View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11727_high_2 (Length: 724)

Name: NF11727_high_2
Description: NF11727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11727_high_2
NF11727_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-705)||(34144365-34145068)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 34145068 - 34144365
Alignment:
Q  2 caatgtttcgcaatcaacaagtacaagtgtgtagttcttgtactcaccactgtagattctttgatcactttcaacgaacaaaatctacctcgcccaactc 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34145068 caatggttcgcaatcaacaagtaaaagtgtgtagttcttgtactcaccactgtagattctttgatcactttcaacgaacaaaatctacctcgcccaactc 34144969  T
Q  102 tttctacaacctcatgctttatcaacgagatttccaagttttggtacttcaacatcttcctcaataatttactttccttttcagtgttgaaacaaaatgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34144968 tttctacaacctcatgctttatcaacgagatttccaagttttggtacttcaacatcttcctcaataatttactttccttttcagtgttgaaacaaaatgt 34144869  T
Q  202 taagaacatgcatgttacagatcttcttgcaaaatgtgaatctatttttgagtttgtatttatgatgatgctgcatatttttaacatctttttaaactga 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34144868 taagaacatgcatgttacagatcttcttgcaaaatgtgaatctgtttttgagtttgtatttatgatgatgctgcatatttttaacatctttttaaactga 34144769  T
Q  302 ctgcaggatcttccttctaagttaaatcctactatgtcattgttggttgatcagaaaatcaatctcgaggattcaaccggtaagagatgggttataacaa 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  34144768 ctgcaggatcttccttctaagttaaatcctactatgtcattgttggttgatcagaaaatcaatcttgaggattcaaccggtaagagatgggctataacag 34144669  T
Q  402 tttcagaagttgatggttcttttgcttttaagaaaggatggggtgatttctcatcggctcacaagcttgaaattggagatttgcttgtattcaactgcat 501  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34144668 tatcagaagttgatggttcttttgcttttaagaaaggatgggatgatttctcatcggctcacaagcttgaaattggagatttgcttgtattcaactgcat 34144569  T
Q  502 taacaagtataaatttgatgtcaagatctatgaccagtctatgtgtgaaaggattgatttttctgataaaagaaagaggaaaaagagaagtagatgcagc 601  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34144568 taacaagtataactttgatgtcaagatctatgaccagtctatgtgtgaaaggattgatttttctgacaaaagaaagaggaaaaagagaagtagatgcagc 34144469  T
Q  602 agtggctcacttgatgcaggaggaacaccaaatagcgtagaagttgtttcagaaaatggtaatgtggatagaagcgtcaaatgtccgcgcacatcagaag 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34144468 agtggctcacttgatgcaggaggaacaccaaatagcgtagaagttgtttcagaaaatgttaatgtggatagaagcgtcaaatgtccgcgcacatcagaag 34144369  T
Q  702 acac 705  Q
    ||||    
T  34144368 acac 34144365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University