View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11718_low_4 (Length: 732)

Name: NF11718_low_4
Description: NF11718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11718_low_4
NF11718_low_4
[»] scaffold0187 (3 HSPs)
scaffold0187 (1-710)||(6041-6754)
scaffold0187 (391-718)||(27085-27418)
scaffold0187 (391-710)||(16757-17082)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (399-718)||(37881714-37882033)
chr1 (416-718)||(37911659-37911965)
chr1 (389-718)||(37855486-37855821)
chr1 (496-718)||(37867674-37867898)
chr1 (294-382)||(37882035-37882130)
chr1 (222-272)||(37882174-37882224)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (658-718)||(9239670-9239730)
chr7 (589-677)||(45759321-45759409)


Alignment Details
Target: scaffold0187 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0187
Description:

Target: scaffold0187; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 710
Target Start/End: Original strand, 6041 - 6754
Alignment:
Q  1 tgaaaaatcagcaatgcagcaaccgcgttgtgtggcaacaaccttcatatatagtcttcatgtaaacagnnnnnnnnnn-----aaatcaacatttttta 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||               ||||||||||||||||    
T  6041 tgaaaaatcagcaatgcagcaaccgcattgtgtggcaacaaccttcata----gtcttcatgtaaacagtttttttttttttttaaatcaacatttttta 6136  T
Q  96 ttccatagattagagaaaatttgaagagtttagaatagcaaaagatagcaagttgcaacaagggaaactttaggttttggagggggatagtagatnnnnn 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  6137 ttccatagattagagaaaatttgaagagtttagaatagcaaaagatagcgagttgcaacaagggaaactttaggttttggagggggatagtagataaaaa 6236  T
Q  196 nnnn-tctccagcaatgactggaatataacaaccacaatgttcataatcacaatagtagcggtcttgattgcaaccacaattcgtgttttagtaattatt 294  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6237 aaaaatctccagcaatgactggaatataacaaccacaatgttcataatcacaatagtagcggtcttgattgcaaccacaattcgtgttttagtaattatt 6336  T
Q  295 ctctttattgaagatccttagcaaaaataagtaactcactaatggaatctgaatactttgcactgttctctaaattaaaactaaattacgttaatggaag 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6337 ctctttattgaagatccttagcaaaaataagtaactcactaatggaatctgaatactttgcactgttctctaaattaaaactaaattacgttaatggaag 6436  T
Q  395 caaaagacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataaataattacatcagaaaag 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  | |    
T  6437 caaaagacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataactaattacaacag--agg 6534  T
Q  495 tacaaacaaattaaaa----atggataaacagaaaagattgttcgtatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgttt 590  Q
    || |||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6535 tataaacaaattaaaagtggatggattaacagaaaagattgttcgtatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaattcgttt 6634  T
Q  591 cttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatca 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  6635 cttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaacttcctctatcttcatcacttggccatactttgttagca 6734  T
Q  691 tatgaagcattatcataata 710  Q
    || | | ||| |||||||||    
T  6735 taagcaccatgatcataata 6754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 391 - 718
Target Start/End: Original strand, 27085 - 27418
Alignment:
Q  391 gaagcaaaagacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatattta-cattacttggcatggttcacaaatgataatcaata---aataattacat 486  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||| ||  ||| ||| |||||||||||||||||   |  | |||||     
T  27085 gaagtaaaagacattaagagagaataaacatgaaatattattcatattaaacattaattatcatagtttacaaatgataatcaatagtgaccatttacaa 27184  T
Q  487 cagaaaagtacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaagattgttcgtat--cctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaat 584  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27185 cagagaggcacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaataatgttcgtatatcctactgatcaggttgaccttggcaatgaatttgagattcagaaat 27284  T
Q  585 acgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttg 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27285 acgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttg 27384  T
Q  685 ttatcatatgaagcattatcataataataccctc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27385 ttatcatatgaagcattatcataataataccctc 27418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 391 - 710
Target Start/End: Original strand, 16757 - 17082
Alignment:
Q  391 gaagcaaaagacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatattta-cattacttggcatggttcacaaatgataatcaata---aataattacat 486  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||| ||  ||| ||| |||||||||||||||||   |  | |||||     
T  16757 gaagtaaaagacattaagagagaataaacatgaaatattattcatattaaacattatttatcatagtttacaaatgataatcaatagtgaccatttacaa 16856  T
Q  487 cagaaaagtacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaagattgttcgtat--cctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaat 584  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16857 cagagaggcacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaataatgttcgtatatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaat 16956  T
Q  585 acgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttg 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  16957 acgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaacttcctctatcttcatcacttggccatactttg 17056  T
Q  685 ttatcatatgaagcattatcataata 710  Q
    ||| |||| | | ||| |||||||||    
T  17057 ttagcataagcaccatgatcataata 17082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 399 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 37882033 - 37881714
