View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11711_low_8 (Length: 312)
Name: NF11711_low_8
Description: NF11711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11711_low_8 |
 | |
|
| [»] scaffold0014 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 18663315 - 18663010
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663315 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
18663216 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663215 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
18663116 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663115 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
18663016 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
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| |||| |
|
|
| T |
18663015 |
tactcc |
18663010 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 18663516 - 18663216
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663516 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
18663417 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663416 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
18663317 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663316 |
catctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctc |
18663217 |
T |
|
| Q |
301 |
t |
301 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
18663216 |
t |
18663216 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 18663696 - 18663417
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663696 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
18663597 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
18663596 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaata |
18663497 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||| | | | |||||| ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18663496 |
tccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
18663417 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 18663078 - 18662938
Alignment:
| Q |
37 |
tacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctccc |
136 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
18663078 |
tacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctccc |
18662979 |
T |
|
| Q |
137 |
acttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18662978 |
acctctcaaatacctacaaatatccaatctccccactctac |
18662938 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13671481 - 13671176
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671481 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
13671382 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671381 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
13671282 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671281 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
13671182 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
13671181 |
tactcc |
13671176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13656835 - 13656530
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13656835 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccatatatacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
13656736 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13656735 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
13656636 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13656635 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaaagaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
13656536 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
13656535 |
tactcc |
13656530 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13671682 - 13671382
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671682 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
13671583 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671582 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
13671483 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||| | | | |||||| ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671482 |
catctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctc |
13671383 |
T |
|
| Q |
301 |
t |
301 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
13671382 |
t |
13671382 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 22 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 5739512 - 5739228
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5739512 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaatttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
5739413 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5739412 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
5739313 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctgctcc |
306 |
Q |
| |
|
|||||| | | | |||||| ||| || | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
5739312 |
tccaacaatcgctatctacaaagcagcctacacatcatctcatatctcaaacacatacaaatttcccacctttcctctctactcc |
5739228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13671862 - 13671583
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671862 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
13671763 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13671762 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaata |
13671663 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||| | | | |||||| ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13671662 |
tccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
13671583 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 22 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13657015 - 13656736
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13657015 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
13656916 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13656915 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatatccaacaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaata |
13656816 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaac-ttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||| |||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13656815 |
tccaacaatcca-tatatacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
13656736 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 5739332 - 5739156
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5739332 |
atctaacacaccttcaaatatccaacaatcgctatctacaaagcagcctacacatcatctcatatctcaaacacatacaaatttcccacctttcctctct |
5739233 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5739232 |
actccaagtccacaaatgtctacaattcatactcccacctctcaaatacctacaaatatccaatctccccactctac |
5739156 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 13671244 - 13671104
Alignment:
| Q |
37 |
tacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctccc |
136 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
13671244 |
tacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctccc |
13671145 |
T |
|
| Q |
137 |
acttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13671144 |
acctctcaaatacctacaaatatccaatctccccactctac |
13671104 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 52 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 13656583 - 13656458
Alignment:
| Q |
52 |
acatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacct |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
13656583 |
acatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctcccacctctcaaatacct |
13656484 |
T |
|
| Q |
152 |
acaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13656483 |
acaaatatccaatctccccactctac |
13656458 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 18581525 - 18581830
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
18581525 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
18581624 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18581625 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
18581724 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18581725 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaatcgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
18581824 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
18581825 |
tactcc |
18581830 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 22 - 301
Target Start/End: Original strand, 18581345 - 18581624
