View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11723_high_2 (Length: 829)

Name: NF11723_high_2
Description: NF11723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11723_high_2
NF11723_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-819)||(38919215-38920016)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 819
Target Start/End: Original strand, 38919215 - 38920016
Alignment:
Q  18 atcacaaacatcgcttttggtattcaactcaannnnnnnagctgtggtggaattgcaatcggtgcttgtctttcacatcaaatagctgatggtttatcat 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919215 atcacaaacatcgctttcggtattcaactcaatttttttagctgtggtggaattgcaatcggtgcttgtctttcacatcaaatagctgatggtttatcat 38919314  T
Q  118 ttttcaatttcctcaatagttgggcaaatattactagaaaattgatttttccaaaacctatttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919315 ttttcaatttcctcaatagttgggcaaatattactagaaaattgatttttccaaaacctatttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttc 38919414  T
Q  218 gggatttgaccctagaagtggtatcgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttttaatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919415 gggatttgaccctagaagtggtatcgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttttaatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatatt 38919514  T
Q  318 aattttaatcctacacgcgttgaggctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgatgttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtgg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919515 aattttaatcctacacgcgttgaggctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgatgttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtgg 38919614  T
Q  418 ttcatgcggtgaatttgcgccaaaaaatggaaccatcattacctttagaatcgtttggtaactatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919615 ttcatgcggtgaatttgcgccaaaaaatggaaccaccattacctttagaatcgtttggtaactatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatag 38919714  T
Q  518 tggagaagagtgttacgggttagcgaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataaagaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919715 tggagaagagtgttacgggttagcgaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataaagaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttg 38919814  T
Q  618 gaatttcttaaggaaagttttgatagagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaattttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919815 gaatttcttaaggaaagttttgatagagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaattttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgatt 38919914  T
Q  718 ttggttgggggaaacctatttgggttggttcaactgctttgaattttaagaatttggttgtgtttgttgattgtaaggatgggggtggtattgaggccta 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919915 ttggttgggggaaacctatttgggttggttcaactgctttgaattttaagaatttggttgtgtttgttgattgtaaggatgggggtggtattgaggccta 38920014  T
Q  818 tg 819  Q
    ||    
T  38920015 tg 38920016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University