View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11729_high_8 (Length: 582)

Name: NF11729_high_8
Description: NF11729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11729_high_8
NF11729_high_8
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (48-572)||(41286949-41287472)
chr5 (25-572)||(41316782-41317329)
chr5 (26-572)||(41332756-41333302)
chr5 (25-572)||(41324846-41325393)
chr5 (17-271)||(41369921-41370175)
chr5 (126-572)||(41328823-41329269)
chr5 (31-568)||(41366939-41367476)
chr5 (31-572)||(31177513-31178054)
chr5 (86-572)||(41310983-41311473)
chr5 (40-572)||(31187585-31188117)
chr5 (95-567)||(41337568-41338040)
chr5 (40-572)||(31225661-31226193)
chr5 (134-423)||(41305243-41305532)
chr5 (457-564)||(41432005-41432112)
chr5 (116-165)||(41329543-41329592)
chr5 (512-564)||(14235910-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-572)||(17248447-17248934)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (100-156)||(22941642-22941698)
chr3 (204-272)||(22971931-22971999)
chr3 (206-294)||(22986259-22986347)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41287472 - 41286949
Alignment:
Q  48 taataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttcca 147  Q
    |||||||||| || ||||   ||| ||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||| |||||  |||||||||    
T  41287472 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacacttcattccattgagaagcttcca 41287373  T
Q  148 atcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtat 247  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  41287372 atcaaagtgataaagtaattcagcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 41287273  T
Q  248 tcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgcca 347  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41287272 tcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccc 41287173  T
Q  348 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  41287172 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatg 41287073  T
Q  448 caacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttca 547  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||    
T  41287072 caacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctca 41286973  T
Q  548 gcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    |||||||||| |||||| |||||||    
T  41286972 gcttgtgctt-ttccatcacctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 25 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41317329 - 41316782
Alignment:
Q  25 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 124  Q
    |||||||||| ||| |||||||   |||||||| ||||||| | | | ||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41317329 caatacatattaaaaacgacgagggataggaattaagcatagatcgtgttttctacctgcagtaatcccaaatgactcagtcatatccaattcttcattc 41317230  T
Q  125 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcc 224  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| || || | | ||||   ||| ||||||||||||||||    
T  41317229 ttcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcc 41317130  T
Q  225 tccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaata 324  Q
    | || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  41317129 ttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaata 41317030  T
Q  325 tcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgga 424  Q
     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | ||||||||||||||    
T  41317029 ccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41316930  T
Q  425 atcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttt 524  Q
    |  ||||||||     || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  41316929 actaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttt 41316830  T
Q  525 tatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  41316829 tatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttg 41316782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 26 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41333302 - 41332756
Alignment:
Q  26 aatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattct 125  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| || |||| | | |  |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| |  ||||||||||    
T  41333302 aatacatattaaagacgacgagtaataggaattaaacatagatcgtgctttcttcctacagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattct 41333203  T
Q  126 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcct 225  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||   ||| || ||||||||||||||    
T  41333202 tcattttattgggaagcttccaatcaaagtggcaaagtaattgagcaagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctcct 41333103  T
Q  226 ccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat 325  Q
     || ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     
T  41333102 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41333003  T
Q  326 cttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 425  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333002 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 41332903  T
Q  426 tcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 525  Q
    | |||||||||    |  |||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41332902 ttaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 41332803  T
Q  526 atcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    |||||||| ||||||| |||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  41332802 atcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41325393 - 41324846
Alignment:
Q  25 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 124  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||| |   |  |||||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||    
T  41325393 caatacatattaaagacgacgagtaataggaattaagcatagattgtgctttctacctgcagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattc 41325294  T
Q  125 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcc 224  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||   ||| || ||||||||||| |    
T  41325293 ttcattttattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaattcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttc 41325194  T
Q  225 tccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaata 324  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||    
T  41325193 ttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaata 41325094  T
Q  325 tcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgga 424  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | ||||||||||||||    
T  41325093 ccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41324994  T
Q  425 atcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttt 524  Q
    |  ||||| |||| ||   |||| | ||||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||      
T  41324993 agtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcc 41324894  T
Q  525 tatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  41324893 tatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 41370175 - 41369921
Alignment:
Q  17 gttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  41370175 gttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaatcatattttcttactgctgtaatcccaaatgattcagtcatatccaatt 41370076  T
