View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11718_low_30 (Length: 424)

Name: NF11718_low_30
Description: NF11718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11718_low_30
NF11718_low_30
[»] chr7 (32 HSPs)
chr7 (1-403)||(7877369-7877771)
chr7 (1-405)||(8590766-8591170)
chr7 (1-374)||(8602133-8602506)
chr7 (4-371)||(8382515-8382882)
chr7 (88-389)||(29581564-29581865)
chr7 (88-404)||(29577392-29577711)
chr7 (113-374)||(8570470-8570731)
chr7 (116-374)||(8581859-8582117)
chr7 (113-374)||(8576485-8576746)
chr7 (103-371)||(8538198-8538466)
chr7 (49-371)||(8647039-8647361)
chr7 (61-374)||(8545792-8546104)
chr7 (50-387)||(6789658-6789995)
chr7 (172-374)||(8610076-8610278)
chr7 (68-374)||(8559492-8559798)
chr7 (88-304)||(8636066-8636282)
chr7 (82-371)||(8585423-8585712)
chr7 (80-294)||(10494089-10494303)
chr7 (80-294)||(13333171-13333385)
chr7 (82-272)||(3147533-3147723)
chr7 (80-290)||(8659606-8659816)
chr7 (82-294)||(27830592-27830804)
chr7 (148-294)||(8628771-8628917)
chr7 (80-294)||(8667658-8667872)
chr7 (80-371)||(17268101-17268392)
chr7 (88-266)||(1301731-1301909)
chr7 (80-294)||(8671345-8671559)
chr7 (49-239)||(8640230-8640421)
chr7 (166-294)||(8654689-8654817)
chr7 (170-294)||(17260480-17260604)
chr7 (157-290)||(39985889-39986022)
chr7 (152-245)||(8017200-8017293)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (97-369)||(7542390-7542662)
chr2 (61-371)||(16661688-16661998)
chr2 (157-385)||(12234837-12235065)
chr2 (56-369)||(43625576-43625890)
chr2 (115-378)||(14703563-14703826)
chr2 (80-369)||(16657232-16657521)
chr2 (148-378)||(11999549-11999779)
chr2 (79-377)||(12258295-12258593)
chr2 (97-362)||(12245138-12245403)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (97-365)||(35132616-35132882)
chr4 (82-290)||(30775495-30775703)
chr4 (80-294)||(9335606-9335820)
chr4 (154-227)||(54396729-54396802)
chr4 (157-266)||(23587525-23587634)
chr4 (335-374)||(30775411-30775450)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (116-374)||(12528663-12528921)
chr8 (82-371)||(43745011-43745298)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (49-266)||(15595308-15595523)
chr1 (58-371)||(34466486-34466799)
chr1 (152-245)||(4678345-4678438)
chr1 (335-378)||(15595189-15595232)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (82-371)||(28220113-28220402)
chr5 (91-179)||(42555670-42555758)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (82-263)||(28910852-28911033)
chr6 (172-290)||(11156513-11156631)
chr6 (216-294)||(11170809-11170887)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 32)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 403
Target Start/End: Original strand, 7877369 - 7877771
Alignment:
1 ttgtggccatttaaggttgttgctagttctgatgacagacctgagatcattgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||| ||||    
7877369 ttgtggccatttaaggttgttgctggttctgatgacaagcctgatatcattgttaagtataagggcgaggaaaagcacttttgtgccgaggaaatatcat 7877468  T
101 ccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctca 200  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
7877469 ccatgatccttacaaagatgcgcgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctca 7877568  T
201 acgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
7877569 acgaaaagccacaaaagatgctggtgcagttgccggcctcaatgttatgcggataattaatgaaccaactgctgctgcccttgcatatggccttcaaaag 7877668  T
301 agagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaacactcaaagatgagagctttgatg 400  Q
    |||  ||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
7877669 agaataaataacatcggaaaacgaaatgtgttcatcattgatcttggtggtggcactttcgatgtgtctcttctcacactaaaagatgatagctttgatg 7877768  T
401 taa 403  Q
    |||    
7877769 taa 7877771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 8591170 - 8590766
Alignment:
1 ttgtggccatttaaggttgttgctagttctgatgacagacctgagatcattgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||  ||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
8591170 ttgtggccatttaaggttgtttccggttttgatgacaagcctgaaatcattgttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcat 8591071  T
101 ccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctca 200  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
8591070 ccatggttctcacaaagatgcgagagattgctgaaaagtttttggagtcacctgtcaagaatgcagttgttactgtgccagcttattttaatgattctca 8590971  T
201 acgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaa 300  Q
      | ||||| || ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
8590970 gaggaaagctaccaaagatgctggtgtcattgctggcttgaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgccgctggccttgcatatggccttcaaaag 8590871  T
301 agagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaacactcaaagatgagagctttgatg 400  Q
    |||| || |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
8590870 agagaaagtaacatcggaaaacgaaatgtgttcatctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctcttctcacactcaaaggtgatagctttgatg 8590771  T
401 taaaa 405  Q
    |||||    
8590770 taaaa 8590766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8602506 - 8602133
Alignment:
1 ttgtggccatttaaggttgttgctagttctgatgacagacctgagatcattgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || |   |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||   | ||||| |||||||||||||    
8602506 ttgtggccatttaaggttgttcctggcaatgatgacaaacctgagatcattgttaagtataagggtggggaaaagcacttctgtgctgaggaaatctcat 8602407  T
101 ccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctca 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
8602406 caatggtccttacaaagatgcgtgaaattgcagagaagtttctggagtcacctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctca 8602307  T
201 acgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaa 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
8602306 gcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggccttcaaaag 8602207  T
301 agagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    ||||| |||  ||| | | |  ||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
8602206 agagctaattgtgttgaagagagaaatattttcatatttgatcttggtggtggaacttttgatgtttctcttct 8602133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Original strand, 8382515 - 8382882
Alignment:
4 tggccatttaaggttgttgctagttctgatgacagacctgagatcattgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatcca 103  Q
