View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11705_high_5 (Length: 461)

Name: NF11705_high_5
Description: NF11705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11705_high_5
NF11705_high_5
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-438)||(26088038-26088475)
chr7 (1-438)||(26111826-26112263)
chr7 (1-442)||(19102997-19103438)
chr7 (1-442)||(26128823-26129264)
chr7 (1-442)||(26155459-26155885)
chr7 (2-442)||(26191522-26191962)
chr7 (5-442)||(26186502-26186945)
chr7 (1-442)||(26179339-26179780)
chr7 (9-442)||(26251109-26251545)
chr7 (2-442)||(26302059-26302506)
chr7 (9-441)||(26242661-26243096)
chr7 (9-442)||(26297709-26298145)
chr7 (4-442)||(26204153-26204582)
chr7 (4-442)||(26223791-26224219)
chr7 (180-442)||(26260307-26260569)
chr7 (213-435)||(26278167-26278386)
chr7 (252-432)||(26207918-26208098)
chr7 (257-442)||(26227484-26227669)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-442)||(44903506-44903950)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (266-315)||(5995053-5995102)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Original strand, 26088038 - 26088475
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26088038 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggagtgtagggccagtt 26088137  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088138 tcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 26088237  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26088238 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataa 26088337  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088338 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 26088437  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatca 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088438 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatca 26088475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Original strand, 26111826 - 26112263
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26111826 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggagtgtagggccagtt 26111925  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26111926 tcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 26112025  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26112026 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataa 26112125  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112126 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 26112225  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatca 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112226 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatca 26112263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 19103438 - 19102997
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || | |||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  19103438 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgtaaaacttggtaagactacattggggatcaaatcttggtgtgtaggaccagtt 19103339  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    |||||| || | |||||||||||||       ||||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19103338 tcagctagggctaacaaggatgatgaaaaaaaggccagtagggggcacgtagaggagatcggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagc 19103239  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19103238 aaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgaaaatgatcagattgtagaaatcgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 19103139  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19103138 ttttatctgggttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaagaaagcaaaaagggatatatc 19103039  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19103038 atatggaattgggcaccgcaacttctgatattggatcaccct 19102997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 26128823 - 26129264
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || | |||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26128823 ttatggaacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacatttgtaacactaccttggggatcaaatcttggagtgtaggaccagtt 26128922  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||       ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||     
T  26128923 tcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaaggggaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggcttaactcaaagc 26129022  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26129023 aaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataa 26129122  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26129123 ttttatatgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagaaaaaagggctatatc 26129222  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  26129223 atatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccct 26129264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 26155459 - 26155885
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26155459 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttagtaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtaggaccagtt 26155558  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||       || ||||| |               |||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||     
T  26155559 tcatcatgggctaacaaggatgatgaaaagaagggcaatacg---------------cttggaaaagaggccgagtggttaaattggcttaacacaaagc 26155643  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26155644 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataa 26155743  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26155744 ttttatctgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggatatatc 26155843  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26155844 atatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccct 26155885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 2 - 442
Target Start/End: Original strand, 26191522 - 26191962
Alignment:
Q  2 tatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagttt 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  26191522 tatggcacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgaatatgagaaactttgtaatactacaagggggatcaaatcttggagtgtaggaccagttt 26191621  T