Alignment:
Q  399 agacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataaataattacatcagaaaagtaca 498  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  37882033 agacatgaagaaagaataaacttgaaagattattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataactaattacaacagagaagtaca 37881934  T
Q  499 aacaaattaaaaatggataaacagaaaagattgttcgtatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtatt 598  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37881933 tacaaattaaaaatggataaacagaaaataatgttcgtatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtatt 37881834  T
Q  599 gagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagc 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37881833 gagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagc 37881734  T
Q  699 attatcataataataccctc 718  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37881733 attatcataataataccctc 37881714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 416 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 37911965 - 37911659
Alignment:
Q  416 aaacttgaaaggttattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataaataattacatcagaaaagtacaaacaaattaaaa----a 511  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| |||||||||||||    |    
T  37911965 aaacttgaaagattattcatatttacattacttggcatggttcacaaatgataatcaataactaattacaacagag--gtataaacaaattaaaagtgga 37911868  T
Q  512 tggataaacagaaaagattgttcgtat--cctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaat 609  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911867 tggattaacagaaaataatgttcgtatatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaat 37911768  T
Q  610 gctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataat 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911767 gctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataat 37911668  T
Q  710 aataccctc 718  Q
    |||||||||    
T  37911667 aataccctc 37911659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 389 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 37855821 - 37855486
Alignment:
Q  389 tggaagcaaaagacgtgaagagagaataaacttgaaaggttattcatattta-cattacttggcatggttcacaaatgataatcaata---aataattac 484  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||   |  | ||||    
T  37855821 tggaagcaaaagacattaagagagaataaacatgaaatattattcatattaaacattacttatcatagtttacaaatgataatcaatagtgaccatttac 37855722  T
Q  485 atcagaaaagtacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaagattgttcgtat--cctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaa 582  Q
    | |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37855721 aacagagaggcacaaacaaattaaaaatggataaacagaaaataatgttcgtatatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaa 37855622  T
Q  583 atacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactt 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37855621 atacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactt 37855522  T
Q  683 tgttatcatatgaagcattatcataataataccctc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37855521 tgttatcatatgaagcattatcataataataccctc 37855486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 496 - 718
Target Start/End: Complemental strand, 37867898 - 37867674
Alignment:
Q  496 acaaacaaattaaaaatggataaacagaaaagattgttcgtat--cctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttctt 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867898 acaaacaaattaaaaatggataaacagaaaataatgttcgtatatcctactgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttctt 37867799  T
Q  594 gtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatat 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867798 gtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatat 37867699  T
Q  694 gaagcattatcataataataccctc 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37867698 gaagcattatcataataataccctc 37867674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 294 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 37882130 - 37882035
Alignment:
Q  294 tctctttattgaagatccttagcaaaaataagtaactcactaatggaa-------tctgaatactttgcactgttctctaaattaaaactaaatta 382  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| || | |||||       || ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  37882130 tctctttactgaagttccttagcaaaaaaaagtaacttacgagtggaacactttatccgaatactttgcactgttctctaaattagaattaaatta 37882035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 222 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 37882224 - 37882174
Alignment:
Q  222 aacaaccacaatgttcataatcacaatagtagcggtcttgattgcaaccac 272  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  37882224 aacagccacattgttcataatcacaatagtagcggtcatgactgcatccac 37882174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 658 - 718
Target Start/End: Original strand, 9239670 - 9239730
Alignment:
Q  658 ctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc 718  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9239670 ctgtcttcatcactaggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc 9239730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 589 - 677
Target Start/End: Original strand, 45759321 - 45759409
Alignment:
Q  589 ttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctacaccccaactgcctctgtcttcatcacttggcca 677  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||| |||||    
T  45759321 ttcttgtatcgagcaataaaagctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctaccccccatgtacctttgtcttcatcactaggcca 45759409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University