View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11708_low_8 (Length: 553)

Name: NF11708_low_8
Description: NF11708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11708_low_8
NF11708_low_8
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-533)||(1857617-1858136)
chr1 (341-538)||(1869210-1869408)
chr1 (298-538)||(1843601-1843828)
chr1 (29-284)||(1849068-1849329)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 1858136 - 1857617
Alignment:
Q  18 cctatcactaattgacggaggaagatgaccatgttactaatgataacggtcaccttactaacatttatcttttgtggttaaaggttgttccttcaaaaat 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1858136 cctatcactagttgacggaggaagatgaccatgttactaatgataacggtcaccttactaacatttatcttttgtggttaaaggttgttcctttaaaaat 1858037  T
Q  118 atctctctttgcgtgacgtttgcttctttaccaggttcaaactagagacaacttaatttggtggtgtgtgctatcacccaatgatcaatcttgtacggga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1858036 atctctctttgcgtgacgtttgcttctttaccaggttcaaactagagacaacttaatttggtggtgtgtgctatcacccaatgatcaatcttgtacggga 1857937  T
Q  218 ggttgtgtattgaatcaggataatgatcatttatgtgttaattgtgatttttacggtaaaatttggtaagtgatttcttattattaaagaacacttccat 317  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857936 ggttatgtattgaatcagaataatgatcatttatgtgttaattgtgatttttacggtaaaatttggtcagtgatttcttattattaaagaacacttccat 1857837  T
Q  318 ctcagtctctacacttnnnnnnntcattaaaaactggattacatgcacacaacacaatatataaaacaaattacattagaat----tataaactgaaatt 413  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  1857836 ctcagtctctacacttaaaaaaatcattaaaaactggattacatgcacacaacacaatatataaaacaaattacattagaattatatataaactgaaatt 1857737  T
Q  414 tgtatgcaaaaactcctaaagtaatgaaatggaactgcattttgtcttctaacaatcatctgccatcatccaatgttatcagtacgtgatctttcaagct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857736 tgtatgcaaaaactcctaaagtaatgaaatggaactgcattttgtcttctaacaatcatctgccatcatccaatgttatcagtacgtgatctttcaagct 1857637  T
Q  514 gtcatatctgatatctccat 533  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  1857636 gtcatatccgatatctccat 1857617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 341 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 1869408 - 1869210
Alignment:
Q  341 tcattaaaaactggattacatgcacacaacacaatatataaaacaaattacattagaattataaactgaaatttgtatgcaaaaactcctaaagtaatga 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1869408 tcattaaaaactggattacatgcacacaacacattatataaaacaaattacattagaattataaactgaaatttgtatgcaaaaactcctaaaataatga 1869309  T
Q  441 aatgg-aactgcattttgtcttctaacaatcatctgccatcatccaatgttatcagtacgtgatctttcaagctgtcatatctgatatctccatctgtg 538  Q
    |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1869308 aatggttactgcattttgtcttataacaatcatctgccatcatccaatgctatcagtacatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtg 1869210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 298 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 1843828 - 1843601
Alignment:
Q  298 ttattaaagaacacttccatctcagtctctacacttnnnnnnntcattaaaaactggattacatgcacacaacacaatatataaaacaaattacattaga 397  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||             | |||||| |||| |    
T  1843828 ttattatagaacacttccatctcagtctctacacttatacaa-tcattaaaaactggattacatgcacacaa-------------ataaattaaattaaa 1843743  T
Q  398 attataaactgaaatttgtatgcaaaaactcctaaagtaatgaaatgga-actgcattttgtcttctaacaatcatctgccatcatccaatgttatcagt 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1843742 attataaactgaaatttgtatgcaaaaactcctaaaataatgaaatggttactgcattttgtcttaaaacaatcatctgccatcatccaatgctatcagt 1843643  T
Q  497 acgtgatctttcaagctgtcatatctgatatctccatctgtg 538  Q
    || || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1843642 acatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtg 1843601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1849329 - 1849068
Alignment:
Q  29 ttgacggaggaagatgaccatgttactaatgataacggtcaccttactaacatttatcttttgtggt--taaaggttgttccttcaaaaatatctctctt 126  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||   ||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| | ||    
T  1849329 ttgaccgaagaagatggccatgttactaatgataacaatcactttattaacaaccatcttttgtggttataaaggttgttcctttaaaagtatctatgtt 1849230  T
Q  127 tgcgtgacgtttgcttctttaccaggttcaaactagagacaacttaatttggtggtgtgtgctatcacccaa----tgatcaatcttgtacgggaggttg 222  Q
    | ||||  |||| |||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||    |||| | |||| ||||||||||||    
T  1849229 t-cgtggtgttttcttcttaaccgggttttaactggagacaacttaattcggcggcatgtgctatctcccaatgattgattagtcttatacgggaggttg 1849131  T
Q  223 tgtattgaatcaggata-atgatcatttatgtgttaattgtgatttttacggtaaaatttggt 284  Q
       ||||||| | |||| | | |||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  1849130 cagattgaatgaagatagagggtcatttatctgttaattatgatttttaaggtataatttggt 1849068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University