View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11718_low_33 (Length: 405)

Name: NF11718_low_33
Description: NF11718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11718_low_33
NF11718_low_33
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (14-397)||(5503042-5503425)
chr3 (14-397)||(5490229-5490612)
chr3 (14-369)||(5455052-5455407)
chr3 (14-397)||(5853845-5854228)
chr3 (14-387)||(5525879-5526255)
chr3 (21-369)||(5446500-5446845)
chr3 (1-305)||(5802239-5802540)
chr3 (14-369)||(5848572-5848927)
chr3 (21-245)||(5484842-5485066)
chr3 (1-305)||(5827907-5828208)
chr3 (16-303)||(20343674-20343961)
chr3 (276-397)||(5485070-5485191)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-369)||(25808967-25809312)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (21-167)||(34194286-34194432)
chr2 (21-90)||(34217221-34217290)
chr2 (21-90)||(34205796-34205865)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 14 - 397
Target Start/End: Original strand, 5503042 - 5503425
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503042 tgttgtcaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 5503141  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 213  Q
    |||||||||||||||| ||| |||  | |||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503142 ctcaaggctcaagctcctgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 5503241  T
Q  214 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503242 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 5503341  T
Q  314 cattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcaggaagagcatatatagcctcctaaatctgtg 397  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5503342 cattgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggaagagcatatatagcctcccaaatctgtg 5503425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 14 - 397
Target Start/End: Original strand, 5490229 - 5490612
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490229 tgttgttaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctttgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagtacagtttttcaaacacattgtcttacattc 5490328  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490329 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 5490428  T
Q  214 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 313  Q
    ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490429 gtttttcttagacatccaccagaccaatttgatgaatcccactctagttgaaattttggcatgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 5490528  T
Q  314 cattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcaggaagagcatatatagcctcctaaatctgtg 397  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  5490529 cattgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggaagagaatatatagcctcccaaatctgtg 5490612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 369
Target Start/End: Original strand, 5455052 - 5455407
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455052 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccatcatctctgatatctaaagttgcatatgcattgcaagtacagtttttcaaacacattgtcttacattc 5455151  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 213  Q
    ||||||||| ||| | |||| | |  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  5455152 ctcaaggcttaaggttttgtcaaaccacgatgctgacgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgt 5455251  T
Q  214 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 313  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||  || |     
T  5455252 gttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaattttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaa 5455351  T
Q  314 cattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcagga 369  Q
     ||||||| |||||||| | || || ||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  5455352 tattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcagga 5455407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 14 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 5854228 - 5853845
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  5854228 tgttgtcaaaccaaagtaagcagccacttccaacatatctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacactgtcatacattc 5854129  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 213  Q
    |||||||||||||||||||| | |  |||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||||||||| |    
T  5854128 ctcaaggctcaagctcttgtcaaaccacgatgctgacgtgtctggtaacttcatgtttgcgtatggtaaaaacccatctccatagacacaatttaaactt 5854029  T
Q  214 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 313  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  5854028 gttttccttacacacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatgttggaaagttattac 5853929  T
Q  314 cattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcaggaagagcatatatagcctcctaaatctgtg 397  Q
     ||||||| |||| ||| | || |||||| |||||  |||||  |||||||||||| ||| | ||||||||||| |||| ||||    
T  5853928 tattgcagttagagttgataccgcacaaggcataattatcacattggtctgcaggacgagaagatatagcctcccaaatttgtg 5853845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 14 - 387
Target Start/End: Original strand, 5525879 - 5526255
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5525879 tgttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgacatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacaatttttcaaacacattgtcttacattc 5525978  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgcca---tggagacaatttaaa 210  Q
    ||| |||||||||||||||| |||  | |||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||   | |||||||||||||    
T  5525979 ctcgaggctcaagctcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatccccatcgtcgagacaatttaaa 5526078  T
Q  211 cgtgttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatat 310  Q
     ||||||||||||  ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  5526079 ggtgttttccttacacacccactagcccaatttgacaactgccactctggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcatttacatattggaaagatat 5526178  T
Q  311 caccattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcaggaagagcatatatagcctcc 387  Q
    || |||||||  |||||||| | || ||   |||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  5526179 caacattgcaattagaattgataccacaagtgtcataaggatcacactggtctacaggacgagaagatatagcctcc 5526255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 369
Target Start/End: Original strand, 5446500 - 5446845
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 120  Q
    |||||| |||| |||||||||   ||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446500 aaaccagagtaagcagccact---accatatctgatatctaaagttgcatatgcagaacaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 5446596  T
Q  121 ctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgttttcc 220  Q
    |||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5446597 ctcaagatcttgttataccatgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttcc 5446696  T
Q  221 ttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcaccattgca 320  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||   ||||| ||||||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||  ||    ||||||    
T  5446697 ttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaattttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgca 5446796  T
Q  321 gatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcagga 369  Q
    | |||||||| | || || |||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  5446797 gttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcagga 5446845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5802540 - 5802239
Alignment:
Q  1 atgtccacaatattgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacaca 100  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5802540 atgtccataatattgtt---aaaccaaagtaagcagccactaccaccatccctgatatctgaatttgcatatgcggtgcaagaacagtttttcaaacaca 5802444  T