    ||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| || |    
8382515 tggccatttaaagtacttgctggttctgatgacaagcctgagataattgttaagtataagggtgaggaaaaacacctttgtgccgaggaaatctcctcta 8382614  T
104 tggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacg 203  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
8382615 tggtcctcaaaaagatgcgtgagattgcagagaattttttggagtcacctatcgagaatgtagttgttaccgtgcctgcatatttcaatgattctcaacg 8382714  T
204 aaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaaga 303  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||    
8382715 gaaagccacaaaagatgctggtgcgattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgccgctgctcttgcatatggccttcagaagaga 8382814  T
304 gcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    || |||  | | | | |  ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
8382815 gctaattgtcttgaagagagaaatattttcatctttgatcttggtggtggaacttttgatgtgtctct 8382882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 88 - 389
Target Start/End: Original strand, 29581564 - 29581865
Alignment:
88 gaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatt 187  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||    
29581564 gaggaaatatcatctatgatcctctcaaagatgcatgatattgcagagaaatttttggaattgcctgtaaagaatgcagtgattaccgtgcctgcttatt 29581663  T
188 ttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcata 287  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    || |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
29581664 tcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgctggcattatagctggcctcaatgtaatgaggataatcaacgaaccaactgctgctgcacttgcata 29581763  T
288 tggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaacactcaaagat 387  Q
    |||  |||||||  |||  |||  ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
29581764 tggtattcaaaagggaggtaattttgttggaaaacgaaatatattcatctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctcttctcacactcaaggat 29581863  T
388 ga 389  Q
    ||    
29581864 ga 29581865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 404
Target Start/End: Original strand, 29577392 - 29577711
Alignment:
88 gaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatt 187  Q
    |||||||| || || ||| ||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||  | || ||||| |||||||    
29577392 gaggaaatatcgtctatgatcctctcaaagatgcaggagattgcagagaaatttttggagttacccgtaaagaatgcagtgatcacagtgccagcttatt 29577491  T
188 ttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcata 287  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
29577492 tcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgccggcattattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccaactgctgctgcacttgcata 29577591  T
288 tggccttcaaaaaagagcaaa---taatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaacactcaaa 384  Q
    |||  ||||||| ||||  ||   |  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||     
29577592 tggaattcaaaagagaggtaattttgttgttggaaagcgaaatgtattcatctttgatcttggtggtggcacctttgatgtgtctcttctcacacttaag 29577691  T
385 gatgagagctttgatgtaaa 404  Q
    ||||| || ||||| |||||    
29577692 gatgatagttttgaagtaaa 29577711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 113 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8570731 - 8570470
Alignment:
113 caaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccac 212  Q
    |||||||||| |||||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
8570731 caaagatgcgagagattgcagaagcatttttggagtctcctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacgaagagccac 8570632  T
213 aaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataat 312  Q
     |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||  |    
8570631 taaagatgcaggtgaaattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggccttcaaaagagagctaatttt 8570532  T
313 gtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    || |  ||  ||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
8570531 gttgataagagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattct 8570470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 116 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8582117 - 8581859
Alignment:
116 agatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaa 215  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||    
8582117 agatgcgagagattgcagaggcatttttggagtcacctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacgaagagccactaa 8582018  T
216 agatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtc 315  Q
    |||||| ||||  ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||  |||     
8582017 agatgcaggtgaaattgcaggtctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggccttcaaaagagagctaattgtgtt 8581918  T
316 ggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    |  ||  ||||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
8581917 gataagagaaatatttttatctttgaccttggaggtggaacttttgatgtgtctattct 8581859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 113 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8576746 - 8576485
Alignment:
113 caaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccac 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||   ||| || || ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
8576746 caaagatgcgagagattgcagaggcttttctgcagacacctgttaagaatgcagtgatttctgtgcctgcttattttaatgattcccaacgaagagccac 8576647  T
213 aaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataat 312  Q
     |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||  |    
8576646 taaagatgcaggtgcaattgctggtctcaatgtcatgcagataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgcgtatggccttcaaaagagagctaattgt 8576547  T
313 gtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    || |  ||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
8576546 gttgataaaagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattct 8576485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 103 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 8538466 - 8538198
Alignment:
103 atggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaac 202  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || ||    ||||||||||||||||| || ||||||||  |||| || ||||||||||| ||||| || || |    
