View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11724_low_2 (Length: 774)

Name: NF11724_low_2
Description: NF11724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11724_low_2
NF11724_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (35-752)||(4931369-4932089)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 4932089 - 4931369
Alignment:
Q  35 cttaaggacatctcatatcgcatgcgtggtcaagtaagcattcaccgtaatcaatccattagggatatcccactttaggatatctcttaaggaaatcaga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4932089 cttaaggacatctcatatcgcatgcgggttcaagtaagcattcaccgtaatcaatccattaaggatatctcactttaggatatctcttaagggaatcaga 4931990  T
Q  135 cgattcatacgactttgattgaaggacg--agtgattatggttcatgagagctatatggtcttatatccaatgatactgatagattgactcaagagatcg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  4931989 cgattcatacgactttgattgaaggactcaagtgattatggttcatgagaactatatggtcttatatccaacgatactgatcgattgaatcaagaaatcg 4931890  T
Q  233 gggcggtatttgtgattggaaattcatttgcctcgattacatgggaatcattttgatattttgaagagtaattcttgcatgagatcgtagttttcgatca 332  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4931889 gggcggtatttgtgagtggaaattcatttccctcgattacatgggaatcattttgatattttgaagagtaattcttgcatgagatcgtagttttcgatca 4931790  T
Q  333 taactactcaaaaattcatgatatattaaaatgattaaaaggtgtccgtgtgcacaactgtggaggcttcggcatgggcgtatggtgtaaatgattgata 432  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4931789 taactactcaaaaattcatgatacattaaaatgattaaaaggtgtccgtgtgcacaactgtggaggcttcggcatgggcgtatggtgtaaatgattgata 4931690  T
Q  433 agtaaatgattgtaatgttgaaagggtgaaaggtgaaatatgtgatgtatattccatatccttcagatgatatagatagatttgcatcgaagtgtgaata 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4931689 agtaaatgattgtaatgttgaaagggtgaaaggtgaaatatgtgatgtatattccatatccttcagatgatatagatagatttgcattgaagtgtgaata 4931590  T
Q  533 tgatca-nnnnnnnncttattttatattccctcaaactatcatatgcattttttgtccaaaaagaggacaatgtagagatttagatagtccatgtgattt 631  Q
     |||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4931589 cgatcatttttttttcttattttatattccctcaaactatcatatgcattttttgtccaaaaagaggacaatgtagagatttagatagtccatgtgattt 4931490  T
Q  632 gcatcttcgaatttttattttaaacttgataaaatatgaaaagtatgatcttcatcaaacgattattttctaaaatgcagcgacaacaaagttgcacata 731  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4931489 gcatcttcgaatttttattttaaacttgataaaatatgaaaagtatgatcttcatcaaacgattattttttaaaatgcagcgacaacaaagttgcacata 4931390  T
Q  732 atttgagtccacaaagtaaca 752  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  4931389 atttgagtccacaaagtaaca 4931369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University