Q  117 cttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41370075 cttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaagccaaacataatgcctggaca 41369976  T
Q  217 catcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatca 271  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  41369975 catcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatca 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 126 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41329269 - 41328823
Alignment:
Q  126 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcct 225  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| || |||| | ||||   ||| |||||||||||||| ||    
T  41329269 tcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttct 41329170  T
Q  226 ccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat 325  Q
     || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     
T  41329169 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41329070  T
Q  326 cttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 425  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  41329069 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 41328970  T
Q  426 tcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 525  Q
      |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  41328969 ctaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactccttttt 41328870  T
Q  526 atcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41328869 atcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 31 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 41367476 - 41366939
Alignment:
Q  31 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 130  Q
    |||||||  ||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||||| || ||| || ||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||    
T  41367476 atatcaaggacgacgaatgaaaggaatcaagcataagtcatgttttcttcctactgcaagcccaaatgactccgtcatatctaattcttcattcttcatt 41367377  T
Q  131 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctg 230  Q
     |||| | ||||||||||||||| |||||||||||   ||| | ||| | ||| | ||| |||| | ||||   ||| ||  ||||||||||||| || |    
T  41367376 ccatttggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaactgagctaaaggtagctctatgttgggtaaggcaaatgcaatacccagacacatcctccttccag 41367277  T
Q  231 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttgg 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || || |||||||| || ||    
T  41367276 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaacccaatacctcgg 41367177  T
Q  331 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 430  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  41367176 atctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatcaat 41367077  T
Q  431 aatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaa 530  Q
    |||||||| | | |||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  41367076 aatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaa 41366977  T
Q  531 acattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacc 568  Q
    ||| ||||||| | ||| |||||||| |||||||||||    
T  41366976 acactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattacc 41366939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 31 - 572
Target Start/End: Original strand, 31177513 - 31178054
Alignment:
Q  31 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 130  Q
    |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||   ||| |||||||||| | | || ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  31177513 atattaaagacgacgagttataggaatcaagcataggtcatgttttcttactacagcaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcatt 31177612  T
Q  131 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctg 230  Q
     |||| | |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || |    
T  31177613 ccattaggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccag 31177712  T
Q  231 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttgg 330  Q
    |||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||      
T  31177713 caccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc 31177812  T
Q  331 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 430  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||||||||    
T  31177813 atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaac 31177912  T
Q  431 aatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaa 530  Q
    || ||||  | | |||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  31177913 aaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaa 31178012  T
Q  531 acattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  31178013 acacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttg 31178054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 86 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 41311473 - 41310983
Alignment:
Q  86 gtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaa 185  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||| | |||||    
T  41311473 gtaatcccaaatgactcagccatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttccaatcaaaccggtaaagtaattgagcaagaggtagctcaa 41311374  T
Q  186 cgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaac 285  Q
     ||| |||||| ||||   ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  41311373 tgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaac 41311274  T
Q  286 aaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatca 385  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||  || || |||||    ||||| |||    
T  41311273 aaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctca 41311174  T
Q  386 tatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtata 485  Q
    |  | |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  41311173 tgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtata 41311074  T
Q  486 tcaattggtgcaactctgactcatccac----atacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    ||||  ||||||||||   |||||||||    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41311073 tcaacaggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 40 - 572
Target Start/End: Original strand, 31187585 - 31188117
Alignment:
Q  40 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||   |  ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31187585 acgacgagtaataggaatcaagcataggtcatgttttcttcctatagccatcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31187684  T
Q  140 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || ||||| || |    
T  31187685 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31187784  T
Q  240 gtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttcc 339  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||    
T  31187785 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31187884  T
Q  340 aattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatg 439  Q
    ||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || |      
T  31187885 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcaca 31187984  T
Q  440 gcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttc 539  Q
    | | |||| | ||||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  31187985 gaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttc 31188084  T