8538466 atggtcctcacaaagatgcgggagttcgctgaagtatttttggagtcacctgtcaaaaatgcagtgattacagtacctgcttatttcaatgattcacagc 8538367  T
203 gaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaag 302  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||    
8538366 gaagagccaccaaagatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaacctacagctgctgctcttgcatacggccttcaaaagag 8538267  T
303 agcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    ||| |||  ||| | | |  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
8538266 agctaattgtgttgaagagagaaaagttttcatctttgatcttggtggtggaacttttgatgtatctct 8538198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 49 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 8647361 - 8647039
Alignment:
49 attgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagt 148  Q
    |||||| |||| |||||||| || ||||||  |||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||   ||    
8647361 attgttaaatacaagggtgaagagaagcgttattgtgctgaggaaatatcatcgatgatcctcacaaagatgcgagaggttgcagagaaatatttaatgt 8647262  T
149 cacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaat 248  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| ||| | ||    
8647261 cccctgtaaagaatgcagttgttactgtgcctgcatacttcaatgattatcagcgaaaagccactatagatgccggggccattgctggccttaatatcat 8647162  T
249 gcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggc 348  Q
     |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||| | || ||| |||||  ||  | | |||||||| | |||||||| || |||||     
8647161 ccggataatcaatgaaccaacagctgctgctctcgcatatggccttgacaagagaacaaattgtgctgaagaacgaaatatattcatcttcgaccttggt 8647062  T
349 ggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
8647061 ggtggaacttttgatgtgtctct 8647039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 61 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8546104 - 8545792
Alignment:
61 aagggtgaggaaaagcgtctttgt-gcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaag 159  Q
    ||||||||||||||||  |||||| || || ||||| |||||  || ||||| || ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||    
8546104 aagggtgaggaaaagca-ctttgttgctgaagaaatatcatctgtgatcctctcacagatgcgagagattgcagaggcatttttggagtcacctgttaag 8546006  T
160 aatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataatta 259  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || |||| || | ||||||||||||| ||||  ||||| || || ||||| ||||||||||| |    
8546005 aatgcagtgattactgtacctgcttattttaatgattcacaacaaagatccacaaaagatgcaggtgaaattgccggtctaaatgtcatgcggataatca 8545906  T
260 atgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttt 359  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||   || |  ||  ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||    
8545905 atgaaccgactgcggcggctcttgcatatggccttcaaaagagagctaat-tggttgataagagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttt 8545807  T
360 tgatgtgtctcttct 374  Q
    |||||||||| ||||    
8545806 tgatgtgtctattct 8545792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 6789995 - 6789658
Alignment:
50 ttgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtc 149  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||  |||||| | || || ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| | |||| ||||    
6789995 ttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgctgagaaatatttgcagtc 6789896  T
150 acctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatg 249  Q
    |    | || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||     
6789895 agagataaaaaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattctcaacggaaagccactttagatgctggtgccattgctggtcttaatgttata 6789796  T
250 cggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcg 349  Q
    || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || ||| | ||| | |  ||| ||  |||| ||||| |||| || ||||| |    
6789795 cgaataatcaatgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttgataagagaactaattacggtggagaaaaaaatattttcgtcttcgaccttggtg 6789696  T
350 gtggcacttttgatgtgtctcttctaacactcaaagat 387  Q
    |||||||||| ||||||||| |  ||||| ||||||||    
6789695 gtggcactttcgatgtgtctatcttaacaatcaaagat 6789658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 172 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8610278 - 8610076
Alignment:
172 actgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactg 271  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |    
8610278 actgtgcctgcttattttaatgattctcagcggaaagccacaaaagatgctggtgtcatttctggccttaatgtaatccggattatcaatgaaccaacgg 8610179  T
272 cggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    | || || ||||||||||| ||||| || ||||| |||  ||| | |||  ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |    
8610178 ctgcggctcttgcatatggtcttcagaagagagctaattgtgtggaaaatagaaatatttttatctttgatcttggtggtgggactttcgatgtgtctgt 8610079  T
372 tct 374  Q
    |||    
8610078 tct 8610076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 68 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 8559798 - 8559492
Alignment:
68 aggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagt 167  Q
    ||||||||| ||||  ||| || ||||| ||| | ||| | |||||| ||||||| |||||||||||    |||||||||||  | ||  ||||||| ||    
8559798 aggaaaagcatcttgttgccgaagaaatatcagctatgattctcacacagatgcgagagattgcagaagcatttttggagtcgacggttgagaatgctgt 8559699  T
168 tgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaacca 267  Q
      |||| || ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| ||||  |||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||    
8559698 gattaccgtacctgcttattttaatgattctcaaagaagagccaccaaagatgcaggtgaaattgctggtcttaatgtaatgcagataatcaatgaacca 8559599  T
268 actgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgt 367  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| | |||  |||   | |  ||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |    
8559598 actgcagctgctcttgcatatggacttcaaaagagatctaattgtgttaaagagagaaatattttcatctttgatctcggtggtggaacttttgatgttt 8559499  T
368 ctcttct 374  Q
    |||||||    
8559498 ctcttct 8559492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 88 - 304
Target Start/End: Original strand, 8636066 - 8636282
Alignment:
88 gaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatt 187  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||   | | |||| ||| |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||    
