactcatgcaatagctttaatgatagaattacattaattg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3804771 acaataaaacctatgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgaggcttggattggaactcatgcaatagctttaatgatagaattacattaattg 3804672  T
Q  385 taggcagctagaatgtaaggtatgagtagtttggtacaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaagatacctttcctt 484  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3804671 taggcagctggaatgtaaggtagaagtagtttagtccaaggatatttttgaaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaagatacctttcttt 3804572  T
Q  485 ggtct 489  Q
    |||||    
T  3804571 ggtct 3804567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 5164867 - 5165378
Alignment:
Q  1 tgtgtttctacatttgatggtattgtggtatcattatcagaaattgaatgttcatccgtaaaagtgaaaggaacattcaaatctatgttaagaggcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5164867 tgtgtttctacatttgatggtattgtggtatcattatcagaaattgaatgttcatgtgtaaaagtgaaaggaacattcaagtctatgttaagaggcattt 5164966  T
Q  101 ttaactatggctgaaagttcatacaaagctctttttatataaagaatgactggatgtttaaacttcatttctactctattcaaaa--------------- 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||                   
T  5164967 ttaagtatggctgaaagttcatacaaagctctctttatatagagaatgacgggatgtttaaacttcatttctactctatttaaaatttgaaatttcaaaa 5165066  T
Q  186 -tttatttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaa-------tgagaatatc 277  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  5165067 gtttatttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaatgagctgtgagaatatc 5165166  T
Q  278 aatagccac----------aataaaacctatgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgatgcttgaattggaactcatgcaatagctttaatga 367  Q
    |||||||||          ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  5165167 aatagccacattaaaccagaataaaactgatgtattcttgtgaaga-ggagaggtgtgtttgtgaggcttgaattgatactcatacaatagctttaatga 5165265  T
Q  368 tagaattacattaattgtaggcagctagaatgtaaggtatgagtagtttggtacaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatag 467  Q
    |||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5165266 tagaattacattaattgtaggca--------gtaaggtaggagtagtttagtccaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatag 5165357  T
Q  468 aaaagatacctttccttggtc 488  Q
    |||| |||| |||||||||||    
T  5165358 aaaaaatacatttccttggtc 5165378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 297 - 492
Target Start/End: Original strand, 27149785 - 27149980
Alignment:
Q  297 atgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgatgcttgaattggaactcatgcaatagctttaatgatagaattacattaattgtaggcagctaga 396  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27149785 atgtattcttgtgaagagggagaggcgtgtttgtgaggcttgaattggtactcatacaatagctttaatgatagaattacattaattgtaggcagctgta 27149884  T
Q  397 atgtaaggtatgagtagtttggtacaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaagatacctttccttggtctgtg 492  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  27149885 atgtaaggtaggagtagtttagtccaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaaaatgcctttccttggtctgtg 27149980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 297 - 492
Target Start/End: Original strand, 8435257 - 8435452
Alignment:
Q  297 atgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgatgcttgaattggaactcatgcaatagctttaatgatagaattacattaattgtaggcagctaga 396  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  8435257 atgtattcttgtgaagagggagaagcatgtttgtgaggcttgaattggtactcatacaatagctttaatgatagaattacattaattgtaggcagctgta 8435356  T
Q  397 atgtaaggtatgagtagtttggtacaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaagatacctttccttggtctgtg 492  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||    
T  8435357 atgtaaggtaggagtagtttagtccaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatagaaaaaatacatttctttagtctgtg 8435452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 58 - 260
Target Start/End: Original strand, 8435037 - 8435255
Alignment:
Q  58 gtaaaagtgaaaggaacattcaaatctatgttaagaggcatttttaactatggctgaaagttcatacaaagctctttttatataaagaatgactggatgt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  8435037 gtaaaagtgaaaggaacattcaagtctatgttaagggacgtttttaagtatggctgaaagttcatacaaagctctctttatatagagaatgactggatgt 8435136  T
Q  158 ttaaacttcatttctactctattc----------------aaaatttatttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgc 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  8435137 ttaaacttcatttctactctattcaaaatttgaaatttcaaaaatttatttgctcaaaattttggtgggaattttatgaaaaaaagtggtgggagtttgc 8435236  T
Q  242 ctacttttttcaatttgaa 260  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8435237 ctacttttttcaatttgaa 8435255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 31742348 - 31742864
Alignment:
Q  1 tgtgtttctacatttgatggtattgtggtatcattatcagaaattgaatgttcatccgtaaaagtgaaaggaacattcaaatctatgttaagaggcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31742348 tgtgtttctacatttgatggtattgttgtatcattatcagaaattgaatgttcatgtgtaaaagtgaaaggaacattcaagtctatgttaagaggcattt 31742447  T
Q  101 ttaactatggctgaaagttcatacaaagctctttttatataaagaatgactggatgtttaaacttcatttctactctattcaaaa--------------- 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||                   
T  31742448 ttaagtatggctgaaagttcatacaaagctctctttatatagagaatgactggatggttaaacttcatttctactctattcaaaatttgaaatttcaaaa 31742547  T
Q  186 -tttatttgctcaaaattttggtgggaattttctggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaa-------tgagaatatc 277  Q
     |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  31742548 gtttatttgctcaaaattttggtcgaaattttttggaaaaaagtggtgggagtttgcctacttttttcaatttgaaatccaaatgagctgtgagaatatc 31742647  T
Q  278 aatagccac----------aataaaacctatgtattcttgtgaagagggagagacgtgtttgtgatgcttgaattggaactcatgcaatagctttaatga 367  Q
    |||||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  31742648 aatagccacattaaaccataataaaaccgatgtattcttgtgaagagggagaggcgtgtttgtgaggcttgaattggtactcatacaatagctttaatga 31742747  T
Q  368 tagaattacattaattgtaggcagctagaatgtaaggtatgagtagtttggtacaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatag 467  Q
    ||||||||||||||||||||||         |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31742748 tagaattacattaattgtaggc--------ggtaaggaaggagtagtttagtccaaggatatttttggaatatcaactagtattttaaaattattaatag 31742839  T
Q  468 aaaagatacctttccttggtctgtg 492  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||    
T  31742840 aaaaaatacattttcttggtctgtg 31742864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University