Q  101 ttgtcttacattcctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggag 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||   ||||| ||||| |||| |||    
T  5802443 ttgtcttacattcttcaaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgag 5802344  T
Q  201 acaatttaaacgtgttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatatt 300  Q
    |||||| ||   |||| |||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | |||| |||| ||||||||| | ||||||||||| |    
T  5802343 acaattcaattttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccacgcattcacatact 5802244  T
Q  301 ggaaa 305  Q
    |||||    
T  5802243 ggaaa 5802239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 5848927 - 5848572
Alignment:
Q  14 tgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattc 113  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5848927 tgttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagtacagtttttcaagcacagtgtcttacattc 5848828  T
Q  114 ctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgt 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||  | |||| ||| || ||||||||||||||| ||| ||||   | ||| ||||| |||  | ||||||| ||   |    
T  5848827 ctcaaggctcaagctcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgcttgtgtacttcagaaagccatccccagtgtgacaattcaatttt 5848728  T
Q  214 gttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcac 313  Q
    ||| |||| | ||||||||||||||||||  |||||| ||| | ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |     
T  5848727 gttctcctgaggcacccaccagaccaattcaatgacttccattttggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatattggaaagttattaa 5848628  T
Q  314 cattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcagga 369  Q
     ||||||| |||| ||| | || |||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  5848627 tattgcagttagagttgataccgcacaaggcataatcatcacactggtctgcagga 5848572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 5484842 - 5485066
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5484842 aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattccttaagg 5484941  T
Q  121 ctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgttttcc 220  Q
    ||||||||||||| | |  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||    
T  5484942 ctcaagctcttgtcaaaccacgatgctgacgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatcgggacaatttaaatgcgttttcc 5485041  T
Q  221 ttatgcacccaccagaccaatttga 245  Q
    |||  ||||||||| ||| ||||||    
T  5485042 ttacacacccaccaaacctatttga 5485066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5828208 - 5827907
Alignment:
Q  1 atgtccacaatattgttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacaca 100  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5828208 atgtccacaatattgtt---aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatcagaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacaca 5828112  T
Q  101 ttgtcttacattcctcaaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  | |||| ||| || ||||||||||||||| ||| ||||   ||||| ||||| |||| |||    
T  5828111 ttgtcttacattcctcaaggctcaagttcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgcttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgag 5828012  T
Q  201 acaatttaaacgtgttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatatt 300  Q
     ||||| ||   |||| ||||    ||||||||||||||||| || |||| ||| | || |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  5828011 gcaattcaattttgttctcctccgacacccaccagaccaattcgacgacttccattttgtttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatact 5827912  T
Q  301 ggaaa 305  Q
    |||||    
T  5827911 ggaaa 5827907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 303
Target Start/End: Original strand, 20343674 - 20343961
Alignment:
Q  16 ttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcct 115  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  20343674 ttgtcaaaccaaagtaagcaaccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaattacaatttttcaaacacgtcgtcttacattcct 20343773  T
Q  116 caaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgt 215  Q
     ||||||||||||||||| |||  | ||||  || || ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||| ||||||||| ||   |||    
T  20343774 gaaggctcaagctcttgtcataccatgatgccgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacttcaaaaatccatctccattgagacaattcaattttgt 20343873  T
Q  216 tttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattgga 303  Q
    | |||| |  ||||| ||||||||||  ||||||| ||| | || |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  20343874 tctcctcagacacccgccagaccaatccgatgacttccattttgattgaaattttggcgtgaaaccttccaagcattcacaaattgga 20343961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 276 - 397
Target Start/End: Original strand, 5485070 - 5485191
Alignment:
Q  276 gaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcaccattgcagatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcaggaagagca 375  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  5485070 gaaaccttccaagcattcacatattggaaagctttcgccattgcagttagaattgataccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggacgagaa 5485169  T
Q  376 tatatagcctcctaaatctgtg 397  Q
     ||||||||||| |||| ||||    
T  5485170 gatatagcctcccaaatttgtg 5485191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 25809312 - 25808967
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 120  Q
    |||||| |||| |||||||||   ||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809312 aaaccagagtaagcagccact---accatatctgatatctaaagttgcatatgcagaacaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 25809216  T
Q  121 ctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgcgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgttttcc 220  Q
    |||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  25809215 ctcaagatcttgttataccatgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttcc 25809116  T
Q  221 ttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcaccattgca 320  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||   ||||| ||||||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||  ||    ||||||    
T  25809115 ttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaattttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgca 25809016  T
Q  321 gatagaattgttgcctcacaagtcataagcatcacgctggtctgcagga 369  Q
    | |||||||| | || || |||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  25809015 gttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcagga 25808967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 167
Target Start/End: Original strand, 34194286 - 34194432
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 120  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||| | | ||| | |  || |||||| || |||    
T  34194286 aaaccaaagcaagcagccacttccaccatctctgacatctaaatttgcatatgctgtacaagaacagtttctgatacagaatcgctcacattcttcgagg 34194385  T
Q  121 ctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcat 167  Q
     ||| |||||| ||| |  | |||  |||||||||||||||||||||    
T  34194386 ttcatgctcttattaaaccaagattttgatgtatctggcaacttcat 34194432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 34217290 - 34217221
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagttt 90  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  34217290 aaaccaaagcaagcagccacttccaccatctctgacatctaaatttgcatatgctgtacaagaacagttt 34217221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 34205865 - 34205796
Alignment:
Q  21 aaaccaaagtatgcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagttt 90  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||  |||||||    
T  34205865 aaaccaaagtatgcaaccacttccaccatctctgacatctaaacttgcatatgctgtgcaattacagttt 34205796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University