View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11718_low_6 (Length: 692)

Name: NF11718_low_6
Description: NF11718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11718_low_6
NF11718_low_6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-677)||(6475376-6476052)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 677
Target Start/End: Original strand, 6475376 - 6476052
Alignment:
Q  1 tcaaatggagagggttacacataattgttgagcgaaaaatttatttagtaaatgcatcacaaagagaaattatgtatttttgtgtaaagggcaaaaataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6475376 tcaaatggagagggttacacataattgttgagcgaaaaatttatttagtaaatgcatcacaaagagaaattatgcgtttttgtgtaaagggcaaaaataa 6475475  T
Q  101 gctgctgttaacaagatatgtatatgtacgtattgaatatagttgaatatcgaaacaacagtaggtcatctaatcaaccccggagtcattggtaagtagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6475476 gctgctgttaacaagatatgtacatgtacgtattgaatatagttgaatctcgaaacaacagtaggtcatctaatcaaccccggagtcattggtaagtagt 6475575  T
Q  201 aacataatggggttttttatagtatatcacaaagttattcacagaacttttagatgattgattgtaacaacaaaatttcacttttcttacggttatacaa 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6475576 aacataatggggtttt-tatagtatatcacaaagttattcacagaacttttagatgattgattgtaacaacaaaatttcacttttcttacggttatacaa 6475674  T
Q  301 cactgacagtcatgagctcttgcataatcttccaggttcttgactaactgtaaaccacctcaaggatcaaatgatggattttgatatcctatgtgtcaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6475675 cactgacagtcatgagctcttgcataatcttccaggttcttgactaactgtaaaccacctcaaggatcaaatgatggattttgatatgctatgtgtcaca 6475774  T
Q  401 caatctattgtagctcatatgatgaaaaagagaaacctgatcttccatcatttgtggctttcaactcaagcttctgaaatgggctgc-aaggatccatga 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6475775 caatctattgtagctcatatgatgaaaaagagaaacctgatcttccatcatttgtggctttcaactcaagcttctgaaatgggctgcaaaggatccatga 6475874  T
Q  500 gttttatgtcaaaaactttcttaagatctataaaagagaatgaatgataacgaaataaagtgactcctccaaagtgaagaatgtaaatctaacgcagttt 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6475875 gttttatgtcaaaaactttcttaagatctataaaagagaatgaatgataaagaaataaagtgactcctccaaagtgaagaatgtaaatctaacgcggttt 6475974  T
Q  600 gttatatacatccatgcatgttatcagaatccaagtcattgatttttcaataaactagttataaatctggaaatgtga 677  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6475975 gttatatacatccatgcatgttatcataatcaaagtcattgatttttcaataaactggttataaatctggaaatgtga 6476052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University