View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11719_low_2 (Length: 655)

Name: NF11719_low_2
Description: NF11719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11719_low_2
NF11719_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-638)||(10754707-10755329)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (41-634)||(2989803-2990396)
chr8 (42-635)||(2710342-2710932)
chr8 (122-635)||(2980779-2981292)
chr8 (124-635)||(9850153-9850664)
chr8 (42-635)||(3002792-3003382)
chr8 (122-554)||(2910304-2910736)
chr8 (122-418)||(2915398-2915694)
chr8 (123-623)||(13791825-13792325)
chr8 (123-591)||(3281601-3282069)
chr8 (240-418)||(3141433-3141611)
chr8 (252-505)||(3173019-3173268)
chr8 (122-608)||(3169344-3169830)
chr8 (23-85)||(2915731-2915793)
chr8 (443-583)||(2915233-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (41-634)||(18356203-18356796)
chr6 (331-411)||(6124507-6124587)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (121-599)||(46008-46486)
scaffold0065 (42-79)||(51095-51132)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (122-420)||(3918417-3918715)
chr7 (240-348)||(7157318-7157426)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 10755329 - 10754707
Alignment:
Q  16 gtgtagatgacccttatactttaaaaggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgataccgttggagtagtaaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10755329 gtgtagatgacccttatactttaaaaggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgattccgttggagtagtaaa 10755230  T
Q  116 ccaggatcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755229 ccaggatcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagtaccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaa 10755130  T
Q  216 gaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755129 gaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgt 10755030  T
Q  316 cacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggtta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755029 cacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggtta 10754930  T
Q  416 tcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754929 tcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaat 10754830  T
Q  516 gatgatggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaa 615  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754829 gacgatggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcatgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaa 10754730  T
Q  616 aaagatgtctaggaagacctctg 638  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10754729 aaagatgtctaggaagacctctg 10754707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 634
Target Start/End: Original strand, 2989803 - 2990396
Alignment:
Q  41 aggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgataccgttggagtagtaaaccaggatcttgaatcaataggtaag 140  Q
    |||||| ||| ||||| |||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||    |||||   |||||||||||| ||||||    
T  2989803 aggtttaactccagaaaaatcatgggttttgttcaagaatattgtctttggggatgttactgttggagtg---aaccaacctcttgaatcaattggtaag 2989899  T
Q  141 aagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgc 240  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  2989900 aagatagcagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaagtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatgtcttac 2989999  T
Q  241 aaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgc 340  Q
    ||||||| |  |||| ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  2990000 aaggtgaatgttggaaattgtgtgatggtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatgttttgc 2990099  T
Q  341 ttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaa 440  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||    
T  2990100 ttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaaaatcaa 2990199  T
Q  441 tgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggtttta 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2990200 tgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaaattttaatgatgatggtgatgtaactggtttta 2990299  T
Q  541 aaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaat---agtaaggaaaaaagatgtctaggaagacc 634  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||   ||||||| ||| | |||| ||||||||||    
T  2990300 aaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggattcaagtaaggcaaacaaatgtttaggaagacc 2990396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 2710932 - 2710342
Alignment:
Q  42 ggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgataccgttggagtagtaaaccaggatcttgaatcaataggtaaga 141  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||  ||||||| || |||||||    |||||   ||||||| |||| || ||||    
T  2710932 ggtttaactccagaagaatcttggggtttgttaaagaatattacctttccggatgatgccattggagtg---aaccaaactcttgaaccaattggaaaga 2710836  T
Q  142 agatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgca 241  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||  || |||| | ||||||| ||    
T  2710835 agatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcactgggaggcatattacgaagtaaaagggaagaaagggagtggatcgatgtcttaca 2710736  T
Q  242 aggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgct 341  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  2710735 aggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttacaataacttgtcgcctcaacaaagacaatgttttgct 2710636  T
Q  342 tattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaat 441  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | | |||    
