View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11714_low_1 (Length: 798)

Name: NF11714_low_1
Description: NF11714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11714_low_1
NF11714_low_1
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (17-493)||(35278148-35278629)
chr4 (539-798)||(35283325-35283584)
chr4 (25-494)||(35241357-35241840)
chr4 (543-798)||(35277811-35278069)
chr4 (539-798)||(35241027-35241286)
chr4 (206-536)||(35283625-35283934)
chr4 (17-452)||(35253630-35254077)
chr4 (284-487)||(35287195-35287400)
chr4 (17-491)||(35271467-35271951)
chr4 (544-791)||(35271139-35271386)
chr4 (684-796)||(35253266-35253378)
chr4 (568-786)||(35286867-35287085)
chr4 (633-792)||(35246663-35246832)
chr4 (204-379)||(35247083-35247258)
chr4 (38-140)||(35247356-35247458)
chr4 (234-377)||(35238385-35238528)
chr4 (567-663)||(35275295-35275391)
chr4 (89-139)||(35284032-35284082)
chr4 (228-351)||(35275605-35275728)
chr4 (436-493)||(35275487-35275544)
chr4 (539-588)||(35253480-35253529)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 35278629 - 35278148
Alignment:
Q  17 acaattaaggaaatttagttgattcaatctttatttttatttcttacacaaggttttcaaagcggtgagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatg 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35278629 acaaataaggaaatttagttgattcactgtttatttttatttcttacacaaggttttccaagcggtcagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatg 35278530  T
Q  117 gaaagattgtagcaagtggtgggaacagcggaaaggtgaataatcaatgcgagaaatattccaattcaatctttttattgtctgcataatg----tattt 212  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||     |||||    
T  35278529 gaaagattgtagcaagcggtgggaacagcgggaaggtgaataatcaatgcgataaattttccaattccatctttttatggtctgcataattaacatattt 35278430  T
Q  213 atctttatattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatcttagatgtta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35278429 atctttatattgtggtttatacagcctttcatttgcaacatggatacttctacttctgttactgcctcagagtcacattcatctaccatcttagatgtta 35278330  T
Q  313 gatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcnnnnnnngtgagtctctttcttttcatatcccc 412  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||| |||     
T  35278329 gatttcaaccaggatccactatatttgcaacatcttctgctgataaaacaataaaattctgggatgctaaaacggtgagtctctttcttttcatacccca 35278230  T
Q  413 ttctactcactcttctgcattagtccttcc-tttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgatatatat 493  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  35278229 ttctactcactctgctgcattagtccttccttttgtaacttgatgattaattcgttgtgttttgatgtttcatgatacatat 35278148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 539 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 35283584 - 35283325
Alignment:
Q  539 ggaggaattatttgctcgtctgatacctgtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcg 638  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35283584 ggaggaattctttgctcgtccgatacctgtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagttttacactcg 35283485  T
Q  639 tcttttagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttc 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35283484 tcttttagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacatgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttc 35283385  T
Q  739 agcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccatacttgaat 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35283384 agcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccatacttgaat 35283325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 25 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 35241840 - 35241357
Alignment:
Q  25 ggaaatttagttgattcaatctttatttttatttcttacac-aaggttttcaaagcggtgagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatggaaagat 123  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||  |||  || | |  |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  35241840 ggaaatttagttgattcgatgtttatttttatttctaacaccaaggttttacaagtagtcaaaagcttttgtcctgtgatttttcatcggatggaaatat 35241741  T
Q  124 tgtagcaagtggtgggaacagcggaaaggtgaataatcaatgcgagaaatattccaattcaatctttttattgtctgca-------------taatgtat 210  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || | | ||||||   ||| |||| ||||| ||             ||||||||    
T  35241740 tctagcaagttgtgggaaaagcgggaaggtgaataattaatgcgataagtttcccaatttcgtctgtttactgtctccactacgtgtctgcgtaatgtat 35241641  T
Q  211 ttatctttatattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatcttagatgt 310  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||     || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35241640 ttatctttatattatggtttaaacagcctttcatttgttacatcgacactggcgattgtgttactacgtcaaagtcacattcatctaccatcttagaagt 35241541  T
Q  311 tagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcnnnnnnngtgagtctctttcttttcatatcc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  35241540 tagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcaaaaaaagtgagtctctttcttttcatatcc 35241441  T
