View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11729_high_33 (Length: 298)

Name: NF11729_high_33
Description: NF11729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11729_high_33
NF11729_high_33
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (18-287)||(30271260-30271529)
chr4 (22-287)||(30280664-30280929)
chr4 (22-287)||(30304327-30304592)
chr4 (124-287)||(30220198-30220361)
chr4 (44-287)||(30264366-30264609)
chr4 (44-287)||(30287579-30287822)
chr4 (127-287)||(30048564-30048724)
chr4 (127-287)||(30062905-30063065)
chr4 (122-287)||(30032318-30032483)
chr4 (124-287)||(30228703-30228866)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (130-287)||(79538-79695)
scaffold0024 (130-284)||(72477-72631)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (200-279)||(2311384-2311463)
chr7 (167-287)||(29483209-29483329)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30271529 - 30271260
Alignment:
Q  18 aggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30271529 aggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattat 30271430  T
Q  118 gatggaaagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30271429 gatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaatatccaacaagaaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccat 30271330  T
Q  218 gcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30271329 gcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 30271260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 22 - 287
Target Start/End: Original strand, 30280664 - 30280929
Alignment:
Q  22 gaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatg 121  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30280664 gaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatg 30280763  T
Q  122 gaaagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30280764 gaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcac 30280863  T
Q  222 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30280864 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 30280929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30304592 - 30304327
Alignment:
Q  22 gaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatg 121  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304592 gaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatg 30304493  T
Q  122 gaaagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304492 gaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcac 30304393  T
Q  222 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30304392 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagttgatgacccttctc 30304327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 124 - 287
Target Start/End: Original strand, 30220198 - 30220361
Alignment:
Q  124 aagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcactt 223  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30220198 aagaacacctcaagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcactt 30220297  T
Q  224 ggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30220298 ggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctc 30220361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30264609 - 30264366
Alignment:
Q  44 gttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaac 143  Q
    |||||| | |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||    
T  30264609 gttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaac 30264510  T
Q  144 ccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcat 243  Q
    ||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| |||||||     ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264509 ccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcat 30264410  T
Q  244 gggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  30264409 gggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgatccttctc 30264366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 287
Target Start/End: Original strand, 30287579 - 30287822
Alignment:
Q  44 gttccaatattccctaaaagtgaatcaattgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaac 143  Q
    |||||| | |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||    
T  30287579 gttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaac 30287678  T
Q  144 ccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcat 243  Q
    ||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| |||||||     ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287679 ccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcat 30287778  T
Q  244 gggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  30287779 gggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgatccttctc 30287822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 127 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30048724 - 30048564
Alignment:
Q  127 aacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggt 226  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || || ||||||||||  |||||||   | ||  | |||||||||||||| |||| |||||||    
T  30048724 aacaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggt 30048625  T
Q  227 gatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30048624 gatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctc 30048564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 127 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30063065 - 30062905
Alignment:
Q  127 aacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggt 226  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || || ||||||||||  |||||||   | ||  | |||||||||||||| |||| |||||||    
T  30063065 aacaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggt 30062966  T
Q  227 gatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30062965 gatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctc 30062905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 122 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30032483 - 30032318
Alignment:
Q  122 gaaagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcac 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || || ||||||||||  ||||  |   | ||  | |||||||||||||| |||||||    
T  30032483 gaaagaacaccacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcac 30032384  T
Q  222 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30032383 ttggtgacggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctc 30032318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 124 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30228866 - 30228703
Alignment:
Q  124 aagaacaccacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcactt 223  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||| | || || ||||||||||  |||||||   | ||  | |||||||||||| | |||||||||    
T  30228866 aagaacaccacaaaataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcactt 30228767  T
Q  224 ggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30228766 ggtgatggttactctctcatgagtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgatccttctc 30228703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 130 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 79695 - 79538
Alignment:
Q  130 accacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgat 229  Q
    ||||||||| | ||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||||  ||||| |  || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  79695 accacaagatagaccactttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 79596  T
Q  230 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  79595 ggttactctctaatgggtgcacttctttcatgtttagaaagagctgataacccttctc 79538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 130 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 72631 - 72477
Alignment:
Q  130 accacaagacaaacccctttgggaaatccatttgattaaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgat 229  Q
    ||||||||| | ||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||| |  || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  72631 accacaagatagaccactatgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagat 72532  T
Q  230 ggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatgaccctt 284  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||    
T  72531 ggttactctctaatgggagctcttctatcatgtttagaaagagctgataaccctt 72477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 200 - 279
Target Start/End: Original strand, 2311384 - 2311463
Alignment:
Q  200 atattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaagagctgatga 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2311384 atattcaaacttcaccatgcacttggagatggttattctctaatgggtgcacttctttcttgtctacaacgtgctgatga 2311463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 29483329 - 29483209
Alignment:
Q  167 aaatatccaacaagtaatgctgaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctac 266  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||| ||| | |||||| ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||   |||||||  | || |    
T  29483329 aaataccccacaagcaatgctgcaggaaccttggtgttcaaatttcaccatgcaattggagatggctacaatctcatgggtgtcattctttcgagccttc 29483230  T
Q  267 aaagagctgatgacccttctc 287  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  29483229 aaagagctgatgatccttctc 29483209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University