T  2710635 tattgctctatatttcctcaagattggaaattgaagaaggatgagttaattcaaatgtggatagcacaaggatatcttggatgttcagttgaagagcaat 2710536  T
Q  442 gcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaa 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  2710535 gcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgatgaattcattcttccaagatgcagaattgaatgacgatggtgatgtatctggttttaa 2710436  T
Q  542 aatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacct 635  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2710435 aatgcatgatttaatgcacgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtagggcaaaaagatgtctaggaagacct 2710342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 122 - 635
Target Start/End: Original strand, 2980779 - 2981292
Alignment:
Q  122 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 221  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||      
T  2980779 tcttgagtcaattggtgagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaataagatcattgggaggcatattacaaagcaaaagggaagaaagg 2980878  T
Q  222 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 321  Q
    || ||||   | ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  2980879 gagtggattgaagtcttacaaggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcttgccagtcctaagattgagttactataacttgtcacctc 2980978  T
Q  322 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 421  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2980979 aacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttccccaggattggaaatttatgaaggatgaattaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttga 2981078  T
Q  422 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgat 521  Q
      ||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||    
T  2981079 cggttcagttgaaaagcaatgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaacaatgaattaccat 2981178  T
Q  522 ggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagat 621  Q
    |||||| ||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  2981179 ggtgatatagatggttttaaaatgcacgatttaatgcacgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtaaggcaaaaagat 2981278  T
Q  622 gtctaggaagacct 635  Q
    ||||||||||||||    
T  2981279 gtctaggaagacct 2981292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 124 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 9850664 - 9850153
Alignment:
Q  124 ttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattga 223  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||    
T  9850664 ttgaatcaattggtaggaagatagcggaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcgttaggaggcatattacaaagtaaaagtgaagaaaggga 9850565  T
Q  224 atggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaa 323  Q
    || ||   ||||| | |||||  | || ||||  || || || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9850564 attgattgatgtcctacaaggaaatttttggaacttgtgtgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcgcctcaa 9850465  T
Q  324 caaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggtt 423  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||  |    
T  9850464 caaagacaatgttttgcttattgctctttatatcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttgattcgaatgtggatggcgcatggttatcttgact 9850365  T
Q  424 gttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatgg 523  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  9850364 gttcagttgaagggaagagcatggaagatgttggtaaccaatttgttaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaataaagatgg 9850265  T
Q  524 tgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgt 623  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  9850264 tgatataaatggttttagaatgcatgatttgatgcacgatcttgcaacacaagtagctggaaacgattgttgttacttggatagtacggcaaaaagatgt 9850165  T
Q  624 ctaggaagacct 635  Q
    | ||||||||||    
T  9850164 ccaggaagacct 9850153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 42 - 635
Target Start/End: Original strand, 3002792 - 3003382
Alignment:
Q  42 ggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgataccgttggagtagtaaaccaggatcttgaatcaataggtaaga 141  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||    || ||   |||||| ||||| |||||||    
T  3002792 ggtttgactccagaagaatcatgaagtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtg---aatcaaactcttgagtcaattggtaaga 3002888  T
Q  142 agatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgca 241  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  ||||||| | ||||||| ||    
T  3002889 agatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagataattgggaggcatattacaaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttaca 3002988  T
Q  242 aggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgct 341  Q
    |||||| || |||| ||| || || ||| |   || |||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||  |||||||||||    
T  3002989 aggtgaattttggaaattgtgtgaggataacggtaccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgct 3003088  T
Q  342 tattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaat 441  Q
    |||||  |||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||   | | |    
T  3003089 tattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcact 3003188  T
Q  442 gcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaa 541  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||   | ||||||    
T  3003189 gcatggaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgatatacaagattttaa 3003288  T
