View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11729_low_43 (Length: 259)

Name: NF11729_low_43
Description: NF11729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11729_low_43
NF11729_low_43
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-255)||(25381448-25381711)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-255)||(38253268-38253529)
chr2 (1-255)||(43156013-43156274)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-255)||(11473337-11473598)
chr1 (1-143)||(28246438-28246580)
chr1 (143-255)||(28246609-28246721)
chr1 (1-253)||(10465702-10465961)
chr1 (1-253)||(43735354-43735613)
chr1 (1-143)||(7282284-7282426)
chr1 (159-253)||(7282469-7282563)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-255)||(10124458-10124718)
chr6 (1-245)||(19308130-19308397)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-222)||(25862078-25862304)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-143)||(5910724-5910866)
chr3 (143-253)||(5910575-5910685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25381711 - 25381448
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  25381711 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgacatattcacaaagagagtcagattcatgtctaactggtacata 25381612  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa---------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatg 191  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381611 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatg 25381512  T
Q  192 ctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcctc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25381511 ctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttctcctc 25381448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Original strand, 38253268 - 38253529
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253268 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatgacatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 38253367  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38253368 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtatgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgct 38253467  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcctc 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38253468 aaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttctcctc 38253529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43156274 - 43156013
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156274 ttgaaacacggttaaattaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatgacatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 43156175  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43156174 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtatgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgct 43156075  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcctc 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43156074 aaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttctcctc 43156013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 11473598 - 11473337
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473598 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgcctttgtgatgacatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 11473499  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11473498 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtatgtttttcccatttgaattagtattggtgcagtttcatatgct 11473399  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcctc 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11473398 aaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttctcctc 11473337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 28246438 - 28246580
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246438 ttgaaacacggttaaatgaaactcttcaagatccttcatgttttgcctttgtgatgacatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 28246537  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 143  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28246538 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaat 28246580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 143 - 255
Target Start/End: Original strand, 28246609 - 28246721
Alignment:
Q  143 tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttg 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246609 tgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttg 28246708  T
Q  243 ctctctgctcctc 255  Q
    |||||| ||||||    
T  28246709 ctctcttctcctc 28246721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 10465702 - 10465961
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  10465702 ttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtaatgacatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtataga 10465801  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
     ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| |||||       ||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||    
T  10465802 caaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaatatagtgtgtgtgtatatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacact 10465901  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||| ||||    
T  10465902 aaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctcttctcc 10465961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 43735354 - 43735613
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  43735354 ttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtaatgacatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtataga 43735453  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
     ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| |||||       ||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||    
T  43735454 caaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaatatagtgtgtgtgtatatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacact 43735553  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||| ||||    
T  43735554 aaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctcttctcc 43735613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 7282284 - 7282426
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  7282284 ttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcgtattagtgatgacatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtacaga 7282383  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 143  Q
     ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||    
T  7282384 caaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaat 7282426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 159 - 253
Target Start/End: Original strand, 7282469 - 7282563
Alignment:
Q  159 ccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcc 253  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| ||||||| |||||| ||||    
T  7282469 ccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttctttttctctcttctcc 7282563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Original strand, 10124458 - 10124718
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124458 ttgaaacacagttaaatgaaactctccaagatcattcatgttttgcctttgtgatga-atattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 10124556  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaa-------tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124557 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 10124656  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctctctgctcctc 255  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10124657 atccttgcaagcttatgggaggattcatacacacaactcaattcttttgctctcttctcctc 10124718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 19308130 - 19308397
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19308130 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgacataatcacaaagagagtcaaattcatgtctaattggtacaga 19308229  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat---gtgtgt--------------------atgttttttccatttggattagtattgg 177  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||                    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19308230 taaagttaagaataacttaaactcatcttgaaacaattcaaatacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtttttcccatttggattagtattgg 19308329  T
Q  178 tgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctc 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308330 tgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttgctc 19308397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25862304 - 25862078
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25862304 ttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcttattagtgatgacatattcacatagagagtcagtttcatgtctaataggtacaga 25862205  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaa-------atgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgct 193  Q
     ||||  |||||||||||  || | | ||||||||| ||||       |||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||    
T  25862204 caaagccaagaataactt--actcgttttgaaacaactcaaatatagtatgtgtgtatatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacact 25862107  T
Q  194 aaccttgcaagcttatgtgaggattcata 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25862106 aaccttgcaagcttatgtgaggactcata 25862078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 5910866 - 5910724
Alignment:
Q  1 ttgaaacacggttaaatgaaactctccaagatccttcatgttttgccttagtgatgatatattcacaaagagagtcagattcatgtctaattggtacaga 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  5910866 ttgaaacacgattaaatgacactctaaaagatccttcatgtttcttattagtgatgacatattcacatagagagtcagtttcatgtctaatgggtacaga 5910767  T
Q  101 taaagttaagaataacttaaacccatcttgaaacaattcaaat 143  Q
     ||||  ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||    
T  5910766 caaagccaagaataacttaaactcgttttgaaacaactcaaat 5910724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 143 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 5910685 - 5910575
Alignment:
Q  143 tgtgtgtatgttttttccatttggattagtattggtgcagtttcatatgctaaccttgcaagcttatgtgaggattcatacacacaactcaattcttttg 242  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||| |||||||     
T  5910685 tgtgtgtatatctttcccatttggattagtaatggtgaagtttcatacactaaccttgcaagcttatgtgaggactcataatcacatttcagttcttttt 5910586  T
Q  243 ctctctgctcc 253  Q
    |||||| ||||    
T  5910585 ctctcttctcc 5910575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University