Q  540 ttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    || |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  31188085 ttacttcagcttgtgctttctccattatctttg 31188117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 95 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 41338040 - 41337568
Alignment:
Q  95 aatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggta 194  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| ||   ||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||| |||||| || || |    
T  41338040 aatgattcagtcatatcaagttcttgatggctcattccatttggaagtttccaatcaaagtgataaagcaacttagcaagaggcagctcaacattgggca 41337941  T
Q  195 ggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctc 294  Q
     | ||||   ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  41337940 aggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctc 41337841  T
Q  295 gggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccatta 394  Q
     ||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| |||||     
T  41337840 aggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattg 41337741  T
Q  395 atttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggt 494  Q
    ||||  |||  ||   ||||||||||||||| |||||| ||||  | | |||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || |    
T  41337740 atttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgtt 41337641  T
Q  495 gcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 567  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41337640 gcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattac 41337568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 31226193 - 31225661
Alignment:
Q  40 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 139  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |   ||| ||||||| || | | || ||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31226193 acgacgagtgataggaatcaagcacaggtcattttttcttcctacagaaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31226094  T
Q  140 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || ||||| || |    
T  31226093 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31225994  T
Q  240 gtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttcc 339  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||    
T  31225993 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31225894  T
Q  340 aattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatg 439  Q
    ||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||       
T  31225893 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgca 31225794  T
Q  440 gcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttc 539  Q
    |   |||| || |||||||||||| | || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||  |||    
T  31225793 gatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttc 31225694  T
Q  540 ttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    || |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31225693 ttacttcagcttgtgcttcctccattatctttg 31225661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 134 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 41305532 - 41305243
Alignment:
Q  134 ttggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcac 233  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||   ||||||||| |  ||||| || | || | ||||   |||||| |||||||||||||| || ||||    
T  41305532 ttgggaagcttccaatcaaagttataaagtaattcagcaagaggaagttcaacatttgataaggcaaatgcaatgcccggacacatcctccttccagcac 41305433  T
Q  234 caaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||    
T  41305432 caaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatc 41305333  T
Q  334 tcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgg 423  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||   || | |||||||||||||    
T  41305332 tcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 457 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432005
Alignment:
Q  457 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgct 556  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  557 tcttccat 564  Q
    ||||||||    
T  41432012 tcttccat 41432005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 41329592 - 41329543
Alignment:
Q  116 tcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaa 165  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  41329592 tcttcattattcattccattggaaagctttcaatcaaagtcataaagtaa 41329543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 512 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235910
Alignment:
Q  512 acatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccat 564  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccat 14235910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 9e-90; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 85 - 572
Target Start/End: Original strand, 17248447 - 17248934
Alignment:
Q  85 tgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactca 184  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||    
T  17248447 tgtaatcccaaatgactcggtcatatctagatcttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaattgagcaagaggcaactca 17248546  T
Q  185 acgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaa 284  Q
    | ||| |||| ||||||   |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  17248547 atgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaa 17248646  T
Q  285 caaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatc 384  Q
     |||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||| |||  |||||| ||||| || || |||||    
T  17248647 aaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatc 17248746  T
Q  385 atatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtat 484  Q
    ||| || || ||| | |||   | | |||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||| ||||| |||||||||||| ||||| || ||||||    
T  17248747 atacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtat 17248846  T
Q  485 atcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 572  Q
    || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||||||| ||||||| |  |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  17248847 attaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 100 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22941698 - 22941642
Alignment:
Q  100 ttcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtg 156  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22941698 ttcactcatgtccaaatcttcatttttcatctcattgggaagtttccaatcaaagtg 22941642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 272
Target Start/End: Original strand, 22971931 - 22971999
Alignment:
Q  204 taatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaa 272  Q
    ||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||    
T  22971931 taatgcctggacaaattcttcttccagcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaa 22971999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 206 - 294
Target Start/End: Original strand, 22986259 - 22986347
Alignment:
Q  206 atgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctc 294  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |  || |||||||||||||| | ||||| || |||||||||    
T  22986259 atgccaggacaaattctccttccagcaccaaatggaatgtactcaaaattagttcctttgaaatcaatagaactatcaataaacctctc 22986347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University