Q  542 aatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatgtctaggaagacct 635  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||  |||||||| | |||||||||||    
T  3003289 aatgcatgatttaatgcatgatctcgcaacacaagtagctggcactgattgttgttacttggataataagtcaaaaagatttataggaagacct 3003382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 122 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 2910736 - 2910304
Alignment:
Q  122 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 221  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||  |||||||||  || |||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | | |||| |||||| ||| |    
T  2910736 tcttgaatcaattggtatggagatagcagaaaagtgcagtggggttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaggtaagagtaaacaaagt 2910637  T
Q  222 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 321  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2910636 gaatggaacaatgtcttacaaggtgacttttggagattatgccaagacgaaaatagcatcgtgccggttctgaaactgagttaccaaaacttgtcacctc 2910537  T
Q  322 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 421  Q
    |||| ||  |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||| | || || ||||||||||||||||     
T  2910536 aacagagacaatgttttgcatattgctctatatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagttgattcaactatgcattgcacaaggttatcttga 2910437  T
Q  422 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgat 521  Q
    ||| ||   ||| |   |   ||  |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||| || |||| |||    
T  2910436 ttgctcgcctgaagttgagctcaatgaagatattggtaaccaattcgtgaaaattttcttgacaaagtcattttttcaagatgcgaaaatggatgaagat 2910337  T
Q  522 ggtgatgtaattggttttaaaatgcatgattta 554  Q
    |||||| ||  | |||| |||||||||||||||    
T  2910336 ggtgatatatatagtttcaaaatgcatgattta 2910304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 122 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2915694 - 2915398
Alignment:
Q  122 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 221  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||  |||| |||| |||||||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | ||||||||||||||| | |    
T  2915694 tcttgaatcaattggtatggagatagcagaaaaatgcagaggagttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaagtaaaagtaaagagagt 2915595  T
Q  222 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || |  |||||||| ||||    
T  2915594 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggttctgaaactgagctatcgaaacttgtcgcctc 2915495  T
Q  322 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 418  Q
    | || ||  |||| ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||    
T  2915494 agcacagacaatgctttgcatattgctccgtatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagtggattcagctgtgcatggcacaaggttatct 2915398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 123 - 623
Target Start/End: Original strand, 13791825 - 13792325
Alignment:
Q  123 cttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattg 222  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||  |||||||||  ||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || | | ||| |||||| ||||||  |    
T  13791825 cttgaatcaattggtataaaaatagcagaaaagtgcatgggagttccactagcaattagaactttgggaggcttactgcaaaggaaaagtgaagaaaggg 13791924  T
Q  223 aatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctca 322  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||  || | ||||||  | |  |||| ||||| |||||||| |  ||||| | |||    
T  13791925 aatggatcgatgtcttacaaggtgacttttgggaattatgcgaagacaaagaaagcatctcgtcaatcctgaaatttagttaccaaagtttgtcgcttca 13792024  T
Q  323 acaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggt 422  Q
    |   ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||      
T  13792025 attgagacaatgttttgcttattgctctttatatcccaaggattgggaaattgagaaggatgcgttgattcaactttggatggcacagggttatcttgaa 13792124  T
Q  423 tgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatg 522  Q
    ||  ||| |||     ||  |||||||||||  |||||  ||||||| || ||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||| ||  ||  ||||    
T  13792125 tgcacagatgaaaaacaactcatggaagatgccggtaacgaatttgtgaagattttgttgataaagtcatttttccaagatgcaaaagtgggtggagatg 13792224  T
Q  523 gtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagtaaggaaaaaagatg 622  Q
    | ||| || || |||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||    
T  13792225 gagatatagttagtttcaaaatgcataatttaatgcatgatcttgcaatgaaagtagctggcaatgattgttgttacttggatagtgaggcagaaagatg 13792324  T
Q  623 t 623  Q
    |    
T  13792325 t 13792325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 123 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 3282069 - 3281601
Alignment:
Q  123 cttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattg 222  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||  |||||||||  ||||||||| | ||||||| | ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||  |    
T  3282069 cttgaatcaattggtaaaaaaattgcagaaaagtgcatgggagttccactagcaattaaaacattgggaggcctattacagagtaaaagcaaagaaaggg 3281970  T
Q  223 aatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctca 322  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || || |||  || ||| ||||| ||||| |||||||||  | |||| | |||| ||||||| |  ||||| | ||     
T  3281969 aatggatcaatgtcttacaaggcgaattttgggaatcatgtgaagacgaaaaaagcatcatgttgatcctgacattgggttaccaaagtttgtcgcttcg 3281870  T
Q  323 acaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggt 422  Q
        ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||  ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||      