8636066 gaggaaatatcgtctatggtcctgacaaagatgcgagagattgctgaggcatatctggaatcatctgtcaagaatgcagtcattactgtgcccgcttatt 8636165  T
188 ttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcata 287  Q
    | ||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||    
8636166 tcaatgattctcagcgtaaatccaccaaagatgctggtgccattgccggccttaatgtaattcggataatcaatgaaccaactgctgcagcttttgcgta 8636265  T
288 tggccttcaaaaaagag 304  Q
    ||| |||||||| ||||    
8636266 tggacttcaaaagagag 8636282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 371
Target Start/End: Original strand, 8585423 - 8585712
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||| |||    ||||||||||||  | |||| | ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
8585423 tgtgctgaggaaatatcatctatcatcctcacaaacatgaagaagattgcagagacatatttgaaatcacctgttcaaaatgcagttgtgactgtgcctg 8585522  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgccct 281  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| || ||  |    
8585523 cttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatcaatgaacccactgctgcagctat 8585622  T
282 tgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    ||||||||||||| | || | ||  ||   ||  ||  |||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
8585623 tgcatatggccttgacaacaaaggtaactgtgatggtgaacgaaatatttttgtgtttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctct 8585712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 294
Target Start/End: Original strand, 10494089 - 10494303
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||| ||||||||   | ||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||    
10494089 tttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcatatttggggtcaccagtcaagaatgctgttgttactgtgcc 10494188  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || || || ||||||||||| || || |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||     
10494189 ggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagct 10494288  T
280 cttgcatatggcctt 294  Q
     ||||||||||||||    
10494289 attgcatatggcctt 10494303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 294
Target Start/End: Original strand, 13333171 - 13333385
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   | | ||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||    
13333171 tttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgcagaggcatatatggggtcaccagtcaagaatgccgttgttactgtgcc 13333270  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||| | || || ||||| |||||||| ||||| || ||     
13333271 ggcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtgctattgctggccttaatatcattcgaataatcaatgaacctactgctgcagct 13333370  T
280 cttgcatatggcctt 294  Q
     ||||||||||||||    
13333371 attgcatatggcctt 13333385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 3147723 - 3147533
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||| ||||||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||| || ||||    
3147723 tgtgctgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgcaagactgcagaggagtttttagaattgcctgtcaagaatgcagttgttaccgtacctg 3147624  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgc 272  Q
    ||||||| |||||  |||| || ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||    
3147623 cttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctggccttaatattatgcggataatcaatgaacctactgc 3147533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 8659816 - 8659606
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||  |||||||||  | | |   |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
8659816 tttgtgcggaggaaatatcatctatggtacttacaaaaatgcgagaagttgcagagacatatctaatgtcacctgtgaagaatgctgttgttacagtgcc 8659717  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
    ||| || || ||||| ||||| ||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||| || ||     
8659716 tgcatagttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagattccggtgccattgctggccttaatgtcattcagataattaatgaacctactgctgcagct 8659617  T
280 cttgcatatgg 290  Q
     ||||||||||    
8659616 attgcatatgg 8659606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 82 - 294
Target Start/End: Original strand, 27830592 - 27830804
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || |||   | |||| | ||||| || |||||||||||  | || ||||| |    
27830592 tgtgcggaggaaatttcatcaatggtccttacaaagatgcgagagatcgcggaggcatatttgcaatcaccggttaagaatgcagtaataaccgtgccag 27830691  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgccct 281  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  || || ||||| || ||  |    
27830692 cttatttcaatgactctcaacgaaaagccactgtagattccggtgccattgctggccttaatgttatgcggataataagcgagcctactgctgcagctat 27830791  T
282 tgcatatggcctt 294  Q
    |||||||||||||    
27830792 tgcatatggcctt 27830804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 148 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8628917 - 8628771
Alignment:
148 tcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaa 247  Q
    |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| ||||| |    
8628917 tcacctgtaaaaaatgcagttgtcaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatgaatgctggtgccattgctggccttaatgtta 8628818  T
248 tgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggcctt 294  Q
    || ||||||| ||||| || ||||| || ||  ||||||||||||||    
8628817 tgaggataatcaatgaccccactgctgcagctattgcatatggcctt 8628771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8667872 - 8667658
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||| ||| |||| |||   | | ||| ||| || || |||||||| ||||||||||||||    
8667872 tttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggggtcgccggtcaagaatgccgttgttactgtgcc 8667773  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||| | |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||     
8667772 agcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgcggcagct 8667673  T
280 cttgcatatggcctt 294  Q
     ||||||||||||||    
8667672 attgcatatggcctt 8667658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 80 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 17268392 - 17268101
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | | | | || ||| | || | |||||| ||  ||||||| ||    