Q  102 cagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagga 201  Q
    |||||||| | || ||||||||||       ||   ||| ||| ||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26191622 cagcttgggctaaaaaggatgatgaaaagaagggtgataaggggcacatagaggagaatggaaaagtggcagagtggctaaattggcttaactcaaagca 26191721  T
Q  202 aaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataat 301  Q
    ||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| ||||| ||||   | |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  26191722 aaatgagtctgtactttatgtaagctttggaagtttaactaggctaactcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaattcaggtcataat 26191821  T
Q  302 tttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatca 401  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26191822 tttatctgggttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatca 26191921  T
Q  402 tatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  26191922 tatggaattgggcaccacagcttcagatattggatcaccct 26191962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 5 - 442
Target Start/End: Original strand, 26186502 - 26186945
Alignment:
Q  5 ggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttcag 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||   |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  26186502 ggaacactatacaatagttttcatgaactggagagtgattataaaaaacttagtaacactatcttggggatcaaatcatggagtgtaggaccagtttcat 26186601  T
Q  105 cttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaaaa 204  Q
    | | | | |||||||||||||       ||  |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  26186602 cattggctaacaaggatgatgaaaagaagggtaataggggacacatggaggagcttgcagaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagcaaat 26186701  T
Q  205 tgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatttt 304  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26186702 tgagtccgtactgtatttaagttttggaagtgtaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcagatcataatttt 26186801  T
Q  305 atctgggttg-------taaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctat 397  Q
    ||||||||||       |||||||| | || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  26186802 atctgggttgtaacttataaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttga-gaaagaatgaaagaaagcaaaaagggatat 26186900  T
Q  398 atcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26186901 atcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccct 26186945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 26179339 - 26179780
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26179339 ttatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgaaaaattaagtaacactacaatggggatcaaaacttggagtgtaggaccagtt 26179438  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaagg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||       |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  26179439 tcagcttggactaacaaggatggtgaaaaaaaggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggctaaattggcttaactcaaagc 26179538  T
Q  201 aaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataa 300  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||   | || ||    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  26179539 aaaatgagtctgtattatatgtaagttttggtagccttgttaggtttccgcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactcaggtcaaaa 26179638  T
Q  301 ttttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatc 400  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||| |  |||||   || | |   |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26179639 ttttatctgggttataaaaaaatatgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatc 26179738  T
Q  401 atatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  26179739 atatggaattgggcatcacaacttctgatattagatcaccct 26179780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 9 - 442
Target Start/End: Original strand, 26251109 - 26251545
Alignment:
Q  9 cactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttcagcttg 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| || ||| |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||    
T  26251109 cactatacaacagttttcatgaacttgaaaatgattacgagaagctttgtaaaagtacaattggaatcaaatcatggagtgtcggaccagtttctgcctg 26251208  T
Q  109 gaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagagga--gctt-ggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaaaat 205  Q
    | | |||||||||||||       ||| |||||||||||||| ||| |  |||| |||||| ||  ||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  26251209 ggctaacaaggatgatgaaagaaaggcgaataggggacacatggagaaaagcttaggaaaacagacagaattgcttaattggcttaactcgaagcaaaat 26251308  T
Q  206 gagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatttta 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || || ||| |||||  | |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  26251309 gagtcagtattgtatgtaagttttggcagccttactaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaattcaggtcataatttta 26251408  T
Q  306 tctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatg 405  Q
    |||||||| |||  ||| |||| |  ||||||  || | |   |||  | ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  26251409 tctgggttataaaaaaagatgataaagatgaggatggagaaggttttttgcaaaaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatctg 26251508  T
Q  406 gaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251509 gaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 26251545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 442
Target Start/End: Original strand, 26302059 - 26302506
Alignment:
Q  2 tatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  26302059 tatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgtgaaacttagtcaaacaacaatgggaatcaaatcttggaatgtaggaccagttt 26302158  T
Q  102 cagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacat------agaggagctt-ggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaact 194  Q
    | | |||| | |||||| | ||||       | |  |||||||||||        ||| || ||| ||||||||   ||| | | |||||||||||||||    
T  26302159 ctgtttgggctaacaagaaggatgaaagcaagactcataggggacacgcgcgcggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaact 26302258  T