T  3281869 gttgagacaatgttttgcttattgctctctatttcctaaggattgggaaatcgagaaggatatgttgattcaactttggatggcacaaggttatcttgaa 3281770  T
Q  423 tgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatg 522  Q
    || |||| ||      ||  | |||||||||| |||||  ||||||| || ||| ||||||  || ||||| |||||||||||||||  |  ||| ||||    
T  3281769 tgctcagatggtaaacaactcctggaagatgtcggtaacgaatttgtgaagattctcttgataaagtcatttttccaagatgcaaaagagggtgaagatg 3281670  T
Q  523 gtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatt 591  Q
    ||||  || || |||| ||||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  3281669 gtgagttagttagtttcaaaatgcacaatttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggtaatgatt 3281601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 240 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 3141611 - 3141433
Alignment:
Q  240 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 339  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  3141611 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccggtgttgaaactgagttaccaaaacttgtctcctcaactacggcaatgttttg 3141512  T
Q  340 cttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 418  Q
    | || |||||||||| | |||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3141511 cctactgctctttatatactaaagattggaaaatagagaaggatgagttgattcaactatggatggcacaaggttatct 3141433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 252 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 3173268 - 3173019
Alignment:
Q  252 tggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctt 351  Q
    |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||  |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  3173268 tggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttacctaaacttgtcacctcaactaagacaatgttttgcttactgctctt 3173169  T
Q  352 tatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaaga 451  Q
    ||| ||| |||||||||| | | |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||  | ||||| |   || || |  ||||||||    
T  3173168 tatatcccaaggattggagaatagagaagcatgagttgattcaactgtgggtggcacaaggttactttgaattttcaggt---ggaaagtttatggaaga 3173072  T
Q  452 tgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc 505  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  3173071 tattggtaa-caatttgtaaatattttcttgatgaagtcatttttccaagatgc 3173019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 122 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 3169830 - 3169344
Alignment:
Q  122 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 221  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||   ||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| | |||| |    
T  3169830 tcttgaaactattggtaagaagatagctgtaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacactaggaggccttttacaaggtaaaagtgatgaaact 3169731  T
Q  222 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 321  Q
    ||||||     ||| || |||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  3169730 gaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaagttatgtgaagaagaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttaccataacttgtcacccc 3169631  T
Q  322 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 421  Q
    |||  ||  |||||||||| || ||  || ||| |||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  3169630 aacttagacaatgttttgcatactgtgctatatatcctaaggattggaaaatacataagcatgagttaattcatttgtggatggcacaaggttatcttga 3169531  T
Q  422 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatg-caaaattgaatgatga 520  Q
     ||||| | | |    ||    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| | ||| |||  | ||     
T  3169530 atgttcggctaaaaaaaagctgatggaagatattggtaaccaattcgtaaatattttcttgatgaagtcatttttgcaagatgtcgaaactgatagttg- 3169432  T
Q  521 tggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaatagt 608  Q
    ||||||| ||    |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||| || ||||||| ||||||| || |||||    
T  3169431 tggtgatatacacagtttcaaaatgcatgatttaatacatgatcttgcaatggaagtagccggtaatgattgttgttacctggatagt 3169344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 2915793 - 2915731
Alignment:
Q  23 tgacccttatactttaaaaggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgt 85  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  2915793 tgacccttatgctttgaatggtttgactccagaagaatcatggggtttgttaaagaacattgt 2915731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 443 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 2915373 - 2915233
Alignment:
Q  443 catggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaa-aattgaatgatgatggtgatgtaattggttttaa 541  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || || | ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||| || ||  | |||| ||    
T  2915373 catggaagatgctggtaaccaattcgtgaagaatttcttgacaaagtcatttttccaagatgcaagaattgacgga-gatggtaatatacatagtttcaa 2915275  T
Q  542 aatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctgg 583  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||   ||||||||||    
T  2915274 aatgcatgatttaatgcatgatctcgcaatgcaagtagctgg 2915233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 634
Target Start/End: Original strand, 18356203 - 18356796
Alignment:
Q  41 aggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaagattgtctttggggatgataccgttggagtagtaaaccaggatcttgaatcaataggtaag 140  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||| |||||| ||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||    |||||   |||||||||||| ||||||    