17268392 tttgtgcagaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaatatctagaatcatcggttatgaatgctgtcattactgtccc 17268293  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || || || ||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||  | |||| |||||||||||||| || ||     
17268292 ggcttacttcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgtcattgctggccttaatgtattgaaggtaatcaatgaaccaactgctgcagct 17268193  T
280 cttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
     ||||||||||||||   || ||| | ||   ||| | | |||| ||| ||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
17268192 attgcatatggccttggcaagagaactaactgtgttgaagaacggaatatttttgtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctct 17268101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 88 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 1301909 - 1301731
Alignment:
88 gaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatt 187  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||  | | |   |||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||    
1301909 gaggaaatatcatctatggtccttacgaagatgcgagaaattgcagagacatatctaatgtcaccagtgacaaatgctgttgttactgtgcctgcacatt 1301810  T
188 ttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaacc 266  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||    
1301809 tcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgccggtgcaattgctggccttaatgtcattcagataattaatgaacc 1301731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 80 - 294
Target Start/End: Original strand, 8671345 - 8671559
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||| ||| |||| |||   | | |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||    
8671345 tttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggagtcaccggtcaagaatgccgttgttaccgtgcc 8671444  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||  ||||| |  ||||||||| | |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||     
8671445 agcttacttcaatgattctcagcgaacggccaccattgatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagct 8671544  T
280 cttgcatatggcctt 294  Q
     ||||||||||||||    
8671545 attgcatatggcctt 8671559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 8640230 - 8640421
Alignment:
49 attgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagt 148  Q
    |||||| |||| |||||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  | |||||||| ||| |||||||||| | |||   ||    
8640230 attgttaaatacaagggtgaagagaagcgtttttgtgccgaggaaatatcatctatgatcctttcgaagatgcgagaggttgcagagaaatatttaatgt 8640329  T
149 cacct-gtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcct 239  Q
    | ||  || |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| | ||| | ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||    
8640330 ccccccgtaaagaatgcagttgttactatgcctgcttacttcaatgattatcagcaaaaagccaccatagatgccggggccattgctggcct 8640421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 166 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8654817 - 8654689
Alignment:
166 gttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaac 265  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||| || || || || |||||| | |||||||    
8654817 gttgttactgtgccggcatacttcaatgactctcagcgaaaagcaaccatagatgctggtgccattgctggacttaacgtcattcggatactcaatgaac 8654718  T
266 caactgcggctgcccttgcatatggcctt 294  Q
    | ||||| || ||  ||||||||||||||    
8654717 ctactgccgcagctattgcatatggcctt 8654689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 17260604 - 17260480
Alignment:
170 ttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaac 269  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||  ||||  ||  | ||||||||||||| |     
17260604 ttactgttcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgttattgctggcctttatgttttgaagttaattaatgaacctat 17260505  T
270 tgcggctgcccttgcatatggcctt 294  Q
    ||| || ||  ||||||||||||||    
17260504 tgctgcagctattgcatatggcctt 17260480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 39986022 - 39985889
Alignment:
157 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataa 256  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  |||| || || |||||||| |  ||||| || || ||||| ||||| || |    
39986022 aagaatgctgttgttactgtccctgcttactttaatgactcccagcgtcaagctaccaaggatgctggagttattgccggtcttaatgtcatgcgaatta 39985923  T
257 ttaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatgg 290  Q
    | ||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
39985922 tcaatgagcccactgctgctgccattgcttatgg 39985889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 245
Target Start/End: Original strand, 8017200 - 8017293
Alignment:
152 ctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgt 245  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || ||||| || ||||| || || ||  |||||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||||    
8017200 ctgtgaagaatgccgttgttacagttccagcttacttcaatgattcgcagcgtcaagccacaaaggatgccggtgtcattgcaggactcaatgt 8017293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 7542662 - 7542390
Alignment:
97 tcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgact 196  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||  || ||| ||  || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
7542662 tcatctatggtactcacaaagatgcgagaaattgctgagtcgtatttagaaacaactgtgacgaatgcagttgttactgtacctgcttattttaatgatt 7542563  T
197 ctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttca 296  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||| |    
7542562 ctcaacgaaaagccactatagatgcgggtgccattgctggcctcaatgttatgagggcaatgaatgaacctactgccgcagctgttgcatatggccttga 7542463  T
297 aaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtct 369  Q
     || ||| |  || |||  ||| | |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
7542462 caagagaactgattatgatggagagcgaaatatttttgtttttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtct 7542390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 61 - 371
Target Start/End: Original strand, 16661688 - 16661998
Alignment:
61 aagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaaga 160  Q
    |||||| |||| ||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||   ||| ||||||||   | |||||| ||||| || || |    
16661688 aagggtcaggagaagctcctttgtgccgaggaaatctcatctattgtcctcacaaacatgaaggaggttgcagaggcttatttggaatcaccggttaaaa 16661787  T
