View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11720_low_2 (Length: 777)

Name: NF11720_low_2
Description: NF11720
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11720_low_2
NF11720_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-777)||(54212142-54212901)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 777
Target Start/End: Original strand, 54212142 - 54212901
Alignment:
Q  18 acatcaataaagtagtctaacacttgggaaagttggcgaggcgagaagattttaaattgaattctcaccgtggatgtgaagcaaatccaagagtgaaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54212142 acatcaataaagtagtctaacacttgggaaagttggcgaggcgagaagattttaaattgaattctcaccgtggatgtgaagcaaatccaagagtgaaaag 54212241  T
Q  118 atgaatagaaccagaagaactagtggctgcaagaatatctggaagctgctttgatggcccaaaggacagagaaaatatggtagatgaatatgaacccctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54212242 atgaatagaaccagaagaactagtggctgcaagaatatctggaagctgctttgatggcccaaaggacagagaaaatatggtagatgaatatgaacccctt 54212341  T
Q  218 cggaagctatatgactgcaataaaaacatttgtcagattctacacctgaagtaaaattgcaacagatataatatcaaaagcataaacaactgtgaatgtc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54212342 cggaagctatatgactgcaataaaaacatttgtcagattctacacctgaagtaaaattgcaacagatataatatcaaaagcataaacaactgtgaatgtc 54212441  T
Q  318 tcatccatgaatgaccttgaagccaaagaatggaaaccnnnnnnncgagcattataaatcaagaaagttttgtcctatataagctcaaggtcaatactat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54212442 tcatccatgaatgaccttgaagccaaagaatggaaaccaaaaaaacgagcattataaatcaagaaagtattgtcccatataagctcaaggtcaatactat 54212541  T
Q  418 tagtaaagggcctctaagtgcgtttgctatgacttcaatttaaagtgacttctagaggattgcacccatatttgattcaatagaaaattctaaccaagat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54212542 tagtaaagggcctctaagtgcgtttgctatgacttcaatttaaagcgacttctaaaggattgcacccatatttgattcaatagaaaattctaaccaagat 54212641  T
Q  518 catattgtttgcagcatcaaagagagaaaaaacacaggaagacacaagcagtaatggctaataataccactaatatctcttatcagtattaaatacataa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54212642 catattgtttgcagcatcaaagagagagaaaacacaggaagacacaagcagtaatggctaataataccactaatatctcttatcagtattaaatgcataa 54212741  T
Q  618 attcatcacctttgttgcatctgataccaaatgaactctgaccaaggttccttgctcggatgctgtagctatatacattccgttagaagaaaagaccatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54212742 attcatcacctttgttgcatctgataccaaatgaactctgaccaaggttccttgctcggatgctgtagctatatacattccgttagaagaaaagaccatt 54212841  T
Q  718 gcagccagtggtgaacgatgagcctcgatctgtatctcagattcaataataacgaccatc 777  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54212842 gcagccagtggtgaacgatgagcctcgatctgtatctcagattcaataataatgaccatc 54212901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University