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18581345 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
18581444 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
18581445 |
actgtccatgctcccatttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccgctctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaata |
18581544 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||| | | | |||||| ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18581545 |
tccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
18581624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 52 - 177
Target Start/End: Original strand, 18581777 - 18581902
Alignment:
| Q |
52 |
acatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacct |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
18581777 |
acatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctctcacctctcaaatacct |
18581876 |
T |
|
| Q |
152 |
acaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18581877 |
acaaatatccaatctccccactctac |
18581902 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 37461196 - 37461501
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37461196 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccttatttacaaagcatcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
37461295 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37461296 |
acttcaagtccacaaatgtctactttccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
37461395 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37461396 |
catctaacacaccttcaaatatccaatttccacaacctacaaggcaactgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
37461495 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
37461496 |
tactcc |
37461501 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 63 - 301
Target Start/End: Original strand, 37461057 - 37461295
Alignment:
| Q |
63 |
tatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaataccca |
162 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37461057 |
tatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctaatgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaataccca |
37461156 |
T |
|
| Q |
163 |
acaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatccc |
262 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||| ||| || | |||||||||| |
|
|
| T |
37461157 |
acaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaatatccaacaatccttatttacaaagcatcctacacatcatccc |
37461256 |
T |
|
| Q |
263 |
atatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37461257 |
atatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
37461295 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 52 - 177
Target Start/End: Original strand, 37461448 - 37461573
Alignment:
| Q |
52 |
acatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacct |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37461448 |
acatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctcccacctctcaaatacct |
37461547 |
T |
|
| Q |
152 |
acaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
37461548 |
acaaatatccaatctccccactctac |
37461573 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 12923802 - 12924104
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923802 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatttacaaagcaacctacacatcatccc---tctcaaaaaaatacaaacttcccacctttcctctct |
12923898 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923899 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
12923998 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923999 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaactgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
12924098 |
T |
|
| Q |
301 |
tgctcc |
306 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
12924099 |
tactcc |
12924104 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 12923601 - 12923898
Alignment:
| Q |
1 |
atctaaaacaccttcaaatatccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923601 |
atctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
12923700 |
T |
|
| Q |
101 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923701 |
acttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatctta |
12923800 |
T |
|
| Q |
201 |
catctaacacaccttcaaatatccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctc |
300 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||| |||||| | |||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923801 |
catctaaaacaccttcaaatatccaacaatccctatttacaaagcaacctacacatcatccc---tctcaaaaaaatacaaacttcccacctttcctctc |
12923897 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 22 - 301
Target Start/End: Original strand, 12923421 - 12923700
Alignment:
| Q |
22 |
ccaaaaatccttatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923421 |
ccaacaatccctatctacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtct |
12923520 |
T |
|
| Q |
122 |
actgtccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaata |
221 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12923521 |
actatccatgctcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaatgaaacctacacatcatcttacatctaaaacaccttcaaata |
12923620 |
T |
|
| Q |
222 |
tccaacttccacaacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctct |
301 |
Q |
| |
|
|||||| | | | |||||| ||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12923621 |
tccaacaatccctatctacaaagcagcctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctct |
12923700 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 52 - 177
Target Start/End: Original strand, 12924051 - 12924176
Alignment:
| Q |
52 |
acatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctcccacttctcaaatacct |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
12924051 |
acatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctcccacctctcaaatacct |
12924150 |
T |
|
| Q |
152 |
acaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
||| ||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
12924151 |
acatatatccaatctccccactctac |
12924176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 148 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 19540801 - 19540742
Alignment:
| Q |
148 |
acctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
19540801 |
acctacaaatacccaacaaccccactctacaaggcaacctacatatcatctcacatctaa |
19540742 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 19540702 - 19540631
Alignment:
| Q |
148 |
acctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaat |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
19540702 |
acctacaaatatc-aacaacaccactctacaaggaaatctacacatcatcttacatctaaaataccttcaaat |
19540631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:
Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 33 - 306
Target Start/End: Original strand, 22565 - 22838
Alignment:
| Q |
33 |
tatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgc |
132 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
22565 |
tatttacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatactaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactttccatgc |
22664 |
T |
|
| Q |
133 |
tcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaatatccaacttcca |
232 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
22665 |
tcccacttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctacaaggaaacctacacatcatcttacatctaacacaccttcaaatatccaatttcca |
22764 |
T |
|
| Q |
233 |
caacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttcctctctgctcc |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
22765 |
caacctacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttgctctctactcc |
22838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 177
Target Start/End: Original strand, 22770 - 22910
Alignment:
| Q |
37 |
tacaaagcaacctacacatcatcccatatctcaaacacatacaaacttcccacctttcctctctacttcaagtccacaaatgtctactgtccatgctccc |
136 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
22770 |
tacaaggcaaccgaaacatcatcccatatctcaaacatttacaaatttcccacctttgctctctactccaagtccacaaatgtctacaattcatgctccc |
22869 |
T |
|
| Q |
137 |
acttctcaaatacctacaaatacccaacaaccccactctac |
177 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22870 |
acctctcaaatacctacaaatatccaatctccccactctac |
22910 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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