Q  411 ccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgatatatata 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35241440 ccttctactcactcttctgcattagtccttccattgtaacttgaggattgattcattatgttttgatgtttcatgatatatata 35241357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 543 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 35278069 - 35277811
Alignment:
Q  543 gaattatttgctcgtctgatacctgtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcgtctt 642  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  35278069 gaattctttgctcgtctgatacctgtgatttaattaaagtatgggatctcaatcagcgtgtcataatgaagacctttatggtgagtcctacactcgtctt 35277970  T
Q  643 ttagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggca---ggaagcctagtgagatttca 739  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |   ||| ||| ||||||||||||    
T  35277969 ttagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacatgagtacaatgacttgtataaaaatgaatttcaggaaggtggatgcccagtgagatttca 35277870  T
Q  740 gcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccatacttgaat 798  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35277869 gcctggatctgggaagcttttggcagttgctaatcaaaatgttgttaccatacttgaat 35277811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 539 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 35241286 - 35241027
Alignment:
Q  539 ggaggaattatttgctcgtctgatacctgtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcg 638  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||  ||| ||| |||||||||||||||     
T  35241286 ggaggaactctttgctcgtccgataccagtaatgtaattaaagtatgggatctcaatcagcgtgtcaggattaaccactgtattgtgagtcttacactca 35241187  T
Q  639 tcttttagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttc 738  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35241186 tcttttagtattcaaaactgaatgacaactactcatagatcacatgaatacaatgacttgtataaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttc 35241087  T
Q  739 agcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccatacttgaat 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35241086 agcctggatcagggaagcttttggcagtagctaatcaaaatgttatcgccatacttgaat 35241027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 206 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 35283934 - 35283625
Alignment:
Q  206 tgtatttatctttatattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatctta 305  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||| | | ||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  35283934 tgtatttatggttatattgtggttaatatagcctttcatttgcaacgtggaaagtcttgattctgttactacgtcagagtcacattcgtctaccatcttt 35283835  T
Q  306 gatgttagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcnnnnnnngtgagtctctttcttttca 405  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||           
T  35283834 gacgtgagatttcaaccaggatcaactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcaaaaaaagtgagtctcttt------- 35283742  T
Q  406 tatccccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgatatatatatgtatatgtat 505  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  35283741 ------cttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgata--------tatatgtat 35283656  T
Q  506 tgctcgagagagtgttgtgcaatgttgttgg 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35283655 tgctcgagagagtgttgtgcaatgttgttgg 35283625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35254077 - 35253630
Alignment:
Q  17 acaattaaggaaatttagttgattcaatctttatttttatttcttacacaaggttttcaaagcggtgagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||| | |  |||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  35254077 acaattaaggaaatttagttgattaaatgtttatttttatttctaacacaaggtatttcaagcggtcaaagtcttttgtcctgcgatttatcatcggatg 35253978  T
Q  117 gaaagattgtagcaagtggtgggaacagcggaaaggtgaataatcaatgcgagaaatattccaattcaatctttttattgtc------tgcat--aatgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |    ||||||||||||| ||  || |||| || ||| || || | ||| |||||      |  ||  |||||    
T  35253977 gaaagattgtagcaagtggtgggattgggaagaaggtgaataatctatatgataaatttttcaaatccatttgtttgttgtcactttgtctatccaatgt 35253878  T
Q  209 atttatcttt----atattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatctt 304  Q
    ||||||| ||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||  |  |||||||||  | |  |||||||||| |  |||||||||    
T  35253877 atttatccttccttatattgtggtttatatagcctttcatttgctacctggaaactggtctttctgttacggcattggagtcacatttagataccatctt 35253778  T
Q  305 agatgttagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcnnnnnnngtgagtctctttcttttc 404  Q
     || |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  35253777 cgaagttagatttcaaccaggatcaactgtgtttgcaacctcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcaaacagtgtgagtctctttcttttc 35253678  T
Q  405 atatccccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaactt 452  Q
    | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  35253677 acatctccttctactcactcatctgcattattccttcctatgtaactt 35253630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 284 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 35287400 - 35287195
Alignment:
Q  284 gtcacattcatctaccatcttagatgttagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcnnnn 383  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  35287400 gtcacatttatctactatcttcgatgttagatttaaaccaggttcaactatatttgcaacatcctctgctgataaaacagtaaaattatgggatgcaaaa 35287301  T
Q  384 nnngtgagtctctttc-ttttcatat-ccccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgttt 481  Q
       ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||| ||| |||||    
T  35287300 aaagtgagtctctttctttttcacatcccccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgaggattgatgccttatgtcttgctgttt 35287201  T
Q  482 catgat 487  Q
    ||||||    
T  35287200 catgat 35287195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 35271951 - 35271467
Alignment:
Q  17 acaattaaggaaatttagttgattcaatctttatttttatttcttacacaaggttttcaaagcggtgagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatg 116  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | ||||   || |||||||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  35271951 acaattaaggacatttaattgattcaatgtctattctaattttaaactcaaggttttcaaagcggtcagaagcttttgtcctgtgatttttcatcagatg 35271852  T
Q  117 gaaagattgtagcaagtggtgggaacagcggaa--aggtgaataatcaatgcgagaaatattccaattcaatctttttattgtc----tgcataatgtat 210  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||   ||||  ||||||||||  ||||| | |||| |||||||||||| | ||||   ||    ||   ||||||     
T  35271851 gaaagattgttgcaagtggtgg--acttgggaagcaggtgaataaataatgcaataaattttccaattcaatttgtttaccctcacgttgtgcaatgtac 35271754  T
Q  211 ttatctttatattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatcttagatgt 310  Q
    | ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  || |||| |||| || |||||| |||||| |  | |||||||||| ||    
T  35271753 tgatccttatattgtggtttaaatagcctttcatttgctacatggaaactggtaattcttttacaacatcagagacacatttagatgccatcttagaagt 35271654  T
Q  311 tagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgc------nnnnnnngtgagtctctttcttttc 404  Q
     ||||||| | |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||             || ||| |||||||||||    
T  35271653 cagatttcgatcaggatcacctatatttgcaacttcttctgctgatagaacagtaaaactatggcacgcaaaaagaacaagagtaagtttctttcttttc 35271554  T
Q  405 atatccccttctactcactcttctgcattagtccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgatatat 491  Q
     || | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35271553 ttagctccttctactcactcttctgcaatagtctttcctttgtaactcatggattaattcattatgttttgatgtttcatgatatat 35271467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 544 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 35271386 - 35271139
Alignment:
Q  544 aattatttgctcgtctgatacctgtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcgtcttt 643  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| | ||| |||||| ||| || |||||||  |||||||| |||||| | |||    
T  35271386 aattctttgctcgtctgatacatgtgatgcaattaaagtatgggatctcgaacagtgtgtcacgattaacaactttacagtgagtctaacactcatattt 35271287  T
Q  644 tagtattcaaaactgaataacaactactcacaggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggca---ggaagcctagtgagatttcag 740  Q
    ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | |||| |||||||||||| |   ||||| | |||||||||||||    
T  35271286 tagtattcaaaactgaat---aaccactcacaggtcacatgagtactatgacttgtataaacatgaatttcaggaaggtggaaggcaagtgagatttcag 35271190  T
Q  741 cctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccata 791  Q
    |||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  35271189 cctggatctgggacgtttttggcagttgctaatcaaaatgttataaccata 35271139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 684 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 35253378 - 35253266
Alignment:
Q  684 gagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttcagcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgtta 783  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  35253378 gagtaaaatgacttgtataaaaatgaatttcaggcaggaagcctagtgagatttcagcctggatcagggaagcttttggcagttgctaatcgaaatgtta 35253279  T
Q  784 tcaccatacttga 796  Q
    | |||||| ||||    
T  35253278 ttaccataattga 35253266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 568 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 35287085 - 35286867
Alignment:
Q  568 tgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcgtcttttagtattcaaaactgaataacaac 667  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||||| | || | | ||| || |||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||         
T  35287085 tgatggaattcaagtatgggatctcaatcggtgtattaagattaaaaactgtaaggtgagtcttacactcctctttttgtattcaaaacagaatagt--- 35286989  T
Q  668 tactcacaggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcagg---aagcctagtgagatttcagcctggatcagggaagcttttggca 764  Q