Q  195 caaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcagg 294  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||   | ||| |  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26302259 caaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcagg 26302358  T
Q  295 tcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggc 394  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| | |||||||| ||  |||||  |||| |   |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26302359 tcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagaaatgaggatgaagaaggtttcctgcaagtatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaaaggc 26302458  T
Q  395 tatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  26302459 tatatcatatggaattgggcaccgcagcttctaatattggatcaccct 26302506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 441
Target Start/End: Original strand, 26242661 - 26243096
Alignment:
Q  9 cactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttcagcttg 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||    
T  26242661 cactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaatcttagtaaaactacaatcggaatcaaatcatggagtgtcggaccagtttcagcctg 26242760  T
Q  109 gaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacaca--tagaggagc-ttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaaaat 205  Q
    | | ||||||||||||        ||| |||||||||||||   |||  ||| | |||||| ||  ||| | ||||||||||||||||   ||| |||||    
T  26242761 ggctaacaaggatgataaaagaaaggcgaataggggacacacggagaaaagcataggaaaacagacagaattgctaaattggcttaacctgaagcaaaat 26242860  T
Q  206 gagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatttta 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || |  ||| || ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26242861 gagtctgtattgtatgtaagttttggcagccagactaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgctcacgggcttgaaaattcaggtcataatttta 26242960  T
Q  306 tctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatg 405  Q
    |||||||| |||  ||| |||| |  | ||||  || | |   |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26242961 tctgggttataaaaaaagatgataaagttgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatatg 26243060  T
Q  406 gaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccc 441  Q
    | | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26243061 ggactgggcaccgcaacttctgatattggatcaccc 26243096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 442
Target Start/End: Original strand, 26297709 - 26298145
Alignment:
Q  9 cactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttcagcttg 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||    
T  26297709 cactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaactttttaaaactacaatcggaatcaagtcatggagtgtcggaccagtttcagcctg 26297808  T
Q  109 gaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagagga--gctt-ggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaaaat 205  Q
    | | |||||||||||||       ||| |||||||||||||| ||| |  |||| |||||| |   ||| | ||||||||||||||| || |||||||||    
T  26297809 ggctaacaaggatgatgaaagaaaggctaataggggacacattgagaaaagcttaggaaaacatacagaattgctaaattggcttaattcgaaggaaaat 26297908  T
Q  206 gagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatttta 305  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||  | ||| |||||  | |||||||| ||||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||    
T  26297909 gaatctgtattgtatgtaagttttggcagctttactaggcttccttatgctcagcttgtagaaattgttcatgggcttgaaaattcaggtcataatttta 26298008  T
Q  306 tctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatg 405  Q
    |||||||| |||  |   |||| |  ||||||  || | |   ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  26298009 tctgggttataaaaagggatgatacagatgaggatggagaaggttttctgcaagaatttgaggaaaggattaaagaaagcagcaagggctatatcatatg 26298108  T
Q  406 gaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    | | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  26298109 ggactgggcaccgcaacttctgatattggaccaccct 26298145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Original strand, 26204153 - 26204582
Alignment:
Q  4 tggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttca 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  26204153 tggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggagtataggaccggtttca 26204252  T
Q  104 gcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagc-ttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaa 202  Q
    || ||||  ||||| || ||||            | |||  ||||  | | || | ||||||||||  |||| | | ||||||||||||| || ||||||    
T  26204253 gcatggattaacaaagacgatgat----------aaaggatacacggaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggcttaattctaaggaa 26204342  T
Q  203 aatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatt 302  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||| |||||  | |||  |||||||  ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  26204343 aacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaattctggtcataatt 26204442  T
Q  303 ttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcat 402  Q
    | || |||||||| ||  || | || |  |||||  ||||| |   ||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26204443 tcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgatagattttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcat 26204542  T
Q  403 atggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  26204543 atggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccct 26204582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Original strand, 26223791 - 26224219
Alignment:
Q  4 tggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtttca 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  26223791 tggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggagtataggaccggtttca 26223890  T
Q  104 gcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagc-ttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaaaggaa 202  Q
    || ||||  ||||| || ||||            | |||  ||||| | | || | ||||||||||  |||| | | ||||||||||||| || ||||||    