T  18356203 aggtttaactccagaagaatcatgggttttgttcaagaatattacctttggggatgttactgttggagtg---aaccaacctcttgaatcaattggtaag 18356299  T
Q  141 aagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgc 240  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  18356300 aagatagtagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaggtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatgtcttac 18356399  T
Q  241 aaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgc 340  Q
    |||| || || |||| ||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18356400 aaggagaattttggaaattgtgtgatcgtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatgttttgc 18356499  T
Q  341 ttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaa 440  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||    
T  18356500 ttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaaaagcaa 18356599  T
Q  441 tgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgatggtgatgtaattggtttta 540  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  18356600 tgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaaaattttcttgaagaattcattcttccaagatgcagatttgaatgttcatggtgatgtaactggtttta 18356699  T
Q  541 aaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttacttgaat---agtaaggaaaaaagatgtctaggaagacc 634  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||   ||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  18356700 aaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaacacaagtagctggcaatgattgttgttacttggattcaagtaaggcaaaaaaatgtttaggaagacc 18356796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 331 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 6124587 - 6124507
Alignment:
Q  331 aatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaag 411  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| ||||| || |||| || |||| ||| ||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  6124587 aatgtttcgcttattgctccatatatcctatgggttgggaaattgaaaagaatgagttgattcaattatggatggcacaag 6124507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 121 - 599
Target Start/End: Original strand, 46008 - 46486
Alignment:
Q  121 atcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaat 220  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| |||| |||||| | |||| | |||||||| ||||||     
T  46008 atcttgaagcaattggtaagaagatagctgaaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacattaggaggccttttacaaggtaaaagtgaagaaac 46107  T
Q  221 tgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacct 320  Q
     ||||||     ||| || |||| |||||| |||| |||||| ||||| ||| | | ||||||||| ||  | ||| |||||||||| ||||| || |||    
T  46108 ggaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaaccatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttatcgcct 46207  T
Q  321 caacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 420  Q
    |||| |||  |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46208 caactaagacaatgtttttcttactgctctttatatcctaaggattgggaaataaaaaaggatgagttgattcaactgtggatggcacaaggttatcttg 46307  T
Q  421 gttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc-aaaattgaatgatg 519  Q
      ||||||  | |     |  |   ||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  46308 aatgttcaactcaaaaacagggtccggaagatattggtaaccaattcgtaaagattttcttgatgaagtcattcttccaagatgctaaaattg-atgatt 46406  T
Q  520 atggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcacgatcttgcaacagaagtagctggcaatgatttttgttac 599  Q
     ||||||| ||  | |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||   || |||| |||||||||| |||||||    
T  46407 gtggtgatatatgtagtttcaaaatgcatgatttaatgcatgatcttgcaatgcaaatagccggcaatgattgttgttac 46486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 79
Target Start/End: Original strand, 51095 - 51132
Alignment:
Q  42 ggtttgacttcagaagaatcttggggtttgttgaagaa 79  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  51095 ggtttgacttcagagaaatcttggggtttgttgaagaa 51132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 122 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 3918715 - 3918417
Alignment:
Q  122 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 221  Q
    |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| |||||  |    
T  3918715 tcttgaatcaatcggcaagaagatagcagaaaagtgcactggggttccactagcaataagaacactaggaggcctgttacaaggtaaaagtgaagaatgt 3918616  T
Q  222 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 321  Q
    |||||||   |||| || ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || |||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  3918615 gaatggattgatgttttacaaggtgacttttggaaattatgtgaagatgaagaaagtatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttgtcgcctc 3918516  T
Q  322 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 420  Q
    |||   |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3918515 aactgcgacaatgttttgcttattgctctttatatcctaaggattgggatatagagaaggatgaattgatacaattgtggatggcacatggttatcttg 3918417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 240 - 348
Target Start/End: Original strand, 7157318 - 7157426
Alignment:
Q  240 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 339  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||  | ||| |||||||||| | |||||| ||||||   ||  |||||||||    
T  7157318 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagatagcattatgccagtgttgaaactgagttaccaaagcttgtctcctcaaatgagacaatgttttg 7157417  T
Q  340 cttattgct 348  Q
    |||| ||||    
T  7157418 cttactgct 7157426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University