    ||||  | ||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||   | ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  35286988 tacttgccggtcacatgaatacaaagacttatataaaaatgaatttcaggcaggtgtaggccaagtgagatttcagcctgtatctgggatgcttttggca 35286889  T
Q  765 gtcgctaatcaaaatgttatca 786  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  35286888 gttgctaatcaaaatgttatca 35286867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 633 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 35246832 - 35246663
Alignment:
Q  633 cactcgtcttttagtattcaaaactgaataacaac----tactcac---aggtcacacgagtacaatgacttatgtaaaaatgaatttcaggcagg---a 722  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||   |||||||   ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||   |    
T  35246832 cactcatcttttactattcaaaactgaataacaaacaagtactcaccacaggtcacttaagtacaatgacttgtataaaaatgaattgcaggcaggtgga 35246733  T
Q  723 agcctagtgagatttcagcctggatcagggaagcttttggcagtcgctaatcaaaatgttatcaccatac 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35246732 agcctagtgagatttcagcctggatctgggaggcatttggcagttgctaatcaaaatgttatcaccatac 35246663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 204 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 35247258 - 35247083
Alignment:
Q  204 aatgtatttatctttatattgtggtttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatct 303  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |  |  |||||||||| | | ||||||| ||| |  || |||||    
T  35247258 aatgtatttatccatatattgtggtttatatagcctttcatttgctacgtggaaagtcgtgcttctgttactgcattagagtcagatttagatatcatct 35247159  T
Q  304 tagatgttagatttcaaccaggatcgactatatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggatgc 379  Q
    |||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||||| |||||  ||||  |||||||||| ||||||||||    
T  35247158 tagaagttagatttcaaccaaaatcaactagatttgcaacaacttctcgtgatggaacagtaaaactatgggatgc 35247083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 35247458 - 35247356
Alignment:
Q  38 attcaatctttatttttatttcttacacaaggttttcaaagcggtgagacactttcgtcctgcgatttttcatcagatggaaagattgtagcaagtggtg 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||  |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  35247458 attcaatgtttatttttatttcttacacaaggttttctaagcaatcagaagcttatgtcctgcgatttttcatctgatggaaagattatagcaagtggtg 35247359  T
Q  138 gga 140  Q
    |||    
T  35247358 gga 35247356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 35238528 - 35238385
Alignment:
Q  234 cagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatcttagatgttagatttcaaccaggatcgacta 333  Q
    |||||||| || |||||||||||||| | |  || | ||||||| ||| ||||||||||| || | |||| ||| |||||||||||||||||| | | ||    
T  35238528 cagcctttaatatgctacatggatacctgtgattgtattactacatcacagtcacattcagctcctatctcagaagttagatttcaaccaggaacaaata 35238429  T
Q  334 tatttgcaacatcttctgctgataaaacagtaaaattatgggat 377  Q
    |||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  35238428 tatttgcaacttcttcctctgataaagcagtaaaattatgggat 35238385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 567 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 35275391 - 35275295
Alignment:
Q  567 gtgatgtaattaaagtatgggacctcaatcagcgtgtcatgatgaagaactttatggtgagtcttacactcgtcttttagtattcaaaactgaataa 663  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||| ||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  35275391 gtgatgcaattaaattatgggatctcaatcagcgtgtcatgattagcaacattaaggtgagtctgacacttatattttagtattcaaaactgaataa 35275295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 35284082 - 35284032
Alignment:
Q  89 ctttcgtcctgcgatttttcatcagatggaaagattgtagcaagtggtggg 139  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35284082 cttttgtcctgcgatttttcatcagatggaaagattgtagcaagtggtggg 35284032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 35275728 - 35275605
Alignment:
Q  228 tttatacagcctttcatttgctacatggatacttttagttctgttactacttcagagtcacattcatctaccatcttagatgttagatttcaaccaggat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | |  || |||||||||| |   ||||| |||||||  | ||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  35275728 tttatatagcctttcatttgctacatggaaattggtaattctgttacttcaatagagtaacattcagatgccatcttagaatttagatttcaaccagcat 35275629  T
Q  328 cgactatatttgcaacatcttctg 351  Q
    |  ||||||||||||| |||||||    
T  35275628 cacctatatttgcaacttcttctg 35275605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 35275544 - 35275487
Alignment:
Q  436 tccttcctttgtaacttgatgattggttcattatgttttgatgtttcatgatatatat 493  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35275544 tccttcctttgtaacttgaggattaattcattatgttttgatgtttcatcatatatat 35275487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 539 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 35253529 - 35253480
Alignment:
Q  539 ggaggaattatttgctcgtctgatacctgtgatgtaattaaagtatggga 588  Q
    |||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35253529 ggaggagttctttgcacgtccgatacctgtgatgtaattaaagtatggga 35253480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University