View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11704_high_1 (Length: 1021)

Name: NF11704_high_1
Description: NF11704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11704_high_1
NF11704_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-1004)||(49938339-49939326)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (192-304)||(1909754-1909866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 941; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 941; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1004
Target Start/End: Original strand, 49938339 - 49939326
Alignment:
Q  16 agcataggtcttggaaaatccaatgtataagtagtaatcaagcggaagaattcaaactcatgcatatgcagatcaaactcaatcccatcaacagtaaatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49938339 agcataggtcttggaaaatccaatgtataagtagtaatcaagcggaagaattcaaactcatgcatatgcagatcaaactcaatcccatcaacagtaaatg 49938438  T
Q  116 gaatggcttttggacaaaactcttctcttgtaagagaaatatcatcagaatgagatgttggaactttcatatacaaatcaaatgcagctgaagcagaatt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49938439 gaatggcttttggacaaaactcttctcttgtaagagaaatatcatcagaatgagatgttggaactttcatatacaaatcaaatgcagctgaagcagaatt 49938538  T
Q  216 aaccgtaacgaaatcatgcgagattatgacatctcctctagcatcactaaaagacccttctgccaaaggtgcagtccagtgtatatcaagcattctgtat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49938539 aaccgtaacgaaatcatgcgagattatgacatctcctctagcatcactaaaagacccttctgccaaaggtgcagtccagtgtatatcaagcattctgcat 49938638  T
Q  316 ggaatataaaatgagaaaacaattttgataaaacaaatcacattagagacgagaaagaattattttgtaagacaacttgaagagacagccatggtgagga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49938639 ggaatataaaatgagaaaacaattttgataaaacaaatcacattagagacgagaaagaattattg-gtaagacaacttgaagagacagccatggtgagga 49938737  T
Q  416 aggaaaggaatgcaaatgcagataatttaattgtataataagcaaaaaatgttgtcgatgctttatcaactaaaactatttatcaaaactgaaaagggga 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49938738 aggaaaggaatgcaaatgcagataatttaattgtataataagcaaaaaatgttgtcgatgctttatcaactaaaactatttatcaaaactgaaaagggga 49938837  T
Q  516 ctgacttacggtcttgaaagagatcccaaaacttttgtctctccatgtaatacccctagtttgaatggcatcaaactatgataattgggaatgtaattga 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  49938838 ctgacttacggtcttgaaagagatcccgaaacttttgtctctccatgtaatacccctagtttgaatggcatcaaactatgataattatgaatgtaattga 49938937  T
Q  616 acaatattttttcaatggccaaatttccagaaaagttaacatctactgctgaatcatcctcctcaccctgagaacaaaatagtatatattaaaagcatgg 715  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49938938 gcaagattttttcaatggacaaatttccagaaaagttaacatctactgctgaatcatcctcctcaccctgagaacaaaatagtatatattaaaagcatgg 49939037  T
Q  716 gtagagggacagaccctagagagaaatgtggggaaagcaaacaattcagaaaagatattcatattctggcatttggtgtgtaattatcacttattgtgtc 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49939038 gtagagggacagaccctagagagaaatgtggggaaagcaaacaattcagaaaagatattcatattctggcatttggtgtgtaattatcatttattgtgtc 49939137  T
Q  816 atttagtggaccataaagcggataaggaataaatcagcatcctcagcaaacagatgaccaaaaatgcaaatatctattgataagaagatattaaaataca 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49939138 atttagtggaccataaagcggataaggaataaatcagcatcctcagcaaacagatgaccaaaaatgcaaatatctattgataagaagatattaaaataca 49939237  T
Q  916 ccttcccgtaaaagaatcataaagtcagagtgaatatggtgtttcaaaaaactacatgaatatgctaatgcttccatgaagtctctccc 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49939238 ccttcccgtaaaagaatcataaagtcaaagtgaatatggtgtttcaaaaaactacatgaatatgctaatgcttccatgaagtctctccc 49939326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 1909866 - 1909754
Alignment:
Q  192 atcaaatgcagctgaagcagaattaaccgtaacgaaatcatgcgagattatgacatctcctctagcatcactaaaagacccttctgccaaaggtgcagtc 291  Q
    |||||||||||||||||  ||||| || |||| ||| || || |||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||   |||||| |||    
T  1909866 atcaaatgcagctgaagaggaattcacagtaatgaactcgtgtgagattatgatatctcctcgagcatcgccaaaagacccttctgcggtaggtgccgtc 1909767  T
Q  292 cagtgtatatcaa 304  Q
    || | ||||||||    
T  1909766 cattttatatcaa 1909754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University