161 atgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaa 260  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || ||  || ||||||| ||    
16661788 atgcagttgtcactgttcctgcttattttaacgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctggccttaacgttgtgaggataatcaa 16661887  T
261 tgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcactttt 360  Q
    |||||| ||||| || ||  |||||||||||||| | ||||||   |||  ||  ||  || ||||| ||||  ||||||||||||| ||||| ||||||    
16661888 tgaacccactgcagcagctattgcatatggccttgacaaaagaagtaattgtgatggtgaaagaaatatttttgtctttgatcttggtggtgggactttt 16661987  T
361 gatgtgtctct 371  Q
    |||||||||||    
16661988 gatgtgtctct 16661998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 157 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 12235065 - 12234837
Alignment:
157 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataa 256  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||    
12235065 aagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgctggcctcaatgttatgagggtaa 12234966  T
257 ttaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcac 356  Q
    | || ||||| |  || || ||  |||||||||| ||| | || ||| |  ||  ||| ||| |||||||| ||||  | |||||||| |||||||||||    
12234965 tgaacgaacccatggcagccgctgttgcatatggtcttgacaagagaactgattgtgttggagaacgaaatatttttgtttttgatctcggcggtggcac 12234866  T
357 ttttgatgtgtctcttctaacactcaaag 385  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||    
12234865 ttttgatgtgtctctcctaacaatcaaag 12234837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 43625890 - 43625576
Alignment:
56 aatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacct-g 154  Q
    |||| |||||| | || |||||| ||||| | |||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||   ||| ||  |    
43625890 aatacaagggtcaagagaagcgtttttgtcctgaggaaatatcgtctatgatcctcacaaagatgcgagaggttgcagagaaatttttaatgtccccccg 43625791  T
155 tgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggat 254  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||| |||||  ||||| |||||  | ||  |    
43625790 taaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttacttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgttggtgtcattgtcggccttaatgttttacgagt 43625691  T
255 aattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggc 354  Q
    ||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| | || |||   |||  ||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||     
43625690 aatcaatgaaccaacagctgctgctctagcatacggccttaacaagagaattaattgtgttggagaacgaaatattttcatctttgaccttggtggtggt 43625591  T
355 acttttgatgtgtct 369  Q
    |||||||||||||||    
43625590 acttttgatgtgtct 43625576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 115 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 14703826 - 14703563
Alignment:
115 aagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaa 214  Q
    |||||||| || ||||| ||||  | ||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |    
14703826 aagatgcgagaaattgctgagacatatttagagtcaactgttaagaatgcagttgttacggtgcctgcttattttagtgattctcaaagaaaagccacta 14703727  T
215 aagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgt 314  Q
      ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||| || || || ||  |||||||||||||| | || ||| |  || |||     
14703726 tggatgctggtgttattgccggcctcaatgttatgagggtaatgaatgaacctacagctgcagctattgcatatggccttgacaagagaactgattatgg 14703627  T
315 cggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaaca 378  Q
     ||| |||| ||| | ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||    
14703626 tggagaacgtaatatatttgtctttgatcttggtggtggtacttttgacgtgtctctcctaaca 14703563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 80 - 369
Target Start/End: Original strand, 16657232 - 16657521
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||  |||| |||   ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
16657232 tttgtgctgaggaaatatcatctatgatccttacaaagatgcgagaagttgctgaggcatttatggagtcgcctgtcaagaatgctgttgttactgtgcc 16657331  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || ||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| || ||     
16657332 agcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaattatcaatgaacctactgctgcagct 16657431  T
280 cttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtct 369  Q
     |||||||||| ||| | || |||    ||  ||  || ||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
16657432 attgcatatggtcttgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtct 16657521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 148 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11999779 - 11999549
Alignment:
148 tcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaa 247  Q
    ||||| || |||||||  ||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||||| |    
11999779 tcaccggtaaagaatgttgttgttactgtaccagcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgccggtgcaattgctggcatcaatgtta 11999680  T
248 tgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttgg 347  Q
    |  || |||| |||||||| ||||| ||  |  |||||||||||||| | || |||||  ||  ||| ||| || ||||  ||||  |||||||||||||    
11999679 taagggtaatgaatgaacccactgctgcaactgttgcatatggccttgacaagagagctgattgtgttggagaaagaaacattttagtctttgatcttgg 11999580  T
348 cggtggcacttttgatgtgtctcttctaaca 378  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||    
11999579 cggtggcacttttgatttgtctatactaaca 11999549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 377
Target Start/End: Original strand, 12258295 - 12258593
Alignment:
79 ctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgc 178  Q
    |||||||| |||||| | |||||  ||||  | ||||||||||| || ||||| |||   | ||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
12258295 ctttgtgccgaggaagtatcatctgtggtattgacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcacccgttaagaatgcagttgttactgtgc 12258394  T
179 ctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgc 278  Q
    |||| ||||||| ||| || ||| | |||||||| | |||||  |||   |||| |||||| ||||| |||  |||| | |||||||| ||||| || ||    
12258395 ctgcatattttagtgattcacaaaggaaagccactatagatgtgggtaatattgttggcctgaatgttatgaagatattaaatgaacctactgctgcagc 12258494  T
279 ccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaac 377  Q
      |||||||||||||| | ||||||   |||  ||||| |||||| ||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
