View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11722_high_3 (Length: 673)

Name: NF11722_high_3
Description: NF11722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11722_high_3
NF11722_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-657)||(33353534-33354183)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 657
Target Start/End: Original strand, 33353534 - 33354183
Alignment:
Q  11 caaaggatatcaaatagtcaggaacttaacctttggttgaagacgctgaatgatgatcttcatgaagccgaggacttgattgatgaagtttgcaccaaag 110  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33353534 caaaggatatcaaataatcatgaacttaacctttggttgaagacgctgaatgatgatcttcatgaagccggggacttgattgatgaagtttgcaccgaag 33353633  T
Q  111 atttgtctcgtagagtgatgaccaaacttaagaatttcaaaaagttccacattttcttctcatcatccaaccatattgggttttatctgataatggcttt 210  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33353634 atttgtctcgtaaggtgatgaccaaacttaagaatttcaaaaagttccacattttcttctcatcatccgaccagattgggttttatctgataatggcttt 33353733  T
Q  211 caaacttaaggatatgatga---tgtttcatgaccttaatgttggtaagagagtgtttaattttttaagacacactcctagcaaactgattattaaccaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33353734 caaacttaaggatatgatgaagatgtttcatgaccttaatgctggtaagagagtgtttaattttttaagacacactcctaacaaactgattattaaccaa 33353833  T
Q  308 agaaacactaaccccttaatttatgagcacatgttattggaagagttgtcaagaagaacatgttgctaacgtggttgttgaactttaaagccgagttaga 407  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33353834 agaaacattaaccccttaatttatgagcatatgttattggaagagatgtcatgaagaacatgttgctaacgtggttgttgaactttaaagccgagttaga 33353933  T
Q  408 aacaacaatttcagctattacagtagttggaattggtgggattggcaagactatacttgcattctctaatcctattgtccaagagcattttcagttcaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33353934 aacaacaatttcagctattacagtagttggaattagtgagcttagcaagactatacttgcattctctaatcctattgtccaagagcatttttagttcaaa 33354033  T
Q  508 agtgagtgtgcaatgcggataatttttctggttttgatgcagacagtattgctgcaaagatttttggatgtaataataatgttgacatgaaactcgtgct 607  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33354034 agtgggtgtgcaatgcagataatttttctggttttgatgcagacagtattgctgcaaagatttttgggtgtaataataatgttgacatggaactcgtgct 33354133  T
Q  608 cgagaaacttaaacataaaatagatagacttggatgtttgatcttattgg 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33354134 cgagaaacttaaacataaaatagatggacttggatgtttgatcttattgg 33354183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University