View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11723_high_4 (Length: 762)

Name: NF11723_high_4
Description: NF11723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11723_high_4
NF11723_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-744)||(33442759-33443495)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 744
Target Start/End: Original strand, 33442759 - 33443495
Alignment:
Q  8 cacgttggagaaggaacttgagatacggaaggaggagatggactatagccgtcagtatgcagatgcatcacacaaacaatatcttgagagttctcagaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33442759 cacgttggagaaggaacttgagatacggaaggaggagatggactatagccgtcagtatgcagatgcatcacacaaacaatatcttgagagttctcagaaa 33442858  T
Q  108 gcctcaaagttagaagccgagtgtcagagactccgcctcgtgattcaaaaaagatctcccggtcttgctggttcggtgaataggaagaatgaaatcggaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33442859 gcctcaaagttagaagccgagtgtcagagactccgcctcgtgattcaaaaaagatctcccggtcttgctggttcggtgaataggaagaatgaaatcggaa 33442958  T
Q  208 caatgagaaaagagacaggtatggtaagaaagaagttaaatcctaatagggacatgctttacaaaaataatgatgttggaaactctacacgagtatccca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33442959 caatgagaaaagagacaggtatggtaagaaagaagttaaatcctaatagggacatgctttacaaaaataatgatgttggaaactctacacgagtatccca 33443058  T
Q  308 aaagagtatcggcttgatgatcaaacatatacaggatatggatgaagaaaacaaggctctcaaaagaattttaaacgagaaaaactctgaactagattct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33443059 aaagagtatcggcttgatgatcaaacatatacaggatatggatgaagaaaacaaggctctcaaaagaattttaaacgagaaaaactctgaactagattct 33443158  T
Q  408 tcaagatttatgtatggtgaaacagcatccaggttgtcacaggctgagattcttcttagaaaattttctgaaaattacaagtccatggaactagcaaggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33443159 tcaagatttatgtatggtgaaacagcatccaggttgtcacaggctgagattcttcttagaaaattttctgaaaattacaagtccatggaactagcaaggt 33443258  T
Q  508 gttatcctacatcaaatgaacttccttcaatgtcaaattttgacatttctagtgatgatgaggctatctcttctggatcctgggcaaatgctcttatttc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33443259 gttatcctacatcaaatgaacttccttcaatgtcaaattttgacatttctagtgatgatgaggctatctcttctggatcctgggcaaatgctcttatttc 33443358  T
Q  608 ggaacttgaatatttacgagtttcggaggctaaaattcaggagaacaataaagccatagaagctcaggacatgtactccatggatgattttgttgagatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33443359 ggaacttgaatatttacgagtttcggaggctaaaattcaggagaacaataaagccatagaagctcaggacatgtactccatggatgattttgttgagatg 33443458  T
Q  708 gagaaaagggctatagtttctgttaatacaccgaaag 744  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33443459 gagaaaagggctatagtttctgttaatacaccgaaag 33443495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University