12258495 ttttgcatatggccttgacaaaagaattaattgtgtcgaaaaacggaatatttttgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaac 12258593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 97 - 362
Target Start/End: Original strand, 12245138 - 12245403
Alignment:
97 tcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgact 196  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||   | ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
12245138 tcatctatggtactaacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgctgttgttactgtacctgcttattttagtgatt 12245237  T
197 ctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttca 296  Q
    |||| |||||||| || | |||||||||  | |||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||| |    
12245238 ctcagcgaaaagcaacgatagatgctggctcaattgctggtctcaatgttatgagggtaatgaatgaacccactgctgcagctgttgcatatggccttga 12245337  T
297 aaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttga 362  Q
    ||| |||||  ||  ||| ||| || ||||  ||||  | ||||||||||| ||||||||||||||    
12245338 aaagagagctgattgtgttggagaaagaaacatttttgtgtttgatcttggtggtggcacttttga 12245403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 97 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 35132882 - 35132616
Alignment:
97 tcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgact 196  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||  |  | ||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
35132882 tcatccatggtactcacaaagatgcgagaaattgcaggca--tatttagaatcaactgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttagtgatt 35132785  T
197 ctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttca 296  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||| ||| |  |||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||| |    
35132784 ctcaacgaaaagccactatagatgctggtgctattgctggtcccaatgttatgagagtaatgaatgaacctactgccgcagcggttgcatatggccttga 35132685  T
297 aaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgt 365  Q
     || ||| |  ||  ||  ||| ||| |||| ||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||    
35132684 caagagatctgattgtgctggagaacaaaatatttttgtcttcgatcttggtggtggcacttttgatgt 35132616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 30775703 - 30775495
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||||| || |||||| || || || || ||||||||| | ||||||||||    
30775703 tgtgccgaggaaatttcatcaatagtcctcacaaatatgagagagattgcagagatgtatttggaatccccagttaaaaatgcagttatcactgtgcctg 30775604  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgccct 281  Q
    ||||||| |||||  | || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| || ||||| ||| | ||||||||||| || ||||| || ||  |    
30775603 cttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactgcagcagctat 30775504  T
282 tgcatatgg 290  Q
    |||||||||    
30775503 tgcatatgg 30775495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 80 - 294
Target Start/End: Original strand, 9335606 - 9335820
Alignment:
80 tttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||| |||||||| || || ||| | || ||||||||| | ||| |||| |||   | ||||| ||| || || |||||||| |||||||| |||||    
9335606 tttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgcggaggcatatttggggtcgccggtcaagaatgccgttgttaccgtgcc 9335705  T
180 tgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcc 279  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||     
9335706 agcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagct 9335805  T
280 cttgcatatggcctt 294  Q
     ||||||||||||||    
9335806 attgcatatggcctt 9335820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 54396802 - 54396729
Alignment:
154 gtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgc 227  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||    
54396802 gtgaagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgc 54396729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 266
Target Start/End: Original strand, 23587525 - 23587634
Alignment:
157 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataa 256  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| || || || || |||||  |||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||  || | || |    
23587525 aagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacaacgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaatta 23587624  T
257 ttaatgaacc 266  Q
    ||||||||||    
23587625 ttaatgaacc 23587634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 30775450 - 30775411
Alignment:
335 tctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
30775450 tctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctcttct 30775411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 116 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12528921 - 12528663
Alignment:
116 agatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaa 215  Q
    ||||||| |||||||||||    ||| | ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| || ||||| ||||| || || |||  |||||| ||    
12528921 agatgcgagagattgcagatgcatttcttgagtcacctgttaagaatgcagtgattacggtgccagcgtatttcaatgattcgcagcgacgagccaccaa 12528822  T
216 agatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtc 315  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||  | |     
12528821 ggatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatacggataatcaacgaaccaactgcagctgctcttgcatatggcattcaaaagagagctaattgtctt 12528722  T
316 ggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttct 374  Q
    | | |  |||   |||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
12528721 gaagagagaaggatttttatttttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctcttct 12528663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 43745298 - 43745011
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| || ||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||  |||||| | |  ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
43745298 tgtgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgtgagattgcagagacatttttgcaattgcctgtcaagaatgcagttgttactgtgccgg 43745199  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgccct 281  Q
    ||||||| ||||| | ||| || ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||  |||| |||  |||||| |||||||| ||||| || ||  |    