T  26223891 gcatggattaacaaagacgatgat----------aaaggatacacagaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattggcttaattctaaggaa 26223980  T
Q  203 aatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataatt 302  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||| |||||  | |||  |||||||  ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  26223981 aacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaaaattctggtcataatt 26224080  T
Q  303 ttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcat 402  Q
    | || |||||||| ||  || | || |  |||||  ||||| |   ||| ||   ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26224081 tcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgataga-tttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcat 26224179  T
Q  403 atggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  26224180 atggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccct 26224219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 180 - 442
Target Start/End: Original strand, 26260307 - 26260569
Alignment:
Q  180 taaattggcttaactcaaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacgg 279  Q
    |||||||||||||||| ||    ||||| || || ||||||||||||||||||||  | ||| |||||  | |||||||| |||| ||||| || || ||    
T  26260307 taaattggcttaactctaaccctaatgattctgtgttgtatgtaagttttggaagcttgactaggctttcttatgctcaggttgttgaaatagctcatgg 26260406  T
Q  280 tcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgaga-gtgaaa-acactttccttcaagattttgaggaaaggatga 377  Q
     ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |  ||| ||| | || || ||| ||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  26260407 acttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaa--agacggaggcgaagtcaaagacagttttcttcatgattttgagcaaaggatga 26260504  T
Q  378 aagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  26260505 aagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccct 26260569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 213 - 435
Target Start/End: Original strand, 26278167 - 26278386
Alignment:
Q  213 tattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataattttatctgggt 312  Q
    ||||||||||||| ||||| || || | | |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26278167 tattgtatgtaagctttggcagccttattaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggt 26278266  T
Q  313 tgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgg 412  Q
    | |||   || || | |  ||||||  || | |   |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  26278267 tataa---aaaataataaagatgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgg 26278363  T
Q  413 gcaccacaacttctgatattgga 435  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  26278364 gcaccacaactgctgatattgga 26278386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 252 - 432
Target Start/End: Original strand, 26207918 - 26208098
Alignment:
Q  252 atgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacacttt 351  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||| | ||  | || |   ||||| |   |||    
T  26207918 atgctcagattgtagaaatagctcatggtctggaaaattccggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaaggaggtgaagatggttt 26208017  T
Q  352 ccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatatt 432  Q
     ||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26208018 tcttgaagattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatatt 26208098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 257 - 442
Target Start/End: Original strand, 26227484 - 26227669
Alignment:
Q  257 cagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagt-gaaaacactttcctt 355  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | ||  | || | |||  ||| ||   || |||    
T  26227484 cagattgtagaaatagctcatggtcttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaaagatggagaag-gagacgaagacgggtttctt 26227582  T
Q  356 caagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
     | |||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  26227583 gatgattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacaacttctcatattaggtcaccct 26227669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 44903506 - 44903950
Alignment:
Q  1 ttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgagaaacttagtcaaactacaatgggaatcaaatcttggagtgtagggccagtt 100  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||    
T  44903506 ttatgggacaatatgcaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaagttagtaaaactacaatggggattaagtcttggagtgtaggaccagtt 44903605  T
Q  101 tcagcttggaccaacaaggatgatgnnnnnnnggccaataggggacacatagaggagc---ttggaaaagaggaagagtggctaaattggcttaactcaa 197  Q
    ||| ||||| | ||||||| |||||       || ||||||||||||| | ||| ||    ||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||    
T  44903606 tcaacttgggctaacaagggtgatgaacggaagggcaataggggacacgtggagaagaacgttgaaaaagagagagaattgctaaattggcttaactcaa 44903705  T
Q  198 aggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactgggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtca 297  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||  ||||  | |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  44903706 agcaaaatgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaagctttttcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaagtcaggtca 44903805  T
Q  298 taattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||  ||  |   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  44903806 taattttatctgggttgtaaggaaaaatgatagagacgagaacgaggaaggtttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaacaagggctat 44903905  T
Q  398 atcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccct 442  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  44903906 atcatatggaattgggcaccgcagcttctcatattggatcaccct 44903950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 5995102 - 5995053
Alignment:
Q  266 gaaattgcacacggtcttgaaaattcaggtcataattttatctgggttgt 315  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5995102 gaaattgcacatgcacttgaaaattcaggtcataatttcatttgggttgt 5995053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University