View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11721_low_6 (Length: 796)

Name: NF11721_low_6
Description: NF11721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11721_low_6
NF11721_low_6
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-787)||(39095221-39095990)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 787
Target Start/End: Original strand, 39095221 - 39095990
Alignment:
Q  18 ctttcagttatattcacatcattgccatctaattttgaagaattcatcaaatgggttgcagagatcaggaggcgagaggatggcgattcaagtttaagcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39095221 ctttcagttatattcacatcattgccatctaattttgaagaattcatcaaatgggttgcagagatcaggaggcgagaggatggtgattcaagtttaagcg 39095320  T
Q  118 cagaagagaaaacaaggctcgctgtcaaggtttaatatgtttcatctcaactagtcgtggtttattcattttactcttctttctctcatcacatgtttaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095321 cagaagagaaaacaaggctcgctgtcaaggtttaatatgtttcatctcaactagtcgtggtttattcattttactcttctttctctcatcacatgtttaa 39095420  T
Q  218 cttttttggttatgcaggaagaggtattgggacaggtgcaggaaacgagacttttcaaacacgtgtcctcttttctgtcaagttcttgtggaagacagaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095421 cttttttggttatgcaggaagaggtattgggacaggtgcaggaaacgagacttttcaaacacgtgtcctcttttctgtcaagttcttgtggaagacagaa 39095520  T
Q  318 actaacttcaggtgatggagacaccttacctgccattgccgcaagtgtttgttgccaaggagcagaaattttagatggaaaacttagctcatcggcagca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095521 actaacttcaggtgatggagacaccttacctgccattgccgcaagtgtttgttgccaaggagcagaaattttagatggaaaacttagctcatcggcagca 39095620  T
Q  418 tattgctgtccagaaacatgtacaaaatgttggaatgctgaagatgacaaatcaataacaatggttagtggaactgtggtaaatggtaacactgagcaag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095621 tattgctgtccagaaacatgtacaaaatgttggaatgctgaagatgacaaatcaataacaatggttagtggaactgtggtaaatggtaacactgagcaag 39095720  T
Q  518 gggttgatgtgctgattccttcatcttctgggaaattgtgctgcacttgctctagcaaaaagaatattaggatgcatccagctagcactgatgttctaac 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095721 gggttgatgtgctgattccttcatcttctgggaaattgtgttgcacttgctctagcaaaaagaatattaggatgcatccagctagcactgatgttctaac 39095820  T
Q  618 agtgcttatactgtcgttaccatctacaacatgggctggcatcacagataatcagcttttggcggaaattcatgacctggtttcaactgaaaatctttct 717  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095821 agtgcttatactgtccttaccatctacaacatgggctggcatcacagataatcagcttttggcggaaattcatgacctggtttcaactgaaaatctttct 39095920  T
Q  718 actttgcttcaagaagaggtaattttctttcannnnnnnngtttaattttctgtctactcctttgcttct 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39095921 actttgcttcaagaagaggtaattttctttcattttttttgtttaattttctgtctactcctttgcttct 39095990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University