View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11708_low_1 (Length: 902)

Name: NF11708_low_1
Description: NF11708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11708_low_1
NF11708_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-889)||(21482395-21483262)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 753; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 753; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 889
Target Start/End: Original strand, 21482395 - 21483262
Alignment:
Q  22 tatgaatcaataatttgttt-ctcataaaatgtaattaaataatagataaatagaaaatctataattacttttggcaaaacaattctccccagacttccg 120  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482395 tatgaatcaatattttattttctcataaaatgtaatgaa-taattgaaaaatagaaaatcaataattacttttggcaaaacaattctccccagacttccg 21482493  T
Q  121 acatcactttgcttcaaaaccttttgtagaaggaacctcaagttcttttctggcttccaaccctatcaatcaaatacatcaaacacattattcataaagc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482494 acatcactttgcttcaaaaccttttgtagaaggaacctcaagttcttttctggcttccaaccctatcaatcaaatacatcaaacacattattcataaagc 21482593  T
Q  221 aagatagttgtgtttaaagtcgcacannnnnnnnaatttgacagttataatcgagtgatcggataatggctgttagttgaagttatagtaatgttgcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482594 aagatagttgtgtttaaagtcgcacattttttataatttgacagttataattgagtgatcggataatggctgttagttgaagttatagtaatgttgcaaa 21482693  T
Q  321 ccattgtattgccgtatctgcataagctacaataatgttgcaaaccattatattgcggtatctgcagacaaatggattaataccaccacaactgtggttg 420  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21482694 ccattgtattgcgatatctgcataagctacaataatgttgcaaaccattatattgcggtatctgcagacaaatggataaataccaccacaactgtggttg 21482793  T
Q  421 ctatgccgttgcagagacctttaaagccattatattgcagccacaattacggttgttgaccataatttaaaacttattcaagttcaataacaaatgattt 520  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482794 ctacgccgttgcagagacctttaaaaccattatattgcagccacaattacggttgttgaccataatttaaaacttattcaagttcaataacaaatgattt 21482893  T
Q  521 tgcattaacatgcatttctaataatcacacatcgtagatcatataaacaaccaaaacatatgatctaacaataatatacagcttaagtccacaaacctgt 620  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  21482894 tgcatttacatgcatttctaataatcacacatcgtagatcatataaacaaccaaaacatataatctaacaataatataaagctgaagtccacaaacctgt 21482993  T
Q  621 ctcctatcggatgcacttcgaccctggtgagaactctgtgtctgcatggtggggcggtcacggtccactggaggctgcgtcggctcagccggaacaacag 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21482994 ctcctatcggatgcacttcgaccctggtgagaactctgtgtctgcatggtggggcggtcacggtccactggaggctgcgtcggctcagccggaacaacag 21483093  T
Q  721 gtgccaaggaagctgctgtcccaccggtcatagtctgccaatacatccagttcgctggatttgcatgagaaccaccagcagcaacattggtgcaattatc 820  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21483094 gtgccaaggaggctgctgtcccaccggtcatagtctgccaatacatccagttcgctggatttgcatgagaaccaccagcagcaacattggtgcaactatc 21483193  T
Q  821 accactacctaatctcgcaagtggatcagaaccttgaatattctgatgatggttattattatgatgcct 889  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21483194 accactacctaatctcgcaagtggatcagaaccttgaatattctgatgatggttaatattatgatgcct 21483262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University