43745198 cttatttcaatgattatcagcggaaagccac--tagatgctggtgccattgctgggcttgatgttatgaagataatcaatgaacccactgctgcagctat 43745101  T
282 tgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    ||||||||| ||  |||| ||| | ||   |||  ||  | ||||| ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||    
43745100 tgcatatggtctggaaaagagaactaactctgtgcgaggaagaaatattttcatctttgacctgggtggtgggacttttgatgtgtctct 43745011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 15595523 - 15595308
Alignment:
49 attgttgaatataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagt 148  Q
    |||||| |||| |||||| | ||||||||  ||||||| |||||||| || || ||| | |||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||    
15595523 attgttaaatacaagggtcaagaaaagcgcttttgtgctgaggaaatatcgtctatgattctcaaaaagatgcgagaggttgcagagaaattttt--agt 15595426  T
149 cacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaat 248  Q
    | || || || |||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
15595425 ctcccgtaaacaatgcagttgttaccgtgcctgcttatctcaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcaggtgccattgctggccttaatgttat 15595326  T
249 gcggataattaatgaacc 266  Q
     ||| |||| ||||||||    
15595325 acgggtaatcaatgaacc 15595308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 371
Target Start/End: Original strand, 34466486 - 34466799
Alignment:
58 tataagggtgaggaaaagcgtctttgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtga 157  Q
    ||||||||| |||| ||||  || ||||| |||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| || | ||||||| | | |||||| |||||  | |    
34466486 tataagggtcaggagaagcacctatgtgctgaggaaatctcatctatgatcctttcaaagatgcgggatactgcagaggaatatttggaatcaccaatta 34466585  T
158 agaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataat 257  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||||||||| | ||||||||||| |||||  |||  |||||    
34466586 agaatgcagttatcaccgtgcctgcttattttaatgattctcagcgaaaagctactgtggatgctggtactattgctggccttaatgttttgcaaataat 34466685  T
258 taatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcact 357  Q
     |||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||| | || |||||  |   ||| | | || ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |||    
34466686 caatgaacccactgctgcagctattgcatatggacttgacaagagagctgactttgtggaagaaggaaatattttcgtctttgaccttggtggtgggact 34466785  T
358 tttgatgtgtctct 371  Q
    ||||||||||||||    
34466786 tttgatgtgtctct 34466799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 152 - 245
Target Start/End: Original strand, 4678345 - 4678438
Alignment:
152 ctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgt 245  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || |||||    
4678345 ctgtgaagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattgctggacttaatgt 4678438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 15595232 - 15595189
Alignment:
335 tctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctcttctaaca 378  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
15595232 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctatcctaaca 15595189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 28220402 - 28220113
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |  ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
28220402 tgtgccgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgtgagattgcagaggcctttttggaatttcctgtcaagaatgcagttattactgtgcctg 28220303  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgccct 281  Q
    ||||||| ||||| | ||| || |||||||| | |||||| ||| |||||||||| || |||||  |  ||||| | |||||||| ||||| |||||  |    
28220302 cttatttcaatgattatcagcggaaagccaccatagatgcaggtaccattgctggtctaaatgttctaaggatagtcaatgaacccactgctgctgctat 28220203  T
282 tgcatatggccttcaaaaaagagcaaataatgtcggaaaacgaaatgttttcatctttgatcttggcggtggcacttttgatgtgtctct 371  Q
    |||||||||  |  | |||||| | ||     | ||| |||||||| ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||    
28220202 tgcatatggattggacaaaagaactaactgcatgggagaacgaaatattttcatctttgacctgggtggtgggacttttgatgtgtctct 28220113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 179
Target Start/End: Original strand, 42555670 - 42555758
Alignment:
91 gaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcc 179  Q
    ||||||||||| ||| | || |||||||||||  |||||||||||   ||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||    
42555670 gaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgcaagattgcagaggcatttttggaaatgcctgtcaagaatgcagttgttactgtgcc 42555758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 82 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 28911033 - 28910852
Alignment:
82 tgtgcagaggaaatctcatccatggtcctcacaaagatgcgtgagattgcagagaagtttttggagtcacctgtgaagaatgcagttgttactgtgcctg 181  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||| ||| ||||||| || |||||||||| ||  |||||||| |  || || ||||||||| |||||||| || |||    
28911033 tgtgctgaggaaatctcatctgtggttctctcaaagattcgcgagattgcagtgacatttttggaattgcccgtcaagaatgcaattgttactttgactg 28910934  T
182 cttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatga 263  Q
     |||||| ||||| ||| |  | |||||||| | |||||||||||||||||   | || ||||| ||||||||||| |||||    
28910933 gttatttcaatgattcttagaggaaagccaccatagatgctggtgccattgtcaggcttaatgttatgcggataatcaatga 28910852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 172 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 11156631 - 11156513
Alignment:
172 actgtgcctgcttattttaatgactctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactg 271  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||  |  ||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  |||    
11156631 actgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccacccaagatgcgggtgttattgctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctg 11156532  T
272 cggctgcccttgcatatgg 290  Q
    | |||||  ||||||||||    
11156531 cagctgcaattgcatatgg 11156513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 11170887 - 11170809
Alignment:
216 agatgctggtgccattgctggcctcaatgtaatgcggataattaatgaaccaactgcggctgcccttgcatatggcctt 294  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| ||| | ||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||    
11170887 